Exploring the conformational space of Vpu from HIV-1: A versatile adaptable protein

Journal of Computational Chemistry

Volumn 29, Issue 14, 2008, Pages 2416-2424

  Krüger, Jens ^a   Fischer, Wolfgang B ^a  

^a NATIONAL YANG MING UNIVERSITY   (Taiwan)

Author keywords

HIV 1; Lipid bilayers; MD simulations; Membrane proteins; Protein stability; Vpu

Indexed keywords

CONFORMATIONAL SPACES; DYNAMIC BEHAVIORS; HIV-1; LIPID BILAYERS; MD SIMULATIONS; MEMBRANE PROTEINS; PROTEIN STABILITY; VPU;

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEIN; LIPID; VIRUS PROTEIN; VPU PROTEIN, HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPARATIVE STUDY; COMPUTER SIMULATION; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; LIPID METABOLISM; METABOLISM; PROTEIN CONFORMATION;

COMPUTER SIMULATION; HIV-1; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEINS; LIPID METABOLISM; LIPIDS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; VIRAL REGULATORY AND ACCESSORY PROTEINS;

EID: 52649086195     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20986     Document Type: Article

References (57)

1. Gonzales, M. E.; Carrasco, L. FEBS Lett 2003, 552, 28.
2. Fischer, W. B. In Protein Reviews; Atassi, M. Z., Ed.; Kluwer Academic/Plenum: New York, 2005.
3. Lu, W.; Zheng, B.-J.; Xu, K.; Schwarz, W.; Du, L.; Wong, C. K. L.; Chen, J.; Duan, S.; Deubel, V.; Sun, B. Proc Natl Acad Sci USA 2006, 103, 12540.
4. Hay, A. J. Semin Virol 1992, 3, 21.
5. Shimbo, K.; Brassard, D. L.; Lamb, R. A.; Pinto, L. H. Biophys J 1996, 70, 1335.
6. Chizhmakov, I. V.; Geraghty, F. M.; Ogden, D. C.; Hayhurst, A.; Antoniou, M.; Hay, A. J. J Physiol 1996, 494, 329.
7. Harada, T.; Tautz, N.; Thiel, H. J. J Virol 2000, 74, 9498.
8. Strebel, K.; Klimkait, T.; Martin, M. A. Science 1988, 241, 1221.
9. Cohen, E. A.; Terwilliger, E. F.; Sodroski, J. G.; Haseltine, W. A. Nature 1988, 334, 532.
10. Friborg, J.; Ladha, A.; Gottlinger, H.; Haseltine, W. A.; Cohen, E. A. J Acc Im Def Syn Hum Retr 1995, 8, 10.
11. Schubert, U.; Schneider, T.; Henklein, P.; Hoffmann, K.; Berthold, E.; Hauser, H.; Pauli, G.; Porstmann, T. Eur J Biochem 1992, 204, 875.
12. Klimkait, T.; Strebel, K.; Hoggan, M. D.; Martin, M. A.; Orenstein, J. M. J Virol 1990, 642, 621.
13. Kimura, T.; Nishikawa, M.; Ohyama, A. J Biochem 1994, 115, 1010.
14. Schubert, U.; Bour, S.; Ferrer-Montiel, A. V.; Montal, M.; Maldarelli, F.; Strebel, K. J Virol 1996, 70, 809.
15. Ewart, G. D.; Sutherland, T.; Gage, P. W.; Cox, G. B. J Virol 1996, 70, 7108.
16. Schubert, U.; Ferrer-Montiel, A. V.; Oblatt-Montal, M.; Henklein, P.; Strebel, K.; Montal, M. FEBS Lett 1996, 398, 12.
17. Maldarelli, F.; Chen, M. Y.; Willey, R. L.; Strebel, K. J Virol 1993, 67, 5056.
18. Federau, T.; Schubert, U.; Flossdorf, J.; Henklein, P.; Schomburg, D.; Wray, V. Int J Peptide Protein Res 1996, 47, 297.
19. Willbold, D.; Hoffmann, S.; Rösch, P. Eur J Biochem 1997, 245, 581.
20. Marassi, F. M.; Ma, C.; Gratkowski, H.; Straus, S. K.; Strebel, K.; Oblatt-Montal, M.; Montal, M.; Opella, S. J. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 14336.
21. Wray, V.; Kinder, R.; Federau, T.; Henklein, P.; Bechinger, B.; Schubert, U. Biochemistry 1999, 38, 5272.
22. Henklein, P.; Kinder, R.; Schubert, U.; Bechinger, B. FEBS Lett 2000, 482, 220.
