-
1
-
-
0030862276
-
-
Young, M. A.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. Biophys J 1997, 73, 2313.
-
(1997)
Biophys J
, vol.73
, pp. 2313
-
-
Young, M.A.1
Ravishanker, G.2
Beveridge, D.L.3
-
8
-
-
0030954859
-
-
Cheatham, T. E., III; Crowley, M. F.; Fox, T.; Kollman, P. A. Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 9626.
-
(1997)
Proc Natl Acad Sci USA
, vol.94
, pp. 9626
-
-
Cheatham T.E. III1
Crowley, M.F.2
Fox, T.3
Kollman, P.A.4
-
9
-
-
0000115258
-
-
Sprous, D.; Young, M. A.; Beveridge, D. L. J Phys Chem B 1998, 102, 4658.
-
(1998)
J Phys Chem B
, vol.102
, pp. 4658
-
-
Sprous, D.1
Young, M.A.2
Beveridge, D.L.3
-
10
-
-
0029804674
-
-
Miaskiewicz, K.; Miller, J.; Cooney, M.; Osman, R. J Am Chem Soc 1996, 118, 9156.
-
(1996)
J Am Chem Soc
, vol.118
, pp. 9156
-
-
Miaskiewicz, K.1
Miller, J.2
Cooney, M.3
Osman, R.4
-
11
-
-
0030759587
-
-
Cieplak, P.; Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1997, 119, 6722.
-
(1997)
J Am Chem Soc
, vol.119
, pp. 6722
-
-
Cieplak, P.1
Cheatham T.E. III2
Kollman, P.A.3
-
15
-
-
0030873459
-
-
Shields, G. C.; Laughton, C. A.; Orozco, M. J Am Chem Soc 1997, 119, 7463.
-
(1997)
J Am Chem Soc
, vol.119
, pp. 7463
-
-
Shields, G.C.1
Laughton, C.A.2
Orozco, M.3
-
16
-
-
0029139897
-
-
Weerasinghe, S.; Smith, P. E.; Mohan, V; Cheng, Y.-K.; Pettitt, B. M. J Am Chem Soc 1995, 117, 2147.
-
(1995)
J Am Chem Soc
, vol.117
, pp. 2147
-
-
Weerasinghe, S.1
Smith, P.E.2
Mohan, V.3
Cheng, Y.-K.4
Pettitt, B.M.5
-
17
-
-
0031782289
-
-
Pardo, L.; Pastor, N.; Weinstein, H. Biophys J 1998, 75, 2411.
-
(1998)
Biophys J
, vol.75
, pp. 2411
-
-
Pardo, L.1
Pastor, N.2
Weinstein, H.3
-
19
-
-
0029170114
-
-
Cheatham, T. E., III; Miller, J. L.; Fox, T.; Darden, T. A.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 4193.
-
(1995)
J Am Chem Soc
, vol.117
, pp. 4193
-
-
Cheatham T.E. III1
Miller, J.L.2
Fox, T.3
Darden, T.A.4
Kollman, P.A.5
-
21
-
-
0029011701
-
-
Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, J., K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
-
(1995)
J Am Chem Soc
, vol.117
, pp. 5179
-
-
Cornell, W.D.1
Cieplak, P.2
Bayly, C.I.3
Gould, I.R.4
Merz, J.K.M.5
Ferguson, D.M.6
Spellmeyer, D.C.7
Fox, T.8
Caldwell, J.W.9
Kollman, P.A.10
-
22
-
-
6344260593
-
-
MacKerell, A. D., Jr.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J Am Chem Soc 1995, 117, 11946.
-
(1995)
J Am Chem Soc
, vol.117
, pp. 11946
-
-
MacKerell A.D., Jr.1
Wiórkiewicz-Kuczera, J.2
Karplus, M.3
-
23
-
-
0001211689
-
-
Leontis, N. B.; SantaLucia, J., Jr., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC
-
MacKerell, A. D., Jr. In Molecular Modeling of Nucleic Acids; Leontis, N. B.; SantaLucia, J., Jr., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC, 1998; p. 304, vol. 682.
-
(1998)
Molecular Modeling of Nucleic Acids
, vol.682
, pp. 304
-
-
MacKerell A.D., Jr.1
-
25
-
-
0032922174
-
-
Cheatham, T. E., III; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J Biomol Struct Dynam 1999, 16, 845.
