Polymorphism of the SOD1-DNA aggregation species can be modulated by DNA

Biopolymers

Volumn 89, Issue 12, 2008, Pages 1154-1169

  Jiang, Wei ^a,b   Zhang, Bo ^b   Yin, Jun ^b   Liu, Liang ^b   Wang, Li ^a   Liu, Changlin ^a  

^a CENTRAL CHINA NORMAL UNIVERSITY   (China)

^b HUAZHONG UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

DNA condensation; DNA template; Polymorphism; SOD1 aggregation; TEM

Indexed keywords

ACIDIC CONDITIONS; ATOMIC FORCES; BRANCHED STRUCTURES; DNA CONDENSATION; DNA TEMPLATE; DOUBLE-STRANDED DNAS; IN-VITRO; IN-VIVO; MACROAGGREGATES; MICRO-METER SCALE; NEUTRAL CONDITIONS; OPTICAL MICROSCOPES; PLASMID DNAS; PROTEIN AGGREGATES; SOD1 AGGREGATION; SUPEROXIDE DISMUTASE; TEM; TEMPLATED; TOXIC PROTEINS; WILD TYPES;

CONDENSATION; DNA; GENES; MONOMERS; NANOPARTICLES; NUCLEIC ACIDS; OLIGOMERS; OPTICAL MICROSCOPY; OXYGEN; POLYMERS; POLYMORPHISM; THICKNESS MEASUREMENT; ZINC;

AGGREGATES;

ASCORBIC ACID; COPPER ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE; DNA; SUPEROXIDE DISMUTASE;

ANIMAL; ARTICLE; ATOMIC FORCE MICROSCOPY; CATTLE; DNA TEMPLATE; ELECTRON MICROSCOPY; GENETIC POLYMORPHISM; GENETICS; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN CONFORMATION; ULTRASTRUCTURE;

ANIMALS; ASCORBIC ACID; CATTLE; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; DNA; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MICROSCOPY, ATOMIC FORCE; MICROSCOPY, ELECTRON; POLYMORPHISM, GENETIC; PROTEIN CONFORMATION; SUPEROXIDE DISMUTASE; TEMPLATES, GENETIC;

EID: 58149327341     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.21067     Document Type: Article

References (54)

