Shedding light on the efficacy of laboratory evolution based on iterative saturation mutagenesis

Molecular BioSystems

Volumn 5, Issue 2, 2009, Pages 115-122

  Reetz, Manfred T ^a   Kahakeaw, Daniel ^a   Sanchis, Joaquin ^a  

^a MAX PLANCK INSTITUT FÜR KOHLENFORSCHUNG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID;

ARTICLE; ASPERGILLUS NIGER; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; CODON; CONFORMATION; DIRECTED MOLECULAR EVOLUTION; GENETIC PROCEDURES; KINETICS; METHODOLOGY; MUTAGENESIS; PROTEIN ENGINEERING; THERMODYNAMICS;

AMINO ACIDS; ASPERGILLUS NIGER; CODON; DIRECTED MOLECULAR EVOLUTION; GENETIC TECHNIQUES; KINETICS; MODELS, CHEMICAL; MOLECULAR CONFORMATION; MUTAGENESIS; PROTEIN ENGINEERING; THERMODYNAMICS;

EID: 58549110239     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b814862g     Document Type: Article

References (71)

1. E. Francotte and W. Lindner, Chirality in Drug Research, Wiley-VCH, Weinheim, 2006
2. K. Drauz and H. Waldmann, Enzyme Catalysis in Organic Synthesis: A Comprehensive Handbook, Wileyl-VCH, Weinheim, 2002, 2nd edn, vol. I-III
3. R. N. Patel, Biocatalysis in the Pharmaceutical and Biotechnology Industries, CRC Press, USA, 2006
4. F. Cedrone A. Ménez E. Quéméneur Curr. Opin. Struct. Biol. 2000 10 405 410
5. T. Imanaka and H. Atomi, in Enzyme Catalysis in Organic Synthesis: A Comprehensive Handbook, ed., K. Drauz, and, H. Waldmann, Wiley-VCH, Weinheim, 2002, 2nd edn, vol. I, pp. 67-95
6. K. M. Arndt and K. M. Müller, Methods in Molecular Biology (Protein Engineering Protocols), Humana Press, Totowa, New Jersey, 2007, vol. 352
7. F. H. Arnold and G. Georgiou, Methods and Molecular Biology (Screening and Selection Methods), Humana Press, Totowa, New Jersey, 2003, vol. 230
8. S. Brakmann and A. Schwienhorst, Evolutionary Methods in Biotechnology-Clever Tricks for Directed Evolution, Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2004
9. E. G. Hibbert F. Baganz H. C. Hailes J. M. Ward G. J. Lye J. M. Woodley P. A. Dalby Biomol. Eng. 2005 22 11 19
10. S. B. Rubin-Pitel H. Zhao Comb. Chem. High Throughput Screening 2006 9 247 257
11. C. Jäckel P. Kast D. Hilvert Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2008 37 153 173
12. S. Bershtein D. S. Tawfik Curr. Opin. Chem. Biol. 2008 12 151 158
13. M. T. Reetz A. Zonta K. Schimossek K. Liebeton K.-E. Jaeger Angew. Chem. 1997 109 2961 2963 Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1997 36 2830 2832
14. M. T. Reetz Pure Appl. Chem. 2000 72 1615 1622
15. M. T. Reetz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 5716 5722
16. M. T. Reetz, in Enzyme Functionality-Design, Engineering, and Screening, ed., A. Svendsen, Marcel Dekker, New York, USA, 2004, pp. 559-598
17. J.-L. Reymond, Enzyme Assays-High-throughput Screening, Genetic Selection and Fingerprinting, Wiley-VCH, Weinheim, 2006
18. H. Lin V. W. Cornish Angew. Chem. 2002 114 4580 4606 Angew. Chem., Int. Ed. 2002 41 4402 4425
19. S. Lutz W. M. Patrick Curr. Opin. Biotechnol. 2004 15 291 297
20. R. J. Fox G. W. Huisman Trends Biotechnol. 2008 26 132 138
21. D. W. Leung E. Chen D. V. Goeddel Technique 1989 1 11 15
22. K. A. Powell S. W. Ramer S. B. del Cardayré W. P. C. Stemmer M. B. Tobin P. F. Longchamp G. W. Huisman Angew. Chem. 2001 113 4068 4080 Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 3948 3959
23. S. V. Taylor P. Kast D. Hilvert Angew. Chem. 2001 113 3408 3436 Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 3310 3335
24. M. T. Reetz H. Höbenreich P. Soni L. Fernández Chem. Commun. 2008 5502 5504
25. Y. L. Boersma M. J. Dröge A. M. van der Sloot T. Pijning R. H. Cool B. W. Dijkstra W. J. Quax ChemBioChem 2008 9 1110 1115
26. H. H. Hogrefe J. Cline G. L. Youngblood R. M. Allen BioTechniques 2002 33 1158 1165
27. M. T. Reetz S. Wilensek D. Zha K.-E. Jaeger Angew. Chem. 2001 113 3701 3703 Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 3589 3591
28. M. Bocola N. Otte K.-E. Jaeger M. T. Reetz W. Thiel ChemBioChem 2004 5 214 223
29. M. T. Reetz M. Puls J. D. Carballeira A. Vogel K.-E. Jaeger T. Eggert W. Thiel M. Bocola N. Otte ChemBioChem 2007 8 106 112
