A machine learning approach for somatic mutation discovery

Science Translational Medicine

Volumn 10, Issue 457, 2018, Pages

  Wood, Derrick E ^a   White, James R ^a   Georgiadis, Andrew ^a   Van Emburgh, Beth ^a   Parpart Li, Sonya ^a   Mitchell, Jason ^a   Anagnostou, Valsamo ^b   Niknafs, Noushin ^b   Karchin, Rachel ^b,c   Papp, Eniko ^a   McCord, Christine ^a   LoVerso, Peter ^a   Riley, David ^a   Diaz, Luis A ^d   Jones, Siân ^a   Sausen, Mark ^a   Velculescu, Victor E ^b   Angiuoli, Samuel V ^a  

^a Personal Genome Diagnostics   (United States)

^b JOHNS HOPKINS UNIVERSITY   (United States)

^c Johns Hopkins University   (United States)

^d MEMORIAL SLOAN KETTERING CANCER CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHECKPOINT KINASE INHIBITOR;

ARTICLE; CANCER PATIENT; CLINICAL OUTCOME; CLINICAL PRACTICE; COHORT ANALYSIS; CONTROLLED STUDY; DISEASE BURDEN; GENE IDENTIFICATION; GENE SEQUENCE; HUMAN; HUMAN TISSUE; LUNG CANCER; MACHINE LEARNING; MAJOR CLINICAL STUDY; MELANOMA; NEXT GENERATION SEQUENCING; PREDICTION; PREDICTIVE VALUE; PRIORITY JOURNAL; SENSITIVITY ANALYSIS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SOMATIC MUTATION; TREATMENT RESPONSE; VALIDATION PROCESS; EXOME; GENETICS; HIGH THROUGHPUT SEQUENCING; IMMUNOLOGY; IMMUNOTHERAPY; MUTATION; NEOPLASM; SOFTWARE; WHOLE EXOME SEQUENCING;

EXOME; HIGH-THROUGHPUT NUCLEOTIDE SEQUENCING; HUMANS; IMMUNOTHERAPY; MACHINE LEARNING; MUTATION; NEOPLASMS; SOFTWARE; WHOLE EXOME SEQUENCING;

EID: 85052784859     PISSN: 19466234     EISSN: 19466242     Source Type: Journal    
DOI: 10.1126/scitranslmed.aar7939     Document Type: Article

References (99)

1. R. Kamps, R. D. Brandão, B. J. Bosch, A. D. Paulussen, S. Xanthoulea, M. J. Blok, A. Romano, Next-generation sequencing in oncology: Genetic diagnosis, risk prediction and cancer classification. Int. J. Mol. Sci. 18, E308 (2017).
2. H. L. Rehm, Disease-targeted sequencing: A cornerstone in the clinic. Nat. Rev. Genet. 14, 295-300 (2013).
3. G. M. Frampton, A. Fichtenholtz, G. A. Otto, K. Wang, S. R. Downing, J. He, M. Schnall-Levin, J. White, E. M. Sanford, P. An, J. Sun, F. Juhn, K. Brennan, K. Iwanik, A. Maillet, J. Buell, E. White, M. Zhao, S. Balasubramanian, S. Terzic, T. Richards, V. Banning, L. Garcia, K. Mahoney, Z. Zwirko, A. Donahue, H. Beltran, J. M. Mosquera, M. A. Rubin, S. Dogan, C. V. Hedvat, M. F. Berger, L. Pusztai, M. Lechner, C. Boshoff, M. Jarosz, C. Vietz, A. Parker, V. A. Miller, J. S. Ross, J. Curran, M. T. Cronin, P. J. Stephens, D. Lipson, R. Yelensky, Development and validation of a clinical cancer genomic profiling test based on massively parallel DNA sequencing. Nat. Biotechnol. 31, 1023-1031 (2013).
4. L. A. Garraway, P. A. Jänne, Circumventing cancer drug resistance in the era of personalized medicine. Cancer Discov. 2, 214-226 (2012).
5. S. Jones, V. Anagnostou, K. Lytle, S. Parpart-Li, M. Nesselbush, D. R. Riley, M. Shukla, B. Chesnick, M. Kadan, E. Papp, K. G. Galens, D. Murphy, T. Zhang, L. Kann, M. Sausen, S. V. Angiuoli, L. A. Diaz Jr., V. E. Velculescu, Personalized genomic analyses for cancer mutation discovery and interpretation. Sci. Transl. Med. 7, 283ra253 (2015).
6. E. M. Van Allen, N. Wagle, P. Stojanov, D. L. Perrin, K. Cibulskis, S. Marlow, J. Jane-Valbuena, D. C. Friedrich, G. Kryukov, S. L. Carter, A. McKenna, A. Sivachenko, M. Rosenberg, A. Kiezun, D. Voet, M. Lawrence, L. T. Lichtenstein, J. G. Gentry, F. W. Huang, J. Fostel, D. Farlow, D. Barbie, L. Gandhi, E. S. Lander, S. W. Gray, S. Joffe, P. Janne, J. Garber, L. MacConaill, N. Lindeman, B. Rollins, P. Kantoff, S. A. Fisher, S. Gabriel, G. Getz, L. A. Garraway, Whole-exome sequencing and clinical interpretation of formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples to guide precision cancer medicine. Nat. Med. 20, 682-688 (2014).
7. L. A. Diaz Jr., D. T. Le, PD-1 blockade in tumors with mismatch-repair deficiency. N. Engl. J. Med. 373, 1979 (2015).
8. D. T. Le, J. N. Durham, K. N. Smith, H. Wang, B. R. Bartlett, L. K. Aulakh, S. Lu, H. Kemberling, C. Wilt, B. S. Luber, F. Wong, N. S. Azad, A. A. Rucki, D. Laheru, R. Donehower, A. Zaheer, G. A. Fisher, T. S. Crocenzi, J. J. Lee, T. F. Greten, A. G. Duffy, K. K. Ciombor, A. D. Eyring, B. H. Lam, A. Joe, S. P. Kang, M. Holdhoff, L. Danilova, L. Cope, C. Meyer, S. Zhou, R. M. Goldberg, D. K. Armstrong, K. M. Bever, A. N. Fader, J. Taube, F. Housseau, D. Spetzler, N. Xiao, D. M. Pardoll, N. Papadopoulos, K. W. Kinzler, J. R. Eshleman, B. Vogelstein, R. A. Anders, L. A. Diaz Jr., Mismatch repair deficiency predicts response of solid tumors to PD-1 blockade. Science 357, 409-413 (2017).
9. K. L. Redmond, A. Papafili, M. Lawler, S. Van Schaeybroeck, Overcoming resistance to targeted therapies in cancer. Semin. Oncol. 42, 896-908 (2015).
10. F. Stegmeier, M. Warmuth, W. R. Sellers, M. Dorsch, Targeted cancer therapies in the twenty-first century: Lessons from imatinib. Clin. Pharmacol. Ther. 87, 543-552 (2010).
