Cheminformatics in anti-infective agents discovery

Mini-Reviews in Medicinal Chemistry

Volumn 7, Issue 2, 2007, Pages 181-189

  Sardari, S ^a   Dezfulian, M ^a  

^a PASTEUR INSTITUTE OF IRAN   (Iran)

Author keywords

Anti infective agent discovery; Cheminformatics; Database; Descriptor modeling

Indexed keywords

ANTIINFECTIVE AGENT; GLYCOSYLTRANSFERASE INHIBITOR; INTEGRASE INHIBITOR; PYRIDONE DERIVATIVE; RHODANINE; RNA DIRECTED DNA POLYMERASE INHIBITOR; SALICYLIC ACID; SIALIDASE INHIBITOR;

ARTICLE; ARTIFICIAL NEURAL NETWORK; DATA BASE; DATA MINING; DRUG DESIGN; DRUG SCREENING; DRUG STRUCTURE; DRUG TARGETING; HIGH THROUGHPUT SCREENING; INFORMATION PROCESSING; INFORMATION SCIENCE; MOLECULAR LIBRARY; PHARMACOPHORE; STRUCTURE ACTIVITY RELATION; BIOLOGY; CHEMISTRY; FACTUAL DATABASE; REVIEW;

ANTI-INFECTIVE AGENTS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATABASES, FACTUAL; DRUG DESIGN; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP;

EID: 33847769895     PISSN: 13895575     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138955707779802633     Document Type: Article

References (104)

