Mass spectrometry and the age of the proteome

Journal of Mass Spectrometry

Volumn 33, Issue 1, 1998, Pages 1-19

  Yates III, John R ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

Matrix assisted laser desorption ionization mass spectrometry; Peptides; Proteins; Proteome; Tandem mass spectrometry

Indexed keywords

ALGORITHM; AMINO ACID SEQUENCE; DATA BASE; GEL ELECTROPHORESIS; GENE MAPPING; GENETIC ANALYSIS; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETER; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEGRADATION; REVIEW; TECHNIQUE;

AMINO ACID SEQUENCE; DNA; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDE FRAGMENTS; PEPTIDE MAPPING; PROTEINS; SEQUENCE ANALYSIS;

EID: 0031962612     PISSN: 10765174     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-9888(199801)33:1<1::AID-JMS624>3.0.CO;2-9     Document Type: Review

References (136)

1. R. D. Fleischmann, M. D. Adams, O. White, R. A. Clayton, E. F. Kirkness, A. R. Kerlavage, C. J. Bult, J.-F. Tomb, B. A. Dougherty, J. M. Merrick, K. McKenney, G. Sutton, W. FitzHugh, C. Fields, J. D. Gocayne, J. Scott, R. Shirley, L.-I. Liu, A. Glodek, J. M. Kelley, J. F. Weidman, C. A. Phillips, T. Spriggs, E. Hedblom, M. D. Cotton, T. R. Utterback, M. C. Hanna, D. T. Nguyen, D. M. Saudek, R. C. Brandon, L. D. Fine, J. L. Fritchman, J. L. Fuhrmann, N. S. M. Geoghagen, C. L. Gnehm, L. A. McDonald, K. V. Small, C. M. Fraser, H. O. Smith and J. C. Venter, Science 269, 496 (1995).
2. J. F. Tomb, O. White, A. R. Kerlavage, R. A. Clayton, G. G. Sutton, R. D. Fleischmann, K. A. Ketchum, H. P. Klenk, S. Gill, B. A. Dougherty, K. Nelson, J. Quackenbush, L. Zhou, E. F. Kirkness, S. Peterson, B. Loftus, D. Richardson, R. Dodson, H. G. Khalak, A. Glodek, K. McKenney, L. M. Fitzegerald, N. Lee, M. D. Adams, J. C. Venter, et al., Nature (London) 388, 539 (1997).
3. R. Himmelrich, H. Hilbert, H. Plagens, E. Pirkl, B. C. Li and R. Herrmann, Nucleic Acids Res. 24, 4420 (1996).
4. C. J. Bult, O. White, G. J. Olsen, L. Zhou, R. D. Fleischmann, G. G. Sutton, J. A. Blake, L. M. FitzGerald, R. A. Clayton, J. D. Gocayne, A. R. Kerlavage, B. A. Dougherty, J. F. Tomb, M. D. Adams, C. I. Reich, R. Overbeek, E. F. Kirkness, K. G. Weinstock, J. M. Merrick, A. Glodek, J. L. Scott, N. S. M. Geoghagen and J. C. Venter, Science 273, 1058 (1996).
5. C. M. Fraser, J. D. Gocayne, O. White, M. D. Adams, R. A. Clayton, R. D. Fleischmann, C. J. Bult, A. R. Kerlavage, G. Sutton, J. M. Kelley, et al., Science 270, 397 (1995).
6. F. R. Blattner, G. r. Plunkett, C. A. Bloch, N. T. Perna, V. Burland, M. Riley, J. Collado Vides, J. D. Glasner, C. K. Rode, G. F. Mayhew, J. Gregor, N. W. Davis, H. A. Kirkpatrick, M. A. Goeden, D. J. Rose, B. Mau and Y. Shao, Science 277, 1453 (1997).
7. T. Kaneko, S. Sato, H. Kotani, A. Tanaka, E. Asamizu, Y. Nakamura, N. Miyajima, M. Hirosawa, M. Sugiura, S. Sasamoto, T. Kimura, T. Hosouchi, A. Matsuno, A. Muraki, N. Nakazaki, K. Naruo, S. Okumura, S. Shimpo, C. Takeuchi, T. Wada, A. Watanabe, M. Yamada, M. Yasuda and S. Tabata, DNA Res. 3, 109 (1996).
8. K. W. Minton, Mol. Microbiol. 13, 9 (1994).
9. R. Ciulla, C. Clougherty, N. Belay, S. Krishnan, C. Zhou, D. Bryd and M. F. Roberts, J. Bacteriol. 176, 3177 (1994).
