Inline injection microdevice for attomole-scale sanger DNA sequencing

Analytical Chemistry

Volumn 79, Issue 12, 2007, Pages 4499-4506

  Blazej, Robert G ^a   Kumaresan, Palani ^b   Cronier, Samantha A ^a   Mathies, Richard A ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CAPILLARY ELECTROPHORESIS; GENES; INTERFACES (MATERIALS); NUCLEOTIDES; PURIFICATION; SALTS;

INLINE INJECTION MICRODEVICES; POLYMER NETWORKS; SAMPLE PLUG FORMATION; SANGER SEQUENCING;

DNA SEQUENCES;

NUCLEOTIDE; POLYMER; PRIMER DNA;

ACCURACY; AMPLICON; ARTICLE; BASE PAIRING; DEVICE; DNA HYBRIDIZATION; DNA PURIFICATION; DNA SEQUENCE; ELECTRIC POTENTIAL; ELECTROPHORESIS; EVALUATION; GEL ELECTROPHORESIS; GENETIC ANALYSIS; INLINE INJECTION MICRODEVICE; MITOCHONDRION; NONHUMAN; SANGER DNA SEQUENCING; SEQUENCE ANALYSIS; THERMOPLASMA ACIDOPHILUM;

BIOSENSING TECHNIQUES; DNA, MITOCHONDRIAL; ELECTROPHORESIS, MICROCHIP; GENE AMPLIFICATION; HUMANS; MICROSCOPY, FLUORESCENCE; NANOTECHNOLOGY; POLYMERASE CHAIN REACTION; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SEQUENCE ANALYSIS, DNA; TEMPERATURE;

EID: 34347229765     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac070126f     Document Type: Article

References (46)