1. Fridovich, I. Annu Rev Biochem 1975, 44, 147-159.
2. Kinnula, V. L.; Crapo, J. Free Radic Biol Med 2004, 36, 718-744.
3. Ezzi, S. A.; Urashitani, M.; Julien, J.-P. J Neurochem 2007, 102, 170-178.
4. Gruzman, A.; Wood, W. L.; Alpert, E.; Prasad, M. D.; Miller, R. C.; Rothstein, J. D.; Bowser, R.; Hamilton, R.; Wood, T. D.; Cleveland, D. W.; Lingappa, V. R.; Liu, J. Proc Natl Acad Sci USA 2007, 104, 12524-12529.
5. Valentine, J. S.; Hart, P. J. Proc Natl Acad Sci USA 2003, 100, 3617-3622.
6. Valentine, J. S.; Doucette, P. A.; Potter, S. Z. Annu Rev Biochem 2005, 74, 563-593.
7. Bruijn, L. I.; Miller, T. M.; Cleveland, D. W. Annu Rev Neurosci 2004, 27, 723-749.
8. Cleveland, D. W.; Rothstein, J. D. Nat Rev Neurosci 2001, 2, 806-819.
9. Hart, P. J. Curr Opin Chem Biol 2006, 10, 131-138.
10. Boillee, S.; Velde, C. V.; Cleveland, D. W. Neuron 2006, 52, 39-59.
11. Shaw, B. F.; Valentine, J. S. Trends Biochem Sci 2007, 32, 78-85.
12. Deng, H. X.; Hentati, A.; Tainer, J. A.; Iqbal, Z.; Cayabyab, A.; Huang, W. Y.; Getzoff, E. D.; Hu, P.; Herzfeldt, B.; Roos, R. P.; Warner, C.; Deng, G.; Soriano, E.; Smyth, C.; Parge, H. E.; Ahmed, A.; Roses, A. D.; Hallewell, R. A.; Pericak-Vance, M. A.; Siddique, T. Science 1993, 261, 1047-1051.
13. Rosen, D. R.; Siddique, T.; Patterson, D.; Figlewicz, D. A.; Sapp, P.; Hentati, A.; Donaldson, D.; Goto, J.; O'Regan, J. P.; Deng, H. X.; Rahmani, Z.; Krizus, A.; McKenna-Yasek, D.; Cayabyab, A.; Gaston, S. M.; Berger, R.; Tazni, R. E.; Halperin, J. J.; Herzfeldt, B.; van der Bergh, R.; Huang, W. Y. T.; Deng, G.; Smyth, D. W.; Laing, N. G.; Soriano, E.; Pericak-Vance, M. A.; Haines, J.; Roulean, G. A.; Gusella, J. S.; Harvitz, H. R.; Brown, R. H., Jr. Nature 1993, 362, 59-62.
14. Gurney, M. E.; Pu, H.; Chiu, A. Y.; Dal Canto, M. C.; Polchow, C. Y.; Alexander, D. D.; Caliendo, J.; Hentati, A.; Kwon, Y. W.; Deng, H. X. Science 1994, 264, 1772-1775.
15. Julien, J.-P. Cell 2001, 104, 581-591.
16. Rodriguez, J. A.; Shaw, B. F.; Durazo, A.; Sohn, H.; Doucette, P. A.; Nersissian, A. M.; Faull, K. F.; Eggers, D. K.; Tiwari, A.; Hayward, L. J.; Valentine, J. S. Proc Natl Acad Sci USA 2005, 102, 10516-10521.
17. Stathopulos, P. B.; Rumfeldt, J. A. O.; Scholz, G. A.; Irani, R. A.; Frey, H. E.; Hallewell, R. A.; Lepock, J. R.; Meiering, E. M. Proc Natl Acad Sci USA 2003, 100, 7021-7026.
18. Bruijin, L. I.; Houseweart, M. K.; Kato, S.; Anderson, K. L.; Anderson, S. D.; Ohama, E.; Reaume, A. G.; Scott, R. W.; Cleveland, D. W. Science 1998, 281, 1851-1854.
19. Dobson, C. M. Nature 2003, 426, 884-890.
20. Banci, L.; Bertini, I.; Durazo, A.; Girotto, S.; Gralla, E. B.; Martinelli, M.; Valentine, J. S.; Vieru, M.; Whitelegge, J. P. Proc Natl Acad Sci USA 2007, 104, 11263-11267.
21. Johnston, J. A.; Dalton, M. J.; Gurney, M. E.; Kopito, R. R. Proc Natl Acad Sci USA 2000, 97, 12571-12576.
22. DiDonato, M.; Craig, L.; Huff, M. E.; Thayer, M. M.; Cardoso, R. M. F.; Kassmann, C. J.; Lo, T. P.; Bruns, C. K.; Powers, E. T.; Kelly, J. W.; Getzoff, E. D.; Tainer, J. A. J Mol Biol 2003, 332, 601-615.
23. Elam, J. S.; Taylor, A. B.; Strange, R.; Antonyuk, S.; Doucette, P. A.; Rodriguez, J. A.; Hasnain, S. S.; Hayward, L. J.; Valentine, J. S.; Yeates, T. O.; Hart, P. J. Nat Struct Biol 2003, 10, 461-467.
24. Ray, S. S.; Nowak, R. J.; Strokovich, K.; Brown, R. H., Jr.; Walz, T.; Lansbury, P. T., Jr. Biochemistry 2004, 43, 4899-4905.