11. P. B. Chapman, A. Hauschild, C. Robert, J. B. Haanen, P. Ascierto, J. Larkin, R. Dummer, C. Garbe, A. Testori, M. Maio, D. Hogg, P. Lorigan, C. Lebbe, T. Jouary, D. Schadendorf, A. Ribas, S. J. O'Day, J. A. Sosman, J. M. Kirkwood, A. M. Eggermont, B. Dreno, K. Nolop, J. Li, B. Nelson, J. Hou, R. J. Lee, K. T. Flaherty, G. A. McArthurBRIM-3 Study Group, Improved survival with vemurafenib in melanoma with BRAF V600E mutation. N. Engl. J. Med. 364, 2507-2516 (2011).
12. J. D. Moyer, E. G. Barbacci, K. K. Iwata, L. Arnold, B. Boman, A. Cunningham, C. DiOrio, J. Doty, M. J. Morin, M. P. Moyer, M. Neveu, V. A. Pollack, L. R. Pustilnik, M. M. Reynolds, D. Sloan, A. Theleman, P. Miller, Induction of apoptosis and cell cycle arrest by CP-358,774, an inhibitor of epidermal growth factor receptor tyrosine kinase. Cancer Res. 57, 4838-4848 (1997).
13. R. Rosell, E. Carcereny, R. Gervais, A. Vergnenegre, B. Massuti, E. Felip, R. Palmero, R. Garcia-Gomez, C. Pallares, J. M. Sanchez, R. Porta, M. Cobo, P. Garrido, F. Longo, T. Moran, A. Insa, F. De Marinis, R. Corre, I. Bover, A. Illiano, E. Dansin, J. de Castro, M. Milella, N. Reguart, G. Altavilla, U. Jimenez, M. Provencio, M. A. Moreno, J. Terrasa, J. Muñoz-Langa, J. Valdivia, D. Isla, M. Domine, O. Molinier, J. Mazieres, N. Baize, R. Garcia-Campelo, G. Robinet, D. Rodriguez-Abreu, G. Lopez-Vivanco, V. Gebbia, L. Ferrera-Delgado, P. Bombaron, R. Bernabe, A. Bearz, A. Artal, E. Cortesi, C. Rolfo, M. Sanchez-Ronco, A. Drozdowskyj, C. Queralt, I. de Aguirre, J. L. Ramirez, J. J. Sanchez, M. A. Molina, M. Taron, L. Paz-Ares; Spanish Lung Cancer Group in collaboration with Groupe Français de Pneumo-Cancérologie and Associazonr Italiana Oncologia Toracica, Erlotinib versus standard chemotherapy as first-line treatment for European patients with advanced EGFR mutation-positive non-small-cell lung cancer (EURTAC): A multicentre, open-label, randomised phase 3 trial. Lancet Oncol. 13, 239-246 (2012).
14. L. Chang, M. Chang, H. M. Chang, F. Chang, Microsatellite instability: A predictive biomarker for cancer immunotherapy. Appl. Immunohistochem. Mol. Morphol. 26, e15-e21 (2017).
15. D. P. Carbone, M. Reck, L. Paz-Ares, B. Creelan, L. Horn, M. Steins, E. Felip, M. M. van den Heuvel, T. E. Ciuleanu, F. Badin, N. Ready, T. J. N. Hiltermann, S. Nair, R. Juergens, S. Peters, E. Minenza, J. M. Wrangle, D. Rodriguez-Abreu, H. Borghaei, G. R. Blumenschein Jr., L. C. Villaruz, L. Havel, J. Krejci, J. Corral Jaime, H. Chang, W. J. Geese, P. Bhagavatheeswaran, A. C. Chen, M. A. Socinski; CheckMate 026 Investigators, First-line nivolumab in stage IV or recurrent non-small-cell lung cancer. N. Engl. J. Med. 376, 2415-2426 (2017).
16. M. J. Overman, R. McDermott, J. L. Leach, S. Lonardi, H. J. Lenz, M. A. Morse, J. Desai, A. Hill, M. Axelson, R. A. Moss, M. V. Goldberg, Z. A. Cao, J. M. Ledeine, G. A. Maglinte, S. Kopetz, T. André, Nivolumab in patients with metastatic DNA mismatch repair-deficient or microsatellite instability-high colorectal cancer (CheckMate 142): An open-label, multicentre, phase 2 study. Lancet Oncol. 18, 1182-1191 (2017).
17. A. Snyder, V. Makarov, T. Merghoub, J. Yuan, J. M. Zaretsky, A. Desrichard, L. A. Walsh, M. A. Postow, P. Wong, T. S. Ho, T. J. Hollmann, C. Bruggeman, K. Kannan, Y. Li, C. Elipenahli, C. Liu, C. T. Harbison, L. Wang, A. Ribas, J. D. Wolchok, T. A. Chan, Genetic basis for clinical response to CTLA-4 blockade in melanoma. N. Engl. J. Med. 371, 2189-2199 (2014).
18. J. E. Rosenberg, D. P. Petrylak, M. S. Van Der Heijden, A. Necchi, P. H. O'Donnell, Y. Loriot, M. Retz, J. L. Perez-Gracia, J. Bellmunt, P. Grivas, R. W. Joseph, L. Fong, E. E. Kadel, Z. Boyd, D. Nickles, G. M. Frampton, R. Bourgon, P. S. Hegde, S. Mariathasan, T. Powles, PD-L1 expression, Cancer Genome Atlas (TCGA) subtype, and mutational load as independent predictors of response to atezolizumab (atezo) in metastatic urothelial carcinoma (mUC; IMvigor210). J. Clin. Oncol. 34, 104 (2016).
19. N. A. Rizvi, M. D. Hellmann, A. Snyder, P. Kvistborg, V. Makarov, J. J. Havel, W. Lee, J. Yuan, P. Wong, T. S. Ho, M. L. Miller, N. Rekhtman, A. L. Moreira, F. Ibrahim, C. Bruggeman, B. Gasmi, R. Zappasodi, Y. Maeda, C. Sander, E. B. Garon, T. Merghoub, J. D. Wolchok, T. N. Schumacher, T. A. Chan, Mutational landscape determines sensitivity to PD-1 blockade in non-small cell lung cancer. Science 348, 124-128 (2015).
20. A. M. Goodman, S. Kato, L. Bazhenova, S. P. Patel, G. M. Frampton, V. Miller, P. J. Stephens, G. A. Daniels, R. Kurzrock, Tumor mutational burden as an independent predictor of response to immunotherapy in diverse cancers. Mol. Cancer Ther. 16, 2598-2608 (2017).
