Screening of Pre-miRNA-155 Binding Peptides for Apoptosis Inducing Activity Using Peptide Microarrays

Journal of the American Chemical Society

Volumn 138, Issue 3, 2016, Pages 857-867

  Pai, Jaeyoung ^a   Hyun, Soonsil ^b   Hyun, Ji Young ^a   Park, Seong Hyun ^a   Kim, Won Je ^c   Bae, Sung Hun ^d   Kim, Nak Kyoon ^c   Yu, Jaehoon ^b   Shin, Injae ^a  

^a Yonsei University   (South Korea)

^b Seoul National University   (South Korea)

^c Korea Institute of Science and Technology   (South Korea)

^d Chong Kun Dang Research Institute   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; BINS; BIOASSAY; CELL DEATH; DISEASES; GENE EXPRESSION; MICROARRAYS; PEPTIDES;

APOPTOSIS-INDUCING ACTIVITY; APOPTOTIC CELL DEATH; BINDING PEPTIDE; MOLECULAR MODELING STUDIES; ONCOGENIC ACTIVITIES; PEPTIDE BINDING; PEPTIDE INHIBITORS; STEM-LOOP REGIONS;

RNA;

CASPASE; DICER; HYDRAZIDE; MICRORNA 155; RNA BINDING PROTEIN; MICRORNA; MIRN155 MICRORNA, HUMAN; PEPTIDE;

ARTICLE; CATALYSIS; CONTROLLED STUDY; IN VITRO STUDY; PEPTIDE SYNTHESIS; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN MICROARRAY; RNA PROCESSING; ANTAGONISTS AND INHIBITORS; APOPTOSIS; BINDING SITE; CELL SURVIVAL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DRUG EFFECTS; HUMAN; MCF-7 CELL LINE; METABOLISM; MOLECULAR MODEL; TUMOR CELL LINE;

APOPTOSIS; BINDING SITES; CELL LINE, TUMOR; CELL SURVIVAL; HUMANS; MCF-7 CELLS; MICRORNAS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; PEPTIDES; PROTEIN ARRAY ANALYSIS;

EID: 84961335756     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jacs.5b09216     Document Type: Article

References (65)

