Regulating transcription: A chemical perspective

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 1, Issue 13, 2003, Pages 2217-2220

  Mapp, Anna K ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOPOLYMERS; DISEASES; DNA; GENES; GENETIC ENGINEERING;

ARTIFICIAL TRANSCRIPTION FACTORS (ATF);

BIOCHEMISTRY;

DNA; MESSENGER RNA; TRANSCRIPTION FACTOR;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BINDING SITE; BIOLOGICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETIC TRANSCRIPTION; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; MOLECULAR GENETICS; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PROTEIN BINDING;

AMINO ACID SEQUENCE; BASE SEQUENCE; BINDING SITES; DNA; GENE EXPRESSION REGULATION; HUMANS; MODELS, GENETIC; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEIN BINDING; RNA, MESSENGER; TRANSCRIPTION FACTORS; TRANSCRIPTION, GENETIC;

EID: 0041305991     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b302656f     Document Type: Review

References (43)

1. M. Ptashne and A. Gann, Genes & Signals, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 2001.
2. T. Agalioti, S. Lomvardas, B. Parekh, J. Yie, T. Maniatis and D. Thanos, Cell, 2000, 103, 667.
3. K. Melcher and S. A. Johnston, Mol. Cell. Biol., 1995, 15, 2839; Y. Q. Xie, C. Denison, S. H. Yang, D. A. Fancy and T. Kodadek, J. Biol. Chem., 2000, 275, 31914; S. S. Koh, A. Z. Ansari, M. Ptashne and R. A. Young, Mol. Cell, 1998, 1, 895; Y. C. Lee, J. M. Park, S. Min, S. J. Han and Y. J. Kim, Mol. Cell. Biol., 1999, 19, 2967; Y. B. Wu, R. J. Reece and M. Ptashne, EMBO J., 1996, 15, 3951; J. M. Park, H. S. Kim, S. J. Han, M. S. Hwang, Y. C. Lee and Y. J. Kim, Mol. Cell. Biol., 2000, 20, 8709.
4. K. Melcher and S. A. Johnston, Mol. Cell. Biol., 1995, 15, 2839; Y. Q. Xie, C. Denison, S. H. Yang, D. A. Fancy and T. Kodadek, J. Biol. Chem., 2000, 275, 31914; S. S. Koh, A. Z. Ansari, M. Ptashne and R. A. Young, Mol. Cell, 1998, 1, 895; Y. C. Lee, J. M. Park, S. Min, S. J. Han and Y. J. Kim, Mol. Cell. Biol., 1999, 19, 2967; Y. B. Wu, R. J. Reece and M. Ptashne, EMBO J., 1996, 15, 3951; J. M. Park, H. S. Kim, S. J. Han, M. S. Hwang, Y. C. Lee and Y. J. Kim, Mol. Cell. Biol., 2000, 20, 8709.
5. K. Melcher and S. A. Johnston, Mol. Cell. Biol., 1995, 15, 2839; Y. Q. Xie, C. Denison, S. H. Yang, D. A. Fancy and T. Kodadek, J. Biol. Chem., 2000, 275, 31914; S. S. Koh, A. Z. Ansari, M. Ptashne and R. A. Young, Mol. Cell, 1998, 1, 895; Y. C. Lee, J. M. Park, S. Min, S. J. Han and Y. J. Kim, Mol. Cell. Biol., 1999, 19, 2967; Y. B. Wu, R. J. Reece and M. Ptashne, EMBO J., 1996, 15, 3951; J. M. Park, H. S. Kim, S. J. Han, M. S. Hwang, Y. C. Lee and Y. J. Kim, Mol. Cell. Biol., 2000, 20, 8709.
6. K. Melcher and S. A. Johnston, Mol. Cell. Biol., 1995, 15, 2839; Y. Q. Xie, C. Denison, S. H. Yang, D. A. Fancy and T. Kodadek, J. Biol. Chem., 2000, 275, 31914; S. S. Koh, A. Z. Ansari, M. Ptashne and R. A. Young, Mol. Cell, 1998, 1, 895; Y. C. Lee, J. M. Park, S. Min, S. J. Han and Y. J. Kim, Mol. Cell. Biol., 1999, 19, 2967; Y. B. Wu, R. J. Reece and M. Ptashne, EMBO J., 1996, 15, 3951; J. M. Park, H. S. Kim, S. J. Han, M. S. Hwang, Y. C. Lee and Y. J. Kim, Mol. Cell. Biol., 2000, 20, 8709.