21. N. Agrawal, M. J. Frederick, C. R. Pickering, C. Bettegowda, K. Chang, R. J. Li, C. Fakhry, T.-X. Xie, J. Zhang, J. Wang, N. Zhang, A. K. El-Naggar, S. A. Jasser, J. N. Weinstein, L. Treviño, J. A. Drummond, D. M. Muzny, Y. Wu, L. D. Wood, R. H. Hruban, W. H. Westra, W. M. Koch, J. A. Califano, R. A. Gibbs, D. Sidransky, B. Vogelstein, V. E. Velculescu, N. Papadopoulos, D. A. Wheeler, K. W. Kinzler, J. N. Myers, Exome sequencing of head and neck squamous cell carcinoma reveals inactivating mutations in NOTCH1. Science 333, 1154-1157 (2011).
22. A. Bardelli, D. W. Parsons, N. Silliman, J. Ptak, S. Szabo, S. Saha, S. Markowitz, J. K. V. Willson, G. Parmigiani, K. W. Kinzler, B. Vogelstein, V. E. Velculescu, Mutational analysis of the tyrosine kinome in colorectal cancers. Science 300, 949 (2003).
23. H. Davies, G. R. Bignell, C. Cox, P. Stephens, S. Edkins, S. Clegg, J. Teague, H. Woffendin, M. J. Garnett, W. Bottomley, N. Davis, E. Dicks, R. Ewing, Y. Floyd, K. Gray, S. Hall, R. Hawes, J. Hughes, V. Kosmidou, A. Menzies, C. Mould, A. Parker, C. Stevens, S. Watt, S. Hooper, R. Wilson, H. Jayatilake, B. A. Gusterson, C. Cooper, J. Shipley, D. Hargrave, K. Pritchard-Jones, N. Maitland, G. Chenevix-Trench, G. J. Riggins, D. D. Bigner, G. Palmieri, A. Cossu, A. Flanagan, A. Nicholson, J. W. Ho, S. Y. Leung, S. T. Yuen, B. L. Weber, H. F. Seigler, T. L. Darrow, H. Paterson, R. Marais, C. J. Marshall, R. Wooster, M. R. Stratton, P. A. Futreal, Mutations of the BRAF gene in human cancer. Nature 417, 949-954 (2002).
24. S. Jones, X. Zhang, D. W. Parsons, J. C.-H. Lin, R. J. Leary, P. Angenendt, P. Mankoo, H. Carter, H. Kamiyama, A. Jimeno, S.-M. Hong, B. Fu, M.-T. Lin, E. S. Calhoun, M. Kamiyama, K. Walter, T. Nikolskaya, Y. Nikolsky, J. Hartigan, D. R. Smith, M. Hidalgo, S. D. Leach, A. P. Klein, E. M. Jaffee, M. Goggins, A. Maitra, C. Iacobuzio-Donahue, J. R. Eshleman, S. E. Kern, R. H. Hruban, R. Karchin, N. Papadopoulos, G. Parmigiani, B. Vogelstein, V. E. Velculescu, K. W. Kinzler, Core signaling pathways in human pancreatic cancers revealed by global genomic analyses. Science 321, 1801-1806 (2008).
25. D. W. Parsons, S. Jones, X. Zhang, J. C.-H. Lin, R. J. Leary, P. Angenendt, P. Mankoo, H. Carter, I.-M. Siu, G. L. Gallia, A. Olivi, R. McLendon, B. A. Rasheed, S. Keir, T. Nikolskaya, Y. Nikolsky, D. A. Busam, H. Tekleab, L. A. Diaz Jr., J. Hartigan, D. R. Smith, R. L. Strausberg, S. K. Marie, S. M. O. Shinjo, H. Yan, G. J. Riggins, D. D. Bigner, R. Karchin, N. Papadopoulos, G. Parmigiani, B. Vogelstein, V. E. Velculescu, K. W. Kinzler, An integrated genomic analysis of human glioblastoma multiforme. Science 321, 1807-1812 (2008).
26. Y. Samuels, Z. Wang, A. Bardelli, N. Silliman, J. Ptak, S. Szabo, H. Yan, A. Gazdar, S. M. Powell, G. J. Riggins, J. K. Willson, S. Markowitz, K. W. Kinzler, B. Vogelstein, V. E. Velculescu, High frequency of mutations of the PIK3CA gene in human cancers. Science 304, 554 (2004).
27. M. Sausen, R. J. Leary, S. Jones, J. Wu, C. P. Reynolds, X. Liu, A. Blackford, G. Parmigiani, L. A. Diaz Jr., N. Papadopoulos, B. Vogelstein, K. W. Kinzler, V. E. Velculescu, M. D. Hogarty, Integrated genomic analyses identify ARID1A and ARID1B alterations in the childhood cancer neuroblastoma. Nat. Genet. 45, 12-17 (2013).
28. T. Sjöblom, S. Jones, L. D. Wood, D. W. Parsons, J. Lin, T. D. Barber, D. Mandelker, R. J. Leary, J. Ptak, N. Silliman, S. Szabo, P. Buckhaults, C. Farrell, P. Meeh, S. D. Markowitz, J. Willis, D. Dawson, J. K. Willson, A. F. Gazdar, J. Hartigan, L. Wu, C. Liu, G. Parmigiani, B. H. Park, K. E. Bachman, N. Papadopoulos, B. Vogelstein, K. W. Kinzler, V. E. Velculescu, The consensus coding sequences of human breast and colorectal cancers. Science 314, 268-274 (2006).
29. Z. Wang, J. M. Cummins, D. Shen, D. P. Cahill, P. V. Jallepalli, T. L. Wang, D. W. Parsons, G. Traverso, M. Awad, N. Silliman, J. Ptak, S. Szabo, J. K. Willson, S. D. Markowitz, M. L. Goldberg, R. Karess, K. W. Kinzler, B. Vogelstein, V. E. Velculescu, C. Lengauer, Three classes of genes mutated in colorectal cancers with chromosomal instability. Cancer Res. 64, 2998-3001 (2004).
30. L. D. Wood, D. W. Parsons, S. Jones, J. Lin, T. Sjöblom, R. J. Leary, D. Shen, S. M. Boca, T. Barber, J. Ptak, N. Silliman, S. Szabo, Z. Dezso, V. Ustyanksky, T. Nikolskaya, Y. Nikolsky, R. Karchin, P. A. Wilson, J. S. Kaminker, Z. Zhang, R. Croshaw, J. Willis, D. Dawson, M. Shipitsin, J. K. Willson, S. Sukumar, K. Polyak, B. H. Park, C. L. Pethiyagoda, P. V. Pant, D. G. Ballinger, A. B. Sparks, J. Hartigan, D. R. Smith, E. Suh, N. Papadopoulos, P. Buckhaults, S. D. Markowitz, G. Parmigiani, K. W. Kinzler, V. E. Velculescu, B. Vogelstein, The genomic landscapes of human breast and colorectal cancers. Science 318, 1108-1113 (2007).
31. K. Tomczak, P. Czerwinska, M. Wiznerowicz, The Cancer Genome Atlas (TCGA): An immeasurable source of knowledge. Contemp. Oncol. 19, A68-A77 (2015).
