Effective fragment molecular orbital method: A merger of the effective fragment potential and fragment molecular orbital methods

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 114, Issue 33, 2010, Pages 8705-8712

  Steinmann, Casper ^a   Fedorov, Dmitri G ^b   Jensen, Jan H ^a  

^a UNIVERSITY OF COPENHAGEN   (Denmark)

^b NATIONAL INSTITUTE OF ADVANCED INDUSTRIAL SCIENCE AND TECHNOLOGY AIST   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BASIS SETS; EFFECTIVE FRAGMENT POTENTIALS; ELECTRONIC STRUCTURE THEORY; ENERGY EXPRESSION; FRAGMENT MOLECULAR ORBITAL; FRAGMENT MOLECULAR ORBITAL METHODS; HARTREE-FOCK; HARTREE-FOCK ENERGIES; HARTREE-FOCK THEORY; LONG RANGE INTERACTIONS; MANY-BODY; MOLECULAR FRAGMENTATION; MULTIPOLES; POLARIZABLE FORCE FIELD; WATER CLUSTER;

ELECTRONIC PROPERTIES; ELECTRONIC STRUCTURE; MOLECULAR MODELING; MOLECULAR ORBITALS; REACTION KINETICS;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY;

EID: 77955916844     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp101498m     Document Type: Article

References (53)

1. Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217
2. MacKerel, A. D., Jr. ; Brooks, C. L., III; Nilsson, L.; Roux, B.; Won, Y.; Karplus, M. In CHARMM: The Energy Function; Its Parameterization with an Overview of the Program; Schleyer, P. v. R., et al., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, U.K.: 1998.
3. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
4. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5933-5947
5. Gresh, N.; Cisneros, G. A.; Darden, T. A.; Piquemal, J. P. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1960-1986
6. Wallqvist, A.; Ahlström, P.; Karlström, G. J. Phys. Chem. 1990, 94, 1649-1656
7. Engkvist, O.; Astrand, P. O.; Karlström, G. Chem. Rev 2000, 100, 4087-4108
8. Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A.; Cao, Y. X.; Murphy, R. B.; Zhou, R.; Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1515-1531
9. Day, P. N.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, W. J.; Krauss, M.; Garmer, D.; Basch, H.; Cohen, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968-1986
10. Gordon, M. S.; Freitag, M. A.; Bandyopadhyay, P.; Jensen, J. H.; Kairys, V.; Stevenss, W. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 293-307
11. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701-706
12. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 6904-6914
13. Beran, G. J. O. J. Chem. Phys. 2009, 130, 164115
14. Söderhjelm, P.; Ryde, U. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 617-627
15. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46-53
16. Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1573-1584
17. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599
18. Zhang, D. W.; Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1846-1852
19. Jiang, N.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Chem. Phys. 2006, 124, 114112
20. White, C. A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1994, 230, 8-16
21. White, C. A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1996, 253, 268-278
22. Strain, M. C.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. Science 1996, 271, 51
23. Kudin, K. N.; Scuseria, G. E. Phys. Rev. B 2000, 61, 16440-16453
24. Xie, W.; Orozco, M.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 459
25. Hirata, S.; Valiev, M.; Dupuis, M.; Xantheas, S. S.; Sugiki, S.; Sekino, H. Mol. Phys. 2005, 103, 2255-2265
26. Kamiya, M.; Hirata, S.; Valiev, M. J. Chem. Phys. 2008, 128, 074103
27. Hirata, S. J. Chem. Phys. 2008, 129, 204104
28. Söderhjelm, P.; Aquilante, F.; Ryde, U. J. Phys. Chem. B 2009, 11085-11094
29. Nagata, T.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2009, 131, 024101
30. Sebetci, A.; Beran, G. J. O. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 155-167
31. Kitaura, K.; Morokuma, K. Int. J. Quantum Chem. 1976, 10, 325-340
32. Nakano, T.; Kaminuma, T.; Sato, T.; Fukuzawa, K.; Akiyama, Y.; Uebayasi, M.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2002, 351, 475-480
33. Stone, A. J. The Theory of Intermolecular Forces; Oxford University Press: New York, 1997.
34. Stone, A. J. Chem. Phys. Lett. 1981, 83, 233-239
35. Stone, A. J.; Alderton, M. Mol. Phys. 2002, 100, 221-233
36. Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 1998, 108, 4772
37. Jensen, J. H. J. Chem. Phys. 1996, 104, 7795
38. Li, H.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H. J. Chem. Phys. 2006, 124, 214108
39. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363
40. Becke, A. D. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652
41. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623-11627
42. Hertwig, R. H.; Koch, W. Chem. Phys. Lett. 1997, 268, 345-351
43. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213-222
44. Francl, M. M.; Pietro, W. J.; Hehre, W. J.; Binkley, J. S.; Gordon, M. S.; DeFrees, D. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1982, 77, 3654-3665
45. Gordon, M. S.; Binkley, J. S.; Pople, J. A.; Pietro, W. J.; Hehre, W. J. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 2797-2803
46. Minikis, R. M.; Kairys, V.; Jensen, J. H. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 3829-3837
47. Chen, W.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14316-14328
48. Fedorov, D. G.; Kitaura, K., Eds. The Fragment Molecular Orbital Method; CRC Press: Boca Raton, FL, 2009.
49. Nagata, T.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2009, 475, 124-131
50. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Comput. Chem. 2007, 287, 222-237
51. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. In Theoretical Development of the Fragment Molecular Orbital (FMO) Method. Starikov, E. B.; Lewis, J. S. T., Eds.; Elsevier: Amsterdam, The Netherlands, 2006; Chapter 1, pp 3 - 38.
52. Adamovic, I.; Gordon, M. S. Mol. Phys. 2005, 2, 379-387
53. Fedorov, D. G.; Ishida, T.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2638-2646