-
1
-
-
0002373738
-
-
Schlick, T.; Skeel, R. D.; Brünger, A. T.; Kale, L. V.; Board, J. A.; Hermans, J.; Schulten, K. J. Comput. Phys. 1999, 151, 9-48.
-
(1999)
J. Comput. Phys.
, vol.151
, pp. 9-48
-
-
Schlick, T.1
Skeel, R.D.2
Brünger, A.T.3
Kale, L.V.4
Board, J.A.5
Hermans, J.6
Schulten, K.7
-
2
-
-
0347948979
-
-
Schlick, T.; Beard, D.; Huang, J.; Strahs, D.; Qian, X. IEEE Comput. Sci. Eng. 2000, 2, 38-51.
-
(2000)
IEEE Comput. Sci. Eng.
, vol.2
, pp. 38-51
-
-
Schlick, T.1
Beard, D.2
Huang, J.3
Strahs, D.4
Qian, X.5
-
8
-
-
84961974064
-
-
Florián, J.; Goodman, M. F.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8163-8177.
-
(2003)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.125
, pp. 8163-8177
-
-
Florián, J.1
Goodman, M.F.2
Warshel, A.3
-
10
-
-
0037038372
-
-
Snow, C. D.; Nguyen, H.; Pande, V. S.; Gruebele, M. Nature 2002, 420, 102-106.
-
(2002)
Nature
, vol.420
, pp. 102-106
-
-
Snow, C.D.1
Nguyen, H.2
Pande, V.S.3
Gruebele, M.4
-
11
-
-
0035909921
-
-
Zhou, R.; Berne, B. J.; Germain, R. proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 14931-14936.
-
(2001)
Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.98
, pp. 14931-14936
-
-
Zhou, R.1
Berne, B.J.2
Proc, G.R.3
-
12
-
-
4644236471
-
-
Zhou, R.; Huang, X.; Margulis, C.; Berne, B. J. Science 2004, 305, 1605-1609.
-
(2004)
Science
, vol.305
, pp. 1605-1609
-
-
Zhou, R.1
Huang, X.2
Margulis, C.3
Berne, B.J.4
-
13
-
-
7444230904
-
-
Hummer, G.; Schotte, F.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15330-15334.
-
(2004)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.101
, pp. 15330-15334
-
-
Hummer, G.1
Schotte, F.2
Anfinrud, P.A.3
-
14
-
-
3142716857
-
-
Hnmelberg, D.; Mongan, J.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11919-11929.
-
(2004)
J. Chem. Phys.
, vol.120
, pp. 11919-11929
-
-
Hnmelberg, D.1
Mongan, J.2
McCammon, J.A.3
-
18
-
-
0003871536
-
-
Marcel Drekker, Inc.: New York
-
Becker, O. M., MacKerell, A. D., Jr., Roux, B., Wantanabe, M., Eds. Camputational Biochemistry and Biophysics; Marcel Drekker, Inc.: New York. 2001; pp 169-197.
-
(2001)
Camputational Biochemistry and Biophysics
, pp. 169-197
-
-
Becker, O.M.1
MacKerell Jr., A.D.2
Roux, B.3
Wantanabe, M.4
-
19
-
-
42749105341
-
-
Lu, N.; Wu, D.; Woolf, T. B.; Kofke, D. A. Phys. Rev. E 2004, 69, 057702-057706.
-
(2004)
Phys. Rev. E
, vol.69
, pp. 57702-57706
-
-
Lu, N.1
Wu, D.2
Woolf, T.B.3
Kofke, D.A.4
-
20
-
-
0036424048
-
-
Bolhuis, P. G.; Chandler, D.; Dellago, C.; Geissler, P. L. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 291-318.
-
(2002)
Annu. Rev. Phys. Chem.
, vol.53
, pp. 291-318
-
-
Bolhuis, P.G.1
Chandler, D.2
Dellago, C.3
Geissler, P.L.4
-
21
-
-
3142707288
-
-
Singhal, N.; Snow, C. D.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 415-425.
-
(2004)
J. Chem. Phys.
, vol.121
, pp. 415-425
-
-
Singhal, N.1
Snow, C.D.2
Pande, V.S.3
-
23
-
-
78751663166
-
-
Elber, R.; Cárdenas, A.; Ghosh, A.; Stem, H. Adv. Chem. Phys. 2003, 126, 93-129.
-
(2003)
Adv. Chem. Phys.
, vol.126
, pp. 93-129
-
-
Elber, R.1
Cárdenas, A.2
Ghosh, A.3
Stem, H.4
-
26
-
-
0027171266
-
-
Ames, B. N.; Shigenaga, M. K.; Hagen, T. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 90, 7915-7922.
