Automated identification of amino acid sequence variations in proteins by HPLC/microspray tandem mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 72, Issue 4, 2000, Pages 757-763

  Gatlin, Christine L ^a,c   Eng, Jimmy K ^a   Cross, Stacy T ^b   Detter, James C ^b   Yates III, John R ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

^b UNIVERSITY OF WASHINGTON SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^c Large Scale Biology Corporation   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID; HEMOGLOBIN;

AMINO ACID SEQUENCE; AMINO ACID SUBSTITUTION; ARTICLE; AUTOANALYSIS; BLOOD SAMPLING; COMPUTER PROGRAM; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN ANALYSIS; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM;

AMINO ACID SEQUENCE; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; HEMOGLOBINS; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; POLYMORPHISM, GENETIC; SEQUENCE ANALYSIS, PROTEIN; SEQUENCE HOMOLOGY, AMINO ACID; VARIATION (GENETICS);

EID: 0034652301     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac991025n     Document Type: Article

References (35)

1. Wang, D. G.; Fan, J. B.; Siao, C. J.; Berno, A.; Young, P.; Sapolsky, R.; Ghandour, G.; Perkins, N.; Winchester, E.; Spencer, J.; Kruglyak, L.; Stein, L.; Hsie, L.; Topaloglou, T.; Hubbell, E.; Robinson, E.; Mittmann, M.; Morris, M. S.; Shen, N.; Kilburn, D.; Rioux, J.; Nusbaum, C.; Rozen, S.; Hudson, T. J.; Lipshutz, R.; Chee, M.; Lander, E. S. Science (Washington, D.C.) 1998, 280, 1077-82.
2. Rieder, M. J.; Taylor, S. L.; Clark, A. G.; Nickerson, D. A. Nat. Genet. 1999, 22, 59-62.
3. Saiki, R. K.; Bugawan, T. L.; Horn, G. T.; Mullis, K. B.; Erlich, H. A. Nature (London) 1986, 324, 163-6.
4. Myers, R. M.; Larin, Z.; Maniatis, T. Science (Washington, D.C.) 1985, 230, 1242-6.
5. Youil, R.; Kemper, B. W.; Cotton, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 87-91.
6. Sheffield, V. C.; Cox, D. R.; Lerman, L. S.; Myers, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 232-6.
7. Orita, M.; Suzuki, Y.; Sekiya, T.; Hayashi, K. Genomics 1989, 5, 874-9.
8. Gibbs, R. A.; Nguyen, P. N.; McBride, L. J.; Koepf, S. M.; Caskey, C. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 1919-23.
9. Leren, T. P.; Solberg, K.; Rodningen, O. K.; Rosby, O.; Tonstad, S.; Ose, L.; Berg, K. Hum. Genet. 1993, 92, 6-10.
10. Rieder, M. J.; Taylor, S. L.; Tobe, V. O.; Nickerson, D. A. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 967-73.
11. Chee, M.; Yang, R.; Hubbell, E.; Berno, A.; Huang, X. C.; Stern, D.; Winkler, J.; Lockhart, D. J.; Morris, M. S.; Fodor, S. P. Science (Washington, D.C.) 1996, 274, 610-14.
12. Hacia, J. G.; Brody, L. C.; Chee, M. S.; Kodor, S. P.; Collins, F. S. Nat. Genet. 1996, 14, 441-7.
13. Murray, K. K. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 1203-15.
14. Koster, H.; Tang, K.; Fu, D. J.; Braun, A.; van den Boom, D.; Smith, C. L.; Cotter, R. J.; Cantor, C. R. Nature Biotechnol. 1998, 1, 1.
15. Fu, D. J.; Tang, K.; Braun, A.; Reuter, D.; Darnhofer-Demar, B.; Little, D. P.; O'Donnell, M. J.; Cantor, C. R.; Koster, H. Nature Biotechnol. 1998, 16, 381-4.
16. Little, D. P.; Braun, A.; O'Donnell, M. J.; Koster, H. Nat. Med. (N.Y.) 1997, 3, 1413-6.
17. Haff, L. A.; Smirnov, I. P. Genome Res. 1997, 7, 378-88.
18. Kleyn, P. W.; Vesell, E. S. Science (Washington, D.C.) 1998, 281, 1820-1.
19. Anderson, L.; Seilhamer, J. Electrophoresis 1997, 18, 533-7.
20. Gygi, S. P.; Rochon, Y.; Franza, B. R.; Aebersold, R Mol. Cell Biol. 1999, 19, 1720-30.
21. Emmert-Buck, M. R.; Bonner, R. F.; Smith, P. D.; Chuaqui, R. F.; Zhuang, Z.; Goldstein, S. R.; Weiss, R A.; Liotta, L. A. Science (Washington, D.C.) 1996, 274, 998-1001.
22. Van Gelder, R. N.; von Zastrow, M. E.; Yool, A.; Dement, W. C.; Barchas, J. D.; Eberwine, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 1663-7.
23. Vatsis, K. P.; Martell, K. J.; Weber, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 85, 6333-7.
24. Gatlin, C. L.; Kleemann, G. R.; Hays, L. G.; Link, A. J.; Yates, J. R., III Anal. Biochem. 1998, 263, 93-101.
25. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., II J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
26. Mann, M.; Wilm, M. Anal. Chem. 1994, 66, 4390-9.
27. Yates, J. R., III; Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Schieltz, D. Anal. Chem. 1995, 67, 1426-1436.
28. Basset, P.; Beuzard, Y.; Garel, M. C.; Rosa, J. Blood 1978, 51, 971-82.
29. Schneider, R. G.; Barwick, R. C. Hemoglobin 1982, 6, 199-208.
30. Witkowska, H. E.; Bitsch, F.; Shackleton, C. H. Hemoglobin 1993, 17, 227-42.
31. Center, I. H. I. Hemoglobin 1997, 21, 507-602.
32. Shackleton, C. H.; Witkowska, H. E. Anal. Chem. 1996, 68, 29A-33A.
33. Houston, C. T.; Reilly, J. P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 1435-9.
34. Deon, C.; Prome, J. C.; Prome, D.; Francina, A.; Groff, P.; Kalmes, G.; Galacteros, F.; Wajcman, H. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 880-7.
35. Lippincott, J.; Hess, E.; Apostol, I. Anal. Biochem. 1997, 252, 314-25.