Protein-protein interactions in transcription: A fertile ground for helix mimetics

Biopolymers

Volumn 95, Issue 1, 2011, Pages 1-7

  Guarracino, Danielle A ^a   Bullock, Brooke N ^a   Arora, Paramjit S ^a  

^a NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Helix mimetics; Protein protein interactions; Transcription

Indexed keywords

DRUG DISCOVERY; GENOMICS; HELICAL PROTEINS; INHIBITOR DESIGN; MIMETICS; PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS; SYNTHETIC LIGANDS; TRANSCRIPTIONAL COMPLEXES;

COMPLEXATION; DRUG INTERACTIONS; LIGANDS; TRANSCRIPTION;

PROTEINS;

ALPHA HELIX; ARTICLE; CROSS LINKING; GENE EXPRESSION; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEIN STABILITY; TRANSCRIPTION INITIATION; TRANSCRIPTION REGULATION; BIOMIMETICS; CHEMISTRY; DRUG ANTAGONISM; DRUG DESIGN; GENETIC TRANSCRIPTION; METABOLISM; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; REVIEW;

BIOPOLYMER; LIGAND; PROTEIN;

BIOMIMETICS; BIOPOLYMERS; DRUG DESIGN; LIGANDS; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEINS; TRANSCRIPTION, GENETIC;

EID: 78049450009     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.21546     Document Type: Article

References (95)

