Ultrahigh-throughput approach for analyzing single-cell genomic damage with an agarose-based microfluidic comet array

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 8, 2013, Pages 4066-4073

  Li, Yiwei ^a   Feng, Xiaojun ^a   Du, Wei ^a   Li, Ying ^a   Liu, Bi Feng ^a  

^a HUAZHONG UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CAPILLARY EFFECTS; CONVENTIONAL METHODS; FLUORESCENCE DETECTION; FLUORESCENT MEASUREMENTS; MORPHOLOGICAL ANALYSIS; PARALLEL MICROCHANNELS; REPRODUCIBILITIES; SINGLE-CELL GEL ELECTROPHORESIS;

DNA; ELECTROPHORESIS; GENES; MICROFLUIDICS; REPAIR;

THROUGHPUT;

DNA; HYDROGEN PEROXIDE; SEPHAROSE;

AGAR GEL ELECTROPHORESIS; ARTICLE; CELL STRAIN HEPG2; COMET ASSAY; COMPUTER PROGRAM; DNA DAMAGE; DNA REPAIR; EQUIPMENT; HELA CELL; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HUMAN; METHODOLOGY; MICROFLUIDIC ANALYSIS; REPRODUCIBILITY; SINGLE CELL ANALYSIS;

COMET ASSAY; DNA; DNA DAMAGE; DNA REPAIR; ELECTROPHORESIS, AGAR GEL; HELA CELLS; HEP G2 CELLS; HIGH-THROUGHPUT SCREENING ASSAYS; HUMANS; HYDROGEN PEROXIDE; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SEPHAROSE; SINGLE-CELL ANALYSIS; SOFTWARE;

EID: 84876276715     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4000893     Document Type: Article

References (68)

