Systems-level approaches for identifying and analyzing genetic interaction networks in Escherichia coli and extensions to other prokaryotes

Molecular BioSystems

Volumn 5, Issue 12, 2009, Pages 1439-1455

  Babu, Mohan ^a   Musso, Gabriel ^a   Díaz Mejía, J Javier ^a,b   Butland, Gareth ^c   Greenblatt, Jack F ^a   Emili, Andrew ^a  

^a UNIVERSITY OF TORONTO   (Canada)

^b WILFRID LAURIER UNIVERSITY   (Canada)

^c LAWRENCE BERKELEY NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MODEL; DNA MICROARRAY; ESCHERICHIA COLI; GENE REGULATORY NETWORK; GENETIC EPISTASIS; GENETICS; METHODOLOGY; PHYLOGENY; REPRODUCIBILITY; REVIEW; SYSTEMS BIOLOGY;

EPISTASIS, GENETIC; ESCHERICHIA COLI; GENE REGULATORY NETWORKS; MODELS, GENETIC; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; PHYLOGENY; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SYSTEMS BIOLOGY;

BACTERIA (MICROORGANISMS); ESCHERICHIA COLI; EUKARYOTA; NEGIBACTERIA; PROKARYOTA;

EID: 72949098090     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b907407d     Document Type: Review

References (144)

