Genome assembly, rearrangement, and repeats

Chemical Reviews

Volumn 107, Issue 8, 2007, Pages 3391-3406

  Tang, Haixu ^a  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMOSOMES; COMPUTATIONAL METHODS; DNA SEQUENCES; EVOLUTIONARY ALGORITHMS;

EUKARYOTIC GENOMES; GENOMIC SEQUENCE ANALYSIS;

GENES;

ANIMAL; BIOLOGICAL MODEL; COMPUTER SIMULATION; GENETIC RECOMBINATION; GENETICS; GENOME; HUMAN; NUCLEOTIDE REPEAT; NUCLEOTIDE SEQUENCE; REVIEW;

ANIMALS; BASE SEQUENCE; COMPUTER SIMULATION; GENOME; HUMANS; MODELS, GENETIC; RECOMBINATION, GENETIC; REPETITIVE SEQUENCES, NUCLEIC ACID;

EID: 34548272144     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr0683008     Document Type: Review

References (156)

1. Pevzner, P. A.; Tang, H. Bioinformatics 2001, 17, S225.
2. Eichler, E. E.; Sankoff, D. Science 2003, 301, 793.
3. Pardi, F.; Goldman, N. PLoS Genet. 2005, 1, e71.
4. Nierman, W. C.; Pain, A.; Anderson, M. J.; Wortman, J. R.; Kim, H. S.; Arroyo, J.; Berriman, M.; Abe, K.; Archer, D. B.; Bermejo, C.; Bennett, J.; Bowyer, P.; Chen, D.; Collins, M.; Coulsen, R.; Davies, R.; Dyer, P. S.; Farman, M.; Fedorova, N.; Fedorova, N.; Feldblyum, T. V.; Fischer, R.; Fosker, N.; Fraser, A.; Garcia, J. L.; Garcia, M. J.; Goble, A.; Goldman, G. H.; Gomi, K.; Griffith-Jones, S.; Gwilliam, R.; Haas, B.; Haas, H.; Harris, D.; Horiuchi, H.; Huang, J.; Humphray, S.; Jimenez, J.; Keller, N.; Khouri, H.; Kitamoto, K.; Kobayashi, T.; Konzack, S.; Kulkarni, R.; Kumagai, T.; Lafton, A.; Latge, J.-P.; Li, W.; Lord, A.; Lu, C.; Majoros, W. H.; May, G. S.; Miller, B. L.; Mohamoud, Y.; Molina, M.; Monod, M.; Mouyna, I.; Mulligan, S.; Murphy, L.; O'Neil, S.; Paulsen, I.; Penalva, M. A.; Pertea, M.; Price, C.; Pritchard, B. L.; Quail, M. A.; Rabbinowitsch, E.; Rawlins, N.; Rajandream, M.-A.; Reichard, U.; Renauld, H.; Robson, G. D.; de Cordoba, S. R.; Rodriguez-Pena, J. M.; Ronning, C. M.; Rutter, S.; Salzberg, S. L.; Sanchez, M.; Sanchez-Ferrero, J. C.; Saunders, D.; Seeger, K.; Squares, R.; Squares, S.; Takeuchi, M.; Tekaia, F.; Turner, G.; de Aldana, C. R. V.; Weidman, J.; White, O.; Woodward, J.; Yu, J.-H.; Fraser, C.; Galagan, J. E.; Asai, K.; Machida, M.; Hall, N.; Barrell, B.; Denning, D. W. Nature 2005, 438, 1151.
5. Dujon, B.; Sherman, D.; Fischer, G.; Durrens, P.; Casaregola, S.; Lafontaine, I.; de Montigny, J.; Marck, C.; Neuveglise, C.; Talla, E.; Goffard, N.; Frangeul, L.; Aigle, M.; Anthouard, V.; Babour, A.; Barbe, V.; Barnay, S.; Blanchin, S.; Beckerich, J.-M.; Beyne, E.; Bleykasten, C.; Boisrame, A.; Boyer, J.; Cattolico, L.; Confanioleri, F.; de Daruvar, A.; Despons, L.; Fabre, E.; Fairhead, C.; Ferry-Dumazet, H.; Groppi, A.; Hantraye, F.; Hennequin, C.; Jauniaux, N.; Joyet, P.; Kachouri, R.; Kerrest, A.; Koszul, R.; Lemaire, M.; Lesur, I.; Ma, L.; Muller, H.; Nicaud, J.-M.; Nikolski, M.; Oztas, S.; Ozier-Kalogeropoulos, O.; Pellenz, S.; Potier, S.; Richard, G.-F.; Straub, M.-L.; Suleau, A.; Swennen, D.; Tekaia, F.; Wesolowski-Louvel, M.; Westhof, E.; Wirth, B.; Zeniou-Meyer, M.; Zivanovic, I.; Bolotin-Fukuhara, M.; Thierry, A.; Bouchier, C.; Caudron, B.; Scarpelli, C.; Gaillardin, C.; Weissenbach, J.; Wincker, P.; Souciet, J.-L. Nature 2004, 430, 35.
6. Loftus, B. J.; Fung, E.; Roncaglia, P.; Rowley, D.; Amedeo, P.; Bruno, D.; Vamathevan, J.; Miranda, M.; Anderson, I. J.; Fraser, J. A.; Allen, J. E.; Bosdet, I. E.; Brent, M. R.; Chin, R.; Doering, T. L.; Donlin, M. J.; D'Souza, C. A.; Fox, D. S.; Grinberg, V.; Fu, J.; Fukushima, M.; Haas, B. J.; Huang, J. C.; Janbon, G.; Jones, S. J. M.; Koo, H. L.; Krzywinski, M. I.; Kwon-Chung, J. K.; Lengeler, K. B.; Maiti, R.; Marra, M. A.; Marra, R. E.; Mathewson, C. A.; Mitchell, T. G.; Pertea, M.; Riggs, F. R.; Salzberg, S. L.; Schein, J. E.; Shvartsbeyn, A.; Shin, H.; Shumway, M.; Specht, C. A.; Suh, B. B.; Tenney, A.; Utterback, T. R.; Wickes, B. L.; Wortman, J. R.; Wye, N. H.; Kronstad, J. W.; Lodge, J. K.; Heitman, J.; Davis, R. W.; Fraser, C. M.; Hyman, R. W. Science 2005, 307, 1321.
7. Jones, T.; Federspiel, N. A.; Chibana, H.; Dungan, J.; Kalman, S.; Magee, B. B.; Newport, G.; Thorstenson, Y. R.; Agabian, N.; Magee, P. T.; Davis, R. W.; Scherer, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7329.
8. Xu, P.; Widmer, G.; Wang, Y.; Ozaki, L. S.; Alves, J. M.; Serrano, M. G.; Puiu, D.; Manque, P.; Akiyoshi, D.; Mackey, A. J.; Pearson, W. R.; Dear, P. H.; Bankier, A. T.; Peterson, D. L.; Abrahamsen, M. S.; Kapur, V.; Tzipori, S.; Buck, G. A. Nature 2004, 431, 1107.
9. Abrahamsen, M. S.; Templeton, T. J.; Enomoto, S.; Abrabante, J. E.; Zhu, G.; Lancto, C. A.; Deng, M.; Liu, C.; Widmer, G.; Tzipori, S.; Buck, G. A.; Xu, P.; Bankier, A. T.; Dear, P. H.; Konfortov, B. A.; Spriggs, H. F.; Iyer, L.; Anantharaman, V.; Aravind, L.; Kapur, V. Science 2004, 304, 441.
