Effects of the biological backbone on stacking interactions at DNA-protein interfaces: The interplay between the backbone⋯π and π⋯π components

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 43, 2010, Pages 14515-14526

  Churchill, Cassandra D M ^a   Rutledge, Lesley R ^a   Wetmore, Stacey D ^a  

^a UNIVERSITY OF LETHBRIDGE   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AROMATIC AMINO ACID; DNA; DNA BINDING PROTEIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

AMINO ACIDS, AROMATIC; DNA; DNA-BINDING PROTEINS; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

EID: 78049370802     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0cp00550a     Document Type: Article

References (94)

1. R. A. Laskowski E. G. Hutchinson A. D. Michie A. C. Wallace M. L. Jones J. M. Thornton Trends Biochem. Sci. 1997 22 488 490
2. N. M. Luscombe R. A. Laskowski J. M. Thronton Nucleic Acids Res. 1997 25 4940 4945
3. J. An T. Nakama Y. Kubota A. Sarai Bioinformatics 1998 14 188 195
4. Y. Mandel-Gutfreund H. Margalit R. L. Jernigan V. B. Zhurkin J. Mol. Biol. 1998 277 1129 1140
5. N. M. Luscombe S. E. Austin H. M. Berman J. M. Thornton GenomeBiology 2000 1 S001
6. P. Prabakaran J. An M. M. Gromiha S. Selvaraj H. Uedaira H. Kono A. Sarai Bioinformatics 2001 17 1027 1034
7. M. M. Hoffman M. A. Khrapov J. C. Cox J. Yao L. Tong A. D. Ellington Nucleic Acids Res. 2004 32 174 181
8. P. Prabakaran J. G. Siebers S. Ahmad M. M. Gromiha M. G. Singarayan A. Sarai Structure (London) 2006 14 1355 1367
9. S. Spirin M. Titov A. Karyagina A. Alexeevski Bioinformatics 2007 23 3247 3248
10. S. Lee T. L. Blundell Bioinformatics 2009 25 1559 1560
11. B. Contreras-Moreira Nucleic Acids Res. 2010 38 91 97
12. T. Norambuena F. Melo BMC Bioinformatics 2010 11 262
13. K. Nadassy S. J. Wodak J. Janin Biochemistry 1999 38 1999 2017
14. N. M. Luscombe R. A. Laskowski J. M. Thornton Nucleic Acids Res. 2001 29 2860 2874
15. M. M. Gromiha J. G. Slebcrs S. Selvaraj H. Kono A. Sarai Gene 2005 364 108 113
16. D. Lejeune N. Delsaux B. Charloteaux A. Thomas R. Brasseur Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005 61 258 271
17. T. W. Siggers A. Silkov B. Honig J. Mol. Biol. 2005 345 1027 1045
18. P. Prabakaran J. G. Siebers S. Ahmad M. M. Gromiha M. G. Singarayan A. Sarai Structure (London) 2006 14 1355 1367
19. R. Sathyapriya K. V. Brinda S. Vishveshwara J. Chem. Inf. Model. 2006 46 123 129
20. C. M. Baker G. H. Grant Biopolymers 2007 85 456 470
21. S. A. Coulocheri D. G. Pigis K. A. Papavassiliou A. G. Papavassiliou Biochimie 2007 89 1291 1303
22. R. Sathyapriya M. S. Vijayabaskar S. Vishveshwara PLoS Comput. Biol. 2008 4 1 15
23. J. Cerny P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 5291 5303
24. C. Biot E. Buisine M. Rooman J. Am. Chem. Soc. 2003 125 13988 13994
25. E. Cauet M. Rooman R. Wintjens J. Lievin C. Biot J. Chem. Theory Comput. 2005 1 472 483
26. L. R. Rutledge L. S. Campbell-Verduyn K. C. Hunter S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B 2006 110 19652 19663
27. L. R. Rutledge L. S. Campbell-Verduyn S. D. Wetmore Chem. Phys. Lett. 2007 444 167 175
