DNA-mediated charge transport for DNA repair

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 100, Issue 22, 2003, Pages 12543-12547

  Boon, Elizabeth M ^a   Livingston, Alison L ^b   Chmiel, Nikolas H ^b   David, Sheila S ^b   Barton, Jacqueline K ^a  

^a California Institute of Technology ^*  (United States)

^b UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA GLYCOSYLASE MUTY; ENZYME; GOLD; HIPIP IRON PROTEIN; IRON SULFUR PROTEIN; PROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; BASE PAIRING; CLUSTER ANALYSIS; DNA BINDING; DNA CHARGE TRANSPORT; DNA MODIFICATION; DNA REPAIR; DNA SIGNALING MECHANISM; ELECTROCHEMICAL ANALYSIS; ELECTRODE; EXCISION REPAIR; MISMATCH REPAIR; OXIDATION; OXIDATION REDUCTION POTENTIAL; OXIDATION REDUCTION REACTION; PRIORITY JOURNAL; SIGNAL TRANSDUCTION;

AMIDES; DNA GLYCOSYLASES; DNA REPAIR; DNA, BACTERIAL; ESCHERICHIA COLI; MICROELECTRODES; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OLIGODEOXYRIBONUCLEOTIDES; PHOSPHORIC ACIDS;

EID: 0242363184     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.2035257100     Document Type: Article

References (82)