30. M. T. Reetz, in Advances in Catalysis, ed., B. C. Gates, and, H. Knözinger, Elsevier, San Diego, 2006, vol. 49, pp. 1-69
31. M. T. Reetz, in Asymmetric Organic Synthesis with Enzymes, ed., V. Gotor, I. Alfonso, and, E. García-Urdiales, Wiley-VCH, Weinheim, 2008, pp. 21-63
32. Y. Koga K. Kato H. Nakano T. Yamane J. Mol. Biol. 2003 331 585 592
33. M. S. Warren S. J. Benkovic Protein Eng. 1997 10 63 68
34. G. P. Horsman A. M. F. Liu E. Henke U. T. Bornscheuer R. J. Kazlauskas Chem.-Eur. J. 2003 9 1933 1939
35. L. Rui L. Cao W. Chen K. F. Reardon T. K. Wood J. Biol. Chem. 2004 279 46810 46817
36. E. M. Gabor D. B. Janssen Prot. Eng., Des. Sel. 2004 17 571 579
37. M. Fa A. Radeghieri A. A. Henry F. E. Romesberg J. Am. Chem. Soc. 2004 126 1748 1754
38. A. Juillerat T. Gronemeyer A. Keppler S. Gendreizig H. Pick H. Vogel K. Johnsson Chem. Biol. 2003 10 313 317
39. N. U. Nair H. Zhao ChemBioChem 2008 9 1213 1215
40. M. T. Reetz M. Bocola J. D. Carballeira D. Zha A. Vogel Angew. Chem. 2005 117 4264 4268 Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 4192 4196
41. M. T. Reetz L.-W. Wang M. Bocola Angew. Chem. 2006 118 1258 1263 Angew. Chem., Int. Ed 2006 45 1236 1241
42. M. T. Reetz J. D. Carballeira A. Vogel Angew. Chem. 2006 118 7909 7915 Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 7745 7751
43. M. T. Reetz J. D. Carballeira Nat. Protocols 2007 2 891 903
44. M. T. Reetz, in Protein Engineering Handbook, ed., S. Lutz, and, U. T. Bornscheuer, Wiley-VCH, Weinheim, 2009, pp. 409-439
45. J. Y. Zou B. M. Hallberg T. Bergfors F. Oesch M. Arand S. L. Mowbray T. A. Jones Structure 2000 8 111 122
46. M. T. Reetz C. Torre A. Eipper R. Lohmer M. Hermes B. Brunner A. Maichele M. Bocola M. Arand A. Cronin Y. Genzel A. Archelas R. Furstoss Org. Lett. 2004 6 177 180
47. M. T. Reetz J. Sanchis ChemBioChem 2008 9 2260 2267
48. D. M. Weinreich N. F. Delaney M. A. DePristo D. L. Hartl Science 2006 312 111 114
49. C. M. Clouthier M. M. Kayser M. T. Reetz J. Org. Chem. 2006 71 8431 8437
50. M. T. Reetz J. J.-P. Peyralans A. Maichele Y. Fu M. Maywald Chem. Commun. 2006 4318 4320
51. S. Bartsch R. Kourist U. T. Bornscheuer Angew. Chem. 2008 120 1531 1534 Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 1508 1511
52. L. Liang J. Zhang Z. Lin Microb. Cell Fact. 2007 6 36
53. M. T. Reetz D. Kahakeaw R. Lohmer ChemBioChem 2008 9 1797 1804
54. A. R. Davidson K. J. Lumb R. T. Sauer Nat. Struct. Biol. 1995 2 856 864
55. M. H. Hecht A. Das A. Go L. H. Bradley Y. Wei Protein Sci. 2004 13 1711 1723
56. K. U. Walter K. Vamvaca D. Hilvert J. Biol. Chem. 2005 280 37742 37746
57. S. Akanuma T. Kigawa S. Yokoyama Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 13549 13553
58. A. D. Solis S. Rackovsky Proteins Struct., Funct., Bioinf. 2007 67 785 788
59. N. Doi K. Kakukawa Y. Oishi H. Yanagawa Prot. Eng., Des. Sel. 2005 18 279 284
60. J. Yang Y. Koga H. Nakano T. Yamane Protein Eng. 2002 15 147 152
61. L. Rui Y. M. Kwon A. Fishman K. F. Reardon T. K. Wood Appl. Environ. Microbiol. 2004 70 3246 3252
62. W. M. Patrick A. E. Firth Biomol. Eng. 2005 22 105 112
63. A. D. Bosley M. Ostermeier Biomol. Eng. 2005 22 57 61
64. M. Denault and J. N. Pelletier, in Protein Engineering Protocols, ed., K. M. Arndt, and, K. M. Müller, Humana Press, Totowa, New Jersey, 2007, vol. 352, pp. 127-154
65. L. Zhao B. Han Z. Huang M. Miller H. Huang D. S. Malashock Z. Zhu A. Milan D. E. Robertson D. P. Weiner M. J. Burk J. Am. Chem. Soc. 2004 126 11156 11157
66. J. D. Bloom M. M. Meyer P. Meinhold C. R. Otey D. MacMillan F. H. Arnold Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 447 452
67. A. E. Firth W. M. Patrick Nucleic Acids Res. 2008 36 W281 W285
68. M. R. Martzen S. M. McCraith S. L. Spinelli F. M. Torres S. Fields E. J. Grayhack E. M. Phizicky Science 1999 286 1153 1155
69. K. M. Polizzi M. Parikh C. U. Spencer I. Matsumura J. H. Lee M. J. Realff A. S. Bommarius Biotechnol. Prog. 2006 22 961 967
70. A. D. Griffiths D. S. Tawfik Trends Biotechnol. 2006 24 395 402
71. M. T. Reetz S. Wu Chem. Commun. 2008 5499 5501