1. C. Boone H. Bussey B. J. Andrews Nat. Rev. Genet. 2007 8 437 449
2. A. Beyer S. Bandyopadhyay T. Ideker Nat. Rev. Genet. 2007 8 699 710
3. P. C. Phillips Genetics 1998 149 1167 1171
4. P. C. Phillips Nat. Rev. Genet. 2008 9 855 867
5. R. Mani R. P. St Onge J. L. T. Hartman G. Giaever F. P. Roth Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 3461 3466
6. R. Sanjuán S. F. Elena Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 14402 14405
7. R. Sanjuan M. R. Nebot PLoS One 2008 3 e2663
8. J. P. Gogarten L. Olendzenski Curr. Opin. Genet. Dev. 1999 9 630 636
9. G. Giaever A. M. Chu L. Ni C. Connelly L. Riles S. Veronneau S. Dow A. Lucau-Danila K. Anderson B. Andre A. P. Arkin A. Astromoff M. El-Bakkoury R. Bangham R. Benito S. Brachat S. Campanaro M. Curtiss K. Davis A. Deutschbauer K. D. Entian P. Flaherty F. Foury D. J. Garfinkel M. Gerstein D. Gotte U. Guldener J. H. Hegemann S. Hempel Z. Herman D. F. Jaramillo D. E. Kelly S. L. Kelly P. Kotter D. LaBonte D. C. Lamb N. Lan H. Liang H. Liao L. Liu C. Luo M. Lussier R. Mao P. Menard S. L. Ooi J. L. Revuelta C. J. Roberts M. Rose P. Ross-Macdonald B. Scherens G. Schimmack B. Shafer D. D. Shoemaker S. Sookhai-Mahadeo R. K. Storms J. N. Strathern G. Valle M. Voet G. Volckaert C. Y. Wang T. R. Ward J. Wilhelmy E. A. Winzeler Y. Yang G. Yen E. Youngman K. Yu H. Bussey J. D. Boeke M. Snyder P. Philippsen R. W. Davis M. Johnston Nature 2002 418 387 391
10. A. H. Tong M. Evangelista A. B. Parsons H. Xu G. D. Bader N. Page M. Robinson S. Raghibizadeh C. W. Hogue H. Bussey B. Andrews M. Tyers C. Boone Science 2001 294 2364 2368
11. A. H. Tong G. Lesage G. D. Bader H. Ding H. Xu X. Xin J. Young G. F. Berriz R. L. Brost M. Chang Y. Chen X. Cheng G. Chua H. Friesen D. S. Goldberg J. Haynes C. Humphries G. He S. Hussein L. Ke N. Krogan Z. Li J. N. Levinson H. Lu P. Menard C. Munyana A. B. Parsons O. Ryan R. Tonikian T. Roberts A. M. Sdicu J. Shapiro B. Sheikh B. Suter S. L. Wong L. V. Zhang H. Zhu C. G. Burd S. Munro C. Sander J. Rine J. Greenblatt M. Peter A. Bretscher G. Bell F. P. Roth G. W. Brown B. Andrews H. Bussey C. Boone Science 2004 303 808 813
12. D. Segrè A. Deluna G. M. Church R. Kishony Nat. Genet. 2005 37 77 83
13. B. Lehner C. Crombie J. Tischler A. Fortunato A. G. Fraser Nat. Genet. 2006 38 896 903
14. T. Baba T. Ara M. Hasegawa Y. Takai Y. Okumura M. Baba K. A. Datsenko M. Tomita B. L. Wanner H. Mori Mol. Syst. Biol. 2006 2 2006.0008
15. G. Butland M. Babu J. J. Diaz-Mejia F. Bohdana S. Phanse B. Gold W. Yang J. Li A. G. Gagarinova O. Pogoutse H. Mori B. L. Wanner H. Lo J. Wasniewski C. Christopolous M. Ali P. Venn A. Safavi-Naini N. Sourour S. Caron J. Y. Choi L. Laigle A. Nazarians-Armavil A. Deshpande S. Joe K. A. Datsenko N. Yamamoto B. J. Andrews C. Boone H. Ding B. Sheikh G. Moreno-Hagelseib J. F. Greenblatt A. Emili Nat. Methods 2008 5 789 795
16. H. Mori J. Biochem. Mol. Biol. 2004 37 83 92
17. M. Costanzo G. Giaever C. Nislow B. Andrews Curr. Opin. Biotechnol. 2006 17 472 480
18. P. J. Kim D. Y. Lee T. Y. Kim K. H. Lee H. Jeong S. Y. Lee S. Park Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 13638 13642
19. Y. M. Zhang C. O. Rock Nat. Rev. Microbiol. 2008 6 222 233
20. S. A. Brown K. L. Palmer M. Whiteley Nat. Rev. Microbiol. 2008 6 657 666
21. T. K. Wood Environ. Microbiol. 2009 11 1 15
22. M. Bichara R. P. Fuchs A. Cordonnier I. B. Lambert Mol. Microbiol. 2009 71 305 314
23. F. Hayes D. Barilla Nat. Rev. Microbiol. 2006 4 133 143