-
(1999)
J Biomol Struct Dynam
, vol.16
, pp. 845
-
-
Cheatham T.E. III1
Cieplak, P.2
Kollman, P.A.3
-
28
-
-
84986512474
-
-
Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J Comput Chem 1983, 4, 187.
-
(1983)
J Comput Chem
, vol.4
, pp. 187
-
-
Brooks, B.R.1
Bruccoleri, R.E.2
Olafson, B.D.3
States, D.J.4
Swaminathan, S.5
Karplus, M.6
-
29
-
-
0000224283
-
-
Schleyer, P. v. R.; N. L. A.; Clark, T.; Gasteiger, J.; Kollman, P. A.; Schaefer, H. F, III; Schreiner, P. R., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester
-
MacKerell, A. D., Jr.; Brooks, B.; Brooks, C. L., III; Nilsson, L.; Roux, B.; Won, Y.; Karplus, M. In Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R.; N. L. A.; Clark, T.; Gasteiger, J.; Kollman, P. A.; Schaefer, H. F, III; Schreiner, P. R., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, 1998; p. 271, vol. 1.
-
(1998)
Encyclopedia of Computational Chemistry
, vol.1
, pp. 271
-
-
MacKerell A.D., Jr.1
Brooks, B.2
Brooks C.L. III3
Nilsson, L.4
Roux, B.5
Won, Y.6
Karplus, M.7
-
30
-
-
0026742978
-
-
Berman, H. M.; Olson, W. K.; Beveridge, D. L.; Westbrook, J.; Gelbin, A.; Demeny, T.; Hsieh, S.-H.; Srinivasan, A. R.; Schneider, B. Biophys J 1992, 63, 751.
-
(1992)
Biophys J
, vol.63
, pp. 751
-
-
Berman, H.M.1
Olson, W.K.2
Beveridge, D.L.3
Westbrook, J.4
Gelbin, A.5
Demeny, T.6
Hsieh, S.-H.7
Srinivasan, A.R.8
Schneider, B.9
-
35
-
-
0004016501
-
-
Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J Chem Phys 1983, 79, 926.
-
(1983)
J Chem Phys
, vol.79
, pp. 926
-
-
Jorgensen, W.L.1
Chandrasekhar, J.2
Madura, J.D.3
Impey, R.W.4
Klein, M.L.5
-
38
-
-
36449007836
-
-
Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, R. W.; Brooks, R. W. J Chem Phys 1995, 103, 4613.
-
(1995)
J Chem Phys
, vol.103
, pp. 4613
-
-
Feller, S.E.1
Zhang, Y.2
Pastor, R.W.3
Brooks, R.W.4
-
39
-
-
33646940952
-
-
Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J Comp Phys 1977, 23, 327.
-
(1977)
J Comp Phys
, vol.23
, pp. 327
-
-
Ryckaert, J.P.1
Ciccotti, G.2
Berendsen, H.J.C.3
-
41
-
-
33846823909
-
-
Darden, T. A.; York, D.; Pedersen, L. G. J Chem Phys 1993, 98, 10089.
-
(1993)
J Chem Phys
, vol.98
, pp. 10089
-
-
Darden, T.A.1
York, D.2
Pedersen, L.G.3
-
43
-
-
0041784950
-
-
MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J Phys Chem B 1998, 102, 3586.
-
(1998)
J Phys Chem B
, vol.102
, pp. 3586
-
-
MacKerell A.D., Jr.1
Bashford, D.2
Bellott, M.3
Dunbrack R.L., Jr.4
Evanseck, J.5
Field, M.J.6
Fischer, S.7
Gao, J.8
Guo, H.9
Ha, S.10
Joseph, D.11
Kuchnir, L.12
Kuczera, K.13
Lau, F.T.K.14
Mattos, C.15
Michnick, S.16
Ngo, T.17
Nguyen, D.T.18
Prodhom, B.19
Reiher W.E. III20
Roux, B.21
Schlenkrich, M.22
Smith, J.23
Stote, R.24
Straub, J.25
Watanabe, M.26
Wiorkiewicz-Kuczera, J.27
Yin, D.28
Karplus, M.29
more..
-
44
-
-
0026869597
-
-
Loncharich, R. J.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. Biopolymers 1992, 32, 523.