1. Ptashne, M.;Gann, A. Genes and Signals; Cold Spring Harbor Laboratory Press: New York, 2002.
2. Darnell, J. E.; Jr. Nat Rev Cancer 2002, 2, 740-749.
3. Mapp, A. K.;Ansari, A. Z. ACS Chem Biol 2007, 2, 62-75.
4. Lee, L. W.;Mapp, A. K. J Biol Chem 2010, 285, 11033-11038.
5. Koehler, A. N. Curr Opin Chem Biol 2010, 14, 331-340.
6. Arndt, H. D. Angew Chem Int Ed Engl 2006, 45, 4552-4560.
7. Berg, T. Curr Opin Chem Biol 2008, 12, 464-471.
8. Mapp, A. K. Org Biomol Chem 2003, 1, 2217-2220.
9. Hsu, C. F.;Phillips, J. W.;Trauger, J. W.;Farkas, M. E.;Belitsky, J. M.;Heckel, A.;Olenyuk, B. Z.;Puckett, J. W.;Wang, C. C.;Dervan, P. B. Tetrahedron 2007, 63, 6146-6151.
10. Dervan, P. B.;Edelson, B. S. Curr Opin Struct Biol 2003, 13, 284-299.
11. Muzikar, K. A.;Nickols, N. G.;Dervan, P. B. Proc Natl Acad Sci USA 2009, 106, 16598-16603.
12. Duca, M.;Vekhoff, P.;Oussedik, K.;Halby, L.;Arimondo, P. B. Nucleic Acids Res 2008, 36, 5123-5138.
13. Faria, M.;Wood, C. D.;Perrouault, L.;Nelson, J. S.;Winter, A.;White, M. R.;Helene, C.;Giovannangeli, C. Proc Natl Acad Sci USA 2000, 97, 3862-3867.
14. Nielsen, P. E. Curr Opin Biotech 2001, 12, 16-20.
15. Janowski, B. A.;Kaihatsu, K.;Huffman, K. E.;Schwartz, J. C.;Ram, R.;Hardy, D.;Mendelson, C. R.;Corey, D. R. Nat Chem Biol 2005, 1, 210-215.
16. Ray, A.;Norden, B. FASEB J 2000, 14, 1041-1060.
17. Segal, D. J.;Barbas, C. F.; III Curr Opin Chem Biol 2000, 4, 34-39.
18. Jamieson, A. C.;Miller, J. C.;Pabo, C. O. Nat Rev Drug Discov 2003, 2, 361-368.
19. Arkin, M. R.;Wells, J. A. Nat Rev Drug Discov 2004, 3, 301-317.
20. Wells, J. A.;Mcclendon, C. L. Nature 2007, 450, 1001-1009.
21. Goodman, C. M.;Choi, S.;Shandler, S.;Degrado, W F Nat Chem Biol 2007, 3, 252-262.
22. Gellman, S. H. Acc Chem Res 1998, 31, 173-180.
23. Yoo, B.;Kirshenbaum, K. Curr Opin Chem Biol 2008, 12, 714-721.
24. Nowick, J. S. Acc Chem Res 2008, 41, 1319-1330.
25. Eichler, J. Curr Opin Chem Biol 2008, 12, 707-713.
26. Henchey, L. K.;Jochim, A. L.;Arora, P. S. Curr Opin Chem Biol 2008, 12, 692-697.
27. Garner, J.;Harding, M. M. Org Biomol Chem 2007, 5, 3577-3585.
28. Jochim, A. L.;Arora, P. S. ACS Chem Biol 2010, 5, doi:10.1021/cb1001747.
29. Jochim, A. L.;Arora, P. S. Mol BioSyst 2009, 5, 924-926.
30. Chene, P. Nat Rev Cancer 2003, 3, 102-109.
31. Vassilev, L. T.;Vu, B. T.;Graves, B.;Carvajal, D.;Podlaski, F.;Filipovic, Z.;Kong, N.;Kammlott, U.;Lukacs, C.;Klein, C.;Fotouhi, N.;Liu, E. A. Science 2004, 303, 844-848.
32. Kussie, P. H.;Gorina, S.;Marechal, V.;Elenbaas, B.;Moreau, J.;Levine, A. J.;Pavletich, N. P. Science 1996, 274, 948-953.
33. Yin, H.;Lee, G. I.;Park, H. S.;Payne, G. A.;Rodriguez, J. M.;Sebti, S. M.;Hamilton, A. D. Angew Chem Int Ed 2005, 44, 2704-2707.
34. Bernal, F.;Tyler, A. F.;Korsmeyer, S. J.;Walensky, L. D.;Verdine, G. L. J Am Chem Soc 2007, 129, 2456-2457.
35. Fasan, R.;Dias, R. L.;Moehle, K.;Zerbe, O.;Vrijbloed, J. W.;Obrecht, D.;Robinson, J. A. Angew Chem Int Ed Engl 2004, 43, 2109-2112.
36. Kritzer, J. A.;Lear, J. D.;Hodsdon, M. E.;Schepartz, A. J Am Chem Soc 2004, 126, 9468-9469.
37. Murray, J. K.;Gellman, S. H. Biopolymers 2007, 88, 657-686.