1. Ramesh P.; Narisetty, S.T. Int. J. Pharm, 2000, 201, 131.
2. Lam, K.S.; Renil, M. Curr. Opin. Chem. Biol, 2002, 6, 353.
3. Goringer, H. U.; Homann, M.; Lorger, M. Int. J. Parasitol., 2003, 33, 1309.
4. Xu, J.; Hagler, A. Molecules 2002, 7, 566.
5. Gozalbes, R.; Brun-Pascaud, M.; Garcia-Domenech R.; Galvez, J.; Girard, P.M.; Doucet, J.P.; Derouin, F. Antimicrob. Agents Chemother., 2000, 44, 2764.
6. Akopyants, N. S.; Clifton, S. W.; Martin, J.; Pape, D.; Wylie, T.; Li, L.; Kissinger, J.C.; Roos, D. S.; Beverley, S. M. Mol. Biochem. Parasitol., 2001, 113, 337.
7. Jorgensen, W.L. Science, 2004,303, 1813.
8. Bush, K. In Antibiotic Resistance: Origins, Evolution, Selection and Spread; Chadwick, D.J.; Goode, J., Eds., John Wiley & Sons: New York, 1997; 152.
9. Bush, K. Clin. Microb. Infect. Dis., 2004, 10, 10.
10. Medeiros, A.A. Clin. Inf. Dis., 1997, 24, S19-S45.
11. DiMasi J.A.; Hansen, R.W.; Grabowski, H.G.; Lasagna, L. Pharmacoeconomics, 1995, 7, 152.
12. IMS Health World Review, 2003.
13. Thomson, C. J.; Power, E.; Ruebsamen-Waigmann H.; Labischinski H. Curr. Opin. Microbiol., 2004, 7, 445.
14. Pennisi, E. Science, 1998, 281, 148.
15. Rubin, G.M. Genome Res., 1996, 6, 71.
16. Tait, E.; Simon, M.C.; King. S.; Brown, A.J.; Gow, N.A.R; Shaw, D.J. Fungal Genet. Biol., 1997, 21, 308.
17. Berks, M. Genome Res., 1995, 5, 99.
18. Bevan. M.; Bancroft, I.; Bent, E.; Love, K.; Goodman, H.; Dean, C.; Bergkamp, R.; Dirkse, W.; Van Staveren, M.; Stiekema, W.; Drost, L.; Ridley, P.; Hudson, S.A.; Patel, K.; Murphy, G.; Piffanelli, P.; Wedler, H.; Wedler, E.; Wambutt, R.; Weitzenegger, T.; Pohl, T.M.; Terryn, N.; Gielen, J.; Villaroel, R.; De Clerck, R.; Van Montagu, M.; Lecharny, A.; Auborg, S.; Gy, I.; Kreis, M.; Lao, N.; Kavanagh, T.; Hempel, S.; Kotter, P.; Entian, K.D.; Rieger, M.; Schaeffer, M.; Funk, B. Nature, 1998, 391, 485.
19. Mecsas, J. Curr. Opin. Microbiol., 2002, 5, 33.
20. Brown, J.S.; Aufauvre-Brown, A.; Brown, J.; Jennings, J.M.; Arst, H.N.Jr.; Holden, D.W. Mol. Microbiol., 2000, 36, 1371.
21. Nelson, R.T.; Hua, J.; Pryor, B.; Lodge J.K.; Genetics, 2001, 157, 935.
22. Saenz, H. L.; Dehio, C. Curr. Opin. Microbiol., 2005. 8, 612.
23. Edelstein, P.H.; Edelstein, M.A.C.; Higa, F.; Falkow, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1999, 96, 8190.
24. Slauch, J.M. Methods Enzymol., 2000, 326, 73.
25. Kretschmar, M. Microb. Path., 2002, 32, 61.
26. Kato-Maeda, M.; Rhee, J.T.; Gingeras, T.R.; Salamon, H.; Drenkow, J.; Smittipat, N.; Small, P.M.; Genome Res., 2001, 11, 547.
27. Israel, D.A.; Salama N.; Arnold, C.N.; Moss, S.F.; Ando, T.; Wirth, H.-P.; Tham, K.T.; Camorlinga, M.; Blaser, M.J.; Falkow, S.; Peek, R.M. J. Clin. Invest., 2001, 107, 611.
28. Bammert, G.F.; Fostel, J.M. Antimicrob. Agents Chemother., 2000, 44, 1255.
29. Wilson, M.; DeRisi, J,; Kristensen, H-H.; Imboden, P.; Rene, S.; Brown, P.O.; Schoolnik G.K. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96, 12833.