7. K. Melcher and S. A. Johnston, Mol. Cell. Biol., 1995, 15, 2839; Y. Q. Xie, C. Denison, S. H. Yang, D. A. Fancy and T. Kodadek, J. Biol. Chem., 2000, 275, 31914; S. S. Koh, A. Z. Ansari, M. Ptashne and R. A. Young, Mol. Cell, 1998, 1, 895; Y. C. Lee, J. M. Park, S. Min, S. J. Han and Y. J. Kim, Mol. Cell. Biol., 1999, 19, 2967; Y. B. Wu, R. J. Reece and M. Ptashne, EMBO J., 1996, 15, 3951; J. M. Park, H. S. Kim, S. J. Han, M. S. Hwang, Y. C. Lee and Y. J. Kim, Mol. Cell. Biol., 2000, 20, 8709.
8. K. Melcher and S. A. Johnston, Mol. Cell. Biol., 1995, 15, 2839; Y. Q. Xie, C. Denison, S. H. Yang, D. A. Fancy and T. Kodadek, J. Biol. Chem., 2000, 275, 31914; S. S. Koh, A. Z. Ansari, M. Ptashne and R. A. Young, Mol. Cell, 1998, 1, 895; Y. C. Lee, J. M. Park, S. Min, S. J. Han and Y. J. Kim, Mol. Cell. Biol., 1999, 19, 2967; Y. B. Wu, R. J. Reece and M. Ptashne, EMBO J., 1996, 15, 3951; J. M. Park, H. S. Kim, S. J. Han, M. S. Hwang, Y. C. Lee and Y. J. Kim, Mol. Cell. Biol., 2000, 20, 8709.
9. M. Muratani and W. R. Tansey, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2003, 4, 192.
10. P. P. Pandolfi, Oncogene, 2001, 20, 3116; C. M. Perou, T. Sorlie, M. B. Eisen, M. van de Rijn, S. S. Jeffrey, C. A. Rees, J. R. Pollack, D. T. Ross, H. Johnsen, L. A. Aksien, O. Fluge, A. Pergamenschikov, C. Williams, S. X. Zhu, P. E. Lonning, A. L. Borresen-Dale, P. O. Brown and D. Botstein, Nature, 2000, 406, 747; X. Chen, S. T. Cheung, S. So, S. T. Fan, C. Barry, J. Higgins, K. M. Lai, J. F. Ji, S. Dudoit, I. O. L. Ng, M. van de Rijn, D. Botstein and P. O. Brown, Mol. Biol. Cell, 2002, 13, 1929.
11. P. P. Pandolfi, Oncogene, 2001, 20, 3116; C. M. Perou, T. Sorlie, M. B. Eisen, M. van de Rijn, S. S. Jeffrey, C. A. Rees, J. R. Pollack, D. T. Ross, H. Johnsen, L. A. Aksien, O. Fluge, A. Pergamenschikov, C. Williams, S. X. Zhu, P. E. Lonning, A. L. Borresen-Dale, P. O. Brown and D. Botstein, Nature, 2000, 406, 747; X. Chen, S. T. Cheung, S. So, S. T. Fan, C. Barry, J. Higgins, K. M. Lai, J. F. Ji, S. Dudoit, I. O. L. Ng, M. van de Rijn, D. Botstein and P. O. Brown, Mol. Biol. Cell, 2002, 13, 1929.
12. P. P. Pandolfi, Oncogene, 2001, 20, 3116; C. M. Perou, T. Sorlie, M. B. Eisen, M. van de Rijn, S. S. Jeffrey, C. A. Rees, J. R. Pollack, D. T. Ross, H. Johnsen, L. A. Aksien, O. Fluge, A. Pergamenschikov, C. Williams, S. X. Zhu, P. E. Lonning, A. L. Borresen-Dale, P. O. Brown and D. Botstein, Nature, 2000, 406, 747; X. Chen, S. T. Cheung, S. So, S. T. Fan, C. Barry, J. Higgins, K. M. Lai, J. F. Ji, S. Dudoit, I. O. L. Ng, M. van de Rijn, D. Botstein and P. O. Brown, Mol. Biol. Cell, 2002, 13, 1929.
13. A. Z. Ansari and A. K. Mapp, Curr. Opin. Chem. Biol., 2002, 6, 765.
14. C. W. Garvie and C. Wolberger, Mol. Cell, 2001, 8, 937.
15. H. P. Gerber, K. Seipel, O. Georgiev, M. Hofferer, M. Hug, S. Rusconi and W. Schaffner, Science, 1994, 263, 808; A. J. Courey and R. Tjian, Cell, 1988, 55, 887; N. Mermod, E. A. Oneill, T. J. Kelly and R. Tjian, Cell, 1989, 58, 741.
16. H. P. Gerber, K. Seipel, O. Georgiev, M. Hofferer, M. Hug, S. Rusconi and W. Schaffner, Science, 1994, 263, 808; A. J. Courey and R. Tjian, Cell, 1988, 55, 887; N. Mermod, E. A. Oneill, T. J. Kelly and R. Tjian, Cell, 1989, 58, 741.
17. H. P. Gerber, K. Seipel, O. Georgiev, M. Hofferer, M. Hug, S. Rusconi and W. Schaffner, Science, 1994, 263, 808; A. J. Courey and R. Tjian, Cell, 1988, 55, 887; N. Mermod, E. A. Oneill, T. J. Kelly and R. Tjian, Cell, 1989, 58, 741.