1. Kitano, H. Science 2002, 295, 1662-1664
2. Ideker, T.; Galitski, T.; Hood, L. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2001, 2, 343-372
3. Feng, X.; Liu, X.; Luo, Q.; Liu, B. F. Mass Spectrom. Rev. 2008, 27, 635-660
4. Liu, B. F.; Xu, B.; Zhang, G.; Du, W.; Luo, Q. J. Chromatogr., A 2006, 1106, 19-28
5. Du, W.; Wang, Y.; Luo, Q.; Liu, B. F. Anal. Bioanal. Chem. 2006, 386, 444-457
6. Dai, S.; Chen, S. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1622-1630
7. Diks, S. H.; Peppelenbosch, M. P. Trends Mol. Med. 2004, 10, 574-577
8. Irish, J. M.; Kotecha, N.; Nolan, G. P. Nat. Rev. Cancer 2006, 6, 146-155
9. Ishoey, T.; Woyke, T.; Stepanauskas, R.; Novotny, M.; Lasken, R. S. Curr. Opin. Microbiol. 2008, 11, 198-204
10. Lasken, R. S. Curr. Opin. Microbiol. 2007, 10, 510-516
11. Navin, N.; Kendall, J.; Troge, J.; Andrews, P.; Rodgers, L.; McIndoo, J.; Cook, K.; Stepansky, A.; Levy, D.; Esposito, D.; Muthuswamy, L.; Krasnitz, A.; McCombie, W. R.; Hicks, J.; Wigler, M. Nature 2011, 472, 90-94
12. Parkhomchuk, D.; Amstislavskiy, V.; Soldatov, A.; Ogryzko, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 20830-20835
13. Yilmaz, S.; Singh, A. K. Curr. Opin. Biotechnol. 2012, 23, 437-443
14. Zhang, K.; Martiny, A. C.; Reppas, N. B.; Barry, K. W.; Malek, J.; Chisholm, S. W.; Church, G. M. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 680-686
15. Ochman, H. Environ. Microbiol. 2007, 9, 7
16. Walker, A.; Parkhill, J. Nat. Rev. Microbiol. 2008, 6, 176-177
17. Bao, S.; Wu, Q.; McLendon, R. E.; Hao, Y.; Shi, Q.; Hjelmeland, A. B.; Dewhirst, M. W.; Bigner, D. D.; Rich, J. N. Nature 2006, 444, 756-760
18. Gorgoulis, V. G.; Vassiliou, L. V.; Karakaidos, P.; Zacharatos, P.; Kotsinas, A.; Liloglou, T.; Venere, M.; Ditullio, R. A., Jr.; Kastrinakis, N. G.; Levy, B.; Kletsas, D.; Yoneta, A.; Herlyn, M.; Kittas, C.; Halazonetis, T. D. Nature 2005, 434, 907-913
19. Jackson, S. P.; Bartek, J. Nature 2009, 461, 1071-1078
20. Lu, T.; Pan, Y.; Kao, S. Y.; Li, C.; Kohane, I.; Chan, J.; Yankner, B. A. Nature 2004, 429, 883-891
21. Zhou, B. B.; Elledge, S. J. Nature 2000, 408, 433-439
22. Shuga, J.; Zeng, Y.; Novak, R.; Mathies, R. A.; Hainaut, P.; Smith, M. T. Environ. Mol. Mutagen. 2010, 51, 851-870
23. Collins, A. R.; Oscoz, A. A.; Brunborg, G.; Gaivao, I.; Giovannelli, L.; Kruszewski, M.; Smith, C. C.; Stetina, R. Mutagenesis 2008, 23, 143-151
24. Olive, P. L.; Banath, J. P. Nat. Protoc. 2006, 1, 23-29
25. Tice, R. R.; Agurell, E.; Anderson, D.; Burlinson, B.; Hartmann, A.; Kobayashi, H.; Miyamae, Y.; Rojas, E.; Ryu, J. C.; Sasaki, Y. F. Environ. Mol. Mutagen. 2000, 35, 206-221
26. Duez, P.; Dehon, G.; Kumps, A.; Dubois, J. Mutagenesis 2003, 18, 159-166
27. Dusinska, M.; Collins, A. R. Mutagenesis 2008, 23, 191-205
28. Godard, T.; Deslandes, E.; Sichel, F.; Poul, J. M.; Gauduchon, P. Mutat. Res. 2002, 520, 47-56
29. Ostling, O.; Johanson, K. J. Int. J. Radiat. Biol. Relat. Stud. Phys., Chem. Med. 1987, 52, 683-691
30. Santos, S. J.; Singh, N. P.; Natarajan, A. T. Exp. Cell Res. 1997, 232, 407-411
31. Zhao, Q.; Le, X. C. Anal. Bioanal. Chem. 2007, 387, 45-49
32. Wood, D. K.; Weingeist, D. M.; Bhatia, S. N.; Engelward, B. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 10008-10013
33. Mercey, E.; Obeid, P.; Glaise, D.; Calvo-Munoz, M. L.; Guguen-Guillouzo, C.; Fouque, B. Biomaterials 2010, 31, 3156-3165
34. Qiao, Y.; Wang, C.; Su, M.; Ma, L. Anal. Chem. 2012, 84, 1112-1116
35. Feng, X.; Du, W.; Luo, Q.; Liu, B. F. Anal. Chim. Acta 2009, 650, 83-97
36. Bennett, M. R.; Hasty, J. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 628-638
37. Chronis, N.; Zimmer, M.; Bargmann, C. I. Nat. Methods 2007, 4, 727-731
38. Chung, K.; Crane, M. M.; Lu, H. Nat. Methods 2008, 5, 637-643
39. El-Ali, J.; Sorger, P. K.; Jensen, K. F. Nature 2006, 442, 403-411
