The revolution and evolution of shotgun proteomics for large-scale proteome analysis

Journal of the American Chemical Society

Volumn 135, Issue 5, 2013, Pages 1629-1640

  Yates, John R ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISRUPTIVE INNOVATIONS; EXPONENTIAL RATES; LARGE-SCALE ANALYSIS; PERFORMANCE GAIN; PROTEIN COMPLEXES; PROTEOME ANALYSIS; SHOTGUN PROTEOMICS;

MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; MOLECULES;

PROTEINS;

AMINO ACID; PROTEOME;

AMINO ACID SEQUENCE; CHEMICAL STRUCTURE; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN MODIFICATION; PROTEOMICS; REVIEW;

ANIMALS; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MICE; MODELS, MOLECULAR; PROTEOME; PROTEOMICS; RATS;

EID: 84873387934     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja3094313     Document Type: Review

References (149)

1. Malcolm, A. D. Nature 1978, 275, 90
2. Couzin-Frankel, J. Science 2009, 234, 1504
3. Grayson, M. A. Measuring Mass, From Positive Rays to Proteins; Chemical Heritage Press: Philadelphia, PA, 2002.
4. Biemann, K.; Gapp, G.; Seibl, J. J. Am. Chem. Soc. 1959, 81, 2274
5. Biemann, K.; Lioret, C.; Asselineau, J.; Lederer, E.; Polonsky, J. Biochim. Biophys. Acta 1960, 40, 369
6. Biemann, K.; Cone, C.; Webster, B. R.; Arsenault, G. P. J. Am. Chem. Soc. 1966, 88, 5598
7. Gohlke, R. S. Anal. Chem. 1959, 31, 535
8. Nau, H.; Kelley, J. A.; Biemann, K. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 7162
9. Lucas, F.; Barber, M.; Wolstenholme, W. A.; Geddes, A. J.; Graham, G. N.; Morris, H. R. Biochem. J. 1969, 114, 695
10. Herlihy, W. C.; Royal, N. J.; Biemann, K.; Putney, S. D.; Schimmel, P. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1980, 77, 6531
11. Barber, M.; Bordoli, R. S.; Sedgwick, R. D.; Tyler, A. N. Nature 1981, 293, 270
12. Morris, H. R.; Panico, M.; Barber, M.; Bordoli, R. S.; Sedgwick, R. D.; Tyler, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1981, 101, 623
13. Morris, H. R.; Panico, M.; Taylor, G. W. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1983, 117, 299
14. Hunt, D. F.; Bone, W. M.; Shabanowitz, J.; Rhodes, J.; Ballard, J. M. Anal. Chem. 1981, 53, 1704
15. Hunt, D. F.; Yates, J. R., 3rd; Shabanowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 6233
16. Ito, Y.; Takeuchi, T.; Ishii, D.; Goto, M.; Mizuno, T. J. Chromatogr. 1986, 358, 201
17. Caprioli, R. M.; Fan, T.; Cottrell, J. S. Anal. Chem. 1986, 58, 2949
18. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64
19. Smith, R. D.; Udseth, H. R. Nature 1988, 331, 639
20. Smith, R. D.; Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Barinaga, C. J.; Udseth, H. R. Anal. Chem. 1990, 62, 882
21. Novotny, M.; Zlatkis, A. Chromatogr. Rev. 1971, 14, 1
22. Kennedy, R. T.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1989, 61, 1128
23. Hunt, D. F.; Henderson, R. A.; Shabanowitz, J.; Sakaguchi, K.; Michel, H.; Sevilir, N.; Cox, A. L.; Appella, E.; Engelhard, V. H. Science 1992, 255, 1261
24. Davis, M. T.; Stahl, D. C.; Hefta, S. A.; Lee, T. D. Anal. Chem. 1995, 67, 4549
25. Sokolow, S.; Steiner, U.; Lewis, J. R., USPTO, Ed.; System for controlling instrument using a levels data structure and concurrently running compiler task and operator task. (Finnigan Corporation: San Jose, CA); U.S. Patent 4,947,315, 1990.
26. Yates, J. R., III; Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Schieltz, D. Anal. Chem. 1995, 67, 1426