10. Katinka, M. D.; Duprat, S.; Cornillot, E.; Metenier, G.; Thomarat, F.; Prensier, G.; Barbe, V.; Peyretaillade, E.; Brottier, P.; Wincker, P.; Delbac, F.; El Alaoui, H.; Peyret, P.; Saurin, W.; Gouy, M.; Weissenbach, J.; Vivares, C. P. Nature 2001, 414, 450.
11. Dietrich, F. S.; Voegeli, S.; Brachat, S.; Lerch, A.; Gates, K.; Steiner, S.; Mohr, C.; Pohlmann, R.; Luedi, P.; Choi, S.; Wing, R. A.; Flavier, A.; Gaffney, T. D.; Philippsen, P. Science 2004, 304, 304.
12. Kellis, M.; Birren, B. W.; Lander, E. S. Nature 2004, 428, 617.
13. Dean, R. A.; Talbot, N. J.; Ebbole, D. J.; Farman, M. L.; Mitchell, T. K.; Orbach, M. J.; Thon, M.; Kulkarni, R.; Xu, J.-R.; Pan, H.; Read, N. D.; Lee, Y.-H.; Carbone, I.; Brown, D.; Oh, Y. Y.; Donofrio, N.; Jeong, J. S.; Soanes, D. M.; Djonovic, S.; Kolomiets, E.; Rehmeyer, C.; Li, W.; Harding, M.; Kim, S.; Lebrun, M.-H.; Bohnert, H.; Coughlan, S.; Butler, J.; Calvo, S.; Ma, L.-J.; Nicol, R.; Purcell, S.; Nusbaum, C.; Galagan, J. E.; Birren, B. W. Nature 2005, 434, 980.
14. Galagan, J. E.; Calvo, S. E.; Borkovich, K. A.; Selker, E. U.; Read, N. D.; Jaffe, D.; FitzHugh, W.; Ma, L.-J.; Smirnov, S.; Purcell, S.; Rehman, B.; Elkins, T.; Engels, R.; Wang, S.; Nielsen, C. B.; Butler, J.; Endrizzi, M.; Qui, D.; Ianakiev, P.; Bell-Pedersen, D.; Nelson, M. A.; Werner-Washburne, M.; Selitrennikoff, C. P.; Kinsey, J. A.; Braun, E. L.; Zelter, A.; Schulte, U.; Kothe, G. O.; Jedd, G.; Mewes, W.; Staben, C.; Marcotte, E.; Greenberg, D.; Roy, A.; Foley, K.; Naylor, J.; Stange-Thomann, N.; Barrett, R.; Gnerre, S.; Kamal, M.; Kamvysselis, M.; Mauceli, E.; Bielke, C.; Rudd, S.; Frishman, D.; Krystofova, S.; Rasmussen, C.; Metzenberg, R. L.; Perkins, D. D.; Kroken, S.; Cogoni, C.; Macino, G.; Catcheside, D.; Li, W.; Pratt, R. J.; Osmani, S. A.; DeSouza, C. P. C.; Glass, L.; Orbach, M. J.; Berglund, J. A.; Voelker, R.; Yarden, O.; Plamann, M.; Seiler, S.; Dunlap, J.; Radford, A.; Aramayo, R.; Natvig, D. O.; Alex, L. A.; Mannhaupt, G.; Ebbole, D. J.; Freitag, M.; Paulsen, I.; Sachs, M. S.; Lander, E. S.; Nusbaum, C.; Bitten, B. Nature 2003, 422, 859.
15. Martinez, D.; Larrondo, L. F.; Putnam, N.; Gelpke, M. D.; Huang, K.; Chapman, J.; Helfenbein, K. G.; Ramaiya, P.; Detter, J. C.; Larimer, F.; Coutinho, P. M.; Henrissat, B.; Berka, R.; Cullen, D.; Rokhsar, D. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 695.
16. Goffeau, A.; Barrell, B. G.; Bussey, H.; Davis, R. W.; Dujon, B.; Feldmann, H.; F., G.; Hoheisel, J. D.; Jacq, C.; Johnston, M.; Louis, E. J.; Mewes, H. W.; Murakami, Y.; Philippsen, P.; Tettelin, H.; Oliver, S. G. Sci. Mar. 1996, 274, 563.
17. Wood, V.; Gwilliam, R.; Rajandream, M. A.; Lyne, M.; Lyne, R.; Stewart, A.; Sgouros, J.; Peat, N.; Hayles, J.; Baker, S.; Basham, D.; Bowman, S.; Brooks, K.; Brown, D.; Brown, S.; Chillingworth, T.; Churcher, C.; Collins, M.; Connor, R.; Cronin, A.; Davis, P.; Feltwell, T.; Fraser, A.; Gentles, S.; Goble, A.; Hamlin, N.; Harris, D.; Hidalgo, J.; Hodgson, G.; Holroyd, S.; Hornsby, T.; Howarth, S.; Huckle, E. J.; Hunt, S.; Jagels, K.; James, K.; Jones, L.; Jones, M.; Leather, S.; McDonald, S.; McLean, J.; Mooney, P.; Moule, S.; Mungall, K.; Murphy, L.; Niblett, D.; Odell, C.; Oliver, K.; O'Neil, S.; Pearson, D.; Quail, M. A.; Rabbinowitsch, E.; Rutherford, K.; Rutter, S.; Saunders, D.; Seeger, K.; Sharp, S.; Skelton, J.; Simmonds, M.; Squares, R.; Squares, S.; Stevens, K.; Taylor, K.; Taylor, R. G.; Tivey, A.; Walsh, S.; Warren, T.; Whitehead, S.; Woodward, J.; Volckaert, G.; Aert, R.; Robben, J.; Grymonprez, B.; Weltjens, I.; Vanstreels, E.; Rieger, M.; Schafer, M.; Muller-Auer, S.; Gabel, C.; Fuchs, M.; Fritzc, C.; Holzer, E.; Moestl, D.; Hilbert, H.; Borzym, K.; Langer, I.; Beck, A.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; Pohl, T. M.; Eger, P.; Zimmermann, W.; Wedler, H.; Wambutt, R.; Purnelle, B.; Goffeau, A.; Cadieu, E.; Dreano, S.; Gloux, S.; Lelaure, V. Nature 2002, 415, 871.
18. Matsuzaki, M.; Misumi, O.; Shin-i, T.; Maruyama, S.; Takahara, M.; Miyagishima, S.-y.; Mori, T.; Nishida, K.; Yagisawa, F.; Nishida, K.; Yoshida, Y.; Nishimura, Y.; Nakao, S.; Kobayashi, T.; Momoyama, Y.; Higashiyama, T.; Minoda, A.; Sano, M.; Nomoto, H.; Oishi, K.; Hayashi, H.; Ohta, F.; Nishizaka, S.; Haga, S.; Miura, S.; Morishita, T.; Kabeya, Y.; Terasawa, K.; Suzuki, Y.; Ishii, Y.; Asakawa, S.; Takano, H.; Ohta, N.; Kuroiwa, H.; Tanaka, K.; Shimizu, N.; Sugano, S.; Sato, N.; Nozaki, H.; Ogasawara, N.; Kohara, Y.; Kuroiwa, T. Nature 2004, 428, 653.