-
(1992)
Biopolymers
, vol.32
, pp. 523
-
-
Loncharich, R.J.1
Brooks, B.R.2
Pastor, R.W.3
-
46
-
-
0008115509
-
-
Arnott, S.; Hukins, D. W. L.; Dover, S. D.; Fuller, W.; Hodgson, A. R. J Mol Biol 1973, 81, 102.
-
(1973)
J Mol Biol
, vol.81
, pp. 102
-
-
Arnott, S.1
Hukins, D.W.L.2
Dover, S.D.3
Fuller, W.4
Hodgson, A.R.5
-
47
-
-
0027948889
-
-
Dickerson, R. E.; Goodsell, D. S.; Neidle, S. Proc Natl Acad Sci USA 1994, 91, 3579.
-
(1994)
Proc Natl Acad Sci USA
, vol.91
, pp. 3579
-
-
Dickerson, R.E.1
Goodsell, D.S.2
Neidle, S.3
-
49
-
-
0024462296
-
-
Shakked, Z.; Guerstein-Guzikevitch, G.; Eisenstein, M.; Frolow, F.; Rabinovitch, D. Nature 1989, 342, 456.
-
(1989)
Nature
, vol.342
, pp. 456
-
-
Shakked, Z.1
Guerstein-Guzikevitch, G.2
Eisenstein, M.3
Frolow, F.4
Rabinovitch, D.5
-
50
-
-
0027403859
-
-
Lipanov, A.; Kopka, M. L.; Kaczor-Grzeskowiak, M.; Quintana, J.; Dickerson, R. E. Biochemistry 1993, 32, 1373.
-
(1993)
Biochemistry
, vol.32
, pp. 1373
-
-
Lipanov, A.1
Kopka, M.L.2
Kaczor-Grzeskowiak, M.3
Quintana, J.4
Dickerson, R.E.5
-
52
-
-
0025762608
-
-
Lane, A. N.; Jenkins, T. C.; Brown, T.; Neidle, S. Biochemistry 1991, 30, 1372.
-
(1991)
Biochemistry
, vol.30
, pp. 1372
-
-
Lane, A.N.1
Jenkins, T.C.2
Brown, T.3
Neidle, S.4
-
53
-
-
0026785555
-
-
Weisz, K.; Shafer, R. H.; Egan, W.; James, T. L. Biochemistry 1992, 31, 7477.
-
(1992)
Biochemistry
, vol.31
, pp. 7477
-
-
Weisz, K.1
Shafer, R.H.2
Egan, W.3
James, T.L.4
-
55
-
-
0032556243
-
-
Jayaram, B.; Sprous, D.; Young, M. A.; Beveridge, D. L. J Am Chem Soc 1998, 120, 10629.
-
(1998)
J Am Chem Soc
, vol.120
, pp. 10629
-
-
Jayaram, B.1
Sprous, D.2
Young, M.A.3
Beveridge, D.L.4
-
56
-
-
0030004184
-
-
Wahl, M. C.; Rao, S. T.; Sundaralingam, M. Biophys J 1996, 70, 2857.
-
(1996)
Biophys J
, vol.70
, pp. 2857
-
-
Wahl, M.C.1
Rao, S.T.2
Sundaralingam, M.3
-
58
-
-
0028013525
-
-
Weisz, K.; Shafer, R.; Egan, W.; James, T. L. Biochemistry 1994, 33, 354.
-
(1994)
Biochemistry
, vol.33
, pp. 354
-
-
Weisz, K.1
Shafer, R.2
Egan, W.3
James, T.L.4
-
61
-
-
0030724759
-
-
Szyperski, T.; Ono, A.; Fernandez, C.; Iwai, H.; Tate, S.-I.; Wüthrich, K.; Kainosho, M. J Am Chem Soc 1997, 119, 9901.
-
(1997)
J Am Chem Soc
, vol.119
, pp. 9901
-
-
Szyperski, T.1
Ono, A.2
Fernandez, C.3
Iwai, H.4
Tate, S.-I.5
Wüthrich, K.6
Kainosho, M.7
-
62
-
-
0032587032
-
-
Pichler, A.; Rudisser, S.; Mitterbock, M.; Huber, C. G.; Winger, R. H.; Liedl, K. R.; Hallbrucker, A.; Mayer, E. Biophys J 1999, 77, 398.