30. Hughes, T.R.; Marton, M.J.; Jones, A.R.; Roberts, C.J.; Stoughton, R.; Armour, C.D.; Bennett, H.A.; Coffey, E.; Dai, H.; He, Y.D.; Kidd, M.J; King, A.M.; Meyer, M.R.; Slade, D.; Lum. P.Y.; Stepaniants, S.B.; Shoemaker, D.D.; Gachotte, D.; Chakraburtty, K.; Simon, J.; Bard, M.; Friend, S.H. Cell, 2000, 102, 109.
31. Frye, J. G.; Jesse T.; Long F.; Rondeau, G.; Porwollik, S.; McClelland, M.; Jackson, C.R.; Englen, M.; Fedorka-Cray, P.J. Int. J. Antimicrob. Agents, 2006, 27, 138.
32. Mossoba, M.M.; Al-Khaldi S.F.; Kirkwood, J.; Fry, F.S.; Sedman, J.; Ismail A.A. Vib. Spectrosc, 2005, 38, 229.
33. Raczniak, G.; Ibba, M.; Soll, D. Toxicology, 2001, 160, 181.
34. Spaltmann, F.; Blunck, M.; Ziegelbauer, K. Drug Discov. Today, 1999, 4, 17.
35. Campoccia, D.; Montanaro. L.; Renata, C.; Arciola, C. R. Biomaterials, 2006, 27, 2331.
36. Gallego, S. G.; Loukas, A.; Slade, R. W.; Neva, F. A.; Varatharajalu, R.; Nutman, T. B.; Brindley, P.J. Parasitol. Int., 2005, 54, 123.
37. Chance, M.R.; Bresnick, A.R.; Burley, S.K.; Jiang, J-S.; Lima, C.D.; Sali, A.; Almo, S.C.; Bonanno, J.B.; Buglino, J.A; Boulton, S.; Chen, H.; Eswar, N.; He, G.; Huang R.; Ilyin, V.; McMahan L.; Pieper, U.; Ray, S.; Vidal, M.; Wang, L.K. Prot. Sci., 2002, 11, 723.
38. Pizza, M.; Scarlato, V.; Masignani V.; Giuliani, M.M.; Aricò, B.; Comanducci, M.; Jennings, G.T.; Baldi, L.; Bartolini, E.; Capecchi, B.; Galeotti, C.L.; Luzzi, E.; Manetti, R.; Marchetti, E.; Mora, M.; Nuti, S.; Ratti, G.; Santini, L.; Savino, S.; Scarselli, M.; Storni, E.; Zuo, P.; Broeker, M.; Hundt, E.; Knapp, B.; Blair, E.; Mason, T.; Tettelin, H.; Hood, D.H.; Jeffries, A.C.; Saunders, N.J.; Granoff, D.M.; Venter, J.C.; Moxon, E.R.; Grandi G.; Rappuoli, R. Science, 2000, 287, 1816.
39. Parkinson, T. Trends Microbial., 2002, 10, S22-6,
40. Tettelin, H.; Saunders, N.J.; Heidelberg J.; Jeffries, A.C.; Nelson, K.E.; Eisen, J.E.; Ketchum, K.A.; Hood, D.W.; Peden, J.F.; Dodson, R.J.; Nelson. W.C.; Gwinn. M.L.; DeBoy, R.; Peterson, J.D.; Hickey, E.K.; Haft, D.H.; Salzberg, S.L.; White, O.; Fleischmann, R.D.; Dougherty, B.A.; Mason, T.; Ciecko, A.; Parksey, D.S.; Blair, E.; Cittone, H.; Clark, E.B.; Cotton, M.D.; Utterback, T.R.; Khouri, H.; Qin, H.; Vamathevan, J.; Gill, J.; Scarlato, V.; Masignani, V.; Pizza, M.; Grandi G.; Sun, L.; Smith, H.O.; Fraser, C.M.; Moxon, E.R.; Rappuoli, R.; Venter J.C. Science, 2000, 287, 1809.
41. Grandi, G. Trends Biotechnol., 2001, 19, 181
42. Mewes, H.W.; Albermann, K.; Heumann, K.; Liebl, S.; Pfeiffer, F. Nucleic Acids Res., 1997, 25, 28.
43. Jónsdóttir, S.O.; Jørgensen, F.S.; Brunak, S. Bioinformatics, 2005, 21, 2145.
44. Rutenber, E.; Fauman, E.B.; Keenan, R.J.; Fang, S.; Furth, P.S.; Ortiz de Montellano, P.R.; Meng, E.; Kuntz, I.D.; DeCamp, D.L.; Salto, R. J. Biol. Chem., 1993, 268, 15343.