19. Loftus, B.; Anderson, I.; Davies, R.; Alsmark, U. C. M.; Samuelson, J.; Amedeo, P.; Roncaglia, P.; Berriman, M.; Hirt, R. P.; Mann, B. J.; Nozaki, T.; Suh, B.; Pop, M.; Duchene, M.; Ackers, J.; Tannich, E.; Leippe, M.; Hofer, M.; Bruchhaus, I.; Willhoeft, U.; Bhattacharya, A.; Chillingworth, T.; Churcher, C.; Hance, Z.; Harris, B.; Harris, D.; Jagels, K.; Moule, S.; Mungall, K.; Ormond, D.; Squares, R.; Whitehead, S.; Quail, M. A.; Rabbinowitsch, E.; Norbertczak, H.; Price, C.; Wang, Z.; Guillen, N.; Gilchrist, C.; Stroup, S. E.; Bhattacharya, S.; Lohia, A.; Foster, P. G.; Sicheritz-Ponten, T.; Weber, C.; Singh, U.; Mukherjee, C.; El-Sayed, N. M.; Petri, W. A.; Clark, C. G.; Embley, T. M.; Bartell, B.; Fraser, C. M.; Hall, N. Nature 2005, 433, 865.
20. Eichinger, L.; Pachebat, J. A.; Glockner, G.; Rajandream, M. A.; Sucgang, R.; Berriman, M.; Song, J.; Olsen, R.; Szafranski, K.; Xu, Q.; Tunggal, B.; Kummerfeld, S.; Madera, M.; Konfortov, B. A.; Rivero, F.; Bankier, A. T.; Lehmann, R.; Hamlin, N.; Davies, R.; Gaudet, P.; Fey, P.; Pilcher, K.; Chen, G.; Saunders, D.; Sodergren, E.; Davis, P.; Kerhornou, A.; Nie, X.; Hall, N.; Anjard, C.; Hemphill, L.; Bason, N.; Farbrother, P.; Desany, B.; Just, E.; Morio, T.; Rost, R.; Churcher, C.; Cooper, J.; Haydock, S.; van Driessche, N.; Cronin, A.; Goodhead, I.; Muzny, D.; Mourier, T.; Pain, A.; Lu, M.; Harper, D.; Lindsay, R.; Hauser, H.; James, K.; Quiles, M.; Madan Babu, M.; Saito, T.; Buchrieser, C.; Wardroper, A.; Felder, M.; Thangavelu, M.; Johnson, D.; Knights, A.; Loulseged, H.; Mungall, K.; Oliver, K.; Price, C.; Quail, M. A.; Urushihara, H.; Hernandez, J.; Rabbinowitsch, E.; Steffen, D.; Sanders, M.; Ma, J.; Kohara, Y.; Sharp, S.; Simmonds, M.; Spiegler, S.; Tivey, A.; Sugano, S.; White, B.; Walker, D.; Woodward, J.; Winckler, T.; Tanaka, Y.; Shaulsky, G.; Schleicher, M.; Weinstock, G.; Rosenthal, A.; Cox, E. C.; Chisholm, R. L.; Gibbs, R.; Loomis, W. F.; Platzer, M.; Kay, R. R.; Williams, J.; Dear, P. H.; Noegel, A. A.; Barrell, B.; Kuspa, A. Nature 2005, 435, 43.
21. Ivens, A. C.; Peacock, C. S.; Worthey, E. A.; Murphy, L.; Aggarwal, G.; Berriman, M.; Sisk, E.; Rajandream, M.-A.; Adlem, E.; Aert, R.; Anupama, A.; Apostolou, Z.; Attipoe, P.; Bason, N.; Bauser, C.; Beck, A.; Beverley, S. M.; Bianchettin, G.; Borzym, K.; Bothe, G.; Bruschi, C. V.; Collins, M.; Cadag, E.; Ciarloni, L.; Clayton, C.; Coulson, R. M. R.; Cronin, A.; Cruz, A. K.; Davies, R. M.; De Gaudenzi, J.; Dobson, D. E.; Duesterhoeft, A.; Fazelina, G.; Fosker, N.; Frasch, A. C.; Fraser, A.; Fuchs, M.; Gabel, C.; Goble, A.; Goffeau, A.; Harris, D.; Hertz-Fowler, C.; Hilbert, H.; Horn, D.; Huang, Y.; Klages, S.; Knights, A.; Kobe, M.; Larke, N.; Litvin, L.; Lord, A.; Louie, T.; Marra, M.; Masuy, D.; Matthews, K.; Michaeli, S.; Mottram, J. C.; Muller-Auer, S.; Munden, H.; Nelson, S.; Norbertczak, H.; Oliver, K.; O'Neil, S.; Pentony, M.; Pohl, T. M.; Price, C.; Purnelle, B.; Quail, M. A.; Rabbinowitsch, E.; Reinhardt, R.; Rieger, M.; Rinta, J.; Robben, J.; Robertson, L.; Ruiz, J. C.; Rutter, S.; Saunders, D.; Schafer, M.; Schein, J.; Schwartz, D. C.; Seeger, K.; Seyler, A.; Sharp, S.; Shin, H.; Sivam, D.; Squares, R.; Squares, S.; Tosato, V.; Vogt, C.; Volckaert, G.; Wambutt, R.; Warren, T.; Wedler, H.; Woodward, J.; Zhou, S.; Zimmermann, W.; Smith, D. F.; Blackwell, J. M.; Stuart, K. D.; Barrell, B. Science 2005, 309, 436.
22. Gardner, M. J.; Hall, N.; Fung, E.; White, O.; Berriman, M.; Hyman, R. W.; Carlton, J. M.; Pain, A.; Nelson, K. E.; Bowman, S.; Paulsen, I. T.; James, K.; Eisen, J. A.; Rutherford, K.; Salzberg, S. L.; Craig, A.; Kyes, S.; Chan, M.-S.; Nene, V.; Shallom, S. J.; Sub, B.; Peterson, J.; Angiuoli, S.; Pertea, M.; Allen, J.; Selengut, J.; Haft, D.; Mather, M. W.; Vaidya, A. B.; Martin, D. M. A.; Fairlamb, A. H.; Fraunholz, M. J.; Roos, D. S.; Ralph, S. A.; McFadden, G. I.; Cummings, L. M.; Subramanian, G. M.; Mungall, C.; Venter, J. C.; Carucci, D. J.; Hoffman, S. L.; Newbold, C.; Davis, R. W.; Fraser, C. M.; Barrell, B. Nature 2002, 419, 498.
23. Armbrust, E. V.; Berges, J. A.; Bowler, C.; Green, B. R.; Martinez, D.; Putnam, N. H.; Zhou, S.; Allen, A. E.; Apt, K. E.; Bechner, M.; Brzezinski, M. A.; Chaal, B. K.; Chiovitti, A.; Davis, A. K.; Demarest, M. S.; Detter, J. C.; Glavina, T.; Goodstein, D.; Hadi, M. Z.; Hellsten, U.; Hildebrand, M.; Jenkins, B. D.; Jurka, J.; Kapitonov, V. V.; Kroger, N.; Lau, W. W. Y.; Lane, T. W.; Larimer, F. W.; Lippmeier, J. C.; Lucas, S.; Medina, M.; Montsant, A.; Obornik, M.; Parker, M. S.; Palenik, B.; Pazour, G. J.; Richardson, P. M.; Rynearson, T. A.; Saito, M. A.; Schwartz, D. C.; Thamatrakoln, K.; Valentin, K.; Vardi, A.; Wilkerson, F. P.; Rokhsar, D. S. Science 2004, 306, 79.