18. M. Uesugi, O. Nyanguile, H. Lu, A. J. Levine and G. L. Verdine, Science, 1997, 277, 1310.
19. R. R. Beerli, B. Dreier and C. F. Barbas, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 1495; S. Kuznetsova, S. Ait-Si-Ali, I. Nagibneva, F. Troalen, J. P. Le Villain, A. Harel-Bellan and F. Svinarchuk, Nucleic Acids Res., 1999, 27, 3995; D. Stanojevic and R. A. Young, Biochemistry, 2002, 41, 7209.
20. R. R. Beerli, B. Dreier and C. F. Barbas, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 1495; S. Kuznetsova, S. Ait-Si-Ali, I. Nagibneva, F. Troalen, J. P. Le Villain, A. Harel-Bellan and F. Svinarchuk, Nucleic Acids Res., 1999, 27, 3995; D. Stanojevic and R. A. Young, Biochemistry, 2002, 41, 7209.
21. R. R. Beerli, B. Dreier and C. F. Barbas, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 1495; S. Kuznetsova, S. Ait-Si-Ali, I. Nagibneva, F. Troalen, J. P. Le Villain, A. Harel-Bellan and F. Svinarchuk, Nucleic Acids Res., 1999, 27, 3995; D. Stanojevic and R. A. Young, Biochemistry, 2002, 41, 7209.
22. A. K. Mapp, A. Z. Ansari, M. Ptashne and P. B. Dervan, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2000, 97, 3930.
23. J. Ma and M. Ptashne, Cell, 1987, 51, 113; J. V. Frangioni, L. M. LaRiccia, L. C. Cantley and M. R. Montminy, Nat. Biotechnol., 2000, 18, 1080; Y Han and T. Kodadek, J. Biol. Chem., 2000, 275, 14979.
24. J. Ma and M. Ptashne, Cell, 1987, 51, 113; J. V. Frangioni, L. M. LaRiccia, L. C. Cantley and M. R. Montminy, Nat. Biotechnol., 2000, 18, 1080; Y Han and T. Kodadek, J. Biol. Chem., 2000, 275, 14979.
25. J. Ma and M. Ptashne, Cell, 1987, 51, 113; J. V. Frangioni, L. M. LaRiccia, L. C. Cantley and M. R. Montminy, Nat. Biotechnol., 2000, 18, 1080; Y Han and T. Kodadek, J. Biol. Chem., 2000, 275, 14979.
26. Z. Lu, A. Z. Ansari, X. Y. Lu, A. Ogirala and M. Ptashne, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2002, 99, 8591.
27. S. Saha, A. Z. Ansari, K. A. Jarrell and M. Ptashne, Nucleic Acids Res., 2003, 31, 1565; D. J. Sengupta, M. Wickens and S. Fields, RNA, 1999, 5, 596.
28. S. Saha, A. Z. Ansari, K. A. Jarrell and M. Ptashne, Nucleic Acids Res., 2003, 31, 1565; D. J. Sengupta, M. Wickens and S. Fields, RNA, 1999, 5, 596.
29. M. Faria and C. Giovannangeli, J. Gene. Med., 2001, 3, 299.
30. P. E. Nielsen, Methods Enzymol., 2001, 340, 329.
31. P. B. Dervan, Bioorg. Med. Chem., 2001, 9, 2215.
32. L. A. Dickinson, R. J. Gulizia, J. W. Trauger, E. E. Baird, D. E. Mosier, J. M. Gottesfeld and P. B. Dervan, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998, 95, 12890; S. Janssen, O. Cuvier, M. Muller and U. K. Laemmli, Mol. Cell, 2000, 6, 1013; M. Faria, C. D. Wood, L. Perrouault, J. S. Nelson, A. Winter, M. R. H. White, C. Helene and C. Giovannangeli, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 3862; G. Cutrona, E. M. Carpaneto, M. Ulivi, S. Roncella, O. Landt, M. Ferrarini and L. C. Boffa, Nat. Biotechnol., 2000, 18, 300; R. Besch, C. Giovannangeli, C. Kammerbauer and K. Degitz, J. Biol. Chem., 2002, 277, 32473.
33. L. A. Dickinson, R. J. Gulizia, J. W. Trauger, E. E. Baird, D. E. Mosier, J. M. Gottesfeld and P. B. Dervan, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998, 95, 12890; S. Janssen, O. Cuvier, M. Muller and U. K. Laemmli, Mol. Cell, 2000, 6, 1013; M. Faria, C. D. Wood, L. Perrouault, J. S. Nelson, A. Winter, M. R. H. White, C. Helene and C. Giovannangeli, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 3862; G. Cutrona, E. M. Carpaneto, M. Ulivi, S. Roncella, O. Landt, M. Ferrarini and L. C. Boffa, Nat. Biotechnol., 2000, 18, 300; R. Besch, C. Giovannangeli, C. Kammerbauer and K. Degitz, J. Biol. Chem., 2002, 277, 32473.
