Insertion and assembly of membrane proteins via simulation

Journal of the American Chemical Society

Volumn 128, Issue 8, 2006, Pages 2697-2704

  Bond, Peter J ^a   Sansom, Mark S P ^a  

^a UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MEMBRANES; DETERGENTS; DIMERS; MICELLES; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; SELF ASSEMBLY;

COARSE-GRAINED METHODS; MEMBRANE PROTEIN;

PROTEINS;

GLYCOPHORIN; MEMBRANE PROTEIN; OUTER MEMBRANE PROTEIN A;

ARTICLE; BILAYER MEMBRANE; LIPID ANALYSIS; MEMBRANE BIOLOGY; MEMBRANE MODEL; MICELLE; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN ASSEMBLY; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STABILITY; REACTION ANALYSIS;

BACTERIAL OUTER MEMBRANE PROTEINS; COMPUTER SIMULATION; GLYCOPHORIN; KINETICS; LIPID BILAYERS; MICELLES; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY;

EID: 33644644163     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja0569104     Document Type: Article

References (54)

1. Wallin, E.; von Heijne, G. Protein Sci. 1998, 7, 1029-1038.
2. White, S. H. Protein Sci. 2004, 13, 1948-1949.
3. Lear, J. D.; Stouffer, A. L.; Gratkowski, H.; Nanda, V.; DeGrado, W. F. Biophys. J. 2004, 87, 3421-3429.
4. Senes, A.; Engel, D. E.; DeGrado, W. F. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 465-479.
5. Lee, A. G. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1612, 1-40.
6. Lee, A. G. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1666, 62-87.
7. Popot, J. L.; Engelman, D. M. Biochemistry 1990, 29, 4031-4037.
8. Tamm, L. K.; Hong, H.; Liang, B. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1666, 250-263.
9. MacKenzie, K. R.; Prestegard, J. H.; Engelman, D. M. Science 1997, 276, 131-133.
10. Smith, S. O.; Song, D.; Shekar, S.; Groesbeek, M.; Ziliox, M.; Aimoto, S. Biochemistry 2001, 40, 6553-6558.
11. Russ, W. P.; Engelman, D. M. J. Mol. Biol. 2000, 296, 911-919.
12. Pautsch, A.; Schulz, G. E. J. Mol. Biol. 2000, 298, 273-282.
13. Arora, A.; Abildgaard, F.; Bushweller, J. H.; Tamm, L. K. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 334-338.
14. Fyfe, P. K.; McAuley, K. E.; Roszak, A. W.; Isaacs, N. W.; Codgell, R. J.; Jones, M. R. Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 106-112.
15. Hilty, C.; Wider, G.; Fernandez, C.; Wuthrich, K. ChemBioChem 2004, 5, 467-473.
16. Palsdottir, H.; Hunte, C. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1666, 2-18.
17. Marsh, D.; Pali, T. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1666, 118-141.
18. Ash, W. L.; Zlomislic, M. R.; Oloo, E. O.; Tieleman, D. P. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1666, 158-189.
19. Petrache, H. I.; Grossfield, A.; MacKenzie, K. R.; Engelman, D. M.; Woolf, T. B. J. Mol. Biol. 2000, 302, 727-746.
20. Feller, S. E.; Gawrisch, K.; Woolf, T. B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4434-4435.
21. Bond, P. J.; Cuthbertson, J. M.; Deol, S. D.; Sansom, M. S. P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15948-15949.
22. Bockmann, R. A.; Caflisch, A. Biophys. J. 2005, 88, 3191-3204.
23. Braun, R.; Engelman, D. M.; Schulten, K. Biophys. J. 2004, 87, 754-763.
24. Booth, P. J.; Curran, A. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 115-121.
25. Brünger, A. T. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 157-171.
26. Nielsen, S. O.; Lopez, C. F.; Srinivas, G.; Klein, M. L. J. Phys.: Condens. Matter 2004, 16, R481-R512.
27. Smit, B.; Hilbers, A. J.; Esselink, K.; Rupert, L. A. M.; Van Os, N. M.; Schlijper, G. Nature 1990, 348, 624-625.
28. Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4464-4470.
29. Whitehead, L.; Edge, C. M.; Essex, J. W. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1622-1633.
30. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750-760.
31. Tozzini, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 144-150.
32. Tepper, H. L.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 124906-124901.
33. Venturoli, M.; Smit, B.; Sperotto, M. M. Biophys. J. 2005, 88, 1778-1798.
34. Nielsen, S. O.; Lopez, C. F.; Ivanov, I.; Moore, P. B.; Shelley, J. C.; Klein, M. L. Biophys. J. 2004, 87, 2107-2115.
35. Lopez, C. F.; Nielsen, S. O.; Moore, P. B.; Klein, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 4431-4434.
36. Deol, S. S.; Bond, P. J.; Domene, C.; Sansom, M. S. P. Biophys. J. 2004, 87, 3737-3749.
37. Killian, J. A.; von Heijne, G. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 429-434.
38. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
39. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317.
40. Bond, P. J.; Sansom, M. S. P. J. Mol. Biol. 2003, 329, 1035-1053.
41. Nymeyer, H.; Woolf, T. B.; Garcia, A. E. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005, 59, 783-790.
42. Faraldo-Gómez, J. D.; Forrest, L. R.; Baaden, M.; Bond, P. J.; Domene, C.; Patargias, G.; Cuthbertson, J.; Sansom, M. S. P. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004, 57, 783-791.
43. Marrink, S. J.; Lindahl, E.; Edholm, O.; Mark, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8638-8639.
44. Markin, V. S.; Albanesi, J. P. Biophys. J. 2002, 82, 693-712.
45. Bond, P. J.; Faraldo-Gómez, J. D.; Sansom, M. S. P. Biophys. J. 2002, 83, 763-775.
46. Popot, J. L.; Engelman, D. M. Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 881-922.
47. Hénin, J.; Pohorille, A.; Chipot, C. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8478-8484.
48. Smith, S. O.; Eilers, M.; Song, D.; Crocker, E.; Ying, W.; Groesbeek, M.; Metz, G.; Ziliox, M.; Aimoto, S. Biophys. J. 2002, 82, 2476-2486.
49. Lemmon, M. A.; Flanagan, J. M.; Treutlein, H. R.; Zhang, J.; Engelman, D. M. Biochemistry 1992, 31, 12719-12725.
50. Im, W.; Feig, M.; Brooks, C. L. Biophys. J. 2003, 85, 2900-2918.
51. Im, W.; Brooks, C. L. J. Mol. Biol. 2004, 337, 531-519.
52. Im, W.; Brooks, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6771-6776.
53. Long, S. B.; Campbell, E. B.; MacKinnon, R. Science 2005, 309, 903-908.
54. Hessa, T.; White, S. H.; von Heijne, G. Science 2005, 307, 1427.