24. Gardner, M. J.; Bishop, R.; Shah, T.; de Villiers, E. P.; Carlton, J. M.; Hall, N.; Ren, Q.; Paulsen, I. T.; Pain, A.; Berriman, M.; Wilson, R. J. M.; Sato, S.; Ralph, S. A.; Mann, D. J.; Xiong, Z.; Shallom, S. J.; Weidman, J.; Jiang, L.; Lynn, J.; Weaver, B.; Shoaibi, A.; Domingo, A. R.; Wasawo, D.; Crabtree, J.; Wortman, J. R.; Haas, B.; Angiuoli, S. V,; Creasy, T. H.; Lu, C.; Suh, B.; Silva, J. C.; Utterback, T. R.; Feldblyum, T. V.; Pertea, M.; Allen, J.; Nierman, W. C.; Taracha, E. L. N.; Salzberg, S. L.; White, O. R.; Fitzhugh, H. A.; Morzaria, S.; Venter, J. C.; Fraser, C. M.; Nene, V. Science 2005, 309, 134.
25. Berriman, M.; Ghedin, E.; Hertz-Fowler, C.; Blandin, G.; Renauld, H.; Bartholorneu, D. C.; Lennard, N. J.; Caler, E.; Hamlin, N. E.; Haas, B.; Bohme, U.; Hannick, L.; Aslett, M. A.; Shallom, J.; Marcello, L.; Hou, L.; Wickstead, B.; Alsmark, U. C. M.; Arrowsmith, C.; Atkin, R. J.; Barron, A. J.; Bringaud, F.; Brooks, K.; Carrington, M.; Cherevach, I.; Chillingworth, T.-J.; Churcher, C.; Clark, L. N.; Corton, C. H.; Cronin, A.; Davies, R. M.; Doggett, J.; Djikeng, A.; Feldblyum, T.; Field, M. C.; Fraser, A.; Goodhead, I.; Hance, Z.; Harper, D.; Harris, B. R.; Hauser, H.; Hostetler, J.; Ivens, A.; Jagels, K.; Johnson, D.; Johnson, J.; Jones, K.; Kerhornou, A. X.; Koo, H.; Larke, N.; Landfear, S.; Larkin, C.; Leech, V.; Line, A.; Lord, A.; MacLeod, A.; Mooney, P. J.; Moule, S.; Martin, D. M. A.; Morgan, G. W.; Mungall, K.; Norbertczak, H.; Ormond, D.; Pai, G.; Peacock, C. S.; Peterson, J.; Quail, M. A.; Rabbinowitsch, E.; Rajandream, M.-A.; Reitter, C.; Salzberg, S. L.; Sanders, M.; Schobel, S.; Sharp, S.; Simmonds, M.; Simpson, A. J.; Tallon, L.; Turner, C. M. R.; Tait, A.; Tivey, A. R.; Van, Aken, S.; Walker, D.; Wanless, D.; Wang, S.; White, B.; White, O.; Whitehead, S.; Woodward, J.; Wortman, J.; Adams, M. D.; Embley, T. M.; Gull, K.; Ullu, E.; Barry, J. D.; Fairlamb, A. H.; Opperdoes, F.; Bartell, B. G.; Donelson, J. E.; Hall, N.; Fraser, C. M. Science 2005, 309, 416.
26. El-Sayed, N. M.; Myler, P. J.; Bartholomeu, D. C.; Nilsson, D.; Aggarwal, G.; Tran, A.-N.; Ghedin, E.; Worthey, E. A.; Delcher, A. L.; Blandin, G.; Westenberger, S. J.; Caler, E.; Cerqueira, G. C.; Branche, C.; Haas, B.; Anupama, A.; Arner, E.; Aslund, L.; Attipoe, P.; Bontempi, E.; Bringaud, F.; Burton, P.; Cadag, E.; Campbell, D. A.; Carrington, M.; Crabtree, J.; Darban, H.; da Silveira, J. F.; de Jong, P.; Edwards, K.; Englund, P. T.; Fazelina, G.; Feldblyum, T.; Ferella, M.; Frasch, A. C.; Gull, K.; Horn, D.; Hou, L.; Huang, Y.; Kindlund, E.; Klingbeil, M.; Kluge, S.; Koo, H.; Lacerda, D.; Levin, M. J.; Lorenzi, H.; Louie, T.; Machado, C. R.; McCulloch, R.; McKenna, A.; Mizuno, Y.; Mottram, J. C.; Nelson, S.; Ochaya, S.; Osoegawa, K.; Pai, G.; Parsons, M.; Pentony, M.; Pettersson, U.; Pop, M.; Ramirez, J. L.; Rinta, J.; Robertson, L.; Salzberg, S. L.; Sanchez, D. O.; Seyler, A.; Sharma, R.; Sherry, J.; Simpson, A. J.; Sisk, E.; Tammi, M. T.; Tarleton, R.; Teixeira, S.; Van Aken, S.; Vogt, C.; Ward, P. N.; Wickstead, B.; Wortman, J.; White, O.; Fraser, C. M.; Stuart, K. D.; Andersson, B. Science 2005, 309, 409.
27. C. elegans Sequencing Consortium. Science 1998, 282, 5396.
28. Stein, L. D.; Bao, Z.; Blasiar, D.; Blumenthal, T.; Brent, M. R.; Chen, N.; Chinwalla, A.; Clarke, L.; Clee, C.; Coghlan, A.; Coulson, A.; Eustachio, P.; Fitch, D. H. A.; Fulton, L. A.; Fulton, R. E.; Griffiths-Jones, S.; Harris, T. W.; Hillier, L. W.; Kamath, R.; Kuwabara, P. E.; Mardis, E. R.; Marra, M. A.; Miner, T. L.; Minx, P.; Mullikin, J. C.; Plumb, R. W.; Rogers, J.; Schein, J. E.; Sohrmann, M.; Spieth, J.; Stajich, J. E.; Wei, C.; Willey, D.; Wilson, R. K.; Durbin, R.; Waterston, R. H. PLoS Biol. 2003, 1, e45.
29. Adams, M. D.; Celniker, S. E.; Holt, R. A.; Evans, C. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P. G.; Scherer, S. E.; Li, P. W.; Hoskins, R. A.; Galle, R. F.; George, R. A.; Lewis, S. E.; Richards, S.; Ashburner, M.; Henderson, S. N.; Sutton, G. G.; Wortman, J. R.; Yandell, M. D.; Zhang, Q.; Chen, L. X.; Brandon, R. C.; Rogers, Y.-H. C.; Blazej, R. G.; Champe, M.; Pfeiffer, B. D.; Wan, K. H.; Doyle, C.; Baxter, E. G.; Helt, G.; Nelson, C. R.; Gabor Miklos, G. L.; Abril, J. F.; Agbayani, A.; An, H.-J.; Andrews-Pfannkoch, C.; Baldwin, D.; Ballew, R. M.; Basu, A.; Baxendale, J.; Bayraktaroglu, L.; Beasley, E. M.; Beeson, K. Y.; Benos, P. V.; Berman, B. P.; Bhandari, D.; Bolshakov, S.; Borkova, D.; Botchan, M. R.; Bouck, J.; Brokstein, P.; Brottier, P.; Burris, K. C.; Busam, D. A.; Butler, H.; Cadieu, E.; Center, A.; Chandra, I.; Cherry, J. M.; Cawley, S.; Dahlke, C.; Davenport, L. B.; Davies, P.; de Pablos, B.; Delcher, A.; Deng, Z.; Mays, A. D.; Dew, I.; Dietz, S. M.; Dodson, K.; Doup, L. E.; Downes, M.; Dugan-Rocha, S.; Dunkov, B. C.; Dunn, P.; Durbin, K. J.; Evangelista, C. C.; Ferraz, C.; Ferriera, S.; Fleischmann, W.; Fosler, C.; Gabrielian, A. E.; Garg, N. S.; Gelbart, W. M.; Glasser, K.; Glodek, A.; Gong, F.; Gorrell, J. H.; Gu, Z.; Guan, P.; Harris, M.; Harris, N. L.; Harvey, D.; Heiman, T. J.; Hernandez, J. R.; Houck, J.; Hostin, D.; Houston, K. A.; Howland, T. J.; Wei, M.-H.; Ibegwam, C. Science 2000, 287, 2185.