45. Allen, F.H.; Taylor, R. Chem. Commun. (Camb.), 2005, 7, 5135.
46. Chen, J.; Swamidass, S.J.; Dou, Y.; Bruand, J.; Baldi P. Bioinformatics, 2005, 21, 4133.
47. http://www.daylight.com/daycgi/medchem.
48. http://chem.sisnlm.nih.gov/chemidplus
49. Milne, G.W.A.; Nicklaus, M.C.; Driscoll, J.S.; Wang, S.; Zaharevitz. D. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1994, 34, 1219.
50. Irwin, J. J.; Shoichet, B. K. J. Chem. Inf. Model., 2005, 45, 177.
51. Johnson, D. E.; Blower, P. E., Jr.; Myatt, O. J.; Wolfgang, G. H. I. Curr. Opin. Drug Discov. Devel., 2001, 4, 92.
52. Merlot, C.; Domine, D.; Church, D.J. Curr. Opin. Drug. Discovery Devel., 2002, 5, 391.
53. Forino, M.; Johnson, S.; Wong, T.Y.; Rozanov, D.V.; Savinov, A.Y.; Li, W.; Fattorusso, R.; Becattini, B.; Orry, A.J.; Jung, D.; Abagyan, R.A.; Smith, J.W.; Alibek, K.; Liddington, R.C.; Strongin, A.Y.; Pellecchia, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 2005, 102, 9499.
54. Kuhn, P.; Wilson, K.; Patch, M.G.; Stevens, R.C. Curr. Opin. Chem Biol., 2002, 6, 704.
55. Anderson, A. C. Chem. Biol., 2003, 10, 787.
56. Böhm, H-J.; Stahl, M. Curr. Opin. Chem. Biol., 2000, 4, 283.
57. McCarthy, D.J. Pharmacol. Ther., 1999, 84, 179
58. Griffith, R.; Luua, TTT.; Garnera, J.; Kellera, P.A. Mol. Graph. Model., 2005, 23, 439.
59. Kurogi, Y.; Güner, O.F. Curr. Med. Chem., 2001, 8, 1035.
60. Jung, D.; Floyd, J.; Gund, T.M. J. Comput. Chem., 2004, 25, 1385.
61. Langer, T., Wolber, G., Drug Discov. Today Tech., 2004, 1, 203.
62. Lee, J.; Kong, S.U.; Kim, S.Y.; Kim, S.E.; Jo, Y.J.; Kim, S. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2001, 11, 965.
63. Boehm, H. J. Comput. Aided Mol. Des., 1992, 6, 61.
64. Zhang, X.W.; Yap Y.L.; Altmeyer, R.M. Eur. J. Med. Chem., 2005, 40, 57.
65. Dayam, R.; Sanchez, T.; Clement, O.; Shoemaker, R.; Sei. S.; Neamati, N. J. Med. Chem., 2005, 48, 111.
66. Steindl, T.; Langer, T. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 1949.
67. Brenk, R.; Meyer. E.A.; Reuter, K.; Stubbs, M.T.; Garcia, G.A.; Diederich, F.; Klebe, G. J. Mol. Biol., 2004, 338, 55.
68. Lemieux, R.U.; Spohr, U. Adv. Carbohydr. Chem. Biochem., 1994, 50, 1.
69. Alvarez, J.C. Curr. Opin. Chem. Biol., 2004, 8, 365.
70. Kellenberger, E.; Rodrigo, J.; Muller. P.; Rognan, D. Proteins, 2004, 57, 225.
71. Erickson, J. A.; Jalaie, M.; Robertson, D. H.; Lewis, R. A.; Vieth, M. J. Med. Chem., 2004, 47, 45.
72. Carlson, H.A.; McCammon, J.A. Mol. Pharmacol., 2000, 57, 213.
73. Carlson, H.A. Curr. Opin. Chem. Biol., 2002, 6, 447.
74. Knegtel, R.M.; Kuntz, L.D.; Oshiro, C.M. J. Mol. Biol., 1997, 266, 424.
75. Claussen, H.; Buning. C.; Rarey, M.; Lengauer, T. J. Mol. Biol., 2001, 308, 377.
76. Schulz-Gasch, T.; Stahl, M. Drug Discov. Todoy Tech., 2004, 1, 231.
77. Powers, R.A.; Morandi, F.; Shoichet, B.K. Structure, 2002, 10, 1013.