40. Fordyce, P. M.; Gerber, D.; Tran, D.; Zheng, J.; Li, H.; DeRisi, J. L.; Quake, S. R. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 970-975
41. Gerber, D.; Maerkl, S. J.; Quake, S. R. Nat. Methods 2009, 6, 71-74
42. Lecault, V.; Vaninsberghe, M.; Sekulovic, S.; Knapp, D. J.; Wohrer, S.; Bowden, W.; Viel, F.; McLaughlin, T.; Jarandehei, A.; Miller, M.; Falconnet, D.; White, A. K.; Kent, D. G.; Copley, M. R.; Taghipour, F.; Eaves, C. J.; Humphries, R. K.; Piret, J. M.; Hansen, C. L. Nat. Methods 2011, 8, 581-586
43. Lindstrom, S.; Andersson-Svahn, H. Lab Chip 2010, 10, 3363-3372
44. Yager, P.; Edwards, T.; Fu, E.; Helton, K.; Nelson, K.; Tam, M. R.; Weigl, B. H. Nature 2006, 442, 412-418
45. Dalerba, P.; Kalisky, T.; Sahoo, D.; Rajendran, P. S.; Rothenberg, M. E.; Leyrat, A. A.; Sim, S.; Okamoto, J.; Johnston, D. M.; Qian, D.; Zabala, M.; Bueno, J.; Neff, N. F.; Wang, J.; Shelton, A. A.; Visser, B.; Hisamori, S.; Shimono, Y.; van de Wetering, M.; Clevers, H.; Clarke, M. F.; Quake, S. R. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 1120-1127
46. Spiller, D. G.; Wood, C. D.; Rand, D. A.; White, M. R. Nature 2010, 465, 736-745
47. Salehi-Reyhani, A.; Kaplinsky, J.; Burgin, E.; Novakova, M.; deMello, A. J.; Templer, R. H.; Parker, P.; Neil, M. A.; Ces, O.; French, P.; Willison, K. R.; Klug, D. Lab Chip 2011, 11, 1256-1261
48. Kumaresan, P.; Yang, C. J.; Cronier, S. A.; Blazej, R. G.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2008, 80, 3522-3529
49. Novak, R.; Zeng, Y.; Shuga, J.; Venugopalan, G.; Fletcher, D. A.; Smith, M. T.; Mathies, R. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 390-395
50. Toriello, N. M.; Douglas, E. S.; Thaitrong, N.; Hsiao, S. C.; Francis, M. B.; Bertozzi, C. R.; Mathies, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 20173-20178
51. Blazej, R. G.; Kumaresan, P.; Cronier, S. A.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2007, 79, 4499-4506
52. Blazej, R. G.; Kumaresan, P.; Mathies, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 7240-7245
53. Liu, C. N.; Toriello, N. M.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2006, 78, 5474-5479
54. Liu, P.; Li, X.; Greenspoon, S. A.; Scherer, J. R.; Mathies, R. A. Lab Chip 2011, 11, 1041-1048
55. Liu, P.; Mathies, R. A. Trends Biotechnol. 2009, 27, 572-581
56. Liu, P.; Seo, T. S.; Beyor, N.; Shin, K. J.; Scherer, J. R.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2007, 79, 1881-1889
57. Toriello, N. M.; Liu, C. N.; Blazej, R. G.; Thaitrong, N.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2007, 79, 8549-8556
58. Yeung, S. H.; Liu, P.; Del Bueno, N.; Greenspoon, S. A.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2009, 81, 210-217
59. Di Carlo, D.; Lee, L. P. Anal. Chem. 2006, 78, 7918-7925
60. Gray, D. S.; Tan, J. L.; Voldman, J.; Chen, C. S. Biosens. Bioelectron. 2004, 19, 1765-1774
61. Werdich, A. A.; Lima, E. A.; Ivanov, B.; Ges, I.; Anderson, M. E.; Wikswo, J. P.; Baudenbacher, F. J. Lab Chip 2004, 4, 357-362
62. Zainol, M.; Stoute, J.; Almeida, G. M.; Rapp, A.; Bowman, K. J.; Jones, G. D. Nucleic Acids Res. 2009, 37, e150
63. Olive, P. L. Methods Mol. Biol. 2002, 203, 179-194
64. Olive, P. L.; Johnston, P. J.; Banath, J. P.; Durand, R. E. Nat. Med. 1998, 4, 103-105
65. Doostdar, H.; Demoz, A.; Burke, M. D.; Melvin, W. T.; Grant, M. H. Xenobiotica 1990, 20, 435-441
66. Trumpp, A.; Wiestler, O. D. Nat. Clin. Pract. Oncol. 2008, 5, 337-347
67. Chang, H. H.; Hemberg, M.; Barahona, M.; Ingber, D. E.; Huang, S. Nature 2008, 453, 544-547
68. Sharma, S. V.; Lee, D. Y.; Li, B.; Quinlan, M. P.; Takahashi, F.; Maheswaran, S.; McDermott, U.; Azizian, N.; Zou, L.; Fischbach, M. A.; Wong, K. K.; Brandstetter, K.; Wittner, B.; Ramaswamy, S.; Classon, M.; Settleman, J. Cell 2010, 141, 69-80