32. International Cancer Genome Consortium, T. J. Hudson, W. Anderson, A. Artez, A. D. Barker, C. Bell, R. R. Bernabé, M. K. Bhan, F. Calvo, I. Eerola, D. S. Gerhard, A. Guttmacher, M. Guyer, F. M. Hemsley, J. L. Jennings, D. Kerr, P. Klatt, P. Kolar, J. Kusada, D. P. Lane, F. Laplace, L. Youyong, G. Nettekoven, B. Ozenberger, J. Peterson, T. S. Rao, J. Remacle, A. J. Schafer, T. Shibata, M. R. Stratton, J. G. Vockley, K. Watanabe, H. Yang, M. M. Yuen, B. M. Knoppers, M. Bobrow, A. Cambon-Thomsen, L. G. Dressler, S. O. Dyke, Y. Joly, K. Kato, K. L. Kennedy, P. Nicolás, M. J. Parker, E. Rial-Sebbag, C. M. Romeo-Casabona, K. M. Shaw, S. Wallace, G. L. Wiesner, N. Zeps, P. Lichter, A. V. Biankin, C. Chabannon, L. Chin, B. Clément, E. de Alava, F. Degos, M. L. Ferguson, P. Geary, D. N. Hayes, T. J. Hudson, A. L. Johns, A. Kasprzyk, H. Nakagawa, R. Penny, M. A. Piris, R. Sarin, A. Scarpa, T. Shibata, M. van de Vijver, P. A. Futreal, H. Aburatani, M. Bayés, D. D. Botwell, P. J. Campbell, X. Estivill, D. S. Gerhard, S. M. Grimmond, I. Gut, M. Hirst, C. López-Otín, P. Majumder, M. Marra, J. D. McPherson, H. Nakagawa, Z. Ning, X. S. Puente, Y. Ruan, T. Shibata, M. R. Stratton, H. G. Stunnenberg, H. Swerdlow, V. E. Velculescu, R. K. Wilson, H. H. Xue, L. Yang, P. T. Spellman, G. D. Bader, P. C. Boutros, P. J. Campbell, P. Flicek, G. Getz, R. Guigó, G. Guo, D. Haussler, S. Heath, T. J. Hubbard, T. Jiang, S. M. Jones, Q. Li, N. López-Bigas, R. Luo, L. Muthuswamy, B. F. Ouellette, J. V. Pearson, X. S. Puente, V. Quesada, B. J. Raphael, C. Sander, T. Shibata, T. P. Speed, L. D. Stein, J. M. Stuart, J. W. Teague, Y. Totoki, T. Tsunoda, A. Valencia, D. A. Wheeler, H. Wu, S. Zhao, G. Zhou, L. D. Stein, R. Guigó, T. J. Hubbard, Y. Joly, S. M. Jones, A. Kasprzyk, M. Lathrop, N. López-Bigas, B. F. Ouellette, P. T. Spellman, J. W. Teague, G. Thomas, A. Valencia, T. Yoshida, K. L. Kennedy, M. Axton, S. O. Dyke, P. A. Futreal, D. S. Gerhard, C. Gunter, M. Guyer, T. J. Hudson, J. D. McPherson, L. J. Miller, B. Ozenberger, K. M. Shaw, A. Kasprzyk, L. D. Stein, J. Zhang, S. A. Haider, J. Wang, C. K. Yung, A. Cros, Y. Liang, S. Gnaneshan, J. Guberman, J. Hsu, M. Bobrow, D. R. Chalmers, K. W. Hasel, Y. Joly, T. S. Kaan, K. L. Kennedy, B. M. Knoppers, W. W. Lowrance, T. Masui, P. Nicolás, E. Rial-Sebbag, L. L. Rodriguez, C. Vergely, T. Yoshida, S. M. Grimmond, A. V. Biankin, D. D. Bowtell, N. Cloonan, A. deFazio, J. R. Eshleman, D. Etemadmoghadam, B. B. Gardiner, J. G. Kench, A. Scarpa, R. L. Sutherland, M. A. Tempero, N. J. Waddell, P. J. Wilson, J. D. McPherson, S. Gallinger, M. S. Tsao, P. A. Shaw, G. M. Petersen, D. Mukhopadhyay, L. Chin, R. A. DePinho, S. Thayer, L. Muthuswamy, K. Shazand, T. Beck, M. Sam, L. Timms, V. Ballin, Y. Lu, J. Ji, X. Zhang, F. Chen, X. Hu, G. Zhou, Q. Yang, G. Tian, L. Zhang, X. Xing, X. Li, Z. Zhu, Y. Yu, J. Yu, H. Yang, M. Lathrop, J. Tost, P. Brennan, I. Holcatova, D. Zaridze, A. Brazma, L. Egevard, E. Prokhortchouk, R. E. Banks, M. Uhlén, A. Cambon-Thomsen, J. Viksna, F. Ponten, K. Skryabin, M. R. Stratton, P. A. Futreal, E. Birney, A. Borg, A. L. Børresen-Dale, C. Caldas, J. A. Foekens, S. Martin, J. S. Reis-Filho, A. L. Richardson, C. Sotiriou, H. G. Stunnenberg, G. Thoms, M. van de Vijver, L. van't Veer, F. Calvo, D. Birnbaum, H. Blanche, P. Boucher, S. Boyault, C. Chabannon, I. Gut, J. D. Masson-Jacquemier, M. Lathrop, I. Pauporté, X. Pivot, A. Vincent-Salomon, E. Tabone, C. Theillet, G. Thomas, J. Tost, I. Treilleux, F. Calvo, P. Bioulac-Sage, B. Clément, T. Decaens, F. Degos, D. Franco, I. Gut, M. Gut, S. Heath, M. Lathrop, D. Samuel, G. Thomas, J. Zucman-Rossi, P. Lichter, R. Eils, B. Brors, J. O. Korbel, A. Korshunov, P. Landgraf, H. Lehrach, S. Pfister, B. Radlwimmer, G. Reifenberger, M. D. Taylor, C. von Kalle, P. P. Majumder, R. Sarin, T. S. Rao, M. K. Bhan, A. Scarpa, P. Pederzoli, R. A. Lawlor, M. Delledonne, A. Bardelli, A. V. Biankin, S. M. Grimmond, T. Gress, D. Klimstra, G. Zamboni, T. Shibata, Y. Nakamura, H. Nakagawa, J. Kusada, T. Tsunoda, S. Miyano, H. Aburatani, K. Kato, A. Fujimoto, T. Yoshida, E. Campo, C. López-Otín, X. Estivill, R. Guigó, S. de Sanjosé, M. A. Piris, E. Montserrat, M. González-Díaz, X. S. Puente, P. Jares, A. Valencia, H. Himmelbauer, V. Quesada, S. Bea, M. R. Stratton, P. A. Futreal, P. J. Campbell, A. Vincent-Salomon, A. L. Richardson, J. S. Reis-Filho, M. van de Vijver, G. Thomas, J. D. Masson-Jacquemier, S. Aparicio, A. Borg, A. L. Børresen-Dale, C. Caldas, J. A. Foekens, H. G. Stunnenberg, L. van't Veer, D. F. Easton, P. T. Spellman, S. Martin, A. D. Barker, L. Chin, F. S. Collins, C. C. Compton, M. L. Ferguson, D. S. Gerhard, G. Getz, C. Gunter, A. Guttmacher, M. Guyer, D. N. Hayes, E. S. Lander, B. Ozenberger, R. Penny, J. Peterson, C. Sander, K. M. Shaw, T. P. Speed, P. T. Spellman, J. G. Vockley, D. A. Wheeler, R. K. Wilson, T. J. Hudson, L. Chin, B. M. Knoppers, E. S. Lander, P. Lichter, L. D. Stein, M. R. Stratton, W. Anderson, A. D. Barker, C. Bell, M. Bobrow, W. Burke, F. S. Collins, C. C. Compton, R. A. DePinho, D. F. Easton, P. A. Futreal, D. S. Gerhard, A. R. Green, M. Guyer, S. R. Hamilton, T. J. Hubbard, O. P. Kallioniemi, K. L. Kennedy, T. J. Ley, E. T. Liu, Y. Lu, P. Majumder, M. Marra, B. Ozenberger, J. Peterson, A. J. Schafer, P. T. Spellman, H. G. Stunnenberg, B. J. Wainwright, R. K. Wilson, H. Yang, International network of cancer genome projects. Nature 464, 993-998 (2010).