1. Guan, Y., Manuel, R. C., Arvai, A. S., Parikh, S. S., Mol, C. D., Miller, J. H., Lloyd, S. & Tainer, J. A. (1998) Nat. Struct. Biol. 5, 1058-1064.
2. Cunningham, R. P., Asahara, H., Bank, J. F., Scholes, C. P., Salerno, J. C., Surerus, K., Munck, E., McCracken, J., Peisach, J. & Emptage, M. H. (1989) Biochemistry 28, 4450-4455.
3. Pomposiello, P. J. & Demple, B. (2001) Trends Biotechnol. 19, 109-114.
4. Unden, G. & Bongaerts, J. (1997) Biochim. Biophys. Acta 1320, 217-222.
5. Rebeil, R., Sun, Y., Chooback, L., Pedraza-Reyes, M., Kinsland, C., Begley, T. P. & Nicholson, W. L. (1998) J. Bacteriol. 180, 4879-4885.
6. Hinks, J. A., Evans, M. C. W., de Miguel, Y., Sartori, A. A., Jiricny, J. & Pearl, L. H. (2002) J. Biol. Chem. 277, 16936-16940.
7. Lee, C. H., Kim, S. H., Choi, J. I., Choi, J. Y., Lee, C. E. & Kim, J. (2002) Mol. Cells 13, 154-164.
8. Michaels, M. L., Pham, L., Nghiem, Y., Cruz, C. & Miller, J. H. (1990) Nucleic Acids Res. 18, 3841-3845.
9. Kou, C.-F., McRee, D. E., Fischer, C. L., O'Handley, S. F., Cunningham, R. P. & Tainer, J. A. (1992) Science 258, 434-440.
10. Williams, S. D. & David, S. S. (1998) Chem. Rev. 98, 1221-1232.
11. Au, K. G., Cabrera, M., Miller, J. H. & Modrich, P. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85, 9163-9166.
12. Au, K. G., Clark, S., Miller, J. H. & Modrich, P. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 8877-8881.
13. Lu, A.-L. & Chang, D. (1988) Cell 54, 805-809.
14. Michaels, M. L. & Miller, J. H. (1992) J. Bacteriol. 174, 6321-6325.
15. Michaels, M. L., Tchou, J., Grollman, A. P. & Miller, J. H. (1992) Biochemistry 31, 10964-10968.
16. Michaels, M. L., Cruz, C., Grollman, A. P. & Miller, J. H. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 7022-7025.
17. Porello, S. L., Leyes, A. E. & David, S. S. (1998) Biochemistry 37, 14756-14764.
18. Lu, A. L., Tsai-Wu, J. J. & Cillo, J. (1995) J. Biol. Chem. 270, 23582-23589.
19. Manuel, R. C. & Lloyd, R. S. (1997) Biochemistry 36, 11140-11152.
20. Gogos, A., Cillo, J., Clarke, N. D. & Lu, A. L. (1996) Biochemistry 35, 16665-16671.
21. Manuel, R. C., Czerwinski, E. W. & Lloyd, R. S. (1996) J. Biol. Chem. 271, 16218-16226.
22. Breimer, L. & Lindahl, T. (1980) Nucleic Acids Res. 8, 6199-6211.
23. Katcher, H. L. & Wallace, S. S. (1983) Biochemistry 22, 4072-4081.
24. Demple, B. & Linn, S. (1980) Nature 287, 203-208.
25. Boorstein, R. J., Hilbert, T. P., Cadet, J., Cunningham, R. P. & Teebor, G. W. (1989) Biochemistry 28, 6164-6169.
26. Breimer, L. H. & Lindahl, T. (1984) J. Biol. Chem. 259, 5543-5548.
27. Dizdaroglu, M., Laval, J. & Boiteux, S. (1993) Biochemistry 32, 12105-12111.
28. Wagner, J. R., Blount, B. C. & Weinfeld, M. (1996) Anal. Biochem. 233, 76-81.
29. Breimer, L. H. & Lindahl, T. (1985) Biochemistry 24, 4018-4022.
30. Thayer, M. M., Ahern, H., Xing, D., Cunningham, R. P. & Tainer, J. A. (1995) EMBO J. 14, 4108-4120.
31. Cunningham, R. P. (1997) Mut. Res. 383, 189-196.
32. Begley, T. J., Haas, B. J., Noel, J., Shektman, A., Williams, W. A. & Cunningham, R. P. (1999) Curr. Biol. 9, 653-659.
33. Desiraju, V., Shanabruch, W. & Lu, A. (1993) J. Bacteriol. 175, 541-546.
34. Nolling, J., van Eeden, F. J. M., Eggen, R. I. L. & de Vos, W. M. (1992) Nucleic Acids Res. 20, 6501-6507.
35. Piersen, C. E., Prince, M. A., Augustine, M. L., Dodson, M. L. & Lloyd, R. S. (1995) J. Biol. Chem. 270, 23475-23484.
36. Hilbert, T. P., Boorstein, R. J., Kung, H. C., Bolton, P. H., Xing, D., Cunningham, R. P. & Teerbor, G. W. (1996) Biochemistry 35, 2505-2511.
37. McGoldrick, J. P., Yeh, Y. C., Solomon, M., Essigmann, J. M. & Lu, A. L. (1995) Mol. Cell. Biol. 15, 989-996.
38. Fu, W., O'Handley, S., Cunningham, R. P. & Johnson, M. K. (1992) J. Biol. Chem. 267, 16135-16140.
39. Porello, S. L., Cannon, M. J. & David, S. S. (1998) Biochemistry 37, 6465-6475.
40. Boon, E. M. & Barton, J. K. (2002) Curr. Opin. Struct. Biol. 12, 320-329.
41. Schuster, G. B. (2000) Acc. Chem. Res. 33, 253-258.