25. Wang, J.; Xu, G.; Gonzales, V.; Coonfielld, M.; Fromholt, D.; Copeland, N. G.; Jenkins, N. A.; Borchelt, D. R. Neurobiol Dis 2002, 10, 128-138.
26. Bruijn, L. I.; Becher, M. W.; Lee, M. K.; Anderson, K. L.; Jenkins, N. A.; Copeland, S. S.; Rothstein, J. D.; Borchelt, D. R.; Price, D. L.; Cleveland, D. W. Neuron 1997, 18, 327-338.
27. Liu, J.; Lillo, C.; Jonsson, A.; Velde, C. V.; Ward, C. M.; Miller, T. M.; Subramaniam, J. R.; Rothstein, J. D.; Marklund, S.; Andersen, P. M.; Brannstrom, T.; Gredal, O.; Wong, P. C.; Williams, D. S.; Cleveland, D. W. Neuron 2004, 43, 5-17.
28. Pasinelli, P.; Belford, M. E.; Lennon, N.; Bacskai, B.; Hyman, B. T.; Trotti, D.; Brown, R. H., Jr. Neuron 2004, 43, 19-30.
29. Zhang, F.; Zhu, H. Biochim Biophys Acta 2006, 1760, 404-414.
30. Son, M.; Cloyd, C. D.; Rothstein, J. D.; Rajendran, B.; Elliott, J. L. J Biol Chem 2003, 278, 14331-14336.
31. Sasaki, S.; Warita, H.; Murakami, T.; Shibata, N.; Komori, T.; Abe, K.; Kobayashi, M.; Iwata, M. Acta Neuropathol (Berl) 2005, 109, 247-255.
32. Wang, J.; Xu, G.; Borchelt, D. R. Neurobiol Dis 2002, 9, 139-148.
33. Wang, J.; Slunt, H. H.; Gonzales, V.; Fromholt, D.; Coonfield, M.; Copeland, N. G.; Jenkins, N. A.; Borchelt, D. R. Hum Mol Genet 2003, 12, 2753-2764.
34. Puttaparthi, K.; Rajendran, B. J Neurochem 2003, 87, 851-860.
35. Kurahashi, T.; Miyazaki, A.; Suwan, S.; Isobe, M. J Am Chem Soc 2001, 123, 9268-9278.
36. Valentine, J. S. Free Radic Biol Med 2002, 33, 1314-1320.
37. Rakhit, R.; Cunningham, P.; Furtos-Matei, A.; Dahan, S.; Qi, X. F.; Crow, J. P.; Cashman, N. R.; Kondejewski, L. H.; Chakrabartty, A. J Biol Chem 2002, 277, 47551-47556.
38. Rakhit, R.; Lepock, J. R.; Kondejewski, L. H.; Cashman, N. R.; Chakrabartty, A. J Biol Chem 2004, 279, 15499-15504.
39. Jiang, W.; Han, Y.; Zhou, R.; Zhang, L.; Liu, C. Biochemistry 2007, 46, 5911-5923.
40. Kim, Y.-J.; Nakatomi, R.; Akagi, T.; Hashikawa, T.; Takahashi, R. J Biol Chem 2005, 280, 21515-21521.
41. Calamai, M.; Kumita, J. R.; Mifsud, J.; Parrini, C.; Ramazzotti, M.; Ramponi, G.; Taddei, N.; Chiti, F.; Dobson, C. M. Biochemistry 2006, 45, 12806-12815.
42. Cherny, D.; Hoyer, W.; Subramaniam, V.; Jovin, T. M. J Mol Biol 2004, 344, 929-938.
43. Jiang, W.; Shen, T.; Han, Y.; Pan, Q.; Liu, C. J Biol Inorg Chem 2006, 11, 835-848.
44. Jiang, W.; Han, Y.; Pan, Q.; Shen, T.; Liu, C. J Inorg Biochem 2007, 101, 667-677.
45. Ross, C. A.; Poirier, M. A. Nat Rev Mol Cell Biol 2005, 6, 891-898.
46. Ceci, P.; Cellai, S.; Falvo, E.; Rivetti, C.; Ross, G. L.; Chiancone, E. Nucleic Acids Res 2004, 32, 5935-5944.
47. Lin, Z.; Wang, C.; Feng, X.; Liu, M.; Li, J.; Bai, C. Nucleic Acids Res 1998, 26, 3228-3234.
48. Pelta, J.; Livolant, F.; Sikorav, J. L. J Biol Chem 1996, 271, 5656-5662.
49. Cuypers, M. G.; Mitchell, E. P.; Romão, C. V.; McSweeney, S. M. J Mol Biol 2007, 371, 787-799.
50. Rousseau, F.; Schymkowitz, J.; Serrano, L. Curr Opin Struct Biol 2006, 16, 118-126.
51. Petkova, A. T.; Leapman, R. D.; Guo, Z.; Yau, W.-M.; Mattson, M. P.; Tycko, R. Science 2005, 307, 262-265.
52. Yoshiike, Y.; Akagi, T.; Takashima, A. Biochemistry 2007, 46, 9805-9812.
53. Lippard, S. J.; Burger, A. B.; Ugurbil, K.; Pantoliano, M.W.; Valentine, J. S. Biochemistry 1977, 36, 1136-1141.
54. Khare, S. D.; Caplow, M.; Dokholyan, N. V. Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101, 15094-15099.