27. Davis, M. T.; Stahl, D. C.; Swiderek, K. M.; Lee, T. D. Methods (Amsterdam, Neth.) 1994, 6, 304
28. National Technical Information Service: Springfield, VA, 1990.
29. Council, N. R. Mapping and sequencing the human genome; The National Academies Press: Washington, D.C., 1988
30. Eng, J.; McCormack, A.; Yates, J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976
31. Yates, J. R., III; Eng, J. K.; McCormack, A. L. Anal. Chem. 1995, 67, 3202
32. McCormack, A. L.; Schieltz, D. M.; Goode, B.; Yang, S.; Barnes, G.; Drubin, D.; Yates, I., J. R. Anal. Chem. 1997, 69, 767
33. Hunt, D. F.; Giordani, A. B.; Rhodes, G.; Herold, D. A. Clin Chem 1982, 28, 2387
34. McCormack, A. L.; Eng, J. K.; Yates, I., J. R. Methods (Amsterdam, Neth.) 1994, 6, 274
35. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242
36. Yates, J. R., III; McCormack, A. L.; Link, A. J.; Schieltz, D. M.; Eng, J. K.; Hays, L. Analyst 1996, 121, 65R
37. Link, A. J.; Carmack, E.; Yates, I., J. R. International Journal of Mass Spectrometry and Ion Processes 1997, 160, 303
38. Yates, J. R., III J.Mass Spectrom. 1998, 33, 1
39. Schirmer, E. C.; Florens, L.; Guan, T.; Yates, J. R., III; Gerace, L. Science 2003, 301, 1380
40. Andersen, J. S.; Wilkinson, C. J.; Mayor, T.; Mortensen, P.; Nigg, E. A.; Mann, M. Nature 2003, 426, 570
41. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., 3rd Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676
42. Blonder, J.; Conrads, T. P.; Yu, L. R.; Terunuma, A.; Janini, G. M.; Issaq, H. J.; Vogel, J. C.; Veenstra, T. D. Proteomics 2004, 4, 31
43. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Yates, J. R., III Nat. Biotechnol. 2003, 21, 532
44. Blackler, A. R.; Speers, A. E.; Ladinsky, M. S.; Wu, C. C. J Proteome Res 2008, 7, 3028
45. Manza, L. L.; Stamer, S. L.; Ham, A. J.; Codreanu, S. G.; Liebler, D. C. Proteomics 2005, 5, 1742
46. Wisniewski, J. R.; Zougman, A.; Nagaraj, N.; Mann, M. Nat. Methods 2009, 6, 359
47. Motoyama, A.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2008, 80, 7187
48. Liu, H.; Lin, D.; Yates, J. R., III Biotechniques 2002, 32, 898
49. Cristobal, A.; Hennrich, M. L.; Giansanti, P.; Goerdayal, S. S.; Heck, A. J.; Mohammed, S. Analyst 2012, 137, 3541
50. Shen, Y.; Zhao, R.; Berger, S. J.; Anderson, G. A.; Rodriguez, N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2002, 74, 4235
51. Motoyama, A.; Venable, J. D.; Ruse, C. I.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2006, 78, 5109
52. MacNair, J. E.; Lewis, K. C.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1997, 69, 983
53. Altelaar, A. F.; Heck, A. J. Curr Opin Chem Biol 2012, 16, 206
54. Luo, Q.; Yue, G.; Valaskovic, G. A.; Gu, Y.; Wu, S. L.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2007, 79, 6174
55. Yue, G.; Luo, Q.; Zhang, J.; Wu, S. L.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2007, 79, 938
56. Carney, J. P.; Maser, R. S.; Olivares, H.; Davis, E. M.; Le Beau, M.; Yates, J. R., III; Hays, L.; Morgan, W. F.; Petrini, J. H. Cell 1998, 93, 477
57. Hazbun, T. R.; Malmstrom, L.; Anderson, S.; Graczyk, B. J.; Fox, B.; Riffle, M.; Sundin, B. A.; Aranda, J. D.; McDonald, W. H.; Chiu, C. H.; Snydsman, B. E.; Bradley, P.; Muller, E. G.; Fields, S.; Baker, D.; Yates, J. R., 3rd; Davis, T. N. Mol. Cell 2003, 12, 1353