24. A. Dajkovic J. Lutkenhaus J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2006 11 140 151
25. A. Typas R. J. Nichols D. A. Siegele M. Shales S. R. Collins B. Lim H. Braberg N. Yamamoto R. Takeuchi B. L. Wanner H. Mori J. S. Weissman N. J. Krogan C. A. Gross Nat. Methods 2008 5 781 787
26. J. G. Sklar T. Wu D. Kahne T. J. Silhavy Genes Dev. 2007 21 2473 2484
27. A. R. Joyce J. L. Reed A. White R. Edwards A. Osterman J. Bacteriol. 2006 188 8259 8271
28. J. Kim S. D. Copley Biochemistry 2007 46 12501 12511
29. K. Plaimas J. P. Mallm M. Oswald F. Svara V. Sourjik R. Eils R. König BMC Syst. Biol. 2008 2 67
30. C. Tamae A. Liu K. Kim D. Sitz J. Hong E. Becket A. Bui P. Solaimani K. P. Tran H. Yang J. H. Miller J. Bacteriol. 2008 190 5981 5988
31. K. A. Ippen-Ihler E. G. Minkley Jr Annu. Rev. Genet. 1986 20 593 624
32. N. Firth, K. A. Ippen-Ihler and R. A. Skurray, Escherichia coli and Salmonella: Cellular and Molecular Biology, ASM Press, Washington, 1996
33. S. Hu E. Ohtsubo N. Davidson J. Bacteriol. 1975 122 749 763
34. F. G. Chumley R. Menzel J. R. Roth Genetics 1979 91 639 655
35. R. C. Deonier L. Mirels Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1977 74 3965 3969
36. A. A. Prozorov Mikrobiologiya 2003 72 581 593
37. T. D. Lawley W. A. Klimke M. J. Gubbins L. S. Frost FEMS Microbiol. Lett. 2003 224 1 15
38. H. M. Arthur R. G. Lloyd Mol. Gen. Genet. 1980 180 185 191
39. S. R. Collins M. Schuldiner N. J. Krogan J. S. Weissman GenomeBiology 2006 7 R63
40. L. Decourty C. Saveanu K. Zemam F. Hantraye E. Frachon J. C. Rousselle M. Fromont-Racine A. Jacquier Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 5821 5826
41. M. D. Ritchie L. W. Hahn N. Roodi L. R. Bailey W. D. Dupont F. F. Parl J. H. Moore Am. J. Hum. Genet. 2001 69 138 147
42. R. Culverhouse Hum. Hered. 2007 63 93 100
43. Q. Sha X. Zhu Y. Zuo R. Cooper S. Zhang Ann. Hum. Genet. 2006 70 677 692
44. C. A. Maxwell V. Moreno X. Sole L. Gomez P. Hernandez A. Urruticoechea M. A. Pujana Mol. Cancer 2008 7 4
45. A. P. Davierwala J. Haynes Z. Li R. L. Brost M. D. Robinson L. Yu S. Mnaimneh H. Ding H. Zhu Y. Chen X. Cheng G. W. Brown C. Boone B. J. Andrews T. R. Hughes Nat. Genet. 2005 37 1147 1152
46. D. K. Breslow D. M. Cameron S. R. Collins M. Schuldiner J. Stewart-Ornstein H. W. Newman S. Braun H. D. Madhani N. J. Krogan J. S. Weissman Nat. Methods 2008 5 711 718
47. G. Butland J. M. Peregrin-Alvarez J. Li W. Yang X. Yang V. Canadien A. Starostine D. Richards B. Beattie N. Krogan M. Davey J. Parkinson J. Greenblatt A. Emili Nature 2005 433 531 537
48. E. Stepanova J. Lee M. Ozerova E. Semenova K. Datsenko B. L. Wanner K. Severinov S. Borukhov J. Bacteriol. 2007 189 8772 8785
49. N. Komissarova M. Kashlev Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 1755 1760
50. G. Musso M. Costanzo M. Huangfu A. M. Smith J. Paw B. J. San Luis C. Boone G. Giaever C. Nislow A. Emili Z. Zhang Genome Res. 2008 18 1092 1099
51. M. Schuldiner S. R. Collins N. J. Thompson V. Denic A. Bhamidipati T. Punna J. Ihmels B. Andrews C. Boone J. F. Greenblatt J. S. Weissman N. J. Krogan Cell (Cambridge, Mass.) 2005 123 507 519
52. D. Fiedler H. Braberg M. Mehta G. Chechik G. Cagney P. Mukherjee A. C. Silva M. Shales S. R. Collins S. van Wageningen P. Kemmeren F. C. Holstege J. S. Weissman M. C. Keogh D. Koller K. M. Shokat N. J. Krogan Cell (Cambridge, Mass.) 2009 136 952 963
53. G. M. Wilmes M. Bergkessel S. Bandyopadhyay M. Shales H. Braberg G. Cagney S. R. Collins G. B. Whitworth T. L. Kress J. S. Weissman T. Ideker C. Guthrie N. J. Krogan Mol. Cell 2008 32 735 746
