Conformer-specific hydrogen exchange analysis of Aβ(1-42) oligomers by top-down electron capture dissociation mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 13, 2011, Pages 5386-5393

  Pan, Jingxi ^a   Han, Jun ^b   Borchers, Christoph H ^b   Konermann, Lars ^a  

^a UNIVERSITY OF WESTERN ONTARIO   (Canada)

^b UNIVERSITY OF VICTORIA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE HYDROGENS; AMYLOID FIBRIL; DEUTERATION PATTERNS; ELECTRON CAPTURE DISSOCIATION; EXPERIMENTAL STRATEGY; FRAGMENT IONS; GASPHASE; HYDROGEN EXCHANGE; INDIVIDUAL PROTEINS; MASS SHIFT; SECONDARY STRUCTURES; SPATIAL RESOLUTION; SPATIALLY RESOLVED; SPECTROSCOPIC TECHNIQUE; STRUCTURAL INFORMATION; STRUCTURAL STUDIES; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TOPDOWN;

AMIDES; DEUTERIUM; DISSOCIATION; HYDROGEN; HYDROGEN BONDS; MASS SPECTROMETRY; MONOMERS; POPULATION STATISTICS;

OLIGOMERS;

AMYLOID BETA PROTEIN; AMYLOID BETA PROTEIN (1 42); AMYLOID BETA-PROTEIN (1-42); HYDROGEN; PEPTIDE FRAGMENT;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; GEL CHROMATOGRAPHY; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; PROTEIN CONFORMATION;

AMINO ACID SEQUENCE; AMYLOID BETA-PEPTIDES; CHROMATOGRAPHY, GEL; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; HYDROGEN; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTEIN CONFORMATION;

EID: 79960003359     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac200906v     Document Type: Article

References (71)