58. Conaway, J. W.; Florens, L.; Sato, S.; Tomomori-Sato, C.; Parmely, T. J.; Yao, T.; Swanson, S. K.; Banks, C. A.; Washburn, M. P.; Conaway, R. C. FEBS Lett. 2005, 579, 904
59. Sato, S.; Tomomori-Sato, C.; Parmely, T. J.; Florens, L.; Zybailov, B.; Swanson, S. K.; Banks, C. A.; Jin, J.; Cai, Y.; Washburn, M. P.; Conaway, J. W.; Conaway, R. C. Mol. Cell 2004, 14, 685
60. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141
61. Gavin, A.-C.; Aloy, P.; Grandi, P.; Krause, R.; Boesche, M.; Marzioch, M.; Rau, C.; Jensen, L. J.; Bastuck, S.; Dumpelfeld, B.; Edelmann, A.; Heurtier, M.-A.; Hoffman, V.; Hoefert, C.; Klein, K.; Hudak, M.; Michon, A.-M.; Schelder, M.; Schirle, M.; Remor, M.; Rudi, T.; Hooper, S.; Bauer, A.; Bouwmeester, T.; Casari, G.; Drewes, G.; Neubauer, G.; Rick, J. M.; Kuster, B.; Bork, P.; Russell, R. B.; Superti-Furga, G. Nature 2006, 440, 631
62. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S. L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E.; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sorensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature 2002, 415, 180
63. Krogan, N. J.; Cagney, G.; Yu, H.; Zhong, G.; Guo, X.; Ignatchenko, A.; Li, J.; Pu, S.; Datta, N.; Tikuisis, A. P.; Punna, T.; Peregrin-Alvarez, J. M.; Shales, M.; Zhang, X.; Davey, M.; Robinson, M. D.; Paccanaro, A.; Bray, J. E.; Sheung, A.; Beattie, B.; Richards, D. P.; Canadien, V.; Lalev, A.; Mena, F.; Wong, P.; Starostine, A.; Canete, M. M.; Vlasblom, J.; Wu, S.; Orsi, C.; Collins, S. R.; Chandran, S.; Haw, R.; Rilstone, J. J.; Gandi, K.; Thompson, N. J.; Musso, G.; St Onge, P.; Ghanny, S.; Lam, M. H.; Butland, G.; Altaf-Ul, A. M.; Kanaya, S.; Shilatifard, A.; O'Shea, E.; Weissman, J. S.; Ingles, C. J.; Hughes, T. R.; Parkinson, J.; Gerstein, M.; Wodak, S. J.; Emili, A.; Greenblatt, J. F. Nature 2006, 440, 637
64. Malovannaya, A.; Lanz, R. B.; Jung, S. Y.; Bulynko, Y.; Le, N. T.; Chan, D. W.; Ding, C.; Shi, Y.; Yucer, N.; Krenciute, G.; Kim, B. J.; Li, C.; Chen, R.; Li, W.; Wang, Y.; O'Malley, B. W.; Qin, J. Cell 2011, 145, 787
65. Guruharsha, K. G.; Rual, J. F.; Zhai, B.; Mintseris, J.; Vaidya, P.; Vaidya, N.; Beekman, C.; Wong, C.; Rhee, D. Y.; Cenaj, O.; McKillip, E.; Shah, S.; Stapleton, M.; Wan, K. H.; Yu, C.; Parsa, B.; Carlson, J. W.; Chen, X.; Kapadia, B.; Vijayraghavan, K.; Gygi, S. P.; Celniker, S. E.; Obar, R. A.; Artavanis-Tsakonas, S. Cell 2011, 147, 690
66. Sauerwald, A.; Zhu, W.; Major, T. A.; Roy, H.; Palioura, S.; Jahn, D.; Whitman, W. B.; Yates, J. R., 3rd; Ibba, M.; Soll, D. Science 2005, 307, 1969
67. Liu, Y.; Patricelli, M. P.; Cravatt, B. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 14694
68. Kislinger, T.; Cox, B.; Kannan, A.; Chung, C.; Hu, P.; Ignatchenko, A.; Scott, M. S.; Gramolini, A. O.; Morris, Q.; Hallett, M. T.; Rossant, J.; Hughes, T. R.; Frey, B.; Emili, A. Cell 2006, 125, 173
69. Mootha, V. K.; Bunkenborg, J.; Olsen, J. V.; Hjerrild, M.; Wisniewski, J. R.; Stahl, E.; Bolouri, M. S.; Ray, H. N.; Sihag, S.; Kamal, M.; Patterson, N.; Lander, E. S.; Mann, M. Cell 2003, 115, 629
70. Carlton, J. M.; Angiuoli, S. V.; Suh, B. B.; Kooij, T. W.; Pertea, M.; Silva, J. C.; Ermolaeva, M. D.; Allen, J. E.; Selengut, J. D.; Koo, H. L.; Peterson, J. D.; Pop, M.; Kosack, D. S.; Shumway, M. F.; Bidwell, S. L.; Shallom, S. J.; van Aken, S. E.; Riedmuller, S. B.; Feldblyum, T. V.; Cho, J. K.; Quackenbush, J.; Sedegah, M.; Shoaibi, A.; Cummings, L. M.; Florens, L.; Yates, J. R.; Raine, J. D.; Sinden, R. E.; Harris, M. A.; Cunningham, D. A.; Preiser, P. R.; Bergman, L. W.; Vaidya, A. B.; van Lin, L. H.; Janse, C. J.; Waters, A. P.; Smith, H. O.; White, O. R.; Salzberg, S. L.; Venter, J. C.; Fraser, C. M.; Hoffman, S. L.; Gardner, M. J.; Carucci, D. J. Nature 2002, 419, 512