1. Bartel, D. P. Cell 2004, 116, 281-297 10.1016/S0092-8674(04)00045-5
2. Cullen, B. R. Mol. Cell 2004, 16, 861-865 10.1016/j.molcel.2004.12.002
3. Lee, Y.; Ahn, C.; Han, J. J.; Choi, H.; Kim, J.; Yim, J.; Lee, J.; Provost, P.; Radmark, O.; Kim, S.; Kim, V. N. Nature 2003, 425, 415-419 10.1038/nature01957
4. Denli, A. M.; Tops, B. B. J.; Plasterk, R. H.; Ketting, R. F.; Hannon, G. J. Nature 2004, 432, 231-235 10.1038/nature03049
5. Gregory, R. I.; Yan, K. P.; Amuthan, G.; Chendrimada, T.; Doratotaj, B.; Cooch, N.; Shiekhattar, R. Nature 2004, 432, 235-240 10.1038/nature03120
6. Bernstein, E.; Caudy, A. A.; Hammond, S. M.; Hannon, G. J. Nature 2001, 409, 363-366 10.1038/35053110
7. Ketting, R. F.; Fischer, S. E. J.; Bernstein, E.; Sijen, T.; Hannon, G. J.; Plasterk, R. H. A. Genes Dev. 2001, 15, 2654-2659 10.1101/gad.927801
8. Yi, R.; Qin, Y.; Macara, I. G.; Cullen, B. R. Genes Dev. 2003, 17, 3011-3016 10.1101/gad.1158803
9. Grishok, A.; Pasquinelli, A. E.; Conte, D.; Li, N.; Parrish, S.; Ha, I.; Baillie, D. L.; Fire, A.; Ruvkun, G.; Mello, C. C. Cell 2001, 106, 23-34 10.1016/S0092-8674(01)00431-7
10. Diederichs, S.; Haber, D. A. Cell 2007, 131, 1097-1108 10.1016/j.cell.2007.10.032
11. Rana, T. M. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 23-36 10.1038/nrm2085
12. Filipowicz, W.; Bhattacharyya, S. N.; Sonenberg, N. Nat. Rev. Genet. 2008, 9, 102-114 10.1038/nrg2290
13. Lu, J.; Getz, G.; Miska, E. A.; Alvarez-Saavedra, E.; Lamb, J.; Peck, D.; Sweet-Cordero, A.; Ebert, B. L.; Mak, R. H.; Ferrando, A. A.; Downing, J. R.; Jacks, T.; Horvitz, H. R.; Golub, T. R. Nature 2005, 435, 834-838 10.1038/nature03702
14. He, L.; Thomson, J. M.; Hemann, M. T.; Hernando-Monge, E.; Mu, D.; Goodson, S.; Powers, S.; Cordon-Cardo, C.; Lowe, S. W.; Hannon, G. J.; Hammond, S. M. Nature 2005, 435, 828-833 10.1038/nature03552
15. Wahlquist, C.; Jeong, D.; Rojas-Munoz, A.; Kho, C.; Lee, A.; Mitsuyama, S.; van Mil, A.; Park, W. J.; Sluijter, J. P.; Doevendans, P. A.; Hajjar, R. J.; Mercola, M. Nature 2014, 508, 531-535 10.1038/nature13073
16. Li, J.; Tan, S.; Kooger, R.; Zhang, C.; Zhang, Y. Chem. Soc. Rev. 2014, 43, 506-517 10.1039/C3CS60312A
17. Velagapudi, S. P.; Gallo, S. M.; Disney, M. D. Nat. Chem. Biol. 2014, 10, 291-297 10.1038/nchembio.1452
18. Gumireddy, K.; Young, D. D.; Xiong, X.; Hogenesch, J. B.; Huang, Q.; Deiters, A. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 7482-7484 10.1002/anie.200801555
19. Young, D. D.; Connelly, C. M.; Grohmann, C.; Deiters, A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7976-7981 10.1021/ja910275u
20. Thomas, J. R.; Hergenrother, P. J. Chem. Rev. 2008, 108, 1171-1224 10.1021/cr0681546
21. Leeper, T. C.; Athanassiou, Z.; Dias, R. L. A.; Robinson, J. A.; Varani, G. Biochemistry 2005, 44, 12362-12372 10.1021/bi0510532
22. Das, C.; Frankel, A. D. Biopolymers 2003, 70, 80-85 10.1002/bip.10429
23. Heaphy, S.; Dingwall, C.; Ernberg, I.; Gait, M. J.; Green, S. M.; Karn, J.; Lowe, A. D.; Singh, M.; Skinner, M. A. Cell 1990, 60, 685-693 10.1016/0092-8674(90)90671-Z