10. M. Schena, D. Shalon, R. W. Davis and P. O. Brown, Science 270, 467 (1995).
11. D. Shalon, S. J. Smith and P. O. Brown, Genome Res. 6, 639 (1996).
12. J. R. Yates, III and A. L. McCormack, Anal. Chem. 68, 534A (1996).
13. K. L. Busch, J. Mass Spectrom. 30, 233 (1995).
14. S. J. Gaskell, J. Mass Spectrom. 32, 677 (1996).
15. H. R. Morris, A. Dell and R. A. McDowell, Biomed. Mass Spectrom. 8, 463 (1981).
16. J. B. Fenn, M. Mann, C. K. Meng, S. F. Wong and C. M. Whitehouse, Science 246, 64 (1989).
17. F. Hillenkamp, M. Karas, R. C. Beavis and B. T. Chait, Anal. Chem. 63, 1193A (1991).
18. J. G. Boyle and C. M. Whitehouse, Anal. Chem. 64, 2084 (1992).
19. K. D. Henry, E. R. Williams, B. H. Wang, F. W. McLafferty, J. Shabanowitz and D. F. Hunt, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 9075 (1989).
20. S. A. McLuckey, G. J. Van Berkel, D. E. Goeringer and G. L. Glish, Anal. Chem. 66, 737A (1994).
21. K. Jonscher, G. Currie, A. L. McCormack and J. R. Yates, Rapid Commun. Mass Spectrom. 7, 20 (1993).
22. J. A. Castoro and C. L. Wilkins, Anal. Chem. 65, 2621 (1993).
23. E. D. Lee, W. Muck, J. D. Henion and T. R. Covey, J. Chromatogr. 458, 313 (1988).
24. T. R. Covey, E. C. Huang and J. D. Henion, Anal. Chem. 63, 1193 (1991).
25. M. Karas and F. Hillenkamp, Anal. Chem. 60, 2299.
26. M. Karas and F. Hillenkamp, AIP Conf. Proc., No. 288, 447 (1993).
27. D. H. Russell, M. A. White and T. Solouki, Org. Mass Spectrom. 27, 827 (1992).
28. R. C. Beavis and B. T. Chait, Anal. Chem. 62, 1836 (1990).
29. R. C. Beavis and B. T. Chait, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 6873 (1990).
30. T. D. Wood, L. H. Chen, C. B. White, P. C. Babbitt, G. L. Kenyon and F. W. McLafferty, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 12051 (1996).
31. J. R. Yates, Methods Enzymol. 271, 351 (1996).
32. F. W. McLafferty, Tandem Mass Spectrometry. Wiley-Interscience, New York (1983).
33. A. R. Dongr'e, A. Somogyi and V. H. Wysocki, J. Mass Spectrom. 31, 339 (1996).
34. J. C. Schwartz, A. P. Wade, C. G. Enke and R. G. Cooks, Anal. Chem. 62, 1809 (1990).
35. R. E. March, J. Mass Spectrom. 32, 351 (1996).
36. J. N. Louris, J. W. Amy, T. Y. Ridley and R. G. Cooks, Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 88, 2 (1989).
37. E. Hoffmann, J. Mass Spectrom. 31, 129 (1996).
38. J. N. Louris, J. S. Brodbelt Lustig, R. G. Cooks, G. L. Glish, G. J. van Berkel and S. A. McLuckey, Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 96, 117 (1990).
39. S. A. McLuckey, G. L. Glish and G. J. Van Berkel, Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 106, 213 (1991).
40. R. K. Julian, Jr and R. G. Cooks, Anal. Chem. 65, 1827 (1993).
41. S. A. McLuckey, D. E. Goeringer and G. L. Glish, Anal. Chem. 64, 1455 (1992).
42. M. Guilhaus, J. Mass Spectrom. 30, 1519 (1995).
43. R. C. Beavis and B. T. Chait, Chem. Phys. Lett. 181, 479 (1991).
44. R. S. Brown and J. J. Lennon, Anal. Chem. 67, 1998 (1995).
45. A. N. Verentchikov, W. Ens and K. G. Standing, Anal. Chem. 66, 126 (1994).
46. H. R. Morris, T. Paxton, A. Dell, J. Langhorne, M. Berg, R. S. Bordoli, J. Hoyes and R. H. Bateman, Rapid Commun. Mass Spectrom. 10, 889 (1996).