-
(1999)
Biophys J
, vol.77
, pp. 398
-
-
Pichler, A.1
Rudisser, S.2
Mitterbock, M.3
Huber, C.G.4
Winger, R.H.5
Liedl, K.R.6
Hallbrucker, A.7
Mayer, E.8
-
63
-
-
85037514072
-
-
Leontis, N. B., SantaLucia, J., Jr., Eds.; Americal Chemical Society: Washington, DC
-
Peticolas, W. L.; Ghomi, M.; Spassky, A.; Evertsz, E. M.; Rush, T. S., III In Molecular Modeling of Nucleic Acids; Leontis, N. B., SantaLucia, J., Jr., Eds.; Americal Chemical Society: Washington, DC, 1998; p. 150.
-
(1998)
Molecular Modeling of Nucleic Acids
, pp. 150
-
-
Peticolas, W.L.1
Ghomi, M.2
Spassky, A.3
Evertsz, E.M.4
Rush T.S. III5
-
64
-
-
0025816853
-
-
Grzeskowiak, K.; Yanagi, K.; Prive, G. G.; Dickerson, R. E. J Biol Chem 1991, 266, 8861.
-
(1991)
J Biol Chem
, vol.266
, pp. 8861
-
-
Grzeskowiak, K.1
Yanagi, K.2
Prive, G.G.3
Dickerson, R.E.4
-
65
-
-
0027155070
-
-
Langlois D'Estaintot, B.; Dautant, A.; Courseille, C.; Precigoux, G. Eur J Biochem 1993, 213, 673.
-
(1993)
Eur J Biochem
, vol.213
, pp. 673
-
-
Langlois D'Estaintot, B.1
Dautant, A.2
Courseille, C.3
Precigoux, G.4
-
69
-
-
0019870039
-
-
Peck, L. J. Nature 1981, 292, 375.
-
(1981)
Nature
, vol.292
, pp. 375
-
-
Peck, L.J.1
-
72
-
-
0032387836
-
-
Shui, X.; Sines, C. C.; McFail-Isom, L.; VanDerveer, D.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 16877.
-
(1998)
Biochemistry
, vol.37
, pp. 16877
-
-
Shui, X.1
Sines, C.C.2
McFail-Isom, L.3
VanDerveer, D.4
Williams, L.D.5
-
73
-
-
0019558179
-
-
Drew, H. R.; Wing, R. M.; Takano, T.; Broka, C.; Tanaka, S.; Itakura, K.; Dickerson, R. S. Proc Natl Acad Sci USA 1981, 78, 2179.
-
(1981)
Proc Natl Acad Sci USA
, vol.78
, pp. 2179
-
-
Drew, H.R.1
Wing, R.M.2
Takano, T.3
Broka, C.4
Tanaka, S.5
Itakura, K.6
Dickerson, R.S.7
-
74
-
-
0020157572
-
-
Drew, H. R.; Samson, S.; Dickerson, R. E. Proc Natl Acad Sci USA 1982, 79, 4040.
-
(1982)
Proc Natl Acad Sci USA
, vol.79
, pp. 4040
-
-
Drew, H.R.1
Samson, S.2
Dickerson, R.E.3
-
75
-
-
84977299328
-
-
Holbrook, S. R.; Dickerson, R. E.; Kim, S.-H. Acta Crystallogr B 1985, 41, 255.
-
(1985)
Acta Crystallogr B
, vol.41
, pp. 255
-
-
Holbrook, S.R.1
Dickerson, R.E.2
Kim, S.-H.3
-
80
-
-
0028955215
-
-
Hummer, G.; Garcia, A. E.; Soumpasis, D. M. Biophys J 1995, 68, 1639.
-
(1995)
Biophys J
, vol.68
, pp. 1639
-
-
Hummer, G.1
Garcia, A.E.2
Soumpasis, D.M.3
-
81
-
-
0032503508
-
-
De Winter, H.; Lescrinier, E.; Van Aerschot, A.; Herdewijn, P. J Am Chem Soc 1998, 120, 5381.