30. Xia, Q.; Zhou, Z.; Lu, C.; Cheng, D.; Dai, F.; Li, B.; Zhao, P.; Zha, X.; Cheng, T.; Chai, C.; Pan, G.; Xu, J.; Liu, C.; Lin, Y.; Qian, J.; Hou, Y.; Wu, Z.; Li, G.; Pan, M.; Li, C.; Shen, Y.; Lan, X.; Yuan, L.; Li, T.; Xu, H.; Yang, G.; Wan, Y.; Zhu, Y.; Yu, M.; Shen, W.; Wu, D.; Xiang, Z.; Genome analysis, g.; Yu, J.; Wang, J.; Li, R.; Shi, J.; Li, H.; Li, G.; Su, J.; Wang, X.; Li, G.; Zhang, Z.; Wu, Q.; Li, J.; Zhang, Q.; Wei, N.; Xu, J.; Sun, H.; Dong, L.; Liu, D.; Zhao, S.; Zhao, X.; Meng, Q.; Lan, F.; Huang, X.; Li, Y.; Fang, L.; Li, C.; Li, D.; Sun, Y.; Zhang, Z.; Yang, Z.; Huang, Y.; Xi, Y.; Qi, Q.; He, D.; Huang, H.; Zhang, X.; Wang, Z.; Li, W.; Cao, Y.; Yu, Y.; Yu, H.; Li, J.; Ye, J.; Chen, H.; Zhou, Y.; Liu, B.; Wang, J.; Ye, J.; Ji, H.; Li, S.; Ni, P.; Zhang, J.; Zhang, Y.; Zheng, H.; Mao, B.; Wang, W.; Ye, C.; Li, S.; Wang, J.; Wong, G. K.-S.; Yang, H. Science 2004, 306, 1937.
31. Holt, R. A.; Subramanian, G. M.; Halpern, A.; Sutton, G. G.; Charlab, R.; Nusskern, D. R.; Wincker, P.; Clark, A. G.; Ribeiro, J. M. C.; Wides, R.; Salzberg, S. L.; Loftus, B.: Yandell, M.; Majoros, W. H.; Rusch, D. B.; Lai, Z.; Kraft, C. L.; Abril, J. F.; Anthouard, V.; Arensburger, P.; Atkinson, P. W.; Baden, H.; de Berardinis, V.; Baldwin, D.; Benes, V.; Biedler, J.; Blass, C.; Bolanos, R.; Boscus, D.; Barnstead, M.; Cai, S.; Center, A.; Chatuverdi, K.; Christophides, G. K.; Chrystal, M. A.; Clamp, M.; Cravchik, A.; Curwen, V.; Dana, A.; Delcher, A.; Dew, I.; Evans, C. A.; Flanigan, M.; Grundschober-Freimoser, A.; Friedli, L.; Gu, Z.; Guan, P.; Guigo, R.; Hillenmeyer, M. E.; Hladun, S. L.; Hogan, J. R.; Hong, Y. S.; Hoover, J.; Jaillon, O.; Ke, Z.; Kodira, C.; Kokoza, E.; Koutsos, A.; Letunic, I.; Levitsky, A.; Liang, Y.; Lin, J.-J.; Lobo, N. F.; Lopez, J. R.; Malek, J. A.; McIntosh, T. C.; Meister, S.; Miller, J.; Mobarry, C.; Mongin, E.; Murphy, S,,. D.; O'Brochta, D. A.; Pfannkoch, C.; Qi, R.; Regier, M. A.; Remington, K.; Shao, H.; Sharakhova, M. V.; Sitter, C. D.; Shetty, J.; Smith, T. J.; Strong, R.; Sun, J.; Thomasova, D.; Ton, L. Q.; Topalis, P.; Tu, Z.; Unger, M. F.; Walenz, B.; Wang, A.; Wang, J.; Wang, M.; Wang, X.; Woodford, K. J.; Wortman, J. R.; Wu, M.; Yao, A.; Zdobnov, E. M.; et al. Science 2002, 298, 129.
32. Dehal, P.; Satou, Y.; Campbell, R. K.; Chapman, J.; Degnan, B.; De Tomaso, A.; Davidson, B.; Di Gregorio, A.; Gelpke, M.; Goodstein, D. M.; Harafuji, N.; Hastings, K. E. M.; Ho, I.; Hotta, K.; Huang, W.; Kawashima, T.; Lemaire, P.; Martinez, D.; Meinertzhagen, I. A.; Necula, S.; Nonaka, M.; Putnam, N.; Rash, S.; Saiga, H.; Satake, M.; Terry, A.; Yamada, L.; Wang, H.-G.; Awazu, S.; Azumi, K.; Boore, J.; Branno, M.; Chin-bow, S.; DeSantis, R.; Doyle, S.; Francino, P.; Keys, D. N.; Haga, S.; Hayashi, H.; Hino, K.; Imai, K. S.; Inaba, K.; Kano, S.; Kobayashi, K.; Kobayashi, M.; Lee, B.-I.; Makabe, K. W.; Manohar, C.; Matassi, G.; Medina, M.; Mochizuki, Y.; Mount, S.; Morishita, T.; Miura, S.; Nakayama, A.; Nishizaka, S.; Nomoto, H.; Ohta, F.; Oishi, K.; Rigoutsos, I.; Sano, M.; Sasaki, A.; Sasakura, Y.; Shoguchi, E.; Shin-i, T.; Spagnuolo, A.; Stainier, D.; Suzuki, M. M.; Tassy, O.; Takatori, N.; Tokuoka, M.; Yagi, K.; Yoshizaki, F.; Wada, S.; Zhang, C.; Hyatt, P. D.; Larimer, F.; Detter, C.; Doggett, N.; Glavina, T.; Hawkins, T.; Richardson, P.; Lucas, S.; Kohara, Y.; Levine, M.; Satoh, N.; Rokhsar, D. S. Science 2002, 298, 2157.
33. Aparicio, S.; Chapman, J.; Stupka, E.; Putnam, N.; Chia, J.-m.; Dehal, P.; Christoffels, A.; Rash, S.; Hoon, S.; Smit, A.; Gelpke, M. D. S.; Roach, J.; Oh, T.; Ho, I. Y.; Wong, M.; Detter, C.; Verhoef, F.; Predki, P.; Tay, A.; Lucas, S.; Richardson, P.; Smith, S. F.; Clark, M. S.; Edwards, Y. J. K.; Doggett, N.; Zharkikh, A.; Tavtigian, S. V.; Pruss, D.; Barnstead, M.; Evans, C.; Baden, H.; Powell, J.; Glusman, G.; Rowen, L.; Hood, L.; Tan, Y. H.; Elgar, G.; Hawkins, T.; Venkatesh, B.; Rokhsar, D.; Brenner, S. Science 2002, 297, 1301.
