Thermochemical fragment energy method for biomolecules: Application to a collagen model peptide

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 6, 2009, Pages 1667-1679

  Suárez, Ernesto ^a   Díaz, Natalia ^a   Suarez, Dimas ^a  

^a UNIVERSITY OF OVIEDO   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 67650076137     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct8005002     Document Type: Article

References (52)

1. Yang, W.; Lee, T.-S. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5674.
2. Dixon, S. L.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Phys. 1997, 107, 879.
3. Connolly, J. W. D.; Williams, A. R. Phys. Rev.B 1983, 27, 5169.
4. Carlsson, A. E. Beyond pair potentials in elemental transition metals and semiconductors. In Solid State Physics; Ehrenreich, H., Turnbull, D., Eds.; Academic Press: Boston, 1990; Vol. 43, p 1.
5. Drautz, R.; Fahnle, M.; Sanchez, J. M. J. Phys.: Condens. Matter 2004, 16, 3843.
6. Matsuda, H. Phys. Rev.E 2000, 62, 3096.
7. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Int. J. Quantum Chem. 2005, 103, 808.
8. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 447.
9. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 12690.
10. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1337.
11. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 1849.
12. Xantheas, S. S. J. Chem. Phys. 1994, 100, 7523.
13. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem.. Phys. 2004, 20, 6832.
14. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701.
15. Kitaura, K.; Sugiki, S.-I.; Nakano, T.; Komeiji, Y.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 2001, 336, 163.
16. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46.
17. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1342.
18. Sorkin, A.; Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 683.
19. Fedorov, D. G.; K, K. J. Phys. Chem.. A 2007, 111, 6904.
20. Ganesh, V.; Dongare, R. K.; Balanarayan, P.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104109.
21. Babu, K.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem, 2003, 24, 484.
22. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599.
23. Li, S.; Li, W.; Fang, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7215.
24. Jiang, N.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Chem. Phys. 2006, 124, 114112.
25. Collins, M. A.; Deevb, V. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104.
26. Vreven, T.; Frisch, M. J.; Kudin, N.; Schlegel, H. B.; Morokuma, K. Mol. Phys. 2006, 104, 701.
27. Vreven, T.; Morokuma, K.; Farkas, Ö.; Schlegel, H. B.; Frisch, M. J. J. Comput. Chem. 2003, 24, 760.
28. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889.
29. Suarez, E.; Diaz, N.; Suarez, D. J. Phys. Chem.. B 2008,112, 15248.
30. Brodsky, B.; Persikov, A. V. Adv. Protein Chem. 2005, 70, 301.
31. Bella, J.; Brodsky, B.; Berman, H. M. Structure 1995, 3, 893.
32. Bella, J.; Eaton, M.; Brodsky, B.; Berman, H. M. Science 1994, 266, 75.
33. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1787.
34. Elstner, M.; Hobza, P.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Kaxiras, E. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5149.
35. Jureka, P.; Cerný, J.; Hobza, P.; Salahub, D. R. J. Comput. Chem. 2007, 28, 555.
36. Valdés, H.; Klusák, V.; Pitoák, M.; Exner, O.; Starý, I.; Hobza, P.; L., R. J. Comput. Chem. 2008, 29, 861.
37. Shields, A. E.; van Mourik, T. J. Phys. Chem.. A 2007, 111, 13272.
38. Palermo, N. Y.; Csontos, J.; Owen, M. C.; Murphy, R. F.; Lovas, S. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1208.
39. Asturiol, D.; Duran, M.; Salvador, P. J. Chem. Phys. 2008, 128, 144108.
40. Nishi, Y.; Uchiyama, S.; Doi, M.; Nishiuchi, Y.; Nakazawa, T.; Ohkubo, T.; Kobayashi, Y. Biochemistry 2005, 44, 6034.
41. Guallar, V. J. Phys. Chem.. B 2008, 112, 13460.
42. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
43. Tao, J.; Perdew, J. P.; Staroverov, V. N.; Scuseria, G. E. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 146401.
44. Schäfer, A.; Horn, H.; Ahlrichs, R. J. Chem, Phys. 1992, 97, 2571.
45. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
46. Sierka, M.; Hogekamp, A.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9136.
47. Eichkorn, K.; Treutler, O.; Ohm, H.; Häser, M.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 242, 652.
48. Schäfer, A.; Klamt, A.; Sattel, D.; Lohrenzc, J. C. W.; Eckert, F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 2187.
49. Klamt, A.; Jonas, V.; Burger, T.; Lohrenz, J. J. Phys. Chem.. A 1998, 102, 5074.
50. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, I., T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9; University of California: San Francisco, 2006.
51. Macke, T.; Case, D. A. Modeling unusual nucleic acid structures. In Molecular Modeling of Nucleic Acids; Leontes, N. B., SantaLucia, J. J., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC, 1998; pp 379.
52. Gohlke, H.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2003, 25, 238. CT8005002