33. Cancer Genome Atlas Network, Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer. Nature 487, 330-337 (2012).
34. Cancer Genome Atlas Network, Genomic classification of cutaneous melanoma. Cell 161, 1681-1696 (2015).
35. Cancer Genome Atlas Network, Comprehensive genomic characterization of head and neck squamous cell carcinomas. Nature 517, 576-582 (2015).
36. Cancer Genome Atlas Research Network, Comprehensive genomic characterization of squamous cell lung cancers. Nature 489, 519-525 (2012).
37. Cancer Genome Atlas Research Network, Comprehensive molecular characterization of clear cell renal cell carcinoma. Nature 499, 43-49 (2013).
38. Cancer Genome Atlas Research Network, Comprehensive molecular profiling of lung adenocarcinoma. Nature 511, 543-550 (2014).
39. Cancer Genome Atlas Research Network, Comprehensive molecular characterization of urothelial bladder carcinoma. Nature 507, 315-322 (2014).
40. Cancer Genome Atlas Research Network, Comprehensive molecular characterization of gastric adenocarcinoma. Nature 513, 202-209 (2014).
41. Cancer Genome Atlas Research Network, C. Kandoth, N. Schultz, A. D. Cherniack, R. Akbani, Y. Liu, H. Shen, A. G. Robertson, I. Pashtan, R. Shen, C. C. Benz, C. Yau, P. W. Laird, L. Ding, W. Zhang, G. B. Mills, R. Kucherlapati, E. R. Mardis, D. A. Levine, Integrated genomic characterization of endometrial carcinoma. Nature 497, 67-73 (2013).
42. Cancer Genome Atlas Research Network, Comprehensive and integrative genomic characterization of hepatocellular carcinoma. Cell 169, 1327-1341.e23 (2017).
43. Cancer Genome Atlas Research Network, TCGA PanCanAtlas https://doi.org/10.7303/syn7214402.
44. E. Izumchenko, X. Chang, M. Brait, E. Fertig, L. T. Kagohara, A. Bedi, L. Marchionni, N. Agrawal, R. Ravi, S. Jones, M. O. Hoque, W. H. Westra, D. Sidransky, Targeted sequencing reveals clonal genetic changes in the progression of early lung neoplasms and paired circulating DNA. Nat. Commun. 6, 8258 (2015).
45. M. N. Nikiforova, A. I. Wald, S. Roy, M. B. Durso, Y. E. Nikiforov, Targeted next-generation sequencing panel (ThyroSeq) for detection of mutations in thyroid cancer. J. Clin. Endocrinol. Metab. 98, E1852-E1860 (2013).
46. D. T. Cheng, T. N. Mitchell, A. Zehir, R. H. Shah, R. Benayed, A. Syed, R. Chandramohan, Z. Y. Liu, H. H. Won, S. N. Scott, A. R. Brannon, C. O'Reilly, J. Sadowska, J. Casanova, A. Yannes, J. F. Hechtman, J. Yao, W. Song, D. S. Ross, A. Oultache, S. Dogan, L. Borsu, M. Hameed, K. Nafa, M. E. Arcila, M. Ladanyi, M. F. Berger, Memorial Sloan Kettering-integrated mutation profiling of actionable cancer targets (MSK-IMPACT): A hybridization capture-based next-generation sequencing clinical assay for solid tumor molecular oncology. J. Mol. Diagn. 17, 251-264 (2015).
47. R. R. Singh, K. P. Patel, M. J. Routbort, N. G. Reddy, B. A. Barkoh, B. Handal, R. Kanagal-Shamanna, W. O. Greaves, L. J. Medeiros, K. D. Aldape, R. Luthra, Clinical validation of a next-generation sequencing screen for mutational hotspots in 46 cancer-related genes. J. Mol. Diagn. 15, 607-622 (2013).
48. S. Kadri, B. C. Long, I. Mujacic, C. J. Zhen, M. N. Wurst, S. Sharma, N. McDonald, N. Niu, S. Benhamed, J. H. Tuteja, T. Y. Seiwert, K. P. White, M. E. McNerney, C. Fitzpatrick, Y. L. Wang, L. V. Furtado, J. P. Segal, Clinical validation of a next-generation sequencing genomic oncology panel via cross-platform benchmarking against established amplicon sequencing assays. J. Mol. Diagn. 19, 43-56 (2017).
49. K. J. Hampel, F. B. de Abreu, N. Sidiropoulos, J. D. Peterson, G. J. Tsongalis, Variant call concordance between two laboratory-developed, solid tumor targeted genomic profiling assays using distinct workflows and sequencing instruments. Exp. Mol. Pathol. 102, 215-218 (2017).
50. S. Pant, R. Weiner, M. J. Marton, Navigating the rapids: The development of regulated next-generation sequencing-based clinical trial assays and companion diagnostics. Front. Oncol. 4, 78 (2014).
51. S. P. Strom, Current practices and guidelines for clinical next-generation sequencing oncology testing. Cancer Biol. Med. 13, 3-11 (2016).