1. Englander, S. W.; Mayne, L.; Krishna, M. M. G. Q. Rev. Biophys. 2008, 40, 287-326
2. Dobson, C. M. Nature 2003, 426, 884-890
3. Baldwin, A. J.; Kay, L. E. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 808-814
4. Grandori, R. Protein Sci. 2002, 11, 453-458
5. Kaltashov, I. A.; Eyles, S. J. Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 37-71
6. Wang, W.; Kitova, E. N.; Klassen, J. S. Anal. Chem. 2003, 75, 4945-4955
7. Daniel, J. M.; Friess, S. D.; Rajagopalan, S.; Wendt, S.; Zenobi, R. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 216, 1-27
8. Heck, A. J. R. Nat. Methods 2008, 5, 927-933
9. Wang, G.; Abzalimov, R. R.; Kaltashov, I. A. Anal. Chem. 2011, 83, 2870-2876
10. Smith, A. M.; Jahn, T. R.; Ashcroft, A. E.; Radford, S. E. J. Mol. Biol. 2006, 364, 9-19
11. Bernstein, S. L.; Dupuis, N. F.; Lazo, N. D.; Wyttenbach, T.; Condron, M. M.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Shea, J.-E.; Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V.; Bowers, M. T. Nat. Chem. 2009, 1, 326-331
12. Ashcroft, A. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1087-1096
13. Koeniger, S. L.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 322-331
14. Chetty, P. S.; Mayne, L.; Lund-Katz, S.; Stranz, D. D.; Englander, S. W.; Phillips, M. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 19005-19010
15. Wales, T. E.; Engen, J. R. Mass Spectrom. Rev. 2006, 25, 158-170
16. Chalmers, M. J.; Busby, S. A.; Pascal, B. D.; He, Y.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G.; Griffin, P. R. Anal. Chem. 2006, 78, 1005-1014
17. Del Mar, C.; Greenbaum, E. A.; Mayne, L.; Englander, S. W.; Woods, V. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 15477-15482
18. Miranker, A.; Robinson, C. V.; Radford, S. E.; Aplin, R.; Dobson, C. M. Science 1993, 262, 896-900
19. Heidary, D. K.; Gross, L. A.; Roy, M.; Jennings, P. A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 725-731
20. Tsui, V.; Garcia, C.; Cavagnero, S.; Siuzdak, G.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Protein Sci. 1999, 8, 45-49
21. Xiao, H.; Hoerner, J. K.; Eyles, S. J.; Dobo, A.; Voigtman, E.; Melcuk, A. I.; Kaltashov, I. A. Protein Sci. 2005, 14, 543-557
22. Hoerner, J. K.; Xiao, H.; Kaltashov, I. A. Biochemistry 2005, 44, 11286-11294
23. Kaltashov, I. A.; Bobst, C. E.; Abzalimov, R. R. Anal. Chem. 2009, 81, 7892-7899
24. Siuti, N.; Kelleher, N. L. Nat. Methods 2007, 4, 817-821
25. Han, X.; Jin, M.; Breuker, K.; McLafferty, F. W. Science 2006, 314, 109-112
26. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
27. Liu, J.; Huang, T.-Y.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2009, 81, 1433-1441
28. Coon, J. J. Anal. Chem. 2009, 81, 3208-3215
29. Rand, K. D.; Zehl, M.; Jensen, O. N.; Jørgensen, T. J. Anal. Chem. 2010, 82, 9755-9762
30. Rand, K. D.; Zehl, M.; Jensen, O. N.; Jørgensen, T. J. D. Anal. Chem. 2009, 81, 5577-5584
31. Hoerner, J. K.; Xiao, H.; Dobo, A.; Kaltashov, I. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7709-7717
32. Demmers, J. A. A.; Rijkers, D. T. S.; Haverkamp, J.; Killian, J. A.; Heck, A. J. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11191-11198
33. Jørgensen, T. J. D.; Gårdsvoll, H.; Ploug, M.; Roepstorff, P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2785-2793
34. Zubarev, R. A.; Zubarev, A. R.; Savitski, M. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 753-761
35. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
36. Sohn, C. H.; Chung, C. K.; Yin, S.; Ramachandran, P.; Loo, J. A.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 5444-5459
37. Syrstad, E. A.; Turecek, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 208-224
38. Zehl, M.; Rand, K. D.; Jensen, O. N.; Jørgensen, T. J. D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17453-17459
39. Rand, K. D.; Adams, C. M.; Zubarev, R. A.; Jørgensen, T. J. D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 1341-1349
40. Pan, J.; Han, J.; Borchers, C. H.; Konermann, L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12801-12808
