H-bonding cooperativity and energetics of α-helix formation of five 17-amino acid peptides

Journal of the American Chemical Society

Volumn 125, Issue 27, 2003, Pages 8124-8129

  Wieczorek, Robert ^b   Dannenberg, J J ^a  

^a CITY UNIVERSITY OF NEW YORK   (United States)

^b UNIVERSITY OF WROC AW   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HYDROGEN BONDS; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEINS; STRAIN;

PEPTIDES;

AMINO ACIDS;

AMINO ACID; PEPTIDE DERIVATIVE;

ALPHA CHAIN; ALPHA HELIX; AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; ENERGY TRANSFER; GEOMETRY; HYDROGEN BOND; PROTEIN STABILITY; PROTEIN STRUCTURE; STRUCTURE ANALYSIS;

AMINO ACIDS; HYDROGEN BONDING; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY;

EID: 0038682661     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja035302q     Document Type: Article

References (33)

1. Vendruscolo, M.; Domany, E. J. Chem. Phys. 1998, 109, 11101.
2. Kennedy, R. J.; Tsang, K.-Y.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 934.
3. Guo, H.; Gresh, N.; Roques, B. P.; Salahub, D. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9746.
4. Kobko, N.; Paraskevas, L.; del Rio, E.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4348.
5. Kobko, N.; Dannenberg, J. J. Submitted for publication.
6. Bour, P.; Kubelka, J.; Keiderling, T. A. Biopolymers 2002, 65, 45.
7. Elstner, M.; Jalkanen, K. J.; Knapp-Mohammady, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S. Chem. Phys. 2000, 256, 15.
8. Elstner, M.; Jalkanen, K. J.; Knapp-Mohammady, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S. Chem. Phys. 2001, 263, 203.
9. Zhu, C.; Balta, B.; Aviyente, V.; Lifshitz, C. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 7061.
10. Strittmatter, E. F.; Williams, E. R. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6069.
11. Jakli, I.; Perczel, A.; Farkas, O.; Csaszar, A. G.; Sosa, C.; Csizmadia, I. G. J. Comput. Chem. 2000, 21, 626.
12. Han, W.-G.; Elstner, M.; Jalkanen, K. J.; Frauenheim, T.; Suhai, S. Int. J. Quantum Chem. 2000, 78, 459.
13. Chaudhuri, P.; Canuto, S. THEOCHEM 2002, 577, 267.
14. Benzi, C.; Improta, R.; Scalmani, G.; Barone, V. J. Comput. Chem. 2002, 23, 341.
15. Kearley, G. J.; Johnson, M. R.; Plazanet, M.; Suard, E. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2614.
16. Kubelka, J.; Gangani, R. A.; Silva, D.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5325.
17. Topol, I. A.; Burt, S. K.; Deretey, E.; Tang. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6054.
18. Improta, R.; Barone, V.; Kudin, K. N.; Scuseria, G. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3311.
19. Wu, Y.-D.; Zhao, Y.-L. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5313.
20. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. Submitted for publication.
21. Van Alsenoy, C.; Yu, C.-H.; Peeters, A.; Martin, J. M. L.; Schaefer, L. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2246.
22. Dapprich, S.; Komiromi, I.; Byun, K. S.; Morokuma, K.; Frisch, M. J. THEOCHEM 1999, 0166.
23. Morokuma, K. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2002, 360, 1149.
24. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902.
25. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J., submitted for publication.
26. Cui, Q.; Guo, H.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5617.
27. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewsk, V. G.; Montgomery, J. A. J.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; J. Tomasi; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.11; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998-2001.
28. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
29. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
30. Jaravine, V. A.; Alexandrescu, A. T.; Grzesiek, S. Protein Sci. 2001, 10, 943.
31. Barfield, M.; Dingley, A. J.; Feigon, J.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4014.
32. Turi, L.; Dannenberg, J. J. Chem. Mater. 1994, 6, 1313.
33. Dannenberg, J. J. THEOCHEM 1997, 401, 279.