52. D. Mandelker, L. Zhang, Y. Kemel, Z. K. Stadler, V. Joseph, A. Zehir, N. Pradhan, A. Arnold, M. F. Walsh, Y. Li, A. R. Balakrishnan, A. Syed, M. Prasad, K. Nafa, M. I. Carlo, K. A. Cadoo, M. Sheehan, M. H. Fleischut, E. Salo-Mullen, M. Trottier, S. M. Lipkin, A. Lincoln, S. Mukherjee, V. Ravichandran, R. Cambria, J. Galle, W. Abida, M. E. Arcila, R. Benayed, R. Shah, K. Yu, D. F. Bajorin, J. A. Coleman, S. D. Leach, M. A. Lowery, J. Garcia-Aguilar, P. W. Kantoff, C. L. Sawyers, M. N. Dickler, L. Saltz, R. J. Motzer, E. M. O'Reilly, H. I. Scher, J. Baselga, D. S. Klimstra, D. B. Solit, D. M. Hyman, M. F. Berger, M. Ladanyi, M. E. Robson, K. Offit, Mutation detection in patients with advanced cancer by universal sequencing of cancer-related genes in tumor and normal DNA vs guideline-based germline testing. JAMA 318, 825-835 (2017).
53. K. A. Schrader, D. T. Cheng, V. Joseph, M. Prasad, M. Walsh, A. Zehir, A. Ni, T. Thomas, R. Benayed, A. Ashraf, A. Lincoln, M. Arcila, Z. Stadler, D. Solit, D. M. Hyman, L. Zhang, D. Klimstra, M. Ladanyi, K. Offit, M. Berger, M. Robson, Germline variants in targeted tumor sequencing using matched normal DNA. JAMA Oncol. 2, 104-111 (2016).
54. L. J. Jennings, M. E. Arcila, C. Corless, S. Kamel-Reid, I. M. Lubin, J. Pfeifer, R. L. Temple-Smolkin, K. V. Voelkerding, M. N. Nikiforova, Guidelines for validation of next-generation sequencing-based oncology panels: A joint consensus recommendation of the Association for Molecular Pathology and College of American Pathologists. J. Mol. Diagn. 19, 341-365 (2017).
55. G. J. Weiss, B. R. Hoff, R. P. Whitehead, A. Sangal, S. A. Gingrich, R. J. Penny, D. W. Mallery, S. M. Morris, E. J. Thompson, D. M. Loesch, V. Khemka, Evaluation and comparison of two commercially available targeted next-generation sequencing platforms to assist oncology decision making. Onco Targets Ther. 8, 959-967 (2015).
56. R. M. Squillace, G. M. Frampton, P. J. Stephens, J. S. Ross, V. A. Miller, Comparing two assays for clinical genomic profiling: The devil is in the data. Onco Targets Ther. 8, 2237-2242 (2015).
57. M. Misyura, T. Zhang, M. A. Sukhai, M. Thomas, S. Garg, S. Kamel-Reid, T. L. Stockley, Comparison of next-generation sequencing panels and platforms for detection and verification of somatic tumor variants for clinical diagnostics. J. Mol. Diagn. 18, 842-850 (2016).
58. S. Zhang, “One patient, two cancer DNA tests, two different results” (The Atlantic, 2016); www.theatlantic.com/health/archive/2016/12/cancer-biopsy-genetic-test/510656/.
59. K. Cibulskis, M. S. Lawrence, S. L. Carter, A. Sivachenko, D. Jaffe, C. Sougnez, S. Gabriel, M. Meyerson, E. S. Lander, G. Getz, Sensitive detection of somatic point mutations in impure and heterogeneous cancer samples. Nat. Biotechnol. 31, 213-219 (2013).
60. D. E. Larson, C. C. Harris, K. Chen, D. C. Koboldt, T. E. Abbott, D. J. Dooling, T. J. Ley, E. R. Mardis, R. K. Wilson, L. Ding, SomaticSniper: Identification of somatic point mutations in whole genome sequencing data. Bioinformatics 28, 311-317 (2012).
61. C. T. Saunders, W. S. Wong, S. Swamy, J. Becq, L. J. Murray, R. K. Cheetham, Strelka: Accurate somatic small-variant calling from sequenced tumor-normal sample pairs. Bioinformatics 28, 1811-1817 (2012).
62. Z. Lai, A. Markovets, M. Ahdesmaki, B. Chapman, O. Hofmann, R. McEwen, J. Johnson, B. Dougherty, J. C. Barrett, J. R. Dry, VarDict: A novel and versatile variant caller for next-generation sequencing in cancer research. Nucleic Acids Res. 44, e108 (2016).
63. E. Reble, C. A. Castellani, M. G. Melka, R. O'Reilly, S. M. Singh, VarScan2 analysis of de novo variants in monozygotic twins discordant for schizophrenia. Psychiatr. Genet. 27, 62-70 (2017).
64. M. Sausen, J. Phallen, V. Adleff, S. Jones, R. J. Leary, M. T. Barrett, V. Anagnostou, S. Parpart-Li, D. Murphy, Q. Kay Li, C. A. Hruban, R. Scharpf, J. R. White, P. J. O'Dwyer, P. J. Allen, J. R. Eshleman, C. B. Thompson, D. S. Klimstra, D. C. Linehan, A. Maitra, R. H. Hruban, L. A. Diaz Jr., D. D. Von Hoff, J. S. Johansen, J. A. Drebin, V. E. Velculescu, Clinical implications of genomic alterations in the tumour and circulation of pancreatic cancer patients. Nat. Commun. 6, 7686 (2015).
65. J. Ding, A. Bashashati, A. Roth, A. Oloumi, K. Tse, T. Zeng, G. Haffari, M. Hirst, M. A. Marra, A. Condon, S. Aparicio, S. P. Shah, Feature-based classifiers for somatic mutation detection in tumour-normal paired sequencing data. Bioinformatics 28, 167-175 (2012).
66. L. T. Fang, P. T. Afshar, A. Chhibber, M. Mohiyuddin, Y. Fan, J. C. Mu, G. Gibeling, S. Barr, N. B. Asadi, M. B. Gerstein, D. C. Koboldt, W. Wang, W. H. Wong, H. Y. Lam, An ensemble approach to accurately detect somatic mutations using SomaticSeq. Genome Biol. 16, 197 (2015).
67. J. F. Spinella, P. Mehanna, R. Vidal, V. Saillour, P. Cassart, C. Richer, M. Ouimet, J. Healy, D. Sinnett, SNooPer: A machine learning-based method for somatic variant identification from low-pass next-generation sequencing. BMC Genomics 17, 912 (2016).
68. I. Kalatskaya, Q. M. Trinh, M. Spears, J. D. McPherson, J. M. S. Bartlett, L. Stein, ISOWN: Accurate somatic mutation identification in the absence of normal tissue controls. Genome Med. 9, 59 (2017).
69. S. A. Forbes, D. Beare, N. Bindal, S. Bamford, S. Ward, C. G. Cole, M. Jia, C. Kok, H. Boutselakis, T. De, Z. Sondka, L. Ponting, R. Stefancsik, B. Harsha, J. Tate, E. Dawson, S. Thompson, H. Jubb, P. J. Campbell, COSMIC: High-resolution cancer genetics using the catalogue of somatic mutations in cancer. Curr. Protoc. Hum. Genet. 91, 10.11.11-10.11.37 (2016).