41. Pan, J.; Han, J.; Borchers, C. H.; Konermann, L. Anal. Chem. 2010, 82, 8591-8597
42. Abzalimov, R. R.; Kaplan, D. A.; Easterling, M. L.; Kaltashov, I. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1514-1517
43. Sterling, H. J.; Williams, E. R. Anal. Chem. 2010, 82, 9050-9057
44. Stefanowicz, P.; Petry-Podgorska, I.; Kowalewska, K.; Jaremko, L.; Jaremko, M.; Szewczuk, Z. Biosci. Rep. 2009, 30, 91-99
45. Aguzzi, A.; O'Connor, T. Nat. Rev. Drug Discovery 2010, 9, 237-248
46. Teplow, D. B.; Lazo, N. D.; Bitan, G.; Bernstein, S.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T.; Baumketner, A.; Shea, J. E.; Urbanc, B.; Cruz, L.; Borreguero, J.; Stanley, H. E. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 635-645
47. Lührs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Dobeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17342-17347
48. Haass, C.; Selkoe, D. J. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 101-112
49. Koffie, R. M.; Meyer-Luehmann, M.; Hashimoto, T.; Adams, K. W.; Mielke, M. L.; Garcia-Alloza, M.; Micheva, K. D.; Smith, S. J.; Kim, M. L.; Lee, V. M.; Hyman, B. T.; Spires-Jones, T. L. Proc. Natl. Acad. Sci. 2009, 106, 4012-4017
50. Campioni, S.; Mannini, B.; Zampagni, M.; Pensalfini, A.; Parrini, C.; Evangelisti, E.; Relini, A.; Stefani, M.; Dobson, C. M.; Cecchi, C.; Chiti, F. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 140-147
51. Collinge, J.; Clarke, A. R. Science 2007, 318, 930-936
52. Ono, K.; Condron, M. M.; Teplow, D. B. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 14745-14750
53. Chimon, S.; Shaibat, M. A.; Jones, C. R.; Calero, D. C.; Aizezi, B.; Ishii, Y. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 1157-1164
54. Cerf, E.; Sarroukh, R.; Tamamizu-Kato, S.; Breydo, L.; Derclaye, S.; Dufrêne, Y. F.; Narayanaswami, V.; Goormaghtigh, E.; Ruysschaert, J. M.; Raussens, V. Biochem. J. 2009, 421, 415-423
55. Chromy, B. A.; Nowak, R. J.; Lambert, M. P.; Viola, K. L.; Chang, L.; Velasco, P. T.; Jones, B. W.; Fernandez, S. J.; Lacor, P. N.; Horowitz, P.; Finch, C. E.; Krafft, G. A.; Klein, W. L. Biochemistry 2003, 42, 12749-12760
56. Yu, L.; Edalji, R.; Harlan, J. E.; Holzman, T. F.; Lopez, A. P.; Labkovsky, B.; Hillen, H.; Barghorn, S.; Ebert, U.; Richardson, P. L.; Miesbauer, L.; Solomon, L.; Bartley, D.; Walter, K.; Johnson, R. W.; Hajduk, P. J.; Olejniczak, E. T. Biochemistry 2009, 48, 1870-1877
57. Shafrir, Y.; Durell, S. R.; Anishkin, A.; Guy, H. R. Proteins 2010, 78, 3458-3472
58. Zhang, A.; Qi, W.; Good, T. A.; Fermandez, E. J. Biophys. J. 2009, 96, 1091-1104
59. Kheterpal, I.; Chen, M.; Cook, K. D.; Wetzel, R. J. Mol. Biol. 2006, 361, 785-795
60. Ham, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1965, 53, 288-293
61. Lauren, J.; Gimbel, D. A.; Nygaard, H. B.; Gilbert, J. W.; Strittmatter, S. M. Nature 2009, 457, 1128-1132
62. Stine, W. B., Jr.; Dahlgren, K. N.; Krafft, G. A.; LaDu, M. J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 11612-11622
63. Kruger, N. A.; Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 185-187, 787-793
64. Slysz, G. W.; Percy, A. J.; Schriemer, D. C. Anal. Chem. 2008, 80, 7004-7011
65. Baumketner, A.; Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T.; Shea, J. E. Protein Sci. 2006, 15, 420-428
66. Peschke, M.; Verkerk, U. H.; Kebarle, P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1424-1434
67. Sanchez, L.; Madurga, S.; Pukala, T.; Vilaseca, M.; Lopez-Iglesias, C.; Robinson, C. V.; Giralt, E.; Carulla, N. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 6505-6508
68. Bai, Y.; Milne, J. S.; Mayne, L.; Englander, S. W. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1993, 17, 75-86
69. Sargaeva, N. P.; Lin, C.; O'Connor, P. B. Anal. Chem. 2009, 81, 9778-9786
70. Kim, W.; Hecht, M. H. J. Biol. Chem. 2005, 280, 35069-35076
71. Shankar, G. M.; Li, S.; Mehta, T. H.; Garcia-Munoz, A.; Shepardson, N. E.; Smith, I.; Brett, F. M.; Farrell, M. A.; Rowan, M. J.; Lemere, C. A.; Regan, C. M.; Walsh, D. M.; Sabatini, B. L.; Selkoe, D. J. Nat. Med. 2008, 14.