34. L. A. Dickinson, R. J. Gulizia, J. W. Trauger, E. E. Baird, D. E. Mosier, J. M. Gottesfeld and P. B. Dervan, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998, 95, 12890; S. Janssen, O. Cuvier, M. Muller and U. K. Laemmli, Mol. Cell, 2000, 6, 1013; M. Faria, C. D. Wood, L. Perrouault, J. S. Nelson, A. Winter, M. R. H. White, C. Helene and C. Giovannangeli, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 3862; G. Cutrona, E. M. Carpaneto, M. Ulivi, S. Roncella, O. Landt, M. Ferrarini and L. C. Boffa, Nat. Biotechnol., 2000, 18, 300; R. Besch, C. Giovannangeli, C. Kammerbauer and K. Degitz, J. Biol. Chem., 2002, 277, 32473.
35. L. A. Dickinson, R. J. Gulizia, J. W. Trauger, E. E. Baird, D. E. Mosier, J. M. Gottesfeld and P. B. Dervan, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998, 95, 12890; S. Janssen, O. Cuvier, M. Muller and U. K. Laemmli, Mol. Cell, 2000, 6, 1013; M. Faria, C. D. Wood, L. Perrouault, J. S. Nelson, A. Winter, M. R. H. White, C. Helene and C. Giovannangeli, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 3862; G. Cutrona, E. M. Carpaneto, M. Ulivi, S. Roncella, O. Landt, M. Ferrarini and L. C. Boffa, Nat. Biotechnol., 2000, 18, 300; R. Besch, C. Giovannangeli, C. Kammerbauer and K. Degitz, J. Biol. Chem., 2002, 277, 32473.
36. L. A. Dickinson, R. J. Gulizia, J. W. Trauger, E. E. Baird, D. E. Mosier, J. M. Gottesfeld and P. B. Dervan, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998, 95, 12890; S. Janssen, O. Cuvier, M. Muller and U. K. Laemmli, Mol. Cell, 2000, 6, 1013; M. Faria, C. D. Wood, L. Perrouault, J. S. Nelson, A. Winter, M. R. H. White, C. Helene and C. Giovannangeli, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 3862; G. Cutrona, E. M. Carpaneto, M. Ulivi, S. Roncella, O. Landt, M. Ferrarini and L. C. Boffa, Nat. Biotechnol., 2000, 18, 300; R. Besch, C. Giovannangeli, C. Kammerbauer and K. Degitz, J. Biol. Chem., 2002, 277, 32473.
37. H. Lin and V. W. Cornish, Angew. Chem., 2001, 40, 871.
38. P. J. Belshaw, S. N. Ho, G. R. Crabtree and S. L. Schreiber, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1996, 93, 4604.
39. R. R. Beerli, U. Schopfer, B. Dreier and C. F. Barbas, J. Biol. Chem., 2000, 275, 32617; Q. Lin, C. F. Barbas and P. G. Schultz, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 612; U. Baron and H. Bujard, Methods Enzymol., 2000, 327, 401.
40. R. R. Beerli, U. Schopfer, B. Dreier and C. F. Barbas, J. Biol. Chem., 2000, 275, 32617; Q. Lin, C. F. Barbas and P. G. Schultz, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 612; U. Baron and H. Bujard, Methods Enzymol., 2000, 327, 401.
41. R. R. Beerli, U. Schopfer, B. Dreier and C. F. Barbas, J. Biol. Chem., 2000, 275, 32617; Q. Lin, C. F. Barbas and P. G. Schultz, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 612; U. Baron and H. Bujard, Methods Enzymol., 2000, 327, 401.
42. A. G. Cochran, Curr. Opin. Chem. Biol., 2001, 5, 654; P. L. Toogood, J. Med. Chem., 2002, 45, 1543.
43. G. Cochran, Curr. Opin. Chem. Biol., 2001, 5, 654; P. L. Toogood, J. Med. Chem., 2002, 45, 1543.