34. Jaillon, O.; Aury, J.-M.; Brunet, F.; Petit, J.-L.; Stange-Thomann, N.; Mauceli, E.; Bouneau, L.; Fischer, C.; Ozouf-Costaz, C.; Bernot, A.; Nicaud, S.; Jaffe, D.; Fisher, S.; Lutfalla, G.; Dossat, C.; Segurens, B.; Dasilva, C.; Salanoubat, M.; Levy, M.; Boudet, N.; Castellano, S.; Anthouard, V.; Jubin, C.; Castelli, V.; Katinka, M.; Vacherie, B.; Biemont, C.; Skalli, Z.; Cattolico, L.; Poulain, J.; de Berardinis, V.; Cruaud, C.; Duprat, S.; Brottier, P.; Coutanceau, J.-P.; Gouzy, J.; Parra, G.; Lardier, G.; Chapple, C.; McKernan, K. J.; McEwan, P.; Bosak, S.; Kellis, M.; Volff, J.-N.; Guigo, R.; Zody, M. C.; Mesirov, J.; Lindblad-Toh, K.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Kahn, D.; Robinson-Rechavi, M.; Laudet, V.; Schachter, V.; Quetier, F.; Saurin, W.; Scarpelli, C.; Wincker, P.; Lander, E. S.; Weissenbach, J.; Roest Crollius, H. Nature 2004, 431, 946.
35. International Chicken Genome Sequencing Consortium. Nature 2004, 432, 695.
36. Lindblad-Toh, K.; Wade, C. M.; Mikkelsen, T. S.; Karlsson, E. K.; Jaffe, D. B.; Kamal, M.; Clamp, M.; Chang, J. L.; Kulbokas, E. J.; Zody, M. C.; Mauceli, E.; Xie, X.; Breen, M.; Wayne, R. K.; Ostrander, E. A.; Ponting, C. P.; Galibert, F.; Smith, D. R.; deJong, P. J.; Kirkness, E.; Alvarez, P.; Biagi, T.; Brockman, W.; Butler, J.; Chin, C.-W.; Cook, A.; Cuff, J.; Daly, M. J.; DeCaprio, D.; Gnerre, S.; Grabherr, M.; Kellis, M.; Kleber, M.; Bardeleben, C.; Goodstadt, L.; Heger, A.; Hitte, C.; Kim, L.; Koepfli, K.-P.; Parker, H. G.; Pollinger, J. P.; Searle, S. M. J.; Sutter, N. B.; Thomas, R.; Webber, C.; Lander, E. S. Nature 2005, 438, 803.
37. International Human Genome Sequencing Consortium. Nature 2001, 409, 860.
38. Mouse Genome Sequencing Consortium. Nature 2002, 420, 520.
39. The Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium. Nature 2005, 437, 69.
40. Rat Genome Sequencing Consortium. Nature 2004, 428, 493.
41. Arabidopsis Genome Initiative. Nature 2000, 408, 796.
42. Yu, J.; Hu, S.; Wang, J.; Wong, G. K.-S.; Li, S.; Liu, B.; Deng, Y.; Dai, L.; Zhou, Y.; Zhang, X.; Cao, M.; Liu, J.; Sun, J.; Tang, J.; Chen, Y.; Huang, X.; Lin, W.; Ye, C.; Tong, W.; Cong, L.; Geng, J.; Han, Y.; Li, L.; Li, W.; Hu, G.; Huang, X.; Li, W.; Li, J.; Liu, Z.; Li, L.; Liu, J.; Qi, Q.; Liu, J.; Li, L.; Li, T.; Wang, X.; Lu, H.; Wu, T.; Zhu, M.; Ni, P.; Han, H.; Dong, W.; Ren, X.; Feng, X.; Cui, P.; Li, X.; Wang, H.; Xu, X.; Zhai, W.; Xu, Z.; Zhang, J.; He, S.; Zhang, J.; Xu, J.; Zhang, K.; Zheng, X.; Dong, J.; Zeng, W.; Tao, L.; Ye, J.; Tan, J.; Ren, X.; Chen, X.; He, J.; Liu, D.; Tian, W.; Tian, C.; Xia, H.; Bao, Q.; Li, G.; Gao, H.; Cao, T.; Wang, J.; Zhao, W.; Li, P.; Chen, W.; Wang, X.; Zhang, Y.; Hu, J.; Wang, J.; Liu, S.; Yang, J.; Zhang, G.; Xiong, Y.; Li, Z.; Mao, L.; Zhou, C.; Zhu, Z.; Chen, R.; Hao, B.; Zheng, W.; Chen, S.; Guo, W.; Li, G.; Liu, S.; Tao, M.; Wang, J.; Zhu, L.; Yuan, L.; et al. Science 2002, 296, 79.
43. Tuskan, G. A.; DiFazio, S.; Jansson, S.; Bohlmann, J.; Grigoriev, I.; Hellsten, U.; Putnam, N.; Ralph, S.; Rombauts, S.; Salamov, A.; Schein, J.; Sterck, L.; Aerts, A.; Bhalerao, R. R.; Bhalerao, R. P.; Blaudez, D.; Boerjan, W.; Brun, A.; Brunner, A.; Busov, V.; Campbell, M.; Carlson, J.; Chalot, M.; Chapman, J.; Chen, G. L.; Cooper, D.; Coutinho, P. M.; Couturier, J.; Covert, S.; Cronk, Q.; Cunningham, R.; Davis, J.; Degroeve, S.; Dejardin, A.; dePamphilis, C.; Detter, J.; Dirks, B.; Dubchak, I.; Duplessis, S.; Ehlting, J.; Ellis, B.; Gendler, K.; Goodstein, D.; Gribskov, M.; Grimwood, J.; Groover, A.; Gunter, L.; Hamberger, B.; Heinze, B.; Helariutta, Y.; Henrissat, B.; Holligan, D.; Holt, R.; Huang, W.; Islam-Faridi, N.; Jones, S.; Jones-Rhoades, M.; Jorgensen, R.; Joshi, C.; Kangasjarvi, J.; Karlsson, J.; Kelleher, C.; Kirkpatrick, R.; Kirst, M.; Kohler, A.; Kalluri, U.; Larimer, F.; Leebens-Mack, J.; Leple, J. C.; Locascio, P.; Lou, Y.; Lucas, S.; Martin, F.; Montanini, B.; Napoli, C.; Nelson, D. R.; Nelson, C.; Nieminen, K.; Nilsson, O.; Pereda, V.; Peter, G.; Philippe, R.; Pilate, G.; Poliakov, A.; Razumovskaya, J.; Richardson, P.; Rinaldi, C.; Ritland, K.; Rouze, P.; Ryaboy, D.; Schmutz, J.; Schrader, J.; Segerman, B.; Shin, H.; Siddiqui, A.; Sterky, F.; Terry, A.; Tsai, C. J.; Uberbacher, E.; Unneberg, P. Science 2006, 313, 1596.