70. S. A. Forbes, D. Beare, H. Boutselakis, S. Bamford, N. Bindal, J. Tate, C. G. Cole, S. Ward, E. Dawson, L. Ponting, R. Stefancsik, B. Harsha, C. Y. Kok, M. Jia, H. Jubb, Z. Sondka, S. Thompson, T. De, P. J. Campbell, COSMIC: Somatic cancer genetics at high-resolution. Nucleic Acids Res. 45, D777-D783 (2017).
71. S. A. Forbes, D. Beare, P. Gunasekaran, K. Leung, N. Bindal, H. Boutselakis, M. Ding, S. Bamford, C. Cole, S. Ward, C. Y. Kok, M. Jia, T. De, J. W. Teague, M. R. Stratton, U. McDermott, P. J. Campbell, COSMIC: Exploring the world's knowledge of somatic mutations in human cancer. Nucleic Acids Res. 43, D805-D811 (2015).
72. M. Lek, K. J. Karczewski, E. V. Minikel, K. E. Samocha, E. Banks, T. Fennell, A. H. O'Donnell-Luria, J. S. Ware, A. J. Hill, B. B. Cummings, T. Tukiainen, D. P. Birnbaum, J. A. Kosmicki, L. E. Duncan, K. Estrada, F. Zhao, J. Zou, E. Pierce-Hoffman, J. Berghout, D. N. Cooper, N. Deflaux, M. DePristo, R. Do, J. Flannick, M. Fromer, L. Gauthier, J. Goldstein, N. Gupta, D. Howrigan, A. Kiezun, M. I. Kurki, A. L. Moonshine, P. Natarajan, L. Orozco, G. M. Peloso, R. Poplin, M. A. Rivas, V. Ruano-Rubio, S. A. Rose, D. M. Ruderfer, K. Shakir, P. D. Stenson, C. Stevens, B. P. Thomas, G. Tiao, M. T. Tusie-Luna, B. Weisburd, H. H. Won, D. Yu, D. M. Altshuler, D. Ardissino, M. Boehnke, J. Danesh, S. Donnelly, R. Elosua, J. C. Florez, S. B. Gabriel, G. Getz, S. J. Glatt, C. M. Hultman, S. Kathiresan, M. Laakso, S. McCarroll, M. I. McCarthy, D. McGovern, R. McPherson, B. M. Neale, A. Palotie, S. M. Purcell, D. Saleheen, J. M. Scharf, P. Sklar, P. F. Sullivan, J. Tuomilehto, M. T. Tsuang, H. C. Watkins, J. G. Wilson, M. J. Daly, D. G. MacArthur; Exome Aggregation Consortium, Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans. Nature 536, 285-291 (2016).
73. M. A. Jensen, V. Ferretti, R. L. Grossman, L. M. Staudt, The NCI Genomic Data Commons as an engine for precision medicine. Blood 130, 453-459 (2017).
74. J. Zhang, J. Baran, A. Cros, J. M. Guberman, S. Haider, J. Hsu, Y. Liang, E. Rivkin, J. Wang, B. Whitty, M. Wong-Erasmus, L. Yao, A. Kasprzyk, International Cancer Genome Consortium Data Portal-A one-stop shop for cancer genomics data. Database 2011, bar026 (2011).
75. V. Anagnostou, K. N. Smith, P. M. Forde, N. Niknafs, R. Bhattacharya, J. White, T. Zhang, V. Adleff, J. Phallen, N. Wali, C. Hruban, V. B. Guthrie, K. Rodgers, J. Naidoo, H. Kang, W. Sharfman, C. Georgiades, F. Verde, P. Illei, Q. K. Li, E. Gabrielson, M. V. Brock, C. A. Zahnow, S. B. Baylin, R. B. Scharpf, J. R. Brahmer, R. Karchin, D. M. Pardoll, V. E. Velculescu, Evolution of neoantigen landscape during immune checkpoint blockade in non-small cell lung cancer. Cancer Discov. 7, 264-276 (2017).
76. H. Husain, V. E. Velculescu, Cancer DNA in the circulation: The liquid biopsy. JAMA 318, 1272-1274 (2017).
77. J. Phallen, M. Sausen, V. Adleff, A. Leal, C. Hruban, J. White, V. Anagnostou, J. Fiksel, S. Cristiano, E. Papp, S. Speir, T. Reinert, M. W. Orntoft, B. D. Woodward, D. Murphy, S. Parpart-Li, D. Riley, M. Nesselbush, N. Sengamalay, A. Georgiadis, Q. K. Li, M. R. Madsen, F. V. Mortensen, J. Huiskens, C. Punt, N. van Grieken, R. Fijneman, G. Meijer, H. Husain, R. B. Scharpf, L. A. Diaz Jr., S. Jones, S. Angiuoli, T. Orntoft, H. J. Nielsen, C. L. Andersen, V. E. Velculescu, Direct detection of early-stage cancers using circulating tumor DNA. Sci. Transl. Med. 9, eaan2415 (2017).
78. C. Bettegowda, M. Sausen, R. J. Leary, I. Kinde, Y. Wang, N. Agrawal, B. R. Bartlett, H. Wang, B. Luber, R. M. Alani, E. S. Antonarakis, N. S. Azad, A. Bardelli, H. Brem, J. L. Cameron, C. C. Lee, L. A. Fecher, G. L. Gallia, P. Gibbs, D. Le, R. L. Giuntoli, M. Goggins, M. D. Hogarty, M. Holdhoff, S. M. Hong, Y. Jiao, H. H. Juhl, J. J. Kim, G. Siravegna, D. A. Laheru, C. Lauricella, M. Lim, E. J. Lipson, S. K. Marie, G. J. Netto, K. S. Oliner, A. Olivi, L. Olsson, G. J. Riggins, A. Sartore-Bianchi, K. Schmidt, M. Shih, S. M. Oba-Shinjo, S. Siena, D. Theodorescu, J. Tie, T. T. Harkins, S. Veronese, T. L. Wang, J. D. Weingart, C. L. Wolfgang, L. D. Wood, D. Xing, R. H. Hruban, J. Wu, P. J. Allen, C. M. Schmidt, M. A. Choti, V. E. Velculescu, K. W. Kinzler, B. Vogelstein, N. Papadopoulos, L. A. Diaz Jr., Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies. Sci. Transl. Med. 6, 224ra224 (2014).
79. S. J. Dawson, D. W. Tsui, M. Murtaza, H. Biggs, O. M. Rueda, S. F. Chin, M. J. Dunning, D. Gale, T. Forshew, B. Mahler-Araujo, S. Rajan, S. Humphray, J. Becq, D. Halsall, M. Wallis, D. Bentley, C. Caldas, N. Rosenfeld, Analysis of circulating tumor DNA to monitor metastatic breast cancer. N. Engl. J. Med. 368, 1199-1209 (2013).
80. T. Forshew, M. Murtaza, C. Parkinson, D. Gale, D. W. Tsui, F. Kaper, S. J. Dawson, A. M. Piskorz, M. Jimenez-Linan, D. Bentley, J. Hadfield, A. P. May, C. Caldas, J. D. Brenton, N. Rosenfeld, Noninvasive identification and monitoring of cancer mutations by targeted deep sequencing of plasma DNA. Sci. Transl. Med. 4, 136ra168 (2012).