28. L. R. Rutledge S. D. Wetmore J. Chem. Theory Comput. 2008 4 1768 1780
29. C. D. M. Churchill S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B 2009 113 16046 16058
30. K. L. Copeland J. A. Anderson A. R. Farley J. R. Cox G. S. Tschumper J. Phys. Chem. B 2008 112 14291 14295
31. C. Biot E. Buisine J. M. Kwasigroch R. Wintjens M. Rooman J. Biol. Chem. 2002 277 40816 40822
32. L. Mao Y. Wang Y. Liu X. Hu J. Mol. Biol. 2004 336 787 807
33. P. Cysewski Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2636 2645
34. L. R. Rutledge H. F. Durst S. D. Wetmore Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2801 2812
35. K. E. Riley M. Pitoák J. i. erný P. Hobza J. Chem. Theory Comput. 2010 6 66 80
36. L. R. Rutledge H. F. Durst S. D. Wetmore J. Chem. Theory Comput. 2009 5 1400 1410
37. C. A. Hunter J. K. M. Sanders J. Am. Chem. Soc. 1990 112 5525 5534
38. S. L. Cockroft J. Perkins C. Zonta H. Adams S. E. Spey C. M. R. Low J. G. Vinter K. R. Lawson C. J. Urch C. A. Hunter Org. Biomol. Chem. 2007 5 1062 1080
39. B. W. Gung M. Patel X. W. Xue J. Org. Chem. 2005 70 10532 10537
40. A. L. Ringer C. D. Sherrill J. Am. Chem. Soc. 2009 131 4574 4575
41. A. L. Ringer M. O. Sinnokrot R. P. Lively C. D. Sherrill Chem.-Eur. J. 2006 12 3821 3828
42. S. E. Wheeler K. N. Houk J. Am. Chem. Soc. 2008 130 10854 10855
43. S. E. Wheeler K. N. Houk J. Am. Chem. Soc. 2009 131 3126 3127
44. R. Wintjens J. Lievin M. Rooman E. Buisine J. Mol. Biol. 2000 302 395 410
45. J. Sponer H. A. Gabb J. Leszczynski P. Hobza Biophys. J. 1997 73 76 87
46. C. D. M. Churchill L. Navarro-Whyte L. R. Rutledge S. D. Wetmore Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 10657 10670
47. R. F. W. Bader, Atoms in Molecules: A Quantum Theory; International Series of Monographs on Chemistry, Clarendon Press, Oxford, New York, 1990
48. P. L. A. Popelier, Atoms in Molecules: An Introduction, Prentice Hall, London, 2000
49. The Quantum Theory of Atoms in Molecules: From Solid State to DNA and Drug Design, ed., C. F. Matta, and, R. J. Boyd, Wiley-VCH, Weinheim, 2007
50. C. A. Wheaton S. L. Dobrowolski A. L. Millen S. D. Wetmore Chem. Phys. Lett. 2006 428 157 166
51. L. R. Rutledge C. A. Wheaton S. D. Wetmore Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 497 509
52. L. A. Lait L. R. Rutledge A. L. Millen S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B 2008 112 12526 12536
53. G. King F. S. Lee A. Warshel J. Chem. Phys. 1991 95 4366 4377
54. S. F. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 1970 19 553 566
55. P. Hobza J. Sponer J. Am. Chem. Soc. 2002 124 11802 11808
56. M. L. Leininger I. M. B. Nielsen M. E. Colvin C. L. Janssen J. Phys. Chem. A 2002 106 3850 3854
57. P. Jurecka J. Sponer P. Hobza J. Phys. Chem. B 2004 108 5466 5471
58. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, Gaussian 03 (Revision D.02), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
59. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. M. Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Fox, Gaussian 09 (Revision A.02), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2009