71. Florens, L.; Washburn, M. P.; Raine, J. D.; Anthony, R. M.; Grainger, M.; Haynes, J. D.; Moch, J. K.; Muster, N.; Sacci, J. B.; Tabb, D. L.; Witney, A. A.; Wolters, D.; Wu, Y.; Gardner, M. J.; Holder, A. A.; Sinden, R. E.; Yates, J. R.; Carucci, D. J. Nature 2002, 419, 520
72. Lasonder, E.; Ishihama, Y.; Andersen, J. S.; Vermunt, A. M.; Pain, A.; Sauerwein, R. W.; Eling, W. M.; Hall, N.; Waters, A. P.; Stunnenberg, H. G.; Mann, M. Nature 2002, 419, 537
73. Le Roch, K. G.; Johnson, J. R.; Florens, L.; Zhou, Y.; Santrosyan, A.; Grainger, M.; Yan, S. F.; Williamson, K. C.; Holder, A. A.; Carucci, D. J.; Yates, J. R., 3rd; Winzeler, E. A. Genome Res. 2004, 14, 2308
74. Dong, M. Q.; Venable, J. D.; Au, N.; Xu, T.; Park, S. K.; Cociorva, D.; Johnson, J. R.; Dillin, A.; Yates, J. R., 3rd Science 2007, 317, 660
75. MacCoss, M. J.; McDonald, W. H.; Saraf, A.; Sadygov, R.; Clark, J. M.; Tasto, J. J.; Gould, K. L.; Wolters, D.; Washburn, M.; Weiss, A.; Clark, J. I.; Yates, J. R., III Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 7900
76. Gatlin, C. L.; Eng, J. K.; Cross, S. T.; Detter, J. C.; Yates, I., J. R. Anal. Chem. 2000, 72, 757
77. Swaney, D. L.; Wenger, C. D.; Coon, J. J. J. Proteome Res. 2010, 9, 1323
78. Syka, J. E.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528
79. Cech, N. B.; Enke, C. G. Mass Spectrom. Rev. 2001, 20, 362
80. Anderson, L.; Hunter, C. L. Mol. Cell Proteomics 2006, 5, 573
81. Krisp, C.; McKay, M. J.; Wolters, D. A.; Molloy, M. P. Anal. Chem. 2012, 84, 1592
82. Fonslow, B. R.; Carvalho, P. C.; Academia, K.; Freeby, S.; Xu, T.; Nakorchevsky, A.; Paulus, A.; Yates, J. R., III J. Proteome Res. 2011, 10, 3690
83. Fonslow, B. R.; Stein, B. D.; Webb, K. J.; Xu, T.; Choi, J.; Park, S. K.; Yates, J. R. Nat. Methods 2012, not supplied.
84. Masselon, C.; Anderson, G. A.; Harkewicz, R.; Bruce, J. E.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 1918
85. Venable, J. D.; Dong, M. Q.; Wohlschlegel, J.; Dillin, A.; Yates, J. R. Nat. Methods 2004, 1, 39
86. Silva, J. C.; Gorenstein, M. V.; Li, G. Z.; Vissers, J. P.; Geromanos, S. J. Mol Cell Proteomics 2006, 5, 144
87. Silva, J. C.; Denny, R.; Dorschel, C.; Gorenstein, M. V.; Li, G. Z.; Richardson, K.; Wall, D.; Geromanos, S. J. Mol. Cell Proteomics 2006, 5, 589
88. Purvine, S.; Eppel, J. T.; Yi, E. C.; Goodlett, D. R. Proteomics 2003, 3, 847
89. Gerber, G. E.; Anderegg, R. J.; Herlihy, W. C.; Gray, C. P.; Biemann, K.; Khorana, H. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1979, 76, 227
90. Carr, S. A.; Hauschka, P. V.; Biemann, K. J. Biol. Chem. 1981, 256, 9944
91. Gibson, B. W.; Poulter, L.; Williams, D. H. J Nat Prod 1986, 49, 26
92. Poulter, L.; Ang, S. G.; Gibson, B. W.; Williams, D. H.; Holmes, C. F.; Caudwell, F. B.; Pitcher, J.; Cohen, P. Eur. J. Biochem. 1988, 175, 497
93. Gibson, B. W.; Cohen, P. Methods Enzymol. 1990, 193, 480
94. Michel, H.; Hunt, D. F.; Shabanowitz, J.; Bennett, J. J.. Biol. Chem. 1988, 263, 1123
95. Andersson, L.; Porath, J. Anal. Biochem. 1986, 154, 250
96. Beausoleil, S. A.; Villen, J.; Gerber, S. A.; Rush, J.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1285