24. Zhou, Q.; Sharp, P. A. Science 1996, 274, 605-610 10.1126/science.274.5287.605
25. Lee, Y.; Hyun, S.; Kim, H. J.; Yu, J. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 134-137 10.1002/anie.200703090
26. Pai, J.; Yoon, T.; Kim, N. D.; Lee, I. S.; Yu, J.; Shin, I. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 19287-19296 10.1021/ja309760g
27. Jang, S.; Hyun, S.; Kim, S.; Lee, S.; Lee, I. S.; Baba, M.; Lee, Y.; Yu, J. Angew. Chem., Int. Ed. 2014, 53, 10086-10089 10.1002/anie.201404684
28. Hyun, S.; Han, A.; Jo, M. H.; Hohng, S.; Yu, J. ChemBioChem 2014, 15, 1651-1659 10.1002/cbic.201402126
29. Esquela-Kerscher, A.; Slack, F. J. Nat. Rev. Cancer 2006, 6, 259-269 10.1038/nrc1840
30. Fabani, M. M.; Abreu-Goodger, C.; Williams, D.; Lyons, P. A.; Torres, A. G.; Smith, K. G.; Enright, A. J.; Gait, M. J.; Vigorito, E. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 4466-4475 10.1093/nar/gkq160
31. Babar, I. A.; Cheng, C. J.; Booth, C. J.; Liang, X.; Weidhaas, J. B.; Saltzman, W. M.; Slack, F. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, E1695-E1704 10.1073/pnas.1201516109
32. Stiffler, M. A.; Chen, J. R.; Grantcharova, V. P.; Lei, Y.; Fuchs, D.; Allen, J. E.; Zaslavskaia, L. A.; MacBeath, G. Science 2007, 317, 364-369 10.1126/science.1144592
33. Tomizaki, K. Y.; Usui, K.; Mihara, H. ChemBioChem 2005, 6, 782-799 10.1002/cbic.200400232
34. Salisbury, C. M.; Maly, D. J.; Ellman, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14868-14870 10.1021/ja027477q
35. Su, J.; Bringer, M. R.; Ismagilov, R. F.; Mrksich, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7280-7281 10.1021/ja051371o
36. Schutkowski, M.; Reimer, U.; Panse, S.; Dong, L. Y.; Lizcano, J. M.; Alessi, D. R.; Schneider-Mergener, J. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 2671-2674 10.1002/anie.200453900
37. Kohn, M.; Gutierrez-Rodriguez, M.; Jonkheijm, P.; Wetzel, S.; Wacker, R.; Schroeder, H.; Prinz, H.; Niemeyer, C. M.; Breinbauer, R.; Szedlacsek, S. E.; Waldmann, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 7700-7703 10.1002/anie.200701601
38. Uttamchandani, M.; Wang, J.; Li, J.; Hu, M.; Sun, H.; Chen, K. Y.-T.; Liu, K.; Yao, S. Q. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 7848-7858 10.1021/ja070870h
39. Tian, X.; Pai, J.; Shin, I. Chem.-Asian J. 2012, 7, 2052-2060 10.1002/asia.201200202
40. Cox, J. A.; Comte, M.; Fitton, J. E.; DeGrado, W. F. J. Biol. Chem. 1985, 260, 2527-2534
41. Lee, M. R.; Shin, I. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 2881-2884 10.1002/anie.200462720
42. Park, S.; Shin, I. Org. Lett. 2007, 9, 1675-1678 10.1021/ol070250l
43. Park, S.; Lee, M. R.; Shin, I. Nat. Protoc. 2007, 2, 2747-2758 10.1038/nprot.2007.373
44. Dertinger, D.; Uhlenbeck, O. C. RNA 2001, 7, 622-631 10.1017/S1355838201002217
45. García-García, C.; Draper, D. E. J. Mol. Biol. 2003, 331, 75-88 10.1016/S0022-2836(03)00615-6
46. Lee, S. J.; Hyun, S.; Kieft, J. S.; Yu, J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2224-2230 10.1021/ja807609m