78. Lind, K.E.; Du, Z.; Fujinaga, K.; Peterlin, B. M.; James, T. L. Chem. Biol., 2002, 9, 185.
79. Brooke, E. W.; Davies, S. G.; Mulvaney, A. W.; Pompeo, F. Sim, E.; Vickers, R. J. Bioorg. Med. Chem., 2003, 11, 1227.
80. Medina-Franco, J.L.; Rodrïguez-Morales, S.; Ju-rez-Gordiano, C.; Hernandez-Campos, A.; JimÈnez-Barbero, J.; Castillo, R. Bioorg. Med. Chem, 2004, 12, 6085.
81. Calò, S.; Tondi, D.; Venturelli, A.; Ferrari, S.; Pecorari, P.; Rinaldi, M.; Ghelli, S.; Costi, M.P. ARKIVOC, 2004, 382-396.
82. Alonso, H.; Gillies, M.B.; Cummins, P.L.; Bliznyuk, A.A.; Gready, J.E. J. Comput. Aided Mol. Des., 2005, 19, 165.
83. Johnsamuel, J,; Eriksson. S,; Oliveira, M.; Tjarks, W. Bioorg. Med. Chem., 2005, 13, 4160.
84. Olsen, L.; Pettersson, L.; Hemmingsen, L.; Adolph, H.W.; Jorgensen F.S. J. Comput. Aided Mol. Des., 2004, 18, 287.
85. Howell, E.E.; Shukla, U.; Hicks, S.N.; Smiley, R.D.; Kuhn, L.A.; Zavodszky, M.I. J. Comput. Aided Mol. Des. 2001, 15, 1035.
86. Kong, R.; Tan, J.J.; Ma, X.H.; Chen, W.Z.; Wang, C.X. Biochim. Biophys. Acta, 2006, 1764, 766.
87. Brun, M.P.; Braud, E.; Angotti D.; Mondésert, O.; Quaranta, M.; Montes, M.; Miteva, M.; Gresh, N.; Ducommun, B.; Garbay, C. Bioorg. Med. Chem., 2005, 13, 4871.
88. Gandhi N.; Srivastava, B.K.; Lohray, V.B.; Lobray, B.B. Tetrahedron Lett., 2004, 45, 6269.
89. De Winter, H.; Breslin, H.; Miskowski T.; Kavash, R.; Somers, M. J. Mol. Graph. Model., 2005, 23, 409.
90. Conners, R.; Schambach, F.; Read, J.; Cameron, A.; Sessions, R.B.; Vivas, L.; Easton, A.; Croft S.L.; Brady, R.L. Mol. Biochem. Parasitol., 2005, 142, 137
91. Bohacek, R.S.; McMartin, C. Curr. Opin. Chem. Biol., 1997, 1, 157.
92. Goodford, P.J. J. Med. Chem., 1985, 28, 849
93. Leach, A. R.; Bryce, R. A.; Robinson, A. J. J. Mol. Graph. Model., 2000, 8, 358
94. Makhija, M.T.; Kasliwa, R.T.; Kulkarni, V.M.; Neamati, N. Bioorg. Med. Chem., 2004, 12, 2317.
95. Mancera, R.L. J. Comput. Aided Mol. Des., 2002, 16, 479.
96. Bitetti-Putzer, R.; Joseph-McCarthy, D.; Hogle, J.M.; Karplus, M. J. Comput. Aided Mol. Des., 2001, 15, 935.
97. Winkler, D.A.; Burden, F.R. Drug Discov. Today Biosilico, 2004, 2, 104.
98. Sardari, S.; Sardari, D. Curr. Pharm. Des., 2002, 8, 659.
99. Jaen-Oltra, J.; Salabert-Salvador, M.T.; Garcia-March, F.J.; Perez-Gimenez, F.; Tomas-Vert, F. J. Med. Chem., 2000, 43, 1143.
100. Douali, L.; Villemin, D.; Villemin, D. C. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2003, 43, 1200
101. Vanyur, R.; Heberger, K.; Jakus, J. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2003, 43, 1829.
102. Arenas, G. E.; Giralt, F.A. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2002, 42, 343.
103. Wouters, J.; Luque, F.J.; Barretta, G.U.; Balzano, F.; Pignatello R.; Guccione, S. J. Chem. Soc. Perkin Trans., 2002, 5, 1012.
104. Sardari S.; Dezfulian, M. Sixth Tetrahedron Symposium, Bordeaux, France, June 29-July 1, 2005, P # 45, 205.