Benchmark database on isolated small peptides containing an aromatic side chain: Comparison between wave function and density functional theory methods and empirical force field

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 10, Issue 19, 2008, Pages 2747-2757

  Valdes, Haydee ^a   Pluháčková, Kristýna ^a   Pitonák, Michal ^a   Řezáč, Jan ^a   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; COMPARATIVE STUDY; ISOLATION AND PURIFICATION; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN DATABASE;

DATABASES, PROTEIN; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION;

EID: 43449103082     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b719294k     Document Type: Article

References (49)

1. F. Ryjacek O. Engkvist J. Vacek M. Kratochvil P. Hobza J. Phys. Chem. A 2001 105 7 1197 1202
2. D. Reha H. Valdes J. Vondrasek P. Hobza A. bu-Riziq B. Crews M. S. de Vries Chem.-Eur. J. 2005 11 23 6803 6817
3. H. Valdes V. Spiwok J. Rezac D. Reha A. G. Abo-Riziq M. S. de Vries P. Hobza Chem.-Eur. J. 2008
4. M. Elstner P. Hobza T. Frauenheim S. Suhai E. Kaxiras J. Chem. Phys. 2001 114 12 5149 5155
5. M. Iannuzzi A. Laio M. Parrinello Phys. Rev. Lett. 2003 90 23
6. A. Laio M. Parrinello Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 20 12562 12566
7. J. M. Bakker C. Plutzer I. Hunig T. Haber I. Compagnon G. von Helden G. Meijer K. Kleinermanns ChemPhysChem 2005 6 1 120 128
8. W. Chin M. Mons J. P. Dognon F. Piuzzi B. Tardivel I. Dimicoli Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 10 2700 2709
9. H. Fricke G. fer T. Schrader M. Gerhards Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 32 4592 4597
10. J. M. Wang P. Cieplak P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2000 21 12 1049 1074
11. P. Jurecka J. Cerny P. Hobza D. R. Salahub J. Comput. Chem. 2007 28 2 555 569
12. J. P. Perdew Y. Wang Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1992 45 23 13244 13249
13. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 18 3865 3868
14. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1997 78 7 1396
15. Y. Zhao D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 2007
16. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988 37 2 785 789
17. J. M. Tao J. P. Perdew V. N. Staroverov G. E. Scuseria Phys. Rev. Lett. 2003 91 14
18. A. D. Becke Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1988 38 6 3098 3100
19. Chr. Møller S. Plesset Phys. Rev. 2007 46 618 622
20. S. Grimme J. Chem. Phys. 2003 118 20 9095 9102
21. W. J. Hehre, L. Radom, P. v. R. Schleyer and J. A. Pople, in Ab Initio Molecular Orbital Theory, Wiley-Interscience, New York, 1986
22. R. E. Easton D. J. Giesen A. Welch C. J. Cramer D. G. Truhlar Theor. Chim. Acta 1996 93 5 281 301
23. R. A. Kendall T. H. Dunning R. J. Harrison J. Chem. Phys. 1992 96 9 6796 6806
24. L. F. Holroyd T. van Mourik Chem. Phys. Lett. 2007 442 1-3 42 46
25. H. Valdes V. Klusak M. Pitonak O. Exner I. Stary P. Hobza L. Rulisek J. Comput. Chem. 2007
26. T. van Mourik P. G. Karamertzanis S. L. Price J. Phys. Chem. A 2006 110 1 8 12
27. H. Valdes D. Reha P. Hobza J. Phys. Chem. B 2006 110 12 6385 6396
28. M. Elstner D. Porezag G. Jungnickel J. Elsner M. Haugk T. Frauenheim S. Suhai G. Seifert Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1998 58 11 7260 7268