38. Plante, J. P.;Burnley, T.;Malkova, B.;Webb, M. E.;Warriner, S. L.;Edwards, T. A.;Wilson, A. J. Chem Commun 2009, 5091-5093.
39. Sakurai, K.;Schubert, C.;Kahne, D. J Am Chem Soc 2006, 128, 11000-11001.
40. Shaginian, A.;Whitby, L. R.;Hong, S.;Hwang, I.;Farooqi, B.;Searcey, M.;Chen, J.;Vogt, P. K.;Boger, D. L. J Am Chem Soc 2009, 131, 5564-5572.
41. Block, K. M.;Wang, H.;Szabo, L. Z.;Polaske, N. W.;Henchey, L. K.;Dubey, R.;Kushal, S.;Laszlo, C. F.;Makhoul, J.;Song, Z.;Meuillet, E. J.;Olenyuk, B. Z. J Am Chem Soc 2009, 131, 18078-18088.
42. Cook, K. M.;Hilton, S. T.;Mecinovic, J.;Motherwell, W. B.;Figg, W. D.;Schofield, C. J. J Biol Chem 2009, 284, 26831-26838.
43. Kung, A. L.;Zabludoff, S. D.;France, D. S.;Freedman, S. J.;Tanner, E. A.;Vieira, A.;Cornell-Kennon, S.;Lee, J.;Wang, B.;Wang, J.;Memmert, K.;Naegeli, H. U.;Petersen, F.;Eck, M. J.;Bair, K. W.;Wood, A. W.;Livingston, D. M. Cancer Cell 2004, 6, 33-43.
44. Henchey, L. K.;Kushal, S.;Dubey, R.;Chapman, R. N.;Olenyuk, B. Z.;Arora, P. S. J Am Chem Soc 2010, 132, 941-943.
45. Olenyuk, B. Z.;Zhang, G. J.;Klco, J. M.;Nickols, N. G.;Kaelin, W. G., Jr.;Dervan, P. B. Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101, 16768-16773.
46. Nickols, N. G.;Jacobs, C. S.;Farkas, M. E.;Dervan, P. B. ACS Chem Biol 2007, 2, 561-571.
47. Radhakrishnan, I.;Perez-Alvarado, G. C.;Parker, D.;Dyson, H. J.;Montminy, M. R.;Wright, P. E. Cell 1997, 91, 741-752.
48. Sugase, K.;Dyson, H. J.;Wright, P. E. Nature 2007, 447, 1021-1025.
49. Shiau, A. K.;Barstad, D.;Loria, P. M.;Cheng, L.;Kushner, P. J.;Agard, D. A.;Greene, G. L. Cell 1998, 95, 927-937.
50. Nam, Y.;Sliz, P.;Song, L.;Aster, J. C.;Blacklow, S. C. Cell 2006, 124, 973-983.
51. Nam, Y.;Aster, J. C.;Blacklow, S. C. Curr Opin Chem Biol 2002, 6, 501-509.
52. Levine, M.;Tjian, R. Nature 2003, 424, 147-151.
53. White, R. J.;Sharrocks, A. D. Trends Genet 2010, 26, 214-220.
54. Felix, A. M.;Heimer, E. P.;Wang, C. T.;Lambros, T. J.;Fournier, A.;Mowles, T. F.;Maines, S.;Campbell, R. M.;Wegrzynski, B. B.;Toome, V.;Fry, D.;Madison, V. S. Int J Pept Protein Res 1988, 32, 441-454.
55. Osapay, G.;Taylor, J. W. J Am Chem Soc 1992, 114, 6966-6973.
56. Phelan, J. C.;Skelton, N. J.;Braisted, A. C.;Mcdowell, R. S. J Am Chem Soc 1997, 119, 455-460.
57. Taylor, J. W. Biopolymers 2002, 66, 49-75.
58. Jackson, D. Y.;King, D. S.;Chmielewski, J.;Singh, S.;Schultz, P. G. J Am Chem Soc 1991, 113, 9391-9392.
59. Leduc, A. M.;Trent, J. O.;Wittliff, J. L.;Bramlett, K. S.;Briggs, S. L.;Chirgadze, N. Y.;Wang, Y.;Burris, T. P.;Spatola, A. F. Proc Natl Acad Sci USA 2003, 100, 11273-11278.
60. Ghadiri, M. R.;Choi, C. J Am Chem Soc 1990, 112, 1630-1632.
61. Kelso, M. J.;Beyer, R. L.;Hoangt, H. N.;Lakdawala, A. S.;Snyder, J. P.;Oliver, W. V.;Robertson, T. A.;Appleton, T. G.;Fairlie, D. P. J Am Chem Soc 2004, 126, 4828-4842.
62. Ruan, F. Q.;Chen, Y. Q.;Hopkins, P. B. J Am Chem Soc 1990, 112, 9403-9404.
63. Brunel, F. M.;Dawson, P. E. Chem Commun 2005, 2552-2554.
64. Judice, J. K.;Tom, J. Y.;Huang, W.;Wrin, T.;Vennari, J.;Petropoulos, C. J.;Mcdowell, R. S. Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 13426-13430.