-
(1990)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.90
, pp. 7915-7922
-
-
Ames, B.N.1
Shigenaga, M.K.2
Hagen, T.M.3
-
31
-
-
0030930760
-
-
Sawaya, M. R.; Parsad, R.; Wilson. S. H.; Kraut, J.; Pelletier, H. Biochemistry 1997, 36, 11205-11215.
-
(1997)
Biochemistry
, vol.36
, pp. 11205-11215
-
-
Sawaya, M.R.1
Parsad, R.2
Wilson, S.H.3
Kraut, J.4
Pelletier, H.5
-
32
-
-
4644258145
-
-
Krahn, J. M.; Beard, W. A.; Wilson, S. H. Structure 2004, 12, 1823-1832.
-
(2004)
Structure
, vol.12
, pp. 1823-1832
-
-
Krahn, J.M.1
Beard, W.A.2
Wilson, S.H.3
-
33
-
-
0031053276
-
-
Ahn, J.; Werneburg, B. G.; Tsai, M.-D. Biochemistry 1997, 36, 1100-1107.
-
(1997)
Biochemistry
, vol.36
, pp. 1100-1107
-
-
Ahn, J.1
Werneburg, B.G.2
Tsai, M.-D.3
-
34
-
-
0032055511
-
-
Ahn, J.; Kraynov, V. S.; Zhong, X.; Werneburg, B. G.; Tsai, M.D. Biochem. J. 1998, 331, 79-87.
-
(1998)
Biochem. J.
, vol.331
, pp. 79-87
-
-
Ahn, J.1
Kraynov, V.S.2
Zhong, X.3
Werneburg, B.G.4
Tsai, M.D.5
-
35
-
-
0035793560
-
-
Vande Berg, B. J.; Beard, W. A.; Wilson, S. H. J. Biol. Chem. 2001, 276, 3408-3416.
-
(2001)
J. Biol. Chem.
, vol.276
, pp. 3408-3416
-
-
Vande Berg, B.J.1
Beard, W.A.2
Wilson, S.H.3
-
36
-
-
0035815755
-
-
Shah, A. M.; Li, S. X.; Anderson, K. S.; Sweasy, J. B. J. Biol. Chem. 2001, 276, 10824-10831.
-
(2001)
J. Biol. Chem.
, vol.276
, pp. 10824-10831
-
-
Shah, A.M.1
Li, S.X.2
Anderson, K.S.3
Sweasy, J.B.4
-
38
-
-
0030897244
-
-
Kraynov, V. S.; Werneburg, B. G.; Zhong, X.; Lee, H.; Ahn, J.; Tsai, M.-D. Biochem. J. 1997, 323, 103-111.
-
(1997)
Biochem. J.
, vol.323
, pp. 103-111
-
-
Kraynov, V.S.1
Werneburg, B.G.2
Zhong, X.3
Lee, H.4
Ahn, J.5
Tsai, M.-D.6
-
39
-
-
0030760966
-
-
Zhong, X.; Patel, S. S.; Wemeburg, B. G.; Tsai, M.-D. Biochemistry 1997, 36, 11891-11900.
-
(1997)
Biochemistry
, vol.36
, pp. 11891-11900
-
-
Zhong, X.1
Patel, S.S.2
Wemeburg, B.G.3
Tsai, M.-D.4
-
41
-
-
0023657032
-
-
Kuchta, R. D.; Mizrahi, V.; Benkovic, P. A.; Johnson, K. A.; Benkovic, S. J. Biochemistry 1987, 26, 8410-8417.
-
(1987)
Biochemistry
, vol.26
, pp. 8410-8417
-
-
Kuchta, R.D.1
Mizrahi, V.2
Benkovic, P.A.3
Johnson, K.A.4
Benkovic, S.J.5
-
42
-
-
0026026192
-
-
Wong, I.; Patel, S. S.; Johnson, K. A. Biochemistry 1991, 30, 526-537.
-
(1991)
Biochemistry
, vol.30
, pp. 526-537
-
-
Wong, I.1
Patel, S.S.2
Johnson, K.A.3
-
43
-
-
0026033193
-
-
Patel, S. S.; Wong, I.; Johnson, K. A. Biochemistry 1991, 30, 511-525.
-
(1991)
Biochemistry
, vol.30
, pp. 511-525
-
-
Patel, S.S.1
Wong, I.2
Johnson, K.A.3
-
44
-
-
0029085240
-
-
Frey, M. W.; Sowers, L. C.; Millar, D. P.; Benkovic, S. J. Biochemistry 1995, 34, 9185-9192.
-
(1995)
Biochemistry
, vol.34
, pp. 9185-9192
-
-
Frey, M.W.1
Sowers, L.C.2
Millar, D.P.3
Benkovic, S.J.4
-
45
-
-
0026464542
-
-
Capson, T. L.; Peliska, J. A.; Kaboord, B. F.; Frey, M. W.; Lively, C.; Dahlberg, M.; Kovic, S. J. Biochemistry 1992, 31, 10984-10994.