23. Wray, V.; Federau, T.; Henklein, P.; Klabunde, S.; Kunert, O.; Schomburg, D.; Schubert, U. Int J Peptide Protein Res 1995, 45, 35.
24. Kukol, A.; Arkin, I. T. Biophys J 1999, 77, 1594.
25. Grice, A. L.; Kerr, I. D.; Sansom, M. S. P. FEBS Lett 1997, 405, 299.
26. Forrest, L. R.; Kukol, A.; Arkin, I. T.; Tieleman, D. P.; Sansom, M. S. Biophys J 2000, 78, 55.
27. Zhong, Q.; Husslein, T.; Moore, P. B.; Newns, D. M.; Pattnaik, P.; Klein, M. L. FEBS Lett 1998, 434, 265.
28. Sramala, I.; Lemaitre, V.; Faraldo-Gomez, J. D.; Vincent, S.; Watts, A.; Fischer, W. B. Biophys J 2003, 84, 3276.
29. Lemaitre, V.; Ali, R.; Kim, C. G.; Watts, A.; Fischer, W. B. FEBS Lett 2004, 563, 75.
30. Candler, A.; Featherstone, M.; Ali, R.; Maloney, L.; Watts, A.; Fischer, W. B. Biochim Biophys Acta 2005, 1716, 1.
31. Mehnert, T.; Lam, Y. H.; Judge, P. J.; Routh, A.; Fischer, D.; Watts, A.; Fischer, W. B. J Biomol Struct Dyn 2007, 24, 589.
32. Fischer, W. B.; Forrest, L. R.; Smith, G. R.; Sansom, M. S. P. Biopolymers 2000, 53, 529.
33. Park, S. H.; Mrse, A. A.; Nevzorov, A. A.; Mesleh, M. F.; Oblatt-Montal, M.; Montal, M.; Opella, S. J. J Mol Biol 2003, 333, 409.
34. Park, S. H.; Opella, S. J. J Mol Biol 2005, 350, 310.
35. Chandrasekhar, I.; Kastenholz, M.; Lins, R. D.; Oostenbrink, C.; Schuler, L. D.; van Gunsteren, W. F. Eur Biophys J 2003, 32, 67.
36. Nagle, J. F.; Tristram-Nagle, S. Biochim Biophys Acta 2000, 1469, 159.
37. Petrache, H. I.; Dood, S. W.; Brown, M. F. Biophys J 2000, 79, 3172.
38. Lewis, B. A.; Engelman, D. M. J Mol Biol 1983, 166, 211.
39. Forrest, L. R.; Tieleman, D. P.; Sansom, M. S. P. Biophys J 1999, 76, 1886.
40. Sharpe, S.; Yau, W. M.; Tycko, R. Biochemistry 2006, 45, 918.
41. de Angelis, A. A.; Nevzorov, A. A.; Park, S. H.; Howell, S. C.; Mrse, A. A.; Opella, S. J. J Am Chem Soc 2004, 126, 15340.
42. Kovacs, F. A.; Cross, T. A. Biophys J 1997, 73, 2511.
43. Kukol, A.; Adams, P. D.; Rice, L. M.; Brunger, A. T.; Arkin, I. T. J Mol Biol 1999, 286, 951.
44. Wang, J.; Kim, S.; Kovacs, F.; Cross, T. A. Prot Sci 2001, 10, 2241.
45. Marassi, F. M.; Ma, C.; Gesell, J. J.; Opella, S. J. J Magn Res 2000, 144, 156.
46. Khattari, Z.; Arbely, E.; Arkin, I. T.; Salditt, T. Eur Biophys J 2006, 36, 45.
47. Mouritsen, O. G.; Bloom, M. Annu Rev Biophys Biomol Struct 2003, 22, 145.
48. Killian, J. A.; von Heijne, G. TIBS 2000, 25, 429.
49. Ridder, A. N. J. A.; van de Hoef, W.; Stam, J.; Kuhn, A.; de Kruijff, B.; Killian, J. A. Biochemistry 2002, 41, 4946.
50. Ma, C.; Marassi, F. M.; Jones, D. H.; Straus, S. K.; Bour, S.; Strebel, K.; Schubert, U.; Oblatt-Montal, M.; Montal, M.; Opella, S. J. Prot Sci 2002, 11, 546.
51. Tieleman, D. P.; Berendsen, H. J. C.; Sansom, M. S. P. Biophys J 1999, 76, 1757.
52. Yeagle, P. L.; Bennett, M.; Lemaitre, V.; Watts, A. Biochim Biophys Acta 2007, 1768, 530.
53. Kandasamy, S. K.; Larson, R. G. Biophys J 2006, 90, 2326.
54. Özdirekcan, S.; Rijkers, D. T. S.; Liskamp, R. M. J.; Killian, J. A. Biochemistry 2005, 44, 1004.
55. Hsu, K.; Seharaseyon, J.; Dong, P.; Bour, S.; Marbán, E. Molec Cell 2004, 14, 259.
56. Doyle, D. A.; Cabral, J. M.; Pfuetzner, R. A.; Kuo, A.; Gulbis, J. M.; Cohen, S. L.; Chait, B. T.; MacKinnon, R. Science 1998, 280, 69.
57. Miyazawa, A.; Fujiyoshi, Y.; Unwin, N. Nature 2003, 423, 949.