A post-SCF complete basis set study on the recognition patterns of uracil and cytosine by aromatic and Π-aromatic stacking interactions with amino acid residues

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 10, Issue 19, 2008, Pages 2636-2645

  Cysewski, Piotr ^a,b  

^a NICOLAUS COPERNICUS UNIVERSITY   (Poland)

^b UNIVERSITY OF TECHNOLOGY AND LIFE SCIENCES   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 43449101538     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b718394a     Document Type: Article

References (57)

1. B. W. Matthews Nature, 1988, 335, 294.
2. C. O. Pabo, L. Nekludova J. Mol. Biol., 2000, 301, 597.
3. J. E. Donald, W. W. Chen, E. I. Shakhnovich Nucleic Acids Res., 2007, 35, 1039.
4. J. S. Lamoureux, J. T. Maynes, J. N. M. Glover J. Mol. Biol., 2004, 335, 399.
5. D. Lejeune, N. Delsaux, B. Charloteaux, A. Thomas, R. Brasseur Proteins: Struct., Funct., Bioinf., 2005, 61, 258.
6. N. Morozova, J. Allers, J. Myers, Y. Shamoo Bioinformatics, 2006, 22, 2746.
7. R. Bhattacharyya, R. P. Saha, U. Samanta, P. Chakrabarti J. Proteome Res., 2003, 2, 255.
8. K. Nadassy, S. J. Wodak, J. Janin Biochemistry, 1999, 38, 1999.
9. J. T. Stivers, Y. L. Jiang Chem. Rev., 2003, 103, 2729.
10. P. J. Berti, J. A. B. McCann Chem. Rev., 2006, 106, 506.
11. M. Teale, J. Symersky, L. DeLucas Bioconjugate Chem., 2002, 13, 403.
12. D. E. Draper J. Mol. Biol., 1999, 293, 255.
13. J. Allers, Y. Shamoo J. Mol. Biol., 2001, 311, 75.
14. L. R. Rutledge, L. S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B, 2006, 110, 19652.
15. H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. Westbrook, A. Gelbin, T. Demeny, S.-H. Hsieh, A. R. Srinivasan, B. Schneider Biophys. J., 1992, 63, 751.
16. S. Jones, D. T. A. Daley, N. M. Luscombe, H. M. Berman, J. M. Thornton Nucleic Acids Res., 2001, 29, 943.
17. N. M. Luscombe, R. A. Laskowski, J. M. Thornton Nucleic Acids Res., 2001, 13, 2860.
18. R. M. Werner, Y. L. Jiang, R. G. Gordley, G. J. Jagadeesh, J. E. Ladner, G. Xiao, M. Tordova, G. L. Gilliland, J. T. Stivers Biochemistry, 2000, 39, 12585.
19. M. A. Bianchet, L. A. Seiple, Y. L. Jiang, Y. Ichikawa, L. M. Amzel, J. T. Stivers Biochemistry, 2003, 42, 12455.
20. R. Wintjens, C. Biot, M. Rooman, J. Lievin J. Phys. Chem. A, 2003, 107, 6249.
21. M. Rooman, J. Lievin, E. Buisine, R. Wintjens J. Mol. Biol., 2002, 319, 67.
22. R. Wintjens, J. Lievin, M. Rooman, E. Buisine J. Mol. Biol., 2000, 302, 393.
23. C. Biot, R. Wintjens, M. Rooman J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 6220.
24. W. K. Olson, A. A. Gorin, X. J. Lu, L. M. Hock, V. B. Zhurkin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998, 95, 11163.
25. R. G. Endres, T. C. Schulthess, N. S. Wingreen Proteins, 2004, 57, 262.
26. R. G. Endres, N. S. Wingreen Phys. Rev. E, 2006, 73, 061921.
27. K. C. Hunter, A. L. Millen, S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 1858.