54. S. R. Collins K. M. Miller N. L. Maas A. Roguev J. Fillingham C. S. Chu M. Schuldiner M. Gebbia J. Recht M. Shales H. Ding H. Xu J. Han K. Ingvarsdottir B. Cheng B. Andrews C. Boone S. L. Berger P. Hieter Z. Zhang G. W. Brown C. J. Ingles A. Emili C. D. Allis D. P. Toczyski J. S. Weissman J. F. Greenblatt N. J. Krogan Nature 2007 446 806 810
55. P. Jorgensen B. Nelson M. D. Robinson Y. Chen B. Andrews M. Tyers C. Boone Genetics 2002 162 1091 1099
56. M. Fontecave S. O. Choudens B. Py F. Barras J. Biol. Inorg. Chem. 2005 10 713 721
57. S. L. Ooi X. Pan B. D. Peyser P. Ye P. B. Meluh D. S. Yuan R. A. Irizarry J. S. Bader F. A. Spencer J. D. Boeke Trends Genet. 2006 22 56 63
58. X. Pan P. Ye D. S. Yuan X. Wang J. S. Bader J. D. Boeke Cell (Cambridge, Mass.) 2006 124 1069 1081
59. S. L. Wong L. V. Zhang A. H. Tong Z. Li D. S. Goldberg O. D. King G. Lesage M. Vidal B. Andrews H. Bussey C. Boone F. P. Roth Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 15682 15687
60. C. von Mering R. Krause B. Snel M. Cornell S. G. Oliver S. Fields P. Bork Nature 2002 417 399 403
61. J. M. Savinell B. O. Palsson J. Theor. Biol. 1992 155 215 242
62. J. M. Savinell B. O. Palsson J. Theor. Biol. 1992 155 201 214
63. U. Sauer D. C. Cameron J. E. Bailey Biotechnol. Bioeng. 1998 59 227 238
64. J. S. Edwards B. O. Palsson BMC Bioinf. 2000 1 1
65. C. M. Ghim K. I. Goh B. Kahng J. Theor. Biol. 2005 237 401 411
66. B. Papp C. Pal L. D. Hurst Nature 2004 429 661 664
67. I. Thiele T. D. Vo N. D. Price B. Ø. Palsson J. Bacteriol. 2005 187 5818 5830
68. K. J. Kauffman P. Prakash J. S. Edwards Curr. Opin. Biotechnol. 2003 14 491 496
69. J. M. Lee E. P. Gianchandani J. A. Papin Briefings Bioinf. 2006 7 140 150
70. C. M. Ghim K. I. Goh B. Kahng J. Theor. Biol. 2005 237 401 411
71. D. Segre D. Vitkup G. M. Church Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 15112 15117
72. A. E. Motter N. Gulbahce E. Almaas A. L. Barabasi Mol. Syst. Biol. 2008 4 168
73. M. Imielinski C. Belta BMC Syst. Biol. 2008 2 40
74. H. M. Muller E. E. Kenny P. W. Sternberg PLoS Biol. 2004 2 e309
75. R. Hoffmann Current Protocols in Bioinformatics 2007
76. L. J. Jensen J. Saric P. Bork Nat. Rev. Genet. 2006 7 119 129
77. M. Krallinger A. Valencia L. Hirschman GenomeBiology 2008 9 Suppl. 2 S8
78. I. Spasic S. Ananiadou J. McNaught A. Kumar Briefings Bioinf. 2005 6 239 251
79. N. Le Meur R. Gentleman GenomeBiology 2008 9 R135
80. J. Tischler B. Lehner A. G. Fraser Nat. Genet. 2008 40 390 391
81. A. Roguev S. Bandyopadhyay M. Zofall K. Zhang T. Fischer S. R. Collins H. Qu M. Shales H. O. Park J. Hayles K. L. Hoe D. U. Kim T. Ideker S. I. Grewal J. S. Weissman N. J. Krogan Science 2008 322 405 410
82. S. J. Dixon Y. Fedyshyn J. L. Koh T. S. Prasad C. Chahwan G. Chua K. Toufighi A. Baryshnikova J. Hayles K. L. Hoe D. U. Kim H. O. Park C. L. Myers A. Pandey D. Durocher B. J. Andrews C. Boone Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 16653 16658
83. M. Kanehisa Novartis Found. Symp. 2002 247 91 101
84. M. Ashburner C. A. Ball J. A. Blake D. Botstein H. Butler J. M. Cherry A. P. Davis K. Dolinski S. S. Dwight J. T. Eppig M. A. Harris D. P. Hill L. Issel-Tarver A. Kasarskis S. Lewis J. C. Matese J. E. Richardson M. Ringwald G. M. Rubin G. Sherlock Nat. Genet. 2000 25 25 29
85. I. M. Keseler J. Collado-Vides S. Gama-Castro J. Ingraham S. Paley I. T. Paulsen M. Peralta-Gil P. D. Karp Nucleic Acids Res. 2005 33 D334 D337
