High-throughput profiling of peptide-RNA interactions using peptide microarrays

Journal of the American Chemical Society

Volumn 134, Issue 46, 2012, Pages 19287-19296

  Pai, Jaeyoung ^a   Yoon, Taejin ^a   Kim, Nam Doo ^b   Lee, Im Soon ^c   Yu, Jaehoon ^d   Shin, Injae ^a  

^a Yonsei University   (South Korea)

^b Daegu Gyeongbuk Medical Innovation Foundation   (South Korea)

^c Konkuk University   (South Korea)

^d Seoul National University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMPHIPHILICS; BINDING PROPERTIES; DISSOCIATION CONSTANT; HAIRPIN RNA; HIGH-THROUGHPUT; HIGH-THROUGHPUT ANALYSIS; HYDROPHOBIC AND HYDROPHILIC; INHIBITORY ACTIVITY; MICROARRAY TECHNOLOGIES; PEPTIDE LIGAND; QUANTITATIVE METHOD; RAPID ASSESSMENT;

BINDING ENERGY; DISSOCIATION; MICROARRAYS; RNA;

PEPTIDES;

PEPTIDE; SHORT HAIRPIN RNA;

ARTICLE; DISSOCIATION CONSTANT; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HUMAN; HUMAN CELL; HYDROPHILICITY; HYDROPHOBICITY; PROTEIN MICROARRAY; PROTEIN RNA BINDING; QUANTITATIVE ANALYSIS;

CIRCULAR DICHROISM; HIGH-THROUGHPUT SCREENING ASSAYS; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; PEPTIDES; RNA, MESSENGER;

EID: 84869476944     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja309760g     Document Type: Article

References (60)