97. Tsur, D.; Tanner, S.; Zandi, E.; Bafna, V.; Pevzner, P. A. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 1562
98. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301
99. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12130
100. Phanstiel, D. H.; Brumbaugh, J.; Wenger, C. D.; Tian, S.; Probasco, M. D.; Bailey, D. J.; Swaney, D. L.; Tervo, M. A.; Bolin, J. M.; Ruotti, V.; Stewart, R.; Thomson, J. A.; Coon, J. J. Nat. Methods 2011, 8, 821
101. Swaney, D. L.; Wenger, C. D.; Thomson, J. A.; Coon, J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 995
102. Huttlin, E. L.; Jedrychowski, M. P.; Elias, J. E.; Goswami, T.; Rad, R.; Beausoleil, S. A.; Villen, J.; Haas, W.; Sowa, M. E.; Gygi, S. P. Cell 2010, 143, 1174
103. Kunz, R. C.; McAllister, F. E.; Rush, J.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2012, 84, 6233
104. Kubota, K.; Anjum, R.; Yu, Y.; Kunz, R. C.; Andersen, J. N.; Kraus, M.; Keilhack, H.; Nagashima, K.; Krauss, S.; Paweletz, C.; Hendrickson, R. C.; Feldman, A. S.; Wu, C. L.; Rush, J.; Villen, J.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 933
105. Larsen, M. R.; Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Jorgensen, T. J. Mol. Cell Proteomics 2005, 4, 873
106. Sano, A.; Nakamura, H. Anal. Sci. 2004, 20, 565
107. Fonslow, B. R.; Niessen, S. M.; Singh, M.; Wong, C. C.; Xu, T.; Carvalho, P. C.; Choi, J.; Park, S. K.; Yates, J. R., 3rd J. Proteome Res. 2012, 11, 2697
108. Aston, F. W. Philos. Mag. (Series 6) 1920, 39, 449
109. Nier, A.; Gulbransen, E. A. J. Am. Chem. Soc. 1939, 61, 697
110. Langen, H.; Fountoulakis, M.; Evers, S.; Wipf, B.; Berndt, P. In 3rd Siena 2D Electrophoresis Meeting: From Genome to Proteome, Siena, Italy, August 31-September 3, 1998; University of Siena: Siena, Italy, 1998.
111. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994
112. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591
113. Paša-Tolic, L.; Jensen, P. K.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Peden, K. K.; Martinovic, S.; Tolic, N.; Bruce, J. E.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7950
114. Chait, B. T.; Cowburn, D.; Oda, Y.; USPTO, Ed.; Method for the comparative quantitative analysis of proteins and other biological material by isotopic labeling and mass spectroscopy; (Rockefeller University: New York). U.S. Patent 6,391,649, 2002.
115. Franza, J.; Robert, B.;; Rochon, Y. P. Stable isotope metabolic labeling for analysis of biopolymers. USA patent 6,653,076. 2003.
116. Gerber, S. A.; Scott, C. R.; Turecek, F.; Gelb, M. H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1102
117. Munchbach, M.; Quadroni, M.; Miotto, G.; James, P. Anal. Chem. 2000, 72, 4047
118. Conrads, T. P.; Alving, K.; Veenstra, T. D.; Belov, M. E.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Udseth, H. R.; Chrisler, W. B.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 2132
119. Zhang, X.; Jin, Q. K.; Carr, S. A.; Annan, R. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 2325
120. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schieltz, D. M.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2002, 74, 1650
121. Zhu, H.; Pan, S.; Gu, S.; Bradbury, E. M.; Chen, X. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 2115
122. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 376
123. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 1154
124. Thompson, A.; Schafer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Johnstone, R.; Mohammed, A. K.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75, 1895
125. Dephoure, N.; Gygi, S. P. Sci. Signal 2012, 5, rs2
126. Bier, D. M. Eur. J. Pediatr. 1997, 156, S2
127. Krijgsveld, J.; Ketting, R. F.; Mahmoudi, T.; Johansen, J.; Artal-Sanz, M.; Verrijzer, C. P.; Plasterk, R. H.; Heck, A. J. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 927
128. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Matthews, D. E.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2004, 76, 4951
129. McClatchy, D. B.; Dong, M. Q.; Wu, C. C.; Venable, J. D.; Yates, J. R., III J. Proteome Res 2007, 6, 2005
130. McClatchy, D. B.; Liao, L.; Park, S. K.; Venable, J. D.; Yates, J. R. Genome Res. 2007, 17, 1378
131. McClatchy, D.; Liao, L.; Park, S. K.; Lee, J. H.; Yates, J. R. J. Proteome Res 2012, not supplied.
132. Kruger, M.; Moser, M.; Ussar, S.; Thievessen, I.; Luber, C. A.; Forner, F.; Schmidt, S.; Zanivan, S.; Fassler, R.; Mann, M. Cell 2008, 134, 353
133. Savas, J. N.; Toyama, B. H.; Xu, T.; Yates, J. R., III; Hetzer, M. W. Science 2012, 335, 942
134. McClatchy, D. B.; Liao, L.; Lee, J. H.; Park, S. K.; Yates, J. R., III J. Proteome Res 2012, 11, 2467
135. McClatchy, D. B.; Liao, L.; Park, S. K.; Xu, T.; Lu, B.; Yates Iii, J. R. PLoS One 2011, 6, e16039
136. Ishihama, Y.; Sato, T.; Tabata, T.; Miyamoto, N.; Sagane, K.; Nagasu, T.; Oda, Y. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 617
137. Liao, L.; Sando, R. C.; Farnum, J. B.; Vanderklish, P. W.; Maximov, A.; Yates, J. R. J. Proteome Res 2012, 11, 1341
138. MacCoss, M. J.; Wu, C. C.; Liu, H.; Sadygov, R.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2003, 75, 6912
139. Venable, J. D.; Wohlschlegel, J.; McClatchy, D. B.; Park, S. K.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2007, 79, 3056
140. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2004, 76, 4193
141. Zybailov, B.; Coleman, M. K.; Florens, L.; Washburn, M. P. Anal. Chem. 2005, 77, 6218
142. George, A. J. T. Trends Immunol. 2002, 23, 351
143. Jenuwein, T.; Allis, C. D. Science 2001, 293, 1074
144. Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Ahlf, D. R.; Lee, J. E.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tipton, J. D.; Vellaichamy, A.; Kellie, J. F.; Li, M.; Wu, C.; Sweet, S. M.; Early, B. P.; Siuti, N.; LeDuc, R. D.; Compton, P. D.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Nature 2011, 480, 254
145. Kellie, J. F.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tran, J. C.; Tipton, J. D.; Norris, J. L.; Witkowski, C. E., II; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2012, 84, 209
146. Ahlf, D. R.; Compton, P. D.; Tran, J. C.; Early, B. P.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. J Proteome Res 2012, 11, 4308
147. Wu, C.; Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Durbin, K. R.; Li, M.; Ahlf, D. R.; Early, B. P.; Thomas, P. M.; Sweedler, J. V.; Kelleher, N. L. Nat. Methods 2012, 9, 822
148. Klockenbusch, C.; O'Hara, J. E.; Kast, J. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 404, 1057
149. Chan, J. N.; Vuckovic, D.; Sleno, L.; Olsen, J. B.; Pogoutse, O.; Havugimana, P.; Hewel, J. A.; Bajaj, N.; Wang, Y.; Musteata, M. F.; Nislow, C.; Emili, A. Mol. Cell Proteomics 2012, 11, M111 016642