86. I. M. Keseler C. Bonavides-Martinez J. Collado-Vides S. Gama-Castro R. P. Gunsalus D. A. Johnson M. Krummenacker L. M. Nolan S. Paley I. T. Paulsen M. Peralta-Gil A. Santos-Zavaleta A. G. Shearer P. D. Karp Nucleic Acids Res. 2009 37 D464 D470
87. M. H. Serres M. Riley Microb. Comp. Genomics 2000 5 205 222
88. A. Chatr-aryamontri A. Ceol L. M. Palazzi G. Nardelli M. V. Schneider L. Castagnoli G. Cesareni Nucleic Acids Res. 2007 35 D572 D574
89. H. Hermjakob L. Montecchi-Palazzi C. Lewington S. Mudali S. Kerrien S. Orchard M. Vingron B. Roechert P. Roepstorff A. Valencia H. Margalit J. Armstrong A. Bairoch G. Cesareni D. Sherman R. Apweiler Nucleic Acids Res. 2004 32 D452 D455
90. I. Xenarios D. W. Rice L. Salwinski M. K. Baron E. M. Marcotte D. Eisenberg Nucleic Acids Res. 2000 28 289 291
91. R. Kelley T. Ideker Nat. Biotechnol. 2005 23 561 566
92. S. Bandyopadhyay R. Kelley N. J. Krogan T. Ideker PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000065
93. S. C. Janga J. Collado-Vides G. Moreno-Hagelsieb Nucleic Acids Res. 2005 33 2521 2530
94. R. L. Tatusov E. V. Koonin D. J. Lipman Science 1997 278 631 637
95. R. L. Tatusov M. Y. Galperin D. A. Natale E. V. Koonin Nucleic Acids Res. 2000 28 33 36
96. I. Uchiyama Nucleic Acids Res. 2007 35 D343 D346
97. M. Brilli A. Mengoni M. Fondi M. Bazzicalupo P. Lio R. Fani BMC Bioinf. 2008 9 551
98. S. V. Date E. M. Marcotte Nat. Biotechnol. 2003 21 1055 1062
99. J. Wu S. Kasif C. DeLisi Bioinformatics 2003 19 1524 1530
100. R. L. Tatusov A. R. Mushegian P. Bork N. P. Brown W. S. Hayes M. Borodovsky K. E. Rudd E. V. Koonin Curr. Biol. 1996 6 279 291
101. J. G. Lawrence Trends Microbiol. 1997 5 355 359
102. M. A. Huynen P. Bork Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 5849 5856
103. T. Dandekar B. Snel M. Huynen P. Bork Trends Biochem. Sci. 1998 23 324 328
104. R. Overbeek M. Fonstein M. D'Souza G. D. Pusch N. Maltsev Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 2896 2901
105. I. Yanai J. C. Mellor C. DeLisi Trends Genet. 2002 18 176 179
106. A. J. Enright I. Iliopoulos N. C. Kyrpides C. A. Ouzounis Nature 1999 402 86 90
107. A. J. Enright C. A. Ouzounis GenomeBiology 2001 2 RESEARCH0034
108. K. Suhre J. M. Claverie Nucleic Acids Res. 2004 32 D273 D276
109. I. Yanai A. Derti C. DeLisi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 7940 7945
110. L. H. Hartwell J. J. Hopfield S. Leibler A. W. Murray Nature 1999 402 C47 C52
111. A. W. Rives T. Galitski Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 1128 1133
112. M. Boxem Z. Maliga N. Klitgord N. Li I. Lemmens M. Mana L. de Lichtervelde J. D. Mul D. van de Peut M. Devos N. Simonis M. A. Yildirim M. Cokol H. L. Kao A. S. de Smet H. Wang A. L. Schlaitz T. Hao S. Milstein C. Fan M. Tipsword K. Drew M. Galli K. Rhrissorrakrai D. Drechsel D. Koller F. P. Roth L. M. Iakoucheva A. K. Dunker R. Bonneau K. C. Gunsalus D. E. Hill F. Piano J. Tavernier S. van den Heuvel A. A. Hyman M. Vidal Cell (Cambridge, Mass.) 2008 134 534 545
113. A. Kreimer E. Borenstein U. Gophna E. Ruppin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 6976 6981
114. G. A. Musso Z. Zhang A. Emili Chem. Rev. 2007 107 3585 3600
115. K. C. Chipman A. K. Singh BMC Bioinf. 2009 10 17
116. I. Ulitsky T. Shlomi M. Kupiec R. Shamir Mol. Syst. Biol. 2008 4 209
117. E. S. Kroll K. M. Hyland P. Hieter J. J. Li Genetics 1996 143 95 102
118. T. L. Campbell E. D. Brown J. Bacteriol. 2008 190 2537 2545
119. B. Roy-Chaudhuri N. Kirthi T. Kelley G. M. Culver Mol. Microbiol. 2008 68 1547 1559