-
(1992)
Biochemistry
, vol.31
, pp. 10984-10994
-
-
Capson, T.L.1
Peliska, J.A.2
Kaboord, B.F.3
Frey, M.W.4
Lively, C.5
Dahlberg, M.6
Kovic, S.J.7
-
50
-
-
0032748078
-
-
Iwanaga, A.; Ouchida, M.; Miyazaki, K.; Hori, K.; Mukai, T. Mutat. Res. 1999, 435, 121-128.
-
(1999)
Mutat. Res.
, vol.435
, pp. 121-128
-
-
Iwanaga, A.1
Ouchida, M.2
Miyazaki, K.3
Hori, K.4
Mukai, T.5
-
52
-
-
13944279514
-
-
Starcevic, D.; Dalal, S.; Sweasy, J. B. Cell Cycle 2004, 3, 998-1001.
-
(2004)
Cell Cycle
, vol.3
, pp. 998-1001
-
-
Starcevic, D.1
Dalal, S.2
Sweasy, J.B.3
-
53
-
-
3843122085
-
-
Bend, W. A.; Shock, D. D.; Wilson, S. R J. Biol. Chem. 2004, 279, 31921-31929.
-
(2004)
J. Biol. Chem.
, vol.279
, pp. 31921-31929
-
-
Bend, W.A.1
Shock, D.D.2
Wilson, S.R.3
-
54
-
-
4444318769
-
-
Andricioaei, I.; Goel, A.; Herschbach, D.; Karplus, M. Biophys. J. 2004, 87, 1478-1497.
-
(2004)
Biophys. J.
, vol.87
, pp. 1478-1497
-
-
Andricioaei, I.1
Goel, A.2
Herschbach, D.3
Karplus, M.4
-
55
-
-
0035130060
-
-
Abashkin, Y. G.; Erickton, J. W.; Burt, S. K. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 287-292.
-
(2001)
J. Phys. Chem. B
, vol.105
, pp. 287-292
-
-
Abashkin, Y.G.1
Erickton, J.W.2
Burt, S.K.3
-
56
-
-
0242267522
-
-
Rittenhouse, R. C.; Apostoluk, W. K.; Miller, J. H.; Straatsma, T. P. Proteins: Struct. Funct. Genet. 2003, 53, 667-682.
-
(2003)
Proteins: Struct. Funct. Genet.
, vol.53
, pp. 667-682
-
-
Rittenhouse, R.C.1
Apostoluk, W.K.2
Miller, J.H.3
Straatsma, T.P.4
-
58
-
-
0036295231
-
-
Yang, L.; Beard, W. A.; Wilson, S. H.; Broyde, S.; Schlick. T. J. Mol. Biol. 2002, 317, 651-671.
-
(2002)
J. Mol. Biol.
, vol.317
, pp. 651-671
-
-
Yang, L.1
Beard, W.A.2
Wilson, S.H.3
Broyde, S.4
Schlick, T.5
-
59
-
-
0036382849
-
-
Yang, L.; Beard. W. A.; Wilson, S. H.; Roux, B.; Broyde, S.; Schlick, T. J. Mol. Biol. 2002, 321, 459-478.
-
(2002)
J. Mol. Biol.
, vol.321
, pp. 459-478
-
-
Yang, L.1
Beard, W.A.2
Wilson, S.H.3
Roux, B.4
Broyde, S.5
Schlick, T.6
-
60
-
-
2942666430
-
-
Yang, L.; Bcard, W. A.; Wilion, S. H.; Broyde, S.; Schlick, T. Biophys. J. 2004, 86, 3392-3408.
-
(2004)
Biophys. J.
, vol.86
, pp. 3392-3408
-
-
Yang, L.1
Bcard, W.A.2
Wilion, S.H.3
Broyde, S.4
Schlick, T.5
-
61
-
-
3142702966
-
-
Yang, L.; Arora, K.; Beard. W. A.; Wilson, S. H.; Schlick, T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8441-8453.
-
(2004)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.126
, pp. 8441-8453
-
-
Yang, L.1
Arora, K.2
Beard, W.A.3
Wilson, S.H.4
Schlick, T.5
-
63
-
-
17544370107
-
-
Beard, W. A.; Osheroff, W. P.; Prasad, R.; Sawaya, M. R.; Jaju, M.; Wood, T. G.; Kraut, J.; Kunkel, T. A.; Wilson, S. H. J. Biol. Ckem. 1996, 271, 12141-12144.
