Peptide microarrays for the determination of protease substrate specificity

Journal of the American Chemical Society

Volumn 124, Issue 50, 2002, Pages 14868-14870

  Salisbury, Cleo M ^a   Maly, Dustin J ^a   Ellman, Jonathan A ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEINASE;

ARTICLE; DEPROTECTION REACTION; ENZYME SPECIFICITY; ENZYME SUBSTRATE COMPLEX; FLUORESCENCE; MOLECULAR RECOGNITION;

AMINO ACIDS; COUMARINS; FLUORENES; FLUORESCENT DYES; KINETICS; OLIGOPEPTIDES; OXIMES; PROTEIN ARRAY ANALYSIS; SERINE ENDOPEPTIDASES; SUBSTRATE SPECIFICITY; THROMBIN;

EID: 0037132625     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja027477q     Document Type: Article

References (30)

1. Leung, D.; Abbenante, G.; Fairlie, D. P. J. Med. Chem. 2000, 43, 305.
2. Rawlings, N. D.; O'Brien, E.; Barrett, A. J. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 343.
3. (a) For a recent review, see: Maly, D. J.; Huang, L.; Ellman, J. A. ChemBioChem 2002, 3, 16.
4. (b) Thomberry, N. A.; Rano, T. A.; Peterson, E. P.; Rasper, D. M.; Timkey, T.; Garcia-Calvo, M.; Houtzager, V. M.; Nordstrom, P. A.; Roy, S.; Vaillancourt, J. P.; Chapman, K. T.; Nicholson, D. W. J. Biol. Chem. 1997, 272, 17907.
5. (c) Harris, J. L.; Niles, A.; Burdick, K.; Maffitt, M.; Backes, B. J.; Ellman, J. A.; Kuntz, I.; Haak-Frendscho, M.; Craik, C. S. J. Biol. Chem. 2001, 276, 34941.
6. (d) Matthews, D. J.; Wells, J. A. Science 1993, 260, 1113.
7. (e) Smith, M. M.; Shi, L.; Navre, M. J. Biol. Chem. 1995, 270, 6440.
8. (f) Turk, B. E.; Huang, L. L.; Piro, E. T.; Cantley, L. C. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 661.
9. (g) Petithory, J. R.; Masiarz, F. R.; Kirsch, J. F.; Santi, D. V.; Malcolm, B. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 11510.
10. (h) Birkett, A. J.; Soler, D. F.; Wolz, R. L.; Bond, J. S.; Wiseman, J.; Berman, J.; Harris, R. B. Anal. Biochem. 1991, 196, 137.
11. (i) Meldal, M.; Svendsen, I.; Breddam, K.; Auzanneau, F.-I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 3314.
12. (j) St. Hilaire, P. M.; Willert, M.; Juliano, M. A.; Juliano, L.; Meldal, M. J. Comb. Chem. 1999, 1, 509.
13. (k) Rosse, G.; Kueng, E.; Page, M. G.; Schauer-Vukasinovic, V.; Giller, T.; Lahm, H.-W.; Hunziker, P.; Schlatter, D. J. Comb. Chem. 2000, 2, 461.
14. (l) Singh, J.; Allen, M. P.; Ator, M. A.; Gainor, J. A.; Whipple, D. A.; Solowiej, J. E.; Treasurywala, A. M.; Morgan, B. A.; Gordon, T. D.; Upson, D. A. J. Med. Chem. 1995, 38, 217.
15. (m) Dekker, N.; Cox, R. C.; Kramer, R. A.; Egmond, M. R. Biochemistry 2001, 40, 1694.
16. (n) Takeuchi, T.; Harris, J. L.; Huang, W.; Yan, K. W.; Coughlin, S. R.; Craik, C. S. J. Biol. Chem 2000, 275, 34, 26333.
17. 1′. Schechter, I.; Berger, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1967, 27, 157.
18. (a) Harris, J. L.; Backes, B. J.; Leonetti, F.; Mahrus, S.; Ellman, J. A.; Craik, C. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 7754.
19. (b) Maly, D. J.; Leonetti, F.; Backes, B. J.; Dauber, D. S.; Harris, J. L.; Craik, C. S.; Ellman, J. A. J. Org. Chem. 2002, 67, 910.
20. (a) Falsey, J. R.; Renil, M.; Park, S.; Li, S.; Lam, K. S. Bioconjugate Chem. 2001, 12, 346.
21. (b) Cornish, V. W.; Hahn, K. M.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8150.
22. (c) Shao, J.; Tam, J. P. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 3893.
23. (d) Rodriguez, E. C.; Marcaurelle, L. A.; Bertozzi, C. R. J. Org. Chem. 1998, 63, 7134.
24. (e) Rose, K. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 30.
25. Jensen, K. J.; Alsina, J.; Songster, M. F.; Vagner, J.; Albericio, F.; Barany, G. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5441.
26. MacBeath, G.; Schreiber, S. L. Science 2000, 289, 1760.
27. (a) Edwards, P. D.; Mauger, R. C.; Cottrell, K.; Morris, F. X.; Pine, K. K.; Sylvester, M. A.; Scott, C. W.; Furlong, S. T. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000, 10, 2291.
28. (b) Backes, B. J.; Harris, J. L.; Leonetti, F.; Craik, C. S.; Ellman, J. A. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 187.
29. m ratios. See: Fersht, A. R. Enzyme Structure and Mechanism, 3rd Ed.; Freeman: New York, 1985; pp 105-106.
30. Ekins, R. P.; Berger, H.; Chu, F. W.; Finckh, P.; Krause, F. Nanobiology 1998, 4, 197.