Quantifying the landscape and kinetic paths for epithelial-mesenchymal transition from a core circuit

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 18, Issue 27, 2016, Pages 17949-17956

  Li, Chunhe ^a,b   Hong, Tian ^a   Nie, Qing ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b FUDAN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MICRORNA;

CHEMISTRY; EPITHELIAL MESENCHYMAL TRANSITION; GENE REGULATORY NETWORK; GENETICS; HUMAN; KINETICS;

EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION; GENE REGULATORY NETWORKS; HUMANS; KINETICS; MICRORNAS;

EID: 84978054098     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c6cp03174a     Document Type: Article

References (50)

1. J. P. Thiery H. Acloque R. Y. Huang M. A. Nieto Cell 2009 139 871 890
2. Y. Nakaya G. Sheng Cancer Lett. 2013 341 9 15
3. M. A. Nieto Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2011 27 347 376
4. M. A. Nieto Science 2013 342 1234850
5. M. Lu H. Jolly H. Levine J. Onuchic E. Ben-Jacob Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 18144 18149
6. J. Zhang X. Tian H. Zhang Y. Teng R. Li F. Bai S. Elankumaran J. Xing Sci. Signaling 2014 7 ra91
7. X. Tian H. Zhang J. Xing Biophys. J. 2013 105 1079 1089
8. P. S. Swain M. B. Elowitz E. D. Siggia Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12795 12800
9. M. Kaern T. C. Elston W. J. Blake J. J. Collins Nat. Rev. Genet. 2005 6 451 464
10. M. Thattai O. A. Van Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 8614 8619
11. L. Zhang K. Radtke L. Zheng A. Q. Cai T. F. Schilling Q. Nie Mol. Syst. Biol. 2012 8 613
12. L. Wang J. Xin Q. Nie PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000764
13. T. Hong E. S. Fung L. Zhang G. Huynh E. S. Monuki Q. Nie J. R. Soc., Interface 2015 12 20150258
14. C. H. Waddington, The strategy of the genes: a discussion of some aspects of theoretical biology, Allen and Unwin, London, 1957, p. 290
15. J. Wang K. Zhang L. Xu E. K. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 8257 8262
16. C. Li J. Wang PLoS Comput. Biol. 2013 9 e1003165
17. J. Wang L. Xu E. K. Wang S. Huang Biophys. J. 2010 99 29 39
18. C. Li J. Wang J. R. Soc., Interface 2014 10 20140774
19. F. Zhang L. Xu K. Zhang E. K. Wang J. Wang J. Chem. Phys. 2012 137 065102
20. C. Chen W. Baumann J. Xing L. Xu R. Clarke J. Tyson J. R. Soc., Interface 2014 96 20140206
21. J. T. Margaret B. K. Chu M. Roy E. L. Read Biophys. J. 2015 109 1746 1757
22. C. Li J. Wang Cancer Res. 2015 75 2607 2618
23. T. Hong K. Watanabe C. H. Ta A. Villarreal-Ponce Q. Nie X. Dai PLoS Comput. Biol. 2015 11 e1004569
24. H. Peinado D. Olmeda A. Cano Nat. Rev. Cancer 2007 7 415 428
25. G. Hu, Stochastic Forces and Nonlinear Systems, Shanghai Scientific and Technological Education Press, Shanghai, 1994, pp. 68-74
26. N. G. Van Kampen, Stochastic Processes in Physics and Chemistry, North Holland, Amsterdam, 3rd edn, 2007
27. C. Li J. Wang E. K. Wang Chem. Phys. Lett. 2011 505 75 80
28. Introduction to COMSOL Multiphysics, version 4.3, COMSOL Inc., Burlington, MA, 2012
29. J. Wang C. Li E. K. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 8195 8200
30. C. Li J. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 14130 14135
31. C. Liao T. Lu J. Phys. Chem. B 2013 117 12995 13004
32. H. Feng K. Zhang J. Wang Chem. Sci. 2014 5 3761 3769
33. J. Wang L. Xu E. K. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 12271 12276
34. P. A. Gregory C. P. Bracken E. Smith A. G. Bert J. A. Wright S. Roslan M. Morris L. Wyatt G. Farshid Y.-Y. Lim Mol. Biol. Cell 2011 22 1686 1698
35. A. Gal T. Sjoblom L. Fedorova S. Imreh H. Beug A. Moustakas Oncogene 2008 27 1218 1230
36. D. Medici E. D. Hay B. R. Olsen Mol. Biol. Cell 2008 19 4875 4887
37. L. Huang S. K. Muthuswamy Curr. Opin. Genet. Dev. 2010 20 41 50
38. A. Grosse-Wilde A. F. dHerouel E. McIntosh G. Ertaylan A. Skupin R. E. Kuestner A. del Sol K.-A. Walters S. Huang PLoS One 2015 10 e0126522
39. M. Turcotte Quant. Biol. 2016 4 69 83
40. S. A. Mani W. Guo M.-J. Liao E. N. Eaton A. Ayyanan A. Y. Zhou M. Brooks F. Reinhard C. C. Zhang M. Shipitsin Cell 2008 133 704 715
41. A. Singh J. Settleman Oncogene 2010 29 4741 4751
42. X. Liu S. Johnson S. Liu D. Kanojia W. Yue U. P. Singh Q. Wang Q. Wang Q. Nie H. Chen Sci. Rep. 2013 3 2473
43. K. Sampieri and R. Fodde, Seminars in cancer biology, 2012, pp. 187-193
44. T. Reya S. J. Morrison M. F. Clarke I. L. Weissman Nature 2001 414 105 111
45. L. L. C. Marotta K. Polyak Curr. Opin. Genet. Dev. 2009 19 44 50
46. M. K. Jolly D. Jia M. Boareto S. A. Mani K. J. Pienta E. Ben-Jacob H. Levine Oncotarget 2015 6 25161 25174
47. M. Lu M. K. Jolly R. Gomoto B. Huang J. Onuchic E. Ben-Jacob J. Phys. Chem. B 2013 117 13164 13174
48. A. Lipshtat A. Loinger N. Q. Balaban O. Biham Phys. Rev. Lett. 2006 96 188101
49. H. Qian J. Phys. Chem. B 2006 110 15063 15074
50. J. Wang K. Zhang H. Lu E. Wang Biophys. J. 2005 89 1612 1620