29. K. Eichkorn O. Treutler H. Ohm M. Haser R. Ahlrichs Chem. Phys. Lett. 1995 240 4 283 289
30. K. Eichkorn F. Weigend O. Treutler R. Ahlrichs Theor. Chem. Acc. 1997 97 1-4 119 124
31. J. Cizek J. Chem. Phys. 1966 45 11 4256
32. J. Cizek J. Paldus Int. J. Quantum Chem. 1972 6 435 438
33. A. Halkier T. Helgaker P. Jorgensen W. Klopper H. Koch J. Olsen A. K. Wilson Chem. Phys. Lett. 1998 286 3-4 243 252
34. P. Jurecka P. Hobza Chem. Phys. Lett. 2002 365 1-2 89 94
35. M. Kabelac H. Valdes E. C. Sherer C. J. Cramer P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 36 5000 5008
36. J. Cerny P. Jurecka P. Hobza H. Valdes J. Phys. Chem. A 2007 111 6 1146 1154
37. C. I. Bayly P. Cieplak W. D. Cornell P. A. Kollman J. Phys. Chem. 1993 97 40 10269 10280
38. B. Aradi B. Hourahine T. Frauenheim J. Phys. Chem. A 2007 111 26 5678 5684
39. R. D. Amos, A. Bernhardsson, A. Berning, P. Celani, D. L. Cooper, M. J. O. Deegan, A. J. Dobbyn, F. Eckert, C. Hampel, G. Hetzer, P. J. Knowles, T. Korona, R. Lindh, A. W. Lloyd, S. J. McNicholas, F. R. Manby, W. Meyer, M. E. Mura, A. Nicklass, P. Palmieri, R. Pitzer, G. Rauhut, M. Schütz, U. Schumann, H. Stoll, A. J. Stone, R. Tarroni, T. Thorsteinsson and H.-J. Werner, MOLPRO, a package of ab initio programs designed by H.-J. Werner and P. J. Knowles, Version 2002.1, 2002
40. G. Karlstrom R. Lindh P. A. Malmqvist B. O. Roos U. Ryde V. Veryazov P. O. Widmark M. Cossi B. Schimmelpfennig P. Neogrady L. Seijo Comput. Mater. Sci. 2003 28 2 222 239
41. P. Neogrady, F. Aquilante, J. Noga, M. Pitonak and M. Urban, unpublished work
42. R. Ahlrichs M. Bar M. Haser H. Horn C. Kolmel Chem. Phys. Lett. 1989 162 3 165 169
43. Y. Shao L. F. Molnar Y. Jung J. Kussmann C. Ochsenfeld S. T. Brown A. T. B. Gilbert L. V. Slipchenko S. V. Levchenko D. P. O'Neill R. A. DiStasio R. C. Lochan T. Wang G. J. O. Beran N. A. Besley J. M. Herbert C. Y. Lin T. Van Voorhis S. H. Chien A. Sodt R. P. Steele V. A. Rassolov P. E. Maslen P. P. Korambath R. D. Adamson B. Austin J. Baker E. F. C. Byrd H. Dachsel R. J. Doerksen A. Dreuw B. D. Dunietz A. D. Dutoi T. R. Furlani S. R. Gwaltney A. Heyden S. Hirata C. P. Hsu G. Kedziora R. Z. Khalliulin P. Klunzinger A. M. Lee M. S. Lee W. Liang I. Lotan N. Nair B. Peters E. I. Proynov P. A. Pieniazek Y. M. Rhee J. Ritchie E. Rosta C. D. Sherrill A. C. Simmonett J. E. Subotnik H. L. Woodcock W. Zhang A. T. Bell A. K. Chakraborty D. M. Chipman F. J. Keil A. Warshel W. J. Hehre H. F. Schaefer J. Kong A. I. Krylov P. M. W. Gill M. Head-Gordon Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 27 3172 3191
44. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, D. A. Pearlman, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, K. F. Wong, F. Paesani, X. Wu, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, D. H. Mathews, C. Schafmeister, W. S. Ross and P. A. Kollman, AMBER 9, University of California, San Francisco, 2006
45. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision C.02), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
46. P. Jurecka J. Sponer J. Cerny P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 17 1985 1993
47. G. J. O. Beran M. Head-Gordon S. R. Gwaltney J. Chem. Phys. 2006 124 11
48. P. Hobza H. L. Selzle E. W. Schlag J. Phys. Chem. 1996 100 48 18790 18794
49. M. Pitonak, K. E. Riley and P. Hobza, unpublished work