1. Svoboda, P.; Di Cara, A. Cell. Mol. Life Sci. 2006, 63, 901-918
2. Hermann, T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 355-366
3. Chang, T. C.; Mendell, J. T. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2007, 8, 215-239
4. Bartel, D. P. Cell 2009, 136, 215-233
5. Gallego, J.; Varani, G. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 836-843
6. Renner, S.; Ludwig, V.; Boden, O.; Scheffer, U.; Gobel, M.; Schneider, G. ChemBioChem 2005, 6, 1119-1125
7. Battiste, J. L.; Mao, H.; Rao, N. S.; Tan, R.; Muhandiram, D. R.; Kay, L. E.; Frankel, A. D.; Williamson, J. R. Science 1996, 273, 1547-1551
8. Tor, Y. ChemBioChem 2003, 4, 998-1007
9. Renner, S.; Ludwig, V.; Boden, O.; Scheffer, U.; Göbel, M.; Schneider, G. ChemBioChem 2005, 6, 1119-1125
10. DeJong, E. S.; Chang, C. E.; Gilson, M. K.; Marino, J. P. Biochemistry 2003, 42, 8035-8046
11. Leeper, T. C.; Athanassiou, Z.; Dias, R. L. A.; Robinson, J. A.; Varani, G. Biochemistry 2005, 44, 12362-12372
12. Das, C.; Frankel, A. D. Biopolymers 2003, 70, 80-85
13. Heaphy, S.; Dingwall, C.; Ernberg, I.; Gait, M. J.; Green, S. M.; Karn, J.; Lowe, A. D.; Singh, M.; Skinner, M. A. Cell 1990, 60, 685-693
14. Zhou, Q.; Sharp, P. A. Science 1996, 274, 605-610
15. Lee, Y.; Hyun, S.; Kim, H. J.; Yu, J. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 134-137
16. Fodor, S. P. A.; Read, J. L.; Pirrung, M. C.; Stryer, L.; Lu, A. T.; Solas, D. Science 1991, 251, 767-773
17. Katz, C.; Levy-Beladev, L.; Rotem-Bamberger, S.; Rito, T.; Rudiger, S. G. D.; Friedler, A. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 2131-2145
18. Frank, R. J. Immunol. Methods 2002, 267, 13-26
19. Stiffler, M. A.; Chen, J. R.; Grantcharova, V. P.; Lei, Y.; Fuchs, D.; Allen, J. E.; Zaslavskaia, L. A.; MacBeath, G. Science 2007, 317, 364-369
20. Tomizaki, K. Y.; Usui, K.; Mihara, H. ChemBioChem 2005, 6, 783-799
21. Tomizaki, K.-y.; Usui, K.; Mihara, H. FEBS J. 2010, 277, 1996-2005
22. Usui, K.; Tomizaki, K. Y.; Mihara, H. Methods Mol. Biol. 2009, 570, 273-284
23. Thiele, A.; Stangl, G. I.; Schutkowki, M. Mol. Biotechnol. 2011, 49, 283-305
24. Salisbury, C. M.; Maly, D. J.; Ellman, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14868-14870
25. Zhu, Q.; Uttamchandani, M.; Li, D.; Lesaicherre, M. L.; Yao, S. Q. Org. Lett. 2003, 5, 1257-1260
26. Houseman, B. T.; Huh, J. H.; Kron, S. J.; Mrksich, M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 270-274
27. Su, J.; Bringer, M. R.; Ismagilov, R. F.; Mrksich, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7280-7281
28. Schutkowski, M.; Reimer, U.; Panse, S.; Dong, L. Y.; Lizcano, J. M.; Alessi, D. R.; Schneider-Mergener, J. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 2671-2674
29. Kohn, M.; Gutierrez-Rodriguez, M.; Jonkheijm, P.; Wetzel, S.; Wacker, R.; Schroeder, H.; Prinz, H.; Niemeyer, C. M.; Breinbauer, R.; Szedlacsek, S. E.; Waldmann, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 7700-7703
30. Uttamchandani, M.; Wang, J.; Li, J.; Hu, M.; Sun, H.; Chen, K. Y.-T.; Liu, K.; Yao, S. Q. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 7848-7858
31. Sun, H. Y.; Lu, C. H. S.; Uttamchandani, M.; Xia, Y.; Liou, Y. C.; Yao, S. Q. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 1698-1702
32. Wu, Hao, Ge, J.; Yang, P.-Y.; Wang, J.; Uttamchandani, M.; Yao, S. Q. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 1946-1954
33. Doezé, R. H. P.; Maltman, B. A.; Egan, C. L.; Ulijn, R. V.; Flitsch, S. L. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 3138-3141
34. Duburcq, X.; Olivier, C.; Malingue, F.; Desmet, R.; Bouzidi, A.; Zhou, F. L.; Auriault, C.; Gras-Masse, H.; Melnyk, O. Bioconjugate Chem. 2004, 15, 307-316
35. Andresen, H.; Grotzinger, C.; Zarse, K.; Kreuzer, O. J.; Ehrentreich-Forster, E.; Bier, F. F. Proteomics 2006, 6, 1376-1384
36. Hyun, S.; Kim, H. J.; Lee, N. J.; Lee, K. H.; Lee, Y.; Ahn, D. R.; Kim, K.; Jeong, S.; Yu, J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4514-4515
37. Kuno, A.; Uchiyama, N.; Koseki-Kuno, S.; Ebe, Y.; Takashima, S.; Yamada, M.; Hirabayashi, J. Nat. Methods 2005, 2, 851-856
38. Battiste, J. L.; Mao, H. Y.; Rao, N. S.; Tan, R. Y.; Muhandiram, D. R.; Kay, L. E.; Frankel, A. D.; Williamson, J. R. Science 1996, 273, 1547-1551
39. Saeed, A. I.; Hagabati, N. K.; Braisted, J. C.; Liang, W.; Sharov, V.; Howe, E. A.; Li, J. W.; Thiagarajan, M.; White, J. A.; Quackenbush, J. Methods Enzymol. 2006, 411, 134-193
40. Lee, S. J.; Hyun, S.; Kieft, J. S.; Yu, J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2224-2230
41. Lee, M. R.; Shin, I. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 2881-2884
42. Park, S.; Shin, I. Org. Lett. 2007, 9, 1675-1678
43. Park, S.; Lee, M. R.; Shin, I. Nat. Protoc. 2007, 2, 2747-2758
44. Lacourciere, K. A.; Stivers, J. T.; Marino, J. P. Biochemistry 2000, 39, 5630-5641
45. Kieft, J. S. Trends Biochem. Sci. 2008, 33, 274-283
46. Cao, H.; Tamilarasu, N.; Rana, T. M. Bioconjugate Chem. 2006, 17, 352-358
47. Ryu, D. H.; Litovchick, A.; Rando, R. R. Biochemistry 2002, 41, 10499-10509
48. Canzoneri, J. C.; Oyelere, A. K. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 6825-6834
49. Tavares, T. J.; Beribisky, A. V.; Johnson, P. E. RNA 2009, 15, 911-922
50. Dertinger, D.; Uhlenbeck, O. C. RNA 2001, 7, 622-631
51. García-García, C.; Draper, D. E. J. Mol. Biol. 2003, 331, 75-88
52. Hyun, S.; Na, J.; Lee, S. J.; Park, S.; Yu, J. ChemBioChem 2010, 11, 767-770
53. Ha, S. C.; Lokanath, N. K.; Van Quyen, D.; Wu, C. A.; Lowenhaupt, K.; Rich, A.; Kim, Y. G.; Kim, K. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14367-14372
54. Luscombe, N. M.; Laskowski, R. A.; Thornton, J. M. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 2860-2874
55. Puglisi, J. D.; Chen, L.; Blanchard, S.; Frankel, A. D. Science 1995, 270, 1200-1203
56. Greenbaum, D. C.; Arnold, W. D.; Lu, F.; Hayrapetian, L.; Baruch, A.; Krumrine, J.; Toba, S.; Chehade, K.; Bromme, D.; Kuntz, I. D.; Bogyo, M. Chem. Biol. 2002, 9, 1085-1094
57. Jones, R. B.; Gordus, A.; Krall, J. A.; MacBeath, G. Nature 2006, 439, 168-174
58. Lalonde, M. S.; Lobritz, M. A.; Ratcliff, A.; Chamanian, M.; Athanassiou, Z.; Tyagi, M.; Wong, J. L.; Robinson, J. A.; Karn, J.; Varani, G.; Arts, E. J. PLoS Pathog. 2011, 7, e1002038
59. Ott, M.; Geyer, M