The amino group in adenine: MP2 and CCSD(T) complete basis set limit calculations of the planarization barrier and DFT/B3LYP study of the anharmonic frequencies of adenine

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 51, 2008, Pages 16734-16740

  Zierkiewicz, Wiktor ^a   Komorowski, Ludwik ^a   Michalska, Danuta ^a   Cerny, Jiri ^b   Hobza, Pavel ^b  

^a WROCLAW UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Poland)

^b INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINATION; AMINES; APPROXIMATION THEORY; BINDING SITES; CONTEXT SENSITIVE GRAMMARS; ELECTRIC CIRCUIT BREAKERS; EXPERIMENTS; HYDROGEN; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULAR BIOLOGY; MOLECULAR ORBITALS; MOLECULAR RECOGNITION; NUCLEIC ACIDS; SPECTRUM ANALYSIS;

AB INITIO; AMINO GROUPS; ANHARMONIC FREQUENCIES; B3LYP CALCULATIONS; B3LYP METHODS; BASE PAIRINGS; BASIS SETS; CBS METHODS; CCSD; COMPLETE BASIS SETS; COUPLED CLUSTERS; EXPERIMENTAL DATUMS; EXTRAPOLATION SCHEMES; GAS PHASE; INFRARED SPECTRUMS; MOLECULAR SYSTEMS; MP2 LEVELS; OPTIMIZED STRUCTURES; PLANAR STRUCTURES; PLANARIZATION; POTENTIAL ENERGY DISTRIBUTIONS; PYRAMIDALIZATION; VIBRATIONAL FREQUENCIES;

HYDROGEN BONDS;

EID: 58149170427     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp8058118     Document Type: Article

References (59)

1. Clowney. L.; Jain, S. C.; Srinivasan, A. R.; Westbrook, J.; Olson, W. K.; Berman, H. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 509.
2. Leszczynski, J. Int. J. Quantum Chem. 1992, 19, 43.
3. Stewart, E. L.; Foley, C. K.; Allinger, N. L.; Bowen, J. P. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 7282.
4. Sponer, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1994, 98, 3161.
5. Sponer, J.; Florian, J.; Hobza. P.; Leszczvnski, J. J. Biomol. Struct. 1996, 13, 827.
6. Sponer, J.; Hobza, P. Int. J. Quantum Chem. 1996, 57, 959.
7. Hobza, P.; Sponer. J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247.
8. Xue, Y.; Xie, D.; Yan, G. Int. J. Quantum Chem. 2000, 76, 686.
9. Mishra, S. K.; Shukla, M. K.; Mishra, P. C. Spectrochim. Act 2000, A56, 1355.
10. Shishkin, O. V.; Gorb, L.; Hobza, P.; Leszczynski. J. Int. J.Quantum Chem. 2000, 80, 1116.
11. Dong, P.; Miller, R. E. Science 2002, 298, 1227.
12. Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1990. 112, 5324.
13. Nowak, M. J.; Rostkowska, H.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. Spectrochim. Acta 1994, 50A, 1081.
14. Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczvnski, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3527.
15. Gu, J. D.; Leszczynski, J. Int. J. Quantum Chem. 1996, 57, 959.
16. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Uchimaru, T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8853.
17. di Felice, R.; Calzolari. A.; Molinari, E.; Garbesi, A. Phys. Rev. B 2002, 65, 045104.
18. Preuss, M.; Schmidt, W. G.; Seino, K.; Furthmiiller, J.; Bechstedt, F. J. Comput. Chem. 2004, 25, 112.
19. Downton, M. T.; Wang, F. Mol. Simul. 2006, 8, 667.
20. Wang, S.; Schaefer III, H. F. J. Chem. Phys. 2006, 124. 044303.
21. Wojciechowski, P. M.; Zierkiewicz, W.; Michalska, D.; Hobza, P.,J. Chem. Phys. 2003, 118, 10900.
22. Lister, D. G.; Tyler, J. K.; Hög. J. H.; Larsen, N. W. J. Mol. Struct. 1974, 23, 253.
23. Kwiatkowski, J. S.; Le szczvnski, J. J. Mol. Struct. 1990, 208, 35.
24. Nowak, M. J.; Rostkowska, H.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 2813.
25. Laxer, A.; Major, D. T.; Gottlieb, H. E.; Fischer, B. J. Org. Chem. 2001, 66, 5463.
26. Plützer, Chr.; Nir, E.; deVries, M. S.; Kleinermanns, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001. 3, 5466.
27. Salter, L. M.; Chaban, G. M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 4251.
28. Plützer, Chr.; Kleinermanns, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 4877.
29. Hanus, M.; Kabeláč, M.; Rejnek, J.; Ryjáček, R; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 2087.
30. Brown, R. D.; Godfrey, P. D.; McNaughton, D.; Pierlot, A. P. Chem. Phys. Lett. 1989, 156, 61.
31. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimara, T.; Mikami. M.; Tanabe. K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3746.
32. Becke. A. D. J. Chem. Phys. 1996, 104, 1040.
33. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993. 98, 5648.
34. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988. 37, 785.
35. Möller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
36. Krishnan, R.; Binklev, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phy. 1980, 72, 650.
37. Frisch, M. J.; Pople, A. J.; Binkley. J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
38. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007.
39. Kendall, R. A.; Dunning, T. H.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796.
40. Barone, V. J. Chem. Phys. 2004, 120, 3059.
41. Barone, V. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014108.
42. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg. J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich. S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
43. Fogarasi, G.; Pulay, P. In Vibrational Spectra and Structure; Durig, J. R. Ed.; Elsevier: New York, 1985; Vol. 13.
44. Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Bienko, D. C.; Michalska, D. Spectrochim. Acta, Part A 1997, 53, 855.
45. Bienko, D. C.; Michalska, D.; Roszak, S.; Wojciechowski, W.; Nowak, M. J.; Lapinski, L. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 7834.
46. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jorgensen, P.; Klopper, W.; Olsen, J. Chem. Phys. Lett. 1999, 302, 437.
47. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jorgensen, P.; Klopper, W.; Koch, H.; Olsen, J.; Wilson, A. K. Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 243.
48. Werner, H. J.; Knowles, P. J. MOLPRO, A Package of Ab Initio Programs, v. 1; R.D. Amos et al; 2002.
49. Ahlrichs, R.; Bär. M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel. C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
50. Taylor, R.; Kennard, O. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 3209.
51. Colarusso, P.; Zhang. K.; Guo, B.; Bernath, P. F. Chem. Phys. Lett. 1997, 269, 39.
52. Dhaouadi, Z.; Ghomi, M.; Austin, J. C; Girling, R. B.; Hester, R. E.; Mojzes, P.; Chinsky, L.; Turpin, P. Y.; Coulombeau, C.; Jobic, H.; Tomkinson, J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 1074.
53. Stepanian, S. G.; Sheina, G. G.; Radchenko, E. D.; Blagoi, Yu. P. J. Mol. Struct. 1985, 131, 333.
54. Santamaria, R.; Charro, E.; Zacarias, A.; Castro, M. J. Comput. Chem. 1999, 20, 511.
55. Lappi, S. E.; Collier, W.; Franzen, S. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11446.
56. Podolyan, V.; Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Leszczvnski, J. J. Mol. Struct. 2005, 9, 744.
57. Michalska, D.; Zierkiewicz, W.; Bieńko, D. C; Wojciechowski, W.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8734.
58. Zierkiewicz, W.; Michalska, D.; Czernik-Matusewicz. B.; Rospenk. M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 4547.
59. Grimme, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9095.