1. Harrison, D. J.; Fluri, K.; Seiler, K.; Fan, Z. H.; Effenhauser, C. S.; Manz, A. Science 1993, 261, 895-897.
2. Manz, A.; Harrison, D. J.; Verpoorte, E. M. J.; Fettinger, J. C.; Paulus, A.; Ludi, H.; Widmer, H. M. J. Chromatogr. 1992, 593, 253-258.
3. Aborn, J. H.; El-Difrawy, S. A.; Novotny, M.; Gismondi, E. A.; Lam, R.; Matsudaira, P.; McKenna, B. K.; O'Neil, T.; Streechon, P.; Ehrlich, D. J. Lab Chip 2005, 5, 669-674.
4. Blazej, R. G.; Kumaresan, P.; Mathies, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 7240-7245.
5. Ueberfeld, J.; El-Difrawy, S. A.; Ramdhanie, K.; Ehrlich, D. J. Anal. Chem. 2006, 78, 3632-3637.
6. Burns, M. A.; Johnson, B. N.; Brahmasandra, S. N.; Handique, K.; Webster, J. R.; Krishnan, M.; Sammarco, T. S.; Man, P. M.; Jones, D.; Heldsinger, D.; Mastrangelo, C. H.; Burke, D. T. Science 1998, 282, 484-487.
7. Khandurina, J.; McKnight, T. E.; Jacobson, S. C.; Waters, L. C.; Foote, R. S.; Ramsey, J. M. Anal. Chem. 2000, 72, 2995-3000.
8. Lagally, E. T.; Scherer, J. R.; Blazej, R. G.; Toriello, N. M.; Diep, B. A.; Ramchandani, M.; Sensabaugh, G. F.; Riley, L. W.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2004, 76, 3162-3170.
9. Ruiz-Martinez, M. C.; Salas-Solano, O.; Carrilho, E.; Kotler, L.; Karger, B. L. Anal. Chem. 1998, 70, 1516-1527.
10. Salas-Solano, O.; Ruiz-Martinez, M. C.; Carrilho, E.; Kotler, L.; Karger, B. L. Anal. Chem. 1998, 70, 1528-1535.
11. Woolley, A. T.; Hadley, D.; Landre, P.; deMello, A. J.; Mathies, R. A.; Northrup, M. A. Anal. Chem. 1996, 68, 4081-4086.
12. Park, S. R.; Swerdlow, H. Anal. Chem. 2003, 75, 4467-4474.
13. Xiong, Y.; Park, S. R.; Swerdlow, H. Anal. Chem. 1998, 70, 3605-3611.
14. Hashimoto, M.; He, Y.; Yeung, E. S. Nucleic Acids Res. 2003, 31.
15. Xue, G.; Pang, H. M.; Yeung, E. S. J. Chromatogr., A 2001, 914, 245-256.
16. Wang, H.; Chen, J. F.; Zhu, L.; Shadpour, H.; Hupert, M. L.; Soper, S. A. Anal. Chem. 2006, 78, 6223-6231.
17. Xu, Y. C.; Vaidya, B.; Patel, A. B.; Ford, S. M.; McCarley, R. L.; Soper, S. A. Anal. Chem. 2003, 75, 2975-2984.
18. Rehman, F. N.; Audeh, M.; Abrams, E. S.; Hammond, P. W.; Kenney, M.; Boles, T. C. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 649-655.
19. Muscate, A.; Natt, F.; Paulus, A.; Ehrat, M. Anal. Chem. 1998, 70, 1419-1424.
20. Olsen, K. G.; Ross, D. J.; Tarlov, M. J. Anal. Chem. 2002, 74, 1436-1441.
21. Paegel, B. M.; Yeung, S. H. I.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2002, 74, 5092-5098.
22. Simpson, P. C.; Roach, D.; Woolley, A. T.; Thorsen, T.; Johnston, R.; Sensabaugh, G. F.; Mathies, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 2256-2261.
23. Hjerten, S. J. Chromatogr. 1985, 347, 191-198.
24. Paegel, B. M.; Hutt, L. D.; Simpson, P. C.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2000, 72, 3030-3037.
25. Ju, J. Y.; Ruan, C. C.; Fuller, C. W.; Glazer, A. N.; Mathies, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 4347-4351.
26. Scherer, J. R.; Paegel, B. M.; Wedemayer, G. J.; Emrich, C. A.; Lo, J.; Medintz, I. L.; Mathies, R. A. Biotechniques 2001, 31, 1150-1156.
27. Shi, Y. N.; Simpson, P. C.; Scherer, J. R.; Wexler, D.; Skibola, C.; Smith, M. T.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1999, 71, 5354-5361.
28. Blazej, R. G.; Paegel, B. M.; Mamies, R. A. Genome Res. 2003, 13, 287-293.
29. Paegel, B. M.; Emrich, C. A.; Weyemayer, G. J.; Scherer, J. R.; Mathies, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 574-579.
30. Owczarzy, R.; Vallone, P. M.; Gallo, F. J.; Paner, T. M.; Lane, M. J.; Benight, A. S. Biopolymers 1997, 44, 217-239.
31. Larsson, N. G.; Clayton, D. A. Annu. Rev. Genet. 1995, 29, 151-178.
32. Pakendorf, B.; Stoneking, M. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2005, 6, 165-183.
33. Salas-Solano, O.; Schmalzing, D.; Koutny, L.; Buonocore, S.; Adourian, A.; Matsudaira, P.; Ehrlich, D. Anal. Chem. 2000, 72, 3129-3137.
34. Zhou, H. H.; Miller, A. W.; Sosic, Z.; Buchholz, B.; Barron, A. E.; Kotler, L.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2000, 72, 1045-1052.
35. Luckey, J. A.; Norris, T. B.; Smith, L. M. J. Phys. Chem. 1993, 97, 3067-3075.
36. Harke, H. R.; Bay, S.; Zhang, J. Z.; Rocheleau, M. J.; Dovichi, N. J. J. Chromatogr. 1992, 608, 143-150.
37. Voss, K. O.; Roos, H. P.; Dovichi, N. J. Anal. Chem. 2001, 73, 1345-1349.
38. Finn, P. J.; Bull, M. G.; Xiao, H. G.; Phillips, P. D.; Nelson, J. R.; Grossmann, G.; Nampalli, S.; McArdle, B. F.; Mamone, J. A.; Flick, P. K.; Fuller, C. W.; Kumar, S. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 4769-4778.
39. Zangmeister, R. A.; Tarlov, M. J. Langmuir 2003, 19, 6901-6904.
40. Wang, T. L.; Bruin, G. J.; Kraak, J. C.; Poppe, H. Anal. Chem. 1991, 63, 2207-2208.
41. Buchholz, B. A.; Doherty, E. A. S.; Albarghouthi, M. N.; Bogdan, F. M.; Zahn, J. M.; Barron, A. E. Anal. Chem. 2001, 73, 157-164.
42. Kan, C. W.; Doherty, E. A. S.; Buchholtz, B. A.; Barron, A. E. Electrophoresis 2004, 25, 1007-1015.
43. Nielsen, P. E.; Egholm, M.; Buchardt, O. Bioconjugate Chem. 1994, 5, 3-7.
44. Wang, J.; Palecek, E.; Nielsen, P. E.; Rivas, G.; Cai, X. H.; Shiraishi, H.; Dontha, N.; Luo, D. B.; Farias, P. A. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7667-7670.
45. Dressman, D.; Yan, H.; Traverso, G.; Kinzler, K. W.; Vogelstein, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8817-8822.
46. Margulies, M.; Egholm, M.; Altman, W. E.; et al. Nature 2005, 437, 376-380.