120. K. Saka M. Tadenuma S. Nakade N. Tanaka H. Sugawara K. Nishikawa N. Ichiyoshi M. Kitagawa H. Mori N. Ogasawara A. Nishimura DNA Res. 2005 12 63 68
121. G. Giaever P. Flaherty J. Kumm M. Proctor C. Nislow D. F. Jaramillo A. M. Chu M. I. Jordan A. P. Arkin R. W. Davis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 793 798
122. P. Y. Lum C. D. Armour S. B. Stepaniants G. Cavet M. K. Wolf J. S. Butler J. C. Hinshaw P. Garnier G. D. Prestwich A. Leonardson P. Garrett-Engele C. M. Rush M. Bard G. Schimmack J. W. Phillips C. J. Roberts D. D. Shoemaker Cell (Cambridge, Mass.) 2004 116 121 137
123. R. Chait A. Craney R. Kishony Nature 2007 446 668 671
124. M. E. Hillenmeyer E. Fung J. Wildenhain S. E. Pierce S. Hoon W. Lee M. Proctor R. P. St Onge M. Tyers D. Koller R. B. Altman R. W. Davis C. Nislow G. Giaever Science 2008 320 362 365
125. S. Hoon R. P. St Onge G. Giaever C. Nislow Trends Pharmacol. Sci. 2008 29 499 504
126. A. B. Parsons A. Lopez I. E. Givoni D. E. Williams C. A. Gray J. Porter G. Chua R. Sopko R. L. Brost C. H. Ho J. Wang T. Ketela C. Brenner J. A. Brill G. E. Fernandez T. C. Lorenz G. S. Payne S. Ishihara Y. Ohya B. Andrews T. R. Hughes B. J. Frey T. R. Graham R. J. Andersen C. Boone Cell (Cambridge, Mass.) 2006 126 611 625
127. P. Yeh A. I. Tschumi R. Kishony Nat. Genet. 2006 38 489 494
128. B. Liu M. Pop Nucleic Acids Res. 2009 37 D443 D447
129. M. Kuhn C. von Mering M. Campillos L. J. Jensen P. Bork Nucleic Acids Res. 2008 36 D684 D688
130. D. S. Wishart C. Knox A. C. Guo D. Cheng S. Shrivastava D. Tzur B. Gautam M. Hassanali Nucleic Acids Res. 2008 36 D901 D906
131. J. Lehar B. R. Stockwell G. Giaever C. Nislow Nat. Chem. Biol. 2008 4 674 681
132. P. Hu S. C. Janga M. Babu J. J. DiaZ-Mejia G. Butland W. Yang O. Pogoutse X. Guo S. Phanse P. Wong S. Chandran C. Christopoulos A. Nazarians-Armavil N. K. Nasseri G. Musso M. Ali N. Nazemof V. Eroukova A. Golshani A. Paccanaro J. F. Greenblatt G. Moreno-Hagelsieb A. Emili PLoS Biol. 2009 7 e1000096
133. M. H. Serres S. Goswami M. Riley Nucleic Acids Res. 2004 32 D300 D302
134. C. von Mering L. J. Jensen B. Snel S. D. Hooper M. Krupp M. Foglierini N. Jouffre M. A. Huynen P. Bork Nucleic Acids Res. 2005 33 D433 D437
135. P. M. Bowers B. D. O'Connor S. J. Cokus E. Sprinzak T. O. Yeates D. Eisenberg FEBS J. 2005 272 5110 5118
136. E. Andres Leon I. Ezkurdia B. Garcia A. Valencia D. Juan Nucleic Acids Res. 2009 37 D629 D635
137. B. A. Shoemaker A. R. Panchenko PLoS Comput. Biol. 2007 3 e43
138. A. G. Fraser E. M. Marcotte Nat. Genet. 2004 36 559 564
139. M. A. Huynen B. Snel C. von Mering P. Bork Curr. Opin. Cell Biol. 2003 15 191 198
140. I. Lee S. V. Date A. T. Adai E. M. Marcotte Science 2004 306 1555 1558
141. I. Ulitsky R. Shamir Mol. Syst. Biol. 2007 3 104
142. M. Riley T. Abe M. B. Arnaud M. K. B. Berlyn F. R. Blattner R. R. Chaudhuri J. D. Glasner T. Horiuchi I. M. Keseler T. Kosuge H. Mori N. T. Perna G. Plunkett, III K. E. Rudd M. H. Serres G. H. Thomas N. R. Thomson D. Wishart B. L. Wanner Escherichia coli K-12: a cooperatively developed annotation snapshot 2005 Nucleic Acids Res. 2006 34 1 1 9
143. I. M. Keseler C. Bonavides-Martinez J. Collado-Vide S. Gama-Castro R. P. Gunsalus D. A. Johnson M. Krummenacker L. M. Nolan S. Paley I. T. Paulsen M. Peralta-Gil A. Santos-Zavaleta A. G. Shearer P. D. Karp Nucleic Acids Res. 2009 37 D464 D470
144. C. Su J. M. Peregrin-Alvarez G. Butland S. Phanse V. Fong A. Emili J. Parkinson Nucleic Acids Res. 2008 36 D632 D636