47. B. Spengler, J. Mass Spectrom. 32, 1017 (1996).
48. B. Spengler, D. Kirsch, R. Kaufmann and E. Jaeger, Rapid Commun. Mass Spectrom. 6, 105 (1992).
49. R. S. Brown and J. J. Lennon, Anal. Chem. 67, 3990 (1995).
50. Y. H. Liu, J. Bai, X. Liang, D. M. Lubman and P. J. Venta, Anal. Chem. 67, 3482 (1995).
51. T. Houthaeve, H. Gausepohl, M. Mann and K. Ashman, FEBS Lett. 376, 91 (1995).
52. R. T. Kennedy and J. W. Jorgenson, Anal. Chem. 61, 1128 (1989).
53. C. Flurer, C. Borra, S. Beale and M. Novotny, Anal. Chem. 60, 1826 (1988).
54. M. T. Davis, D. C. Stahl and T. D. Lee, J. Am. Soc Mass Spectrum. 5, 571 (1995).
55. M. T. Davis, D. C. Stahl, S. A. Hefta and T. D. Lee, Anal. Chem. 67, 4549 (1995).
56. M. T. Davis and T. D. Lee, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 8, 1059 (1997).
57. J. W. Jorgenson and K. D. Lukacs, Science 222, 266 (1983).
58. J. H. Wahl, D. R. Goodlett, H. R. Udseth and R. D. Smith, Etectrophoresis 14, 448 (1993).
59. P. Thibault, C. Paris and S. Pleasance, Rapid Commun. Mass Spectrom. 5, 484 (1991).
60. M. A. Moseley, J. W. Jorgenson, J. Shabonowitz, D. F. Hunt and K. B. Tomer, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 3, 289 (1992).
61. A. J. Tomlinson, L. M. Benson, W. D. Braddock, R. P. Oda and S. Naylor, J. High Resolut. Chromatogr. 17, 729 (1994).
62. A. J. Tomlinson, L. M. Benson and S. Naylor, J. Capillary Electrophor. 1, 127 (1994).
63. M. A. Strausbauch, B. J. Madden, P. J. Wettstein and J. P. Landers, Electrophoresis 16, 541 (1995).
64. A. J. Tomlinson, L. M. Benson, S. Jameson and S. Naylor, Electrophoresis 17, 1801 (1996).
65. S. Naylor and A. J. Tomlinson, Biomed. Chromatogr. 10, 325 (1996).
66. D. Figeys, A. Ducret, J. R. Yates and R. Aebersold, Nature Biotechnol. 14, 1579 (1996).
67. D. C. Gale and R. D. Smith, Rapid Commun. Mass Spectrom. 7, 1017 (1993).
68. M. R. Emmett and R. M. Caprioli, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 5, 605 (1994).
69. M. Wilm, A. Shevchenko, T. Houthaeve, S. Breit, L. Schweigerer, T. Fotsis and M. Mann, Nature (London) 379, 466 (1996).
70. M. S. Wilm and M. Mann, Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 136, 2 (1994).
71. M. Wilm, G. Neubauer and M. Mann, Anal. Chem. 68, 527 (1996).
72. H. R. Morris, M. Panico and G. W. Taylor, Biochem. Biophys. Res. Commun. 117, 299 (1983).
73. B. W. Gibson and K. Biemann, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81, 1956 (1984).
74. C. Eckerskorn, K. Strupat, M. Karas, F. Hillenkamp and F. Lottspeich, Electrophoresis 13, 664 (1992).
75. M. M. Vestling and C. Fenselau, Biochem. Soc. Trans. 22, 547 (1994).
76. R. R. Ogorzalek Loo, C. Mitchell, T. I. Stevenson, S. A. Martin, W. M. Hines, P. Juhasz, D. H. Patterson, J. M. Peltier, J. A. Loo and P. C. Andrews, Electrophoresis 18, 382 (1997).
77. C. Eckerskorn, K. Strupat, D. Schleuder, D. Hochstrasser, J. C. Sanchez, F. Lottspeich and F. Hillenkamp, Anal. Chem. 69, 2888 (1997).
78. D. Fabris, M. M. Vestling, M. M. Cordero, V. M. Doroshenko, R. J. Cotter and C. Fenselau, Rapid Commun. Mass Spectrom. 9, 1051 (1995).
79. C. V. Bradley, D. H. Williams and M. R. Hanley, Biochem. Biophys. Res. Commun. 104, 1223 (1982).
80. D. H. Patterson, G. E. Tarr, F. E. Regnier and S. A. Martin, Anal. Chem. 67, 3971 (1995).