42. Giese, B. (2002) Annu. Rev. Biochem. 71, 51-70.
43. Hall, D. B., Holmlin, R. E. & Barton, J. K. (1996) Nature 382, 731-735.
44. Nunez, M. E., Hall, D. B. & Barton, J. K. (1999) Chem. Biol. 6, 85-97.
45. Bhattacharya, P. K. & Barton, J. K. (2001) J. Am. Chem. Soc. 123, 8949-8956.
46. Kelley, S. O. & Barton, J. K. (1999) Science 283, 375-381.
47. Nunez, M. E., Noyes, K. T. & Barton, J. K. (2002) Chem. Biol. 9, 403-415.
48. Rajski, S. R., Kumar, S., Roberts, R. J. & Barton, J. K. (1999) J. Am. Chem. Soc. 121, 5615-5616.
49. Wagenknecht, H.-A., Stemp, E. D. A. & Barton, J. K. (2000) J. Am. Chem. Soc. 122, 1-7.
50. Boon, E. M., Ceres, D. M., Drummond, T. G., Hill, M. G. & Barton, J. K. (2000) Nat. Biotechnol. 18, 1096-1100.
51. Nunez, M. E., Holmquist, G. P. & Barton, J. K. (2001) Biochemistry 40, 12465-12471.
52. Boon, E. M., Salas, J. E. & Barton, J. K. (2001) Nat. Biotechnol. 20, 282-286.
53. Kelley, S. O., Barton, J. K., Jackson, N. M. & Hill, M. G. (1997) Bioconjugate Chem. 8, 31-36.
54. Kelley, S. O., Barton, J. K., Jackson, N. M., McPherson, L. D., Potter, A. B., Spain, E. M., Allen, M. J. & Hill, M. G. (1998) Langmuir 14, 6781-6786.
55. Sam, M., Boon, E. M., Barton, J. K., Hill, M. G. & Spain, E. M. (2001) Langmuir 17, 5727-5730.
56. Kelley, S. O., Jackson, N. M., Hill, M. G. & Barton, J. K. (199) Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 38, 941-945.
57. Kelley, S. O., Boon, E. M., Barton, J. K., Jackson, N. M. & Hill, M. G. (1999) Nucleic Acids Res. 27, 4830-4837.
58. Chmiel, N. H., Golinelli, M. P., Francis, A. W. & David, S. S. (2001) Nucleic Acids Res. 29, 553-558.
59. Eddowes, M. J. & Hill, H. A. O. (1979) J. Am. Chem. Soc. 701, 4461-4462.
60. Hill, H. A. O., Page, D. J. & Walton, N. J. (1987) J. Electroanal. Chem. 217, 129-140.
61. Guo, L. H. & Hill, H. A. O. (1991) Adv. Inorg. Chem. 36, 341-375.
62. Armstrong, F. A., Heering, H. A. & Hirst, J. (1997) Chem. Soc. Rev. 26, 169-188.
63. Liu, H. H., Lu, J. L., Zhang, M., Pang, D. W. & Abruna, H. D. (2003) J. Electroanal. Chem. 544, 93-100.
64. Porello, S. L., Williams, S. D., Kuhn, H., Michaels, M. L. & David, S. S. (1996) J. Am. Chem. Soc. 118, 10684-10692.
65. Golinelli, M. P., Chmiel, N. H. & David, S. S. (1999) Biochemistry 38, 6997-7007.
66. Messick, T. E., Chmiel, N. H., Golinelli, M. P., Langer, M. R., Joshua-Tor, L. & David, S. S. (2002) Biochemistry 41, 3931-3942.
67. Beinert, H., Holm, R. H. & Munck, E. (1997) Science 277, 653-659.
68. Carter, C. W., Jr., Kraut, J., Freer, S. T., Alden, R. A., Sieker, L. C., Adman, E. & Jensen, L. H. (1972) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 69, 3526-3530.
69. Glaser, T., Bertini, I., Moura, J. J. G., Hedman, B., Hodgson, K. O. & Solomon, E. I. (2001) J. Am. Chem. Soc. 123, 4859-4860.
70. Adman, E., Watenpaugh, K. D. & Jensen, L. H. (1975) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 72, 4854-4858.
71. Kodaka, M., Tomohiro, T. & Okuno, H. (1991) J. Phys. Chem. 95, 6741-6744.
72. Stephens, P. J., Jollie, D. R. & Warshel, A. (1996) Chem. Rev. 96, 2491-2500.
73. Banci, L., Bertini, I., Savellini, G. G. & Luchinat, C. (1996) Inorg. Chem. 35, 4248-4253.
74. Cowan, J. A. & Lui, S. M. (1998) Adv. Inorg. Chem. 45, 313-350.
75. Chepanoske, C. L., Golinelli, M. P., Williams, S. D. & David, S. S. (2000) Arch. Biochem. Biophys. 380, 11-19.
76. Fromme, J. C. & Verdine, G. L. (2003) EMBO J. 22, 3461-3471.
77. Chen, K. S., Bonagura, C. A., Tilley, G. J., McEvoy, J. P., Jung, Y. S., Armstrong, F. A., Stout, C. D. & Burgess, B. K. (2002) Nat. Struct. Biol. 9, 188-192.
78. Zhou, J., Hu, Z., Munck, E. & Holm, R. H. (1996) J. Am. Chem. Soc. 118, 1966-1967.
79. Wong, I., Bernards, A. S., Miller, J. K. & Wirz, J. A. (2003) J. Biol. Chem. 278, 2411-2418.
80. Francis, A. W. & David, S. S. (2003) Biochemistry 42, 801-810.
81. Verdine, G. L. & Bruner, S. D. (1997) Chem. Biol. 4, 329-334.
82. Chen, L. W., Haushalter, K. A., Lieber, C. M. & Verdine, G. L. (2002) Chem. Biol. 9, 345-350.