81. S. T. Kim, W. S. Lee, R. B. Lanman, S. Mortimer, O. A. Zill, K. M. Kim, K. T. Jang, S. H. Kim, S. H. Park, J. O. Park, Y. S. Park, H. Y. Lim, H. Eltoukhy, W. K. Kang, W. Y. Lee, H. C. Kim, K. Park, J. Lee, A. Talasaz, Prospective blinded study of somatic mutation detection in cell-free DNA utilizing a targeted 54-gene next generation sequencing panel in metastatic solid tumor patients. Oncotarget 6, 40360-40369 (2015).
82. R. J. Leary, M. Sausen, I. Kinde, N. Papadopoulos, J. D. Carpten, D. Craig, J. O'Shaughnessy, K. W. Kinzler, G. Parmigiani, B. Vogelstein, L. A. Diaz Jr., V. E. Velculescu, Detection of chromosomal alterations in the circulation of cancer patients with whole-genome sequencing. Sci. Transl. Med. 4, 162ra154 (2012).
83. M. Murtaza, S. J. Dawson, D. W. Tsui, D. Gale, T. Forshew, A. M. Piskorz, C. Parkinson, S. F. Chin, Z. Kingsbury, A. S. Wong, F. Marass, S. Humphray, J. Hadfield, D. Bentley, T. M. Chin, J. D. Brenton, C. Caldas, N. Rosenfeld, Non-invasive analysis of acquired resistance to cancer therapy by sequencing of plasma DNA. Nature 497, 108-112 (2013).
84. A. M. Newman, S. V. Bratman, J. To, J. F. Wynne, N. C. Eclov, L. A. Modlin, C. L. Liu, J. W. Neal, H. A. Wakelee, R. E. Merritt, J. B. Shrager, B. W. Loo Jr., A. A. Alizadeh, M. Diehn, An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. Nat. Med. 20, 548-554 (2014).
85. A. M. Newman, A. F. Lovejoy, D. M. Klass, D. M. Kurtz, J. J. Chabon, F. Scherer, H. Stehr, C. L. Liu, S. V. Bratman, C. Say, L. Zhou, J. N. Carter, R. B. West, G. W. Sledge, J. B. Shrager, B. W. Loo Jr., J. W. Neal, H. A. Wakelee, M. Diehn, A. A. Alizadeh, Integrated digital error suppression for improved detection of circulating tumor DNA. Nat. Biotechnol. 34, 547-555 (2016).
86. F. Pedregosa, G. Varoquaux, A. Gramfort, V. Michel, B. Thirion, O. Grisel, M. Blondel, P. Prettenhofer, R. Weiss, V. Dubourg, J. Vanderplas, A. Passos, D. Cournapeau, Scikit-learn: Machine learning in Python. J. Mach. Learn. Res. 12, 2825-2830 (2011).
87. L. Breiman, Random forests. Mach. Learn. 45, 5-32 (2001).
88. P. Geurts, D. Ernst, L. Wehenkel, Extremely randomized trees. Mach. Learn. 63, 3-42 (2006).
89. H. Li, R. Durbin, Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics 25, 1754-1760 (2009).
90. B. Langmead, S. L. Salzberg, Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nat. Methods 9, 357-359 (2012).
91. C. Tyner, G. P. Barber, J. Casper, H. Clawson, M. Diekhans, C. Eisenhart, C. M. Fischer, D. Gibson, J. N. Gonzalez, L. Guruvadoo, M. Haeussler, S. Heitner, A. S. Hinrichs, D. Karolchik, B. T. Lee, C. M. Lee, P. Nejad, B. J. Raney, K. R. Rosenbloom, M. L. Speir, C. Villarreal, J. Vivian, A. S. Zweig, D. Haussler, R. M. Kuhn, W. J. Kent, The UCSC Genome Browser database: 2017 update. Nucleic Acids Res. 45, D626-D634 (2017).
92. W. McLaren, L. Gil, S. E. Hunt, H. S. Riat, G. R. Ritchie, A. Thormann, P. Flicek, F. Cunningham, The ensembl variant effect predictor. Genome Biol. 17, 122 (2016).
93. K. D. Pruitt, J. Harrow, R. A. Harte, C. Wallin, M. Diekhans, D. R. Maglott, S. Searle, C. M. Farrell, J. E. Loveland, B. J. Ruef, E. Hart, M. M. Suner, M. J. Landrum, B. Aken, S. Ayling, R. Baertsch, J. Fernandez-Banet, J. L. Cherry, V. Curwen, M. Dicuccio, M. Kellis, J. Lee, M. F. Lin, M. Schuster, A. Shkeda, C. Amid, G. Brown, O. Dukhanina, A. Frankish, J. Hart, B. L. Maidak, J. Mudge, M. R. Murphy, T. Murphy, J. Rajan, B. Rajput, L. D. Riddick, C. Snow, C. Steward, D. Webb, J. A. Weber, L. Wilming, W. Wu, E. Birney, D. Haussler, T. Hubbard, J. Ostell, R. Durbin, D. Lipman, The consensus coding sequence (CCDS) project: Identifying a common protein-coding gene set for the human and mouse genomes. Genome Res. 19, 1316-1323 (2009).
94. S. T. Sherry, M. H. Ward, M. Kholodov, J. Baker, L. Phan, E. M. Smigielski, K. Sirotkin, dbSNP: The NCBI database of genetic variation. Nucleic Acids Res. 29, 308-311 (2001).
95. A. Wysoker, K. Tibbetts, T. Fennell, Picard tools version 1.90 (2013).
96. A. D. Ewing, K. E. Houlahan, Y. Hu, K. Ellrott, C. Caloian, T. N. Yamaguchi, J. C. Bare, C. P'ng, D. Waggott, V. Y. Sabelnykova; ICGC-TCGA DREAM. Somatic Mutation Calling Challenge participants, M. R. Kellen, T. C. Norman, D. Haussler, S. H. Friend, G. Stolovitzky, A. A. Margolin, J. M. Stuart, P. C. Boutros, Combining tumor genome simulation with crowdsourcing to benchmark somatic single-nucleotide-variant detection. Nat. Methods 12, 623-630 (2015).
97. H. Li, B. Handsaker, A. Wysoker, T. Fennell, J. Ruan, N. Homer, G. Marth, G. Abecasis, R. Durbin; 1000 Genome Project Data Processing Subgroup, The Sequence Alignment/ Map format and SAMtools. Bioinformatics 25, 2078-2079 (2009).
98. R. G. Newcombe, Two-sided confidence intervals for the single proportion: Comparison of seven methods. Stat. Med. 17, 857-872 (1998).
99. E. Wilson, Calculating a confidence interval of a proportion. J. Am. Stat. Assoc. 22, 209-212 (1927).