44. Mirsky, A. E.; Ris, H. J. Gen. Physiol. 1951, 34, 451.
45. Gregory, T. R.; Herbert, P. D. Genome Res. 1999, 9, 317.
46. Thomas, C. A. Annu. Rev. Genet. 1971, 5.
47. Selker, E. U. Annu. Rev. Genet. 1990, 24, 579.
48. Smit, A. F. Curr. Opin. Genet. Dev. 1999, 9, 657.
49. Finnegan, D. J. Trends Genet. 1989, 5, 103.
50. Brookfield, J. F. Y. In Mobile Genetic Elements; Sherratt, D. J., Ed.; IRL Press: Oxford, 1995.
51. Kapitonov, V, V.; Jurka, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 8714.
52. Feschotte, C.; Munches, C. Mol. Biol. Evol. 2000, 17, 730.
53. Xiong, Y.; Eickbush, T. H. EMBO J. 1990, 9, 3353.
54. Eickbush, T. H. In The Evolutionary Biology of Viruses; Morse, S. S., Ed.; Raven Press: New York, 1994.
55. Malik, H. S.; Eickbush, T. H. Genome Res. 2001, 11, 1187.
56. Eichler, E. E. Trends Genet. 2001, 17, 661.
57. Samonte, R. V.; Eichler, E. E. Nat. Rev. Genet. 2002, 3, 65.
58. Bailey, J. A.; Yavor, A. M.; Massa, H. F.; Trask, B. J.; Eichler, E. E. Genome Res. 2001, 11 (6), 1005.
59. Bailey, J. A.; Church, D. M.; Ventura, M.; Rocchi, M.; Eichler, E. E. Genome Res. 2004, 14, 789.
60. Tuzun, E.; Bailey, J. A.; Eichler, E. E. Genome Res. 2004, 14, 493.
61. She, X.; Horvath, J. E.; Jiang, Z.; Liu, G.; Furey, T. S.; Christ, L.; Clark, R.; Graves, T.; Gulden, C. L.; Alkan, C.; Bailey, J. A.; Sahinalp, C.; Rocchi, M.; Haussler, D.; Wilson, R. K.; Miller, W.; Schwartz, S.; Eichler, E. E. Nature 2004, 430, 857.
62. Johnson, M. E.; Viggiano, L.; Bailey, J. A.; Abdul-Rauf, M.; Goodwin, G.; Rocchi, M.; Eichler, E. E. Nature 2001, 413, 514.
63. Paulding, C. A.; Ruvolo, M.; Haber, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 2507.
64. Bailey, J. A.; Eichler, E. E. Nat. Rev. Genet. 2006, 7, 552.
65. Horvath, J. E.; Schwartz, S.; Eichler, E. E. Genome Res. 2000, 10, 839.
66. She, X.; Jiang, Z.; Clark, R. A.; Liu, G.; Cheng, Z.; Tuzun, E.; Church, D. M.; Sutton, G.; Halpern, A. L.; Eichler, E. E. Nature 2004, 431, 927.
67. Jiang, N.; Bao, Z.; Zhang, X.; Hirochika, H.; Eddy, S. R.; McCouch, S. R.; Wessler, S. R. Nature 2003, 421, 163.
68. Cheng, Z.; Ventura, M.; She, X.; Khaitovich, P.; Graves, T.; Osoegawa, K.; Church, D.; DeJong, P.; Wilson, R. K.; Paabo, S.; Rocchi, M.; Eichler, E. E. Nature 2005, 437, 88.
69. Glockner, G.; Szafranski, K.; Winckler, T.; Dingermann, T.; Quail, M. A.; Cox, E.; Eichinger, L.; Noegel, A. A.; Rosenthal, A. Genome Res. 2001, 11, 585.
70. Quesneville, H.; Bergman, C. M.; Andrieu, O.; Autard, D.; Nouaud, D.; Ashburner, M.; Anxolabehere, D. PLoS Comput. Biol. 2005, 1, 166.
71. International Rice Genome Sequencing Project. Nature 2005, 436, 793.
72. Kurtz, S.; Choudhuri, J. V.; Ohlebusch, E.; Schleiermacher, C.; Stoye, J.; Giegerich, R.; Kurtz, S. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 4633.
73. Benson, G. Nucleic Acids Res. 1999, 27.
74. Parisi, V.; De Fonzo, V.; Aluffi-Pentini, F. Bioinformatics 2003, 19, 1733.
75. Kolpakov, R.; Bana, G.; Kucherov, G. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3672.
76. Castelo, A. T.; Martins, W.; Gao, G. R. Bioinformatics 2002, 18, 634.
77. Jurka, J. Trends Genet. 2000, 9, 418.
78. Jurka, J.; Klonowski, P.; Dagman, V.; Pelton, P. Comput. Chem. 1996, 20, 119.
79. Bedell, J. A.; Korf, I.; Gish, W. Bioinformatics 2000, 16, 1040.
80. Altschul, S. F.; Gish, W.; Miller, W.; Myers, E. W.; Lipman, D. J. J. Mol. Biol. 1990, 215, 403.
81. Quesneville, H.; Nouaud, D.; Anxolabehere, D. J. Mol. Evol. 2003, S50.
82. Andrieu, O.; Fiston, A. S.; Anxolabehere, D.; Quesneville, H. BMC Bioinf. 2004, 5, 94.
83. McCarthy, E. M.; McDonald, J. F. Bioinformatics 2003, 19, 362.
84. Massimiliano, M. R.; Caizzi, R. Gene 2005, 357, 115.
85. McCarthy, E. M.; McDonald, J. F. Genome Biol. 2004, 5, R14.
86. McCarthy, E. M.; Liu, J.; Lizhi, G.; McDonald, J. F. Genome Biol. 2002, 3, R53.
87. Kalyanaraman, A.; Aluru, S. J. Bioinform. Comput. Biol. 2006, 4, 197.
88. Volfovsky, N.; Haas, B. J.; Salzberg, S. L. Genome Biol. 2001, 2, 27.
89. Bao, Z.; Eddy, S. R. Genome Res. 2002, 12.
90. Pevzner, P. A.; Tang, H.; Tesler, G. Genome Res. 2004, 14, 1786.
91. Price, A. L.; Eskin, E.; Pevzner, P. A. Genome Res. 2004, 14, 2245.
92. Edgar, R. C.; Myers, E. W. Bioinformatics 2005, 21, 152.
93. Price, A. L.; Jones, N. C.; Pevzner, P. A. Bioinformatics 2005, 21, i351.
94. Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium. Nature 2005, 437, 69.
95. Caspi, A.; Pachter, L. Genome Res. 2006, 16, 260.
96. Bailey, J. A.; Gu, Z.; Clark, R. A.; Reinert, K.; Samonte, R. V.; Schwartz, S.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Eichler, E. E. Science 2002, 297, 1003.
97. Bailey, J. A.; Yavor, A. M.; Viggiano, L.; Misceo, D.; Horvath, J. E.; Archidiacono, N.; Schwartz, S.; Rocchi, M.; Eichler, E. E. Am. J. Hum. Genet. 2002, 70, 83.
98. Negroni, M.; Buc, H. Annu. Rev. Genet. 2001, 35, 275.
99. Zhi, D.; Raphael, B. J.; Price, A. L.; Tang, H.; Pevzner, P. A. Genome Biol. 2006, 7, R7.
100. Sanger, F.; Donelson, J. E.; Coulson, A. R.; Kossel, H.; Fischer, D. J. Mol. Biol. 1974, 90, 315.
101. Sanger, F.; Coulson, A. R.; Hong, G. F.; Hill, D. F.; Petersen, G. B. J. Mol. Biol. 1982, 162, 729.
102. Fleischmann, R. D.; Adams, M. D.; White, O.; Clayton, R. A.; Kirkness, E. F.; Kerlavage, A. R.; Bult, C. J.; Tomb, J. F.; Dougherty, B. A.; Merrick, J. M.; Venter, J. Science 1995, 269, 296.