28. A. C. Cheng, A. D. Frankel J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 434.
29. S. Scheiner, T. Kar, J. Pattanayak J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 13257.
30. I. Dąbkowska, J. Rak, M. Gutowski J. Phys. Chem. A, 2002, 106, 7423.
31. D. Troitino, L. Bailey, F. Peral THEOCHEM, 2006, 767, 131.
32. Y. Zhao, L. Zhou THEOCHEM, 2005, 726, 31.
33. Y. Zhao, L. Zhou Theor. Chem. Acc., 2005, 113, 249.
34. J. Sponer, J. Leszczynski, P. Hobza Biopolymers, 2001, 61, 3.
35. E. Cauet, M. Rooman, R. Wintjens, J. Lievin, C. Biot J. Chem. Theory Comput., 2005, 1, 472.
36. L. Mao, Y. Wang, Y. Liu, X. Hu J. Mol. Biol., 2004, 336, 787.
37. E. Cauet, M. Rooman, R. Wintjens, J. Lievin, C. Biot J. Chem. Theory Comput., 2005, 1, 472.
38. N. V. Kumar, G. Govil Biopolymers, 1984, 23, 2009.
39. S. J. Duthie, P. McMillan Carcinogenesis, 1997, 18, 1709.
40. P. Brotherton, P. Endicott, J. J. Sanchez, M. Beaumont, R. Barnett, J. Austin, A. Cooper Nucleic Acids Res., 2007, 35, 5717.
41. F. Weigend, M. Haser Theor. Chem. Acc., 1997, 97, 331.
42. F. Weigend, M. Haser, H. Patzelt, R. Ahlrichs Chem. Phys. Lett., 1998, 294, 143.
43. P. Jurecka, J. Sponer, J. Cerny, P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys., 2006, 8, 1985.
44. A. Halkier, T. Helgaker, P. Jorgensen, W. Klopper, J. Olsen Chem. Phys. Lett., 1999, 302, 437.
45. A. Halkier, T. Helgaker, P. Jorgensen, W. Klopper, H. Koch, J. Olsen, A. K. Wilson Chem. Phys. Lett., 1998, 286, 243.
46. I. Dąbkowska, P. Jurecka, P. Hobza J. Chem. Phys., 2005, 122, 204322.
47. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision C.02), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
48. R. D. Amos, A. Bernhardsson, A. Berning, P. Celani, D. L. Cooper, M. J. O. Deegan, A. J. Dobbyn, F. Eckert, C. Hampel, G. Hetzer, P. J. Knowles, T. Korona, R. Lindh, A. W. Lloyd, S. J. McNicholas, F. R. Manby, W. Meyer, M. E. Mura, A. Nicklass, P. Palmieri, R. Pitzer, G. Rauhut, M. Schütz, U. Schumann, H. Stoll, A. J. Stone, R. Tarroni, T. Thorsteinsson, and H.-J. Werner, MOLPRO, a package of ab initio programs designed by H.-J. Werner and P. J. Knowles, Version 2006.0 (Patch 2006.1), 2006
49. Z. Chen, C. S. Wannere, C. Corminboeu, R. Puchta, P. v. R. Schleyer Chem. Rev., 2005, 105, 3842.
50. J. A. N. F. Gomes, R. B. Mallion Chem. Rev., 2001, 101, 1349.
51. G. Merino, A. Vela, T. Heine Chem. Rev., 2005, 105, 3812.
52. R. H. Mitchell Chem. Rev., 2001, 101, 1301.
53. T. M. Krygowski, M. K. Cyrański Chem. Rev., 2001, 101, 1385.
54. P. v. R. Schleyer, C. Maerker, A. Dransfeld, H. Jiao, N. J. R. v. E. Hommes J. Am. Chem. Soc., 1996, 118, 6317.
55. C. F. Matta, J. Hernández-Trujillo J. Phys. Chem. A, 2005, 109, 10798.
56. P. Cysewski THEOCHEM, 2005, 714, 29.
57. M. K. Cyrański, M. Gilski, M. Jaskólski, T. M. Krygowski J. Org. Chem., 2003, 68, 8607.