47. Schmittgen, T. D.; Lee, E. J.; Jiang, J. M.; Sarkar, A.; Yang, L. Q.; Elton, T. S.; Chen, C. F. Methods 2008, 44, 31-38 10.1016/j.ymeth.2007.09.006
48. Kong, W.; He, L.; Coppola, M.; Guo, J.; Esposito, N. N.; Coppola, D.; Cheng, J. Q. J. Biol. Chem. 2010, 285, 17869-17879 10.1074/jbc.M110.101055
49. Valeri, N.; Gasparini, P.; Fabbri, M.; Braconi, C.; Veronese, A.; Lovat, F.; Adair, B.; Vannini, I.; Fanini, F.; Bottoni, A.; Costinean, S.; Sandhu, S. K.; Nuovo, G. J.; Alder, H.; Gafa, R.; Calore, F.; Ferracin, M.; Lanza, G.; Volinia, S.; Negrini, M.; McIlhatton, M. A.; Amadori, D.; Fishel, R.; Croce, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 6982-6987 10.1073/pnas.1002472107
50. Jiang, S.; Zhang, H.-W.; Lu, M.-H.; He, X.-H.; Li, Y.; Gu, H.; Liu, M.-F.; Wang, E.-D. Cancer Res. 2010, 70, 3119-3127 10.1158/0008-5472.CAN-09-4250
51. Dinami, R.; Ercolani, C.; Petti, E.; Piazza, S.; Ciani, Y.; Sestito, R.; Sacconi, A.; Biagioni, F.; le Sage, C.; Agami, R.; Benetti, R.; Mottolese, M.; Schneider, C.; Blandino, G.; Schoeftner, S. Cancer Res. 2014, 74, 4145-4156 10.1158/0008-5472.CAN-13-2038
52. Lu, Y.; Xiao, J.; Lin, H.; Bai, Y.; Luo, X.; Wang, Z.; Yang, B. Nucleic Acids Res. 2009, 37, e24 10.1093/nar/gkn1053
53. Zhang, C. M.; Zhao, J.; Deng, H. Y. Mol. Cell. Biochem. 2013, 379, 201-211 10.1007/s11010-013-1642-6
54. Kluiver, J.; Van den Berg, A.; de Jong, D.; Blokzijl, T.; Harms, G.; Bouwman, E.; Jacobs, S.; Poppema, S.; Kroesen, B. J. Oncogene 2007, 26, 3769-3776 10.1038/sj.onc.1210147
55. Williams, D. R.; Ko, S.-K.; Park, S.; Lee, M.-R.; Shin, I. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 7466-7469 10.1002/anie.200802801
56. Ko, S. -K; Kim, J.; Na, D. C.; Park, S.; Park, S.-H.; Hyun, J. Y.; Baek, K.-H.; Kim, N. D.; Kim, N.-K.; Park, Y. N.; Song, K.; Shin, I. Chem. Biol. 2015, 22, 391-403 10.1016/j.chembiol.2015.02.004
57. Ko, S.-K.; Kim, S. K.; Share, A.; Lynch, V. M.; Park, J.; Namkung, W.; Van Rossom, W.; Busschaert, N.; Gale, P. A.; Sessler, J. L.; Shin, I. Nat. Chem. 2014, 6, 885-892 10.1038/nchem.2021
58. Elmore, S. Toxicol. Pathol. 2007, 35, 495-516 10.1080/01926230701320337
59. Li, P.; Nijhawan, D.; Budihardjo, I.; Srinivasula, S. M.; Ahmad, M.; Alnemri, E. S.; Wang, X. Cell 1997, 91, 479-489 10.1016/S0092-8674(00)80434-1
60. Joza, N.; Susin, S. A.; Daugas, E.; Stanford, W. L.; Cho, S. K.; Li, C. Y.; Sasaki, T.; Elia, A. J.; Cheng, H. Y.; Ravagnan, L.; Ferri, K. F.; Zamzami, N.; Wakeham, A.; Hakem, R.; Yoshida, H.; Kong, Y. Y.; Mak, T. W.; Zúniga-Pflücker, J. C.; Kroemer, G.; Penninger, J. M. Nature 2001, 410, 549-554 10.1038/35069004
61. Chen, Y.; Pawar, P.; Pan, G.; Ma, L.; Liu, H.; McDonald, J. M. J. Cell. Biochem. 2008, 103, 788-799 10.1002/jcb.21447
62. Scott, L. G.; Hennig, M. Methods Mol. Biol. 2008, 452, 29-61 10.1007/978-1-60327-159-2
63. Varani, G.; McClain, W. H. EMBO Rep. 2000, 1, 18-23 10.1093/embo-reports/kvd001
64. Williamson, M. P. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2013, 73, 1-16 10.1016/j.pnmrs.2013.02.001
65. Parisien, M.; Major, F. Nature 2008, 452, 51-55 10.1038/nature06684