103. Green, P. http://www.genome.washington.edu/UWGC/analysis-tools/ phrap.htm, 1994.
104. Bonfield, J. K.; Smith, K. F.; Staden, R. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 4992.
105. Kececioglu, J.; Myers, E. W. Algorithmica 1995, 13, 7.
106. Myers, E. W. J. Comput. Biol. 1995, 2, 275.
107. Huang, X.; Madan, A. Genome Res. 1999, 9, 868.
108. Kim, S.; Segre, A. M. J. Comput. Biol. 1999, 6, 163.
109. Chen, T.; Skiena, S. S. Bioinformatics 2000, 16, 494.
110. Lander, E. S.; Waterman, M. S. Genomics 1988, 2, 231.
111. Pop, M.; Salzber, S. L.; Shurnway, M. IEEE Comput. 2002, 35, 47.
112. Zhi, D.; Keich, U.; Pevzner, P. A.; Heber, S.; Tang, H. IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 2007, 4, 54.
113. Weber, J. L.; Myers, E. W. Genome Res. 1997, 7, 401.
114. Green, P. Genome Res. 1997, 7, 410.
115. Kent, W. J.; Haussler, D. Genome Res. 2001, 11, 1541.
116. Myers, E. W.; Sutton, G. G.; Delcher, A. L.; Dew, I. M.; Fasulo, D. P.; Flanigan, M. J.; Kravitz, S. A.; Mobarry, C. M.; Reinert, K. H.; nbsp; J.; Remington, K. A.; Anson, E. L.; Bolanos, R. A.; Chou, H.-H.; Jordan, C. M.; Halpern, A. L.; Lonardi, S.; Beasley, E. M.; Brandon, R. C.; Chen, L.; Dunn, P. J.; Lai, Z.; Liang, Y.; Nusskern, D. R.; Zhan, M.; Zhang, Q.; Zheng, X.; Rubin, G. M.; Adams, M. D.; Venter, J. C. Science 2000, 287, 2196.
117. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, J.; McKusick, V. A.; Zinder, N.; Levine, A. J.; Roberts, R. J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Francesco, V. D.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T. J.; Higgins, M. E.; Ji, R.-R.; Ke, Z.; Ketchum, K. A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G. V.; Milshina, N.; Moore, H. M.; Naik, A. K.; Narayan, V. A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D. B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z. Y.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.-H.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C. Science 2001, 291, 1304.
118. Li, X.; Waterman, M. S. Genome Res. 2003, 13, 1916.
119. Wang, J.; Wong, G. K.; Ni, P.; Han, Y.; Huang, X.; Zhang, J.; Ye, C.; Zhang, Y.; Hu, J.; Zhang, K.; Xu, X.; Cong, L.; Lu, H.; Ren, X.; Ren, X.; He, J.; Tao, L.; Passey, D. A.; Wang, J.; Yang, H.; Yu, J.; Li, S. Genome Res. 2002, 12, 824.
120. Batzoglou, S.; Jaffe, D. B.; Stanley, K.; Butler, J.; Gnerre, S.; Mauceli, E.; Berger, B.; Mesirov, J. P.; Lander, E. S. Genome Res. 2002, 12, 177.
121. Jaffe, D. B.; Butler, J.; Gnerre, S.; Mauceli, E.; Lindblad-Toh, K.; Mesirov, J. P.; Zody, M. C.; Lander, E. S. Genome Res. 2003, 13, 91.
122. Havlak, P.; Chen, R.; Durbin, K. J.; Egan, A.; Ren, Y.; Song, X. Z.; Weinstock, G. M.; Gibbs, R. A. Genome Res. 2004, 14, 721.
123. Mullikin, J. C.; Ning, Z. Genome Res. 2003, 13, 81.
124. Huson, D. H.; Reinert, K.; Kravitz, S. A.; Remington, K. A.; Delcher, A. L.; Dew, I. M.; Flanigan, M.; Halpern, A. L.; Lai, Z.; Mobarry, C. M.; Sutton, G. G.; Myers, E. W. Bioinformatics 2001, 17, S132.
125. Pop, M.; Kosack, D. S.; Salzberg, S. L. Genome Res. 2004, 14, 149.
126. Pevzner, P. A.; Tang, H.; Waterman, M. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 9748.
127. Kececioglu, J.; Yu, J. Annual Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB'01), Montreal, Canada, 2001; p 176.
128. Tammi, M. T.; Amer, E.; Britton, T.; Andersson, B. Bioinformatics 2002, 18, 379.
129. Sankoff, D.; El-Mabrouk, N. In Current Topics in Computational Biology; Jiang, T., Xu, Y., Zhang, M., Eds.; MIT Press: Cambridge, MA, 2002.
130. Sturtevant, A. H. Publ. Carnegie Inst. Washington 1931, 421, 1.
131. Sturtevant, A. H.; Dobzhansky, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1936, 22, 448.
132. Dobzhansky, T. H.; Sturtevant, A. H. Genetics 1938, 23, 28.
133. O'Brien, S. J.; Menotti-Raymond, M.; Murphy, W. J.; Nash, W. G.; Wienberg, J.; Stanyon, R.; Copeland, N. G.; Jenkins, N. A.; Womack, J. E.; Graves, J. A. Science 1999, 286, 458.
134. Nadeau, J. H.; Taylor, B. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 814.
135. Mural, R. J.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Smith, H. O.; Miklos, G. L.; Wides, R.; Halpern, A.; Li, P. W.; Sutton, G. G.; Nadeau, J. Science 2002, 296, 1661.
136. Pevzner, P. A.; Tesler, G. P. Genome Res. 2003, 13, 37.
137. Kent, W. J.; Baertsch, R.; Hinrichs, A.; Miller, W.; Haussler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 11484.
138. Bourque, G.; Pevzner, P. A.; Tesler, G. Genome Res. 2004, 14, 507.
139. Palmer, J. D.; Herbon, L. A. J. Mol. Evol. 1988, 27.
140. Kececioglu, J.; Sankoff, D. Algorithmica 1995, 13, 180.
141. Bafna, V.; Pevzner, P. A. the 34th Annual IEEE Symposium on Foundations of Computer Science, 1993; p 148.
142. Bafna, V.; Pevzner, P. A. Mol. Biol. Evol. 1995, 12, 239.
143. Bafna, V.; Pevzner, P. A. SIAM J. Comput. 1996, 25, 272.
144. Hannenhalli, S.; Pevzner, P. A. 27th Annual ACM Symposium on the Theory of Computing, 1995; p 178.
145. Hannenhalli, S.; Pevzner, P. A. J. Assoc. Comput. Mach. 1999, 46, 1.
146. Hannenhalli, S.; Pevzner, P. A. The 36th Annual IEEE Symposium on Foundations of Computer Science, 1995; p 581.
147. Tesler, G. J. Comp. Syst. Sci. 2002, 65, 587.
148. Copeland, N. G.; Jenkins, N. A.; Gilbert, D. J.; Eppig, J. T.; Maltais, L. J.; Miller, J. C.; Dietrich, W. F.; Weaver, A.; Lincoln, S. E.; Steen, R. G.; Stein, L. D.; Nadeau, J. H.; Lander, E. S. Science 1993, 262, 57.
149. Pevzner, P. A.; Tesler, G. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 7672.
150. Sankoff, D.; Trinh, P. J. Comput. Biol. 2005, 12, 812.
151. Peng, Q.; Pevzner, P. A.; Tesler, G. PLoS Comput. Biol. 2006, 2, e14.
152. Stankiewicz, P.; Lupski, J. R. Trends Genet. 2002, 18, 74.
153. Shaw, C. J.; Lupski, J. R. Hum. Mol. Genet. 2004, 13, R57.
154. Myers, S. R.; McCarroll, S. A. Nat. Genet. 2006, 38, 1363.
155. Lupski, J. R. Am. J. Hum. Genet. 2003, 72, 246.
156. Bailey, J. A.; Liu, G.; Eichler, E. E. Am. J. Hum. Genet. 2003, 73, 823.