-
(1998)
J Am Chem Soc
, vol.120
, pp. 5381
-
-
De Winter, H.1
Lescrinier, E.2
Van Aerschot, A.3
Herdewijn, P.4
-
83
-
-
0031755274
-
-
Schneider, B.; Patel, K.; Berman, H. M. Biophys J 1998, 75, 2422.
-
(1998)
Biophys J
, vol.75
, pp. 2422
-
-
Schneider, B.1
Patel, K.2
Berman, H.M.3
-
84
-
-
0028222102
-
-
Chalikian, T. V.; Sarvazyan, A. P.; Plum, G. E.; Breslaur, K. J. Biochemistry 1994, 33, 2394.
-
(1994)
Biochemistry
, vol.33
, pp. 2394
-
-
Chalikian, T.V.1
Sarvazyan, A.P.2
Plum, G.E.3
Breslaur, K.J.4
-
87
-
-
0029956116
-
-
Egli, M.; Portmann, S.; Usman, N. Biochemistry 1996, 35, 8489.
-
(1996)
Biochemistry
, vol.35
, pp. 8489
-
-
Egli, M.1
Portmann, S.2
Usman, N.3
-
88
-
-
0029788265
-
-
Conte, M. R.; Conn, G. L.; Brown, T.; Lane, A. N. Nucleic Acids Res 1996, 24, 3693.
-
(1996)
Nucleic Acids Res
, vol.24
, pp. 3693
-
-
Conte, M.R.1
Conn, G.L.2
Brown, T.3
Lane, A.N.4
-
89
-
-
0029110156
-
-
York, D. M.; Yang, W.; Lee, H.; Darden, T.; Pedersen, L. G. J Am Chem Soc 1995, 117, 5001.
-
(1995)
J Am Chem Soc
, vol.117
, pp. 5001
-
-
York, D.M.1
Yang, W.2
Lee, H.3
Darden, T.4
Pedersen, L.G.5
-
90
-
-
0001628106
-
-
Lee, H.; Darden, T.; Pedersen, L. G. J Chem Phys 1995, 102, 3830.
-
(1995)
J Chem Phys
, vol.102
, pp. 3830
-
-
Lee, H.1
Darden, T.2
Pedersen, L.G.3
-
92
-
-
0023990696
-
-
Peticolas, W. L.; Wang, Y.; Thomas, G. A. Proc Natl Acad Sci USA 1988, 85, 2579.
-
(1988)
Proc Natl Acad Sci USA
, vol.85
, pp. 2579
-
-
Peticolas, W.L.1
Wang, Y.2
Thomas, G.A.3
-
93
-
-
0002062192
-
-
Merz, K. M.; Roux, B., Eds.; Birkhaüser: Boston
-
Schlenkrich, M.; Brickmann, J.; MacKerell, A. D., Jr.; Karplus, M. In Biological Membranes: A Molecular Perspective from Computation and Experiment; Merz, K. M.; Roux, B., Eds.; Birkhaüser: Boston, 1996; p. 31.
-
(1996)
Biological Membranes: A Molecular Perspective from Computation and Experiment
, pp. 31
-
-
Schlenkrich, M.1
Brickmann, J.2
MacKerell A.D., Jr.3
Karplus, M.4
-
94
-
-
0030844208
-
-
Feller, S. E.; Yin, D.; Pastor, R. W.; MacKerell, J., A. D. Biophys J 1997, 73, 2269.
-
(1997)
Biophys J
, vol.73
, pp. 2269
-
-
Feller, S.E.1
Yin, D.2
Pastor, R.W.3
MacKerell, J.A.D.4
-
96
-
-
0029044469
-
-
Schindelin, H.; Zhang, M.; Bald, R.; Fuerste, J.-P.; Erdmann, V. A.; Heinemann, U. J Mol Biol 1995, 249, 595.
-
(1995)
J Mol Biol
, vol.249
, pp. 595
-
-
Schindelin, H.1
Zhang, M.2
Bald, R.3
Fuerste, J.-P.4
Erdmann, V.A.5
Heinemann, U.6
-
97
-
-
0023977089
-
-
Ferrin, T. E.; Huang, C. C.; Jarvis, L. E.; Langridge, R. J Mol Graph 1988, 6, 13.
-
(1988)
J Mol Graph
, vol.6
, pp. 13
-
-
Ferrin, T.E.1
Huang, C.C.2
Jarvis, L.E.3
Langridge, R.4
|