81. A. S. Woods, A. Y. Huang, R. J. Cotter, G. R. Pasternack, D. M. Pardoll and E. M. Jaffee, Anal. Biochem. 226, 15 (1995).
82. B. T. Chait, R. Wang, R. C. Beavis and S. B. Kent, Science 262, 89 (1993).
83. M. Bartlet Jones, W. A. Jeffery, H. F. Hansen and D. J. Pappin, Rapid Commun. Mass Spectrom, 8, 737 (1994).
84. W. J. Henzel, T. M. Billeci, J. T. Stults, S. C. Wong, C. Grimley and C. Watanabe, Protein Sci. 2, Suppl. 1, 90 (1993).
85. D. J. C. Pappin, A. J. Bleasby, C. W. Sutton and J. S. Cottrell, Protein Sci. 2, Suppl. 1, 90 (1993).
86. J. R. Yates, S. Speicher, P. R. Griffin and T. Hunkapiller, Anal. Biochem. 214, 397 (1993).
87. P. James, M. Quadroni, E. Carafoli and G. Gonnet, Biochem. Biophys. Res. Commun. 195, 58 (1993).
88. M. Mann, P. Hojrup and P. Roepstorff, Biol. Mass Spectrom. 22, 338 (1993).
89. P. James, M. Quadroni, E. Carafoli and G. Gonnet, Protein Sci. 3, 1347 (1994).
90. K. R. Clauser, S. C. Hall, D. M. Smith, J. W. Webb, L. E. Andrews, H. M. Tran, L. B. Epstein and A. L. Burlingame, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 5072 (1995).
91. S. D. Patterson, D. Thomas and R. A. Bradshaw, Electrophoresis 17, 877 (1996).
92. E. J. Takach, W. M. Hines, D. H. Patterson, P. Juhasz, A. M. Falick, M. L. Vestal and S. A. Martin, J. Protein Chem. 16, 363 (1997).
93. O. N. Jensen, A. Podtelejnikov and M. Mann, Rapid Commun. Mass Spectrom. 10, 1371 (1996).
94. S. J. Cordwell, V. C. Wasinger, A. Cerpa Poljak, M. W. Duncan and I. Humphery Smith, J. Mass Spectrom. 32, 370 (1997).
95. S. J. Cordwell and I. Humphrey-Smith, Electrophoresis 18, 1410 (1997).
96. D. F. Hunt, A. M. Buko, J. M. Ballard, J. Shabanowitz and A. B. Giordani, Biomed. Mass Spectrom. 8, 397 (1981).
97. D. F. Hunt, J. R. Yates, III, J. Shabanowitz, S. Winston and C. R. Hauer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83, 6233 (1986).
98. K. Biemann, Methods Enzymol 193, 455 (1990).
99. P. Roepstorff and J. Fohlmann, Biomed. Mass Spectrom. 11, 601 (1984).
100. A. L. McCormack, A. Somogyi, A. R. Dongr'e and V. H. Wysocki, Anal. Chem. 65, 2859 (1993).
101. J. R. Yates and J. K. Eng, US Pat. 5 538 897 (1996).
102. J. K. Eng, A. L. McCormack and J. R. Yates, III, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 5, 976 (1994).
103. J. R. Yates, J. K. Eng, A. L. McCormack and D. Schieltz, Anal. Chem. 67, 1426 (1995).
104. J. R. Yates, III, J. K. Eng, A. L. McCormack and D. Schieltz, Anal. Chem. 67, 1426 (1995).
105. J. R. Yates, III, J. K. Eng and A. L. McCormack, Anal. Chem. 67, 3202 (1995).
106. M. Mann and M. Wilm, Anal. Chem. 66, 4390 (1994).
107. P. R. Griffin, M. J. MacCoss, J. K. Eng, R. A. Blevins, J. S. Aaronson and J. R. Yates, Rapid Commun. Mass Spectrom. 9, 1546 (1995).
108. K. R. Jonscher and J. R. Yates, Anal. Biochem. 244, 1 (1997).
109. J. R. Yates, J. K. Eng, C. Klausner and A. L. Burlingame, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 7, 1089 (1996).
110. K. Gevaert, J. L. Verschelde, M. Puype, J. Van Damme, M. Goethals, S. De Boeck and J. Vandekerckhove, Electrophoresis 17, 918 (1996).
111. K. Gevaert, H. De Mol, J. L. Verschelde, J. Van Damme, S. De Boeck and J. Vandekerckhove, J. Protein Chem. 16, 335 (1997).