65. Sia, S. K.;Carr, P. A.;Cochran, A. G.;Malashkevich, V. N.;Kim, P. S. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 14664-14669.
66. Geistlinger, T. R.;Guy, R. K. J Am Chem Soc 2003, 125, 6852-6853.
67. Mills, N. L.;Daugherty, M. D.;Frankel, A. D.;Guy, R. K. J Am Chem Soc 2006, 128, 3496-3497.
68. Shepherd, N. E.;Hoang, H. N.;Desai, V. S.;Letouze, E.;Young, P. R.;Fairlie, D. P. J Am Chem Soc 2006, 128, 13284-13289.
69. Harrison, R. S.;Shepherd, N. E.;Hoang, H. N.;Ruiz-Gomez, G.;Hill, T. A.;Driver, R. W.;Desai, V. S.;Young, P. R.;Abbenante, G.;Fairlie, D. P. Proc Natl Acad Sci USA 2010, 107, 11686-11691.
70. Schafmeister, C. E.;Po, J.;Verdine, G. L. J Am Chem Soc 2000, 122, 5891-5892.
71. Blackwell, H. E.;Grubbs, R. H. Angew Chem Int Ed Engl 1998, 37, 3281-3284.
72. Moellering, R. E.;Cornejo, M.;Davis, T. N.;Del Bianco, C.;Aster, J. C.;Blacklow, S. C.;Kung, A. L.;Gilliland, D. G.;Verdine, G. L.;Bradner, J. E. Nature 2009, 462, 182-188.
73. Patgiri, A.;Jochim, A. L.;Arora, P. S. Acc Chem Res 2008, 41, 1289-1300.
74. Wang, D.;Chen, K.;Dimartino, G.;Arora, P. S. Org Biomolec Chem 2006, 4, 4074-4081.
75. Patgiri, A.;Witten, M. R.;Arora, P. S. Org Biomol Chem 2010, 8, 1773-1776.
76. Wang, D.;Liao, W.;Arora, P. S. Angew Chem Int Ed 2005, 44, 6525-6529.
77. Wang, D.;Lu, M.;Arora, P. S. Angew Chem Int Ed 2008, 47, 1879-1882.
78. Rutledge, S. E.;Volkman, H. M.;Schepartz, A. J Am Chem Soc 2003, 125, 14336-14347.
79. Volkman, H. M.;Rutledge, S. E.;Schepartz, A. J Am Chem Soc 2005, 127, 4649-4658.
80. Bottger, A.;Bottger, V.;Sparks, A.;Liu, W.-L.;Howard, S. F.;Lane, D. P. Curr Biol 1997, 7, 860-869.
81. Kritzer, J. A.;Zutshi, R.;Cheah, M.;Ran, F. A.;Webman, R.;Wongjirad, T. M.;Schepartz, A. ChemBiochem 2006, 7, 29-31.
82. Li, C.;Liu, M.;Monbo, J.;Zou, G. Z.;Li, C. Q.;Yuan, W. R.;Zella, D.;Lu, W. Y. J Am Chem Soc 2008, 130, 13546-13548.
83. Li, C.;Pazgier, M.;Liu, M.;Lu, W. Y. Angew Chem Int Ed 2009, 48, 8712-8715.
84. Cheng, R. P.;Gellman, S. H.;DeGrado, W. F. Chem Rev 2001, 101, 3219-3232.
85. Seebach, D.;Gardiner, J. Acc Chem Res 2008, 41, 1366-1375.
86. Seebach, D.;Hook, D. F.;Glattli, A. Biopolymers 2006, 84, 23-37.
87. Horne, W. S.;Gellman, S. H. Acc Chem Res 2008, 41, 1399-1408.
88. Kritzer, J. A.;Stephens, O. M.;Guarracino, D. A.;Reznik, S. K.;Schepartz, A. Bioorg Med Chem 2005, 13, 11-16.
89. Horne, W. S.;Johnson, L. M.;Ketas, T. J.;Klasse, P. J.;Lu, M.;Moore, J. P.;Gellman, S. H. Proc Natl Acad Sci USA 2009, 106, 14751-14756.
90. Harker, E. A.;Schepartz, A. ChemBiochem 2009, 10, 990-993.
91. Murray, J. K.;Farooqi, B.;Sadowsky, J. D.;Scalf, M.;Freund, W. A.;Smith, L. M.;Chen, J. D.;Gellman, S. H. J Am Chem Soc 2005, 127, 13271-13280.
92. Kritzer, J. A.;Luedtke, N. W.;Harker, E. A.;Schepartz, A. J Am Chem Soc 2005, 127, 14584-14585.
93. Cummings, C. G.;Hamilton, A. D. Curr Opin Chem Biol 2010, 14, 341-346.
94. Yin, H.;Hamilton, A. D. Angew Chem Int Ed Engl 2005, 44, 4130-4163.
95. Becerril, J.;Hamilton, A. D. Angew Chem Int Ed Engl 2007, 46, 4471-4473.