60. T. A. Keith, AIMAll, 2009, aim.tkgristmill.com
61. F. Biegler-Konig and J. Schonbohm, AIM2002, 2002, AIM2000.de
62. F. Biegler-Konig J. Schonbohm D. Bayles J. Comput. Chem. 2001 22 545 559
63. F. Biegler-Konig J. Schonbohm J. Comput. Chem. 2002 23 1489 1494
64. U. Koch P. L. A. Popelier J. Phys. Chem. 1995 99 9747 9754
65. P. Hobza J. Sponer E. Cubero M. Orozco F. J. Luque J. Phys. Chem. B 2000 104 6286 6292
66. S. J. Grabowski W. A. Sokalski J. Leszczynski J. Phys. Chem. A 2005 109 4331 4341
67. R. Parthasarathi V. Subramanian Struct. Chem. 2005 16 243 255
68. O. A. Zhikol O. V. Shishkin K. A. Lyssenko J. Leszczynski J. Chem. Phys. 2005 122 144104
69. C. F. Matta N. Castillo R. J. Boyd J. Phys. Chem. B 2006 110 563 578
70. A. H. Pakiari S. Fakhraee J. Theor. Comput. Chem. 2006 5 621 631
71. D. Quinonero A. Frontera C. Garau P. Ballester A. Costa P. M. Deya ChemPhysChem 2006 7 2487 2491
72. M. Ziolkowski S. J. Grabowski J. Leszczynski J. Phys. Chem. A 2006 110 6514 6521
73. A. Frontera D. Quinonero A. Costa P. Ballester P. M. Deya New J. Chem. 2007 31 556 560
74. D. Escudero A. Frontera D. Quinonero P. M. Deya Chem. Phys. Lett. 2008 456 257 261
75. D. Quinonero A. Frontera D. Escudero P. Ballester A. Costa P. M. Deya Theor. Chem. Acc. 2008 120 385 393
76. A. Ebrahimi M. Habibi R. S. Neyband A. R. Gholipour Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 11424 11431
77. A. Ebrahimi M. Habibi-Khorassani A. R. Gholipour H. R. Masoodi Theor. Chem. Acc. 2009 124 115 122
78. D. Escudero C. Estarellas A. Frontera D. Quinonero P. M. Deya Chem. Phys. Lett. 2009 468 280 285
79. C. Estarellas A. Frontera D. Quinonero I. Alkorta P. M. Deya J. Elguero J. Phys. Chem. A 2009 113 3266 3273
80. C. Estarellas A. Frontera D. Quinonero P. M. Deya Chem. Phys. Lett. 2009 479 316 320
81. L. Estevez N. Otero R. A. Mosquera J. Phys. Chem. A 2009 113 11051 11058
82. S. M. LaPointe S. Farrag H. J. Bohorquez R. J. Boyd J. Phys. Chem. B 2009 113 10957 10964
83. A. D. Yau E. F. C. Byrd B. M. Rice J. Phys. Chem. A 2009 113 6166 6171
84. L. R. Rutledge C. D. M. Churchill S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B 2010 114 3355 3367
85. E. R. Johnson S. Keinan P. Mori-Sánchez J. Contreras-García A. J. Cohen W. Yang J. Am. Chem. Soc. 2010 132 6498 6506
86. W. Zierkiewicz L. Komorowski D. Michalska J. Cerny P. Hobza J. Phys. Chem. B 2008 112 16734 16740
87. K. Goedecke M. Pignot R. S. Goody A. J. Scheidig E. Weinhold Nat. Struct. Biol. 2001 8 121 125
88. U. M. Ohndorf M. A. Rould Q. He C. O. Pabo S. J. Lippard Nature 1999 399 708 712
89. M. Elrod-Erickson T. E. Benson C. O. Pabo Structure (London) 1998 6 451 464
90. S. E. Tsutakawa H. Jingami K. Morikawa Cell (Cambridge, Mass.) 1999 99 615 623
91. L. Bendova P. Jurecka P. Hobza J. Vondrasek J. Phys. Chem. B 2007 111 9975 9979
92. H. Valdes K. Pluhackova M. Pitonak J. Rezac P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2747 2757
93. H. Valdes V. Spiwok J. Rezac D. Reha Ali G. Abo-Riziq M. S. de Vries P. Hobza Chem.-Eur. J. 2008 14 4886 4898
94. A. Jain C. S. Purohit S. Verma R. Sankararamakrishnan J. Phys. Chem. B 2007 111 8680 8683