112. J. E. Fitton, D. F. Hunt, J. Marasco, J. Shabanowitz, S. Winston and A. Dell, FEBS Lett. 169, 25 (1984).
113. D. F. Hunt, J. R. Yates, J. Shabanowitz, N. Z. Zhu, T. Zirino, B. A. Averill, S. T. Daurat Larroque, J. G. Shewale, R. M. Roberts and K. Brew, Biochem. Biophys. Res. Commun. 114, 1154 (1987).
114. D. F. Hunt, J. R. Yates, J. Shabanowitz, S. Winston and C. R. Hauer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83, 6233 (1986).
115. A. L. Cox, J. Skipper, Y. Chen, R. A. Henderson, T. L. Darrow, J. Shabanowitz, V. H. Engelhard, D. F. Hunt and C. L. Slingluff, Jr, Science 264, 716 (1994).
116. D. F. Hunt, R. A. Henderson, J. Shabanowitz, K. Sakaguchi, H. Michel, N. Sevilir, A. L. Cox, E. Appella and V. H. Engelhard, Science 225, 1261 (1992).
117. D. F. Hunt, H. Michel, T. A. Dickinson, J. Shabanowitz, A. L. Cox, K. Sakaguchi, E. Appella, H. M. Grey and A. Sette, Science 256, 1817 (1992).
118. M. Witty, A. D. Wallace Cook, H. Albrecht A. J. Spano, H. Michel, J. Shabanowitz, D. F. Hunt, M. P. Timko and A. G. Smith, Plant Physiol. 103, 139 (1993).
119. Y. Y. Wo, A. L. McCormack, J. Shabanowitz, D. F. Hunt, J. P. Davis, G. L. Mitchell and R. L. Van Etten, J. Biol. Chem. 267, 10856 (1992).
120. J. Lingner, T. R. Hughes, A. Shevchenko, M. Mann, V. Lundblad and T. R. Cech, Science 276, 561 (1997).
121. J. Vandekerckhove, G. Bauw, M. Puype, J. Van Damme and M. Van Montagu, Eur. J. Biochem. 152, 9 (1985).
122. R. H. Aebersold, D. B. Teplow, L. E. Hood and S. B. Kent, J. Biol. Chem. 261, 4229 (1986).
123. R. H. Aebersold, J. Leavitt, R. A. Saavedra, L. E. Hood and S. B. Kent Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 6970 (1987).
124. U. Hellman, C. Wernstedt, J. G'Onez and C. H. Heldin, Anal. Biochem. 224, 451 (1995).
125. A. Shevchenko, M. Wilm, O. Vorm and M. Mann, Anal. Chem. 68, 850 (1996).
126. C. W. Sutton, K. S. Pemberton, J. S. Cottrell, J. M. Corbett, C. H. Wheeler, M. J. Dunn and D. J. Pappin, Electrophoresis 16, 308 (1995).
127. A. Shevchenko, O. N. Jensen, A. V. Podtelejnikov, F. Sagliocco, M. Wilm, O. Vorm, P. Mortensen, A. Shevchenko, H. Boucherie and M. Mann, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 14440 (1996).
128. A. J. Link, L. G. Hays, E. B. Carmack and J. R. Yates, Electrophoresis 18, 1314 (1997).
129. A. L. McCormack, D. M. Schieltz, B. Goode, S. Yang, G. Barnes, D. Drubin and J. R. Yates, Anal. Chem. 69, 767 (1997).
130. D. C. Stahl, K. M. Swiderek, M. T. Davis and T. D. Lee, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 7, 532 (1996).
131. J. P. Larmann, Jr, A. V. Lemmo, A. W. Moore, Jr and J. W. Jorgenson, Electrophoresis 14, 439 (1993).
132. A. J. Link, E. Carmack and J. R. Yates, Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 160, 303 (1997).
133. A. L. McCormack, J. K. Eng, P. C. DeRoos, A. Y. Rudensky and J. R. Yates, in Biochemical and Biotechnological Applications of Electrospray Ionization in Mass Spectrometry, edited by A. P. Synder, p. 207. American Chemical Society, Washington, DC (1995).
134. E. M. Phizicky and S. Fields, Microbiol. Rev. 59, 94 (1995).
135. G. Barnes, K. A. Louie and D. Botstein, Mol. Biol. Cell 3, 29 (1992).
136. G. L. Miklos and G. M. Rubin, Cell 86, 521 (1996).