-
(1996)
J. Biol. Ckem.
, vol.271
, pp. 12141-12144
-
-
Beard, W.A.1
Osheroff, W.P.2
Prasad, R.3
Sawaya, M.R.4
Jaju, M.5
Wood, T.G.6
Kraut, J.7
Kunkel, T.A.8
Wilson, S.H.9
-
64
-
-
0037032998
-
-
Beard, W. A.; Shock, D. D.; VandeBerg, B. J.; Wilson, S. H. J. Biol. Chem. 2002, 277, 47393-47398.
-
(2002)
J. Biol. Chem.
, vol.277
, pp. 47393-47398
-
-
Beard, W.A.1
Shock, D.D.2
Vandeberg, B.J.3
Wilson, S.H.4
-
65
-
-
0001398008
-
-
Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049-1074.
-
(2000)
J. Comput. Chem.
, vol.21
, pp. 1049-1074
-
-
Wang, J.1
Cieplak, P.2
Kollman, P.A.3
-
66
-
-
0002636134
-
-
Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 122-129.
-
(1995)
Chem. Phys. Lett.
, vol.246
, pp. 122-129
-
-
Hawkins, G.D.1
Cramer, C.J.2
Truhlar, D.G.3
-
68
-
-
0344778061
-
-
Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129.
-
(1990)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.112
, pp. 6127-6129
-
-
Still, W.C.1
Tempczyk, A.2
Hawley, R.C.3
Hendrickson, T.4
-
69
-
-
0036286652
-
-
Elber, R.; Ghosh, A.; Cárdenas, A. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 396-403.
-
(2002)
Acc. Chem. Res.
, vol.35
, pp. 396-403
-
-
Elber, R.1
Ghosh, A.2
Cárdenas, A.3
-
71
-
-
0029633178
-
-
Czerminski, R.; Elber, R.; Roiterberg, A.; Simmerling, C.; Goldstein, R.; Li, H.; Verkhivker, G.; Kesar, C.; Zhang, J.; Ulitsky, A. Comput. Phys. Commun. 1995, 91. 159-189.
-
(1995)
Comput. Phys. Commun.
, vol.91
, pp. 159-189
-
-
Czerminski, R.1
Elber, R.2
Roiterberg, A.3
Simmerling, C.4
Goldstein, R.5
Li, H.6
Verkhivker, G.7
Kesar, C.8
Zhang, J.9
Ulitsky, A.10
-
75
-
-
15744397928
-
-
Radhakrishnan, R.; Schlick, T. Submitted for publication
-
Radhakrishnan, R.; Schlick, T. Submitted for publication.
-
-
-
-
79
-
-
0034719142
-
-
Kraynov, V. S.; Showalter, A. K.; Liu. J.; Zhong, X.; Tsai, M.-D. Biochemistry 2000, 39, 16008-16015.
-
(2000)
Biochemistry
, vol.39
, pp. 16008-16015
-
-
Kraynov, V.S.1
Showalter, A.K.2
Liu, J.3
Zhong, X.4
Tsai, M.-D.5
-
81
-
-
0032518374
-
-
Steitz, T. A. Nature 1998, 391, 231-232.
-
(1998)
Nature
, vol.391
, pp. 231-232
-
-
Steitz, T.A.1
-
84
-
-
0242585345
-
-
Lahiri, S. D.; Zhang, G.; Dunaway-Mariano, D.; Allen, K. N. Science 2003, 299, 2067-2071.
-
(2003)
Science
, vol.299
, pp. 2067-2071
-
-
Lahiri, S.D.1
Zhang, G.2
Dunaway-Mariano, D.3
Allen, K.N.4
-
85
-
-
0036678831
-
-
Ghosh, A.; Elber, R.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 10394-10398.
-
(2002)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.99
, pp. 10394-10398
-
-
Ghosh, A.1
Elber, R.2
Scheraga, H.A.3
-
87
-
-
15744383327
-
-
Manuscript in preparation
-
Arora, K.; Schlick, T. Manuscript in preparation.
-
-
-
Arora, K.1
Schlick, T.2
-
89
-
-
2342644853
-
-
Trincao, J.; Johnson, R. E.; Wolfle, W. T.; Escalante, C. R.; Prakash, S.; Prakash, L.; Aggarwal, A. K. Nat. Struct. Biol 2004. 11, 457-462.
-
(2004)
Nat. Struct. Biol
, vol.11
, pp. 457-462
-
-
Trincao, J.1
Johnson, R.E.2
Wolfle, W.T.3
Escalante, C.R.4
Prakash, S.5
Prakash, L.6
Aggarwal, A.K.7
-
90
-
-
0029878720
-
-
Humphrey, W.; Dalkc, A.; Schulten, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 33-38.
-
(1996)
J. Mol. Graph.
, vol.14
, pp. 33-38
-
-
Humphrey, W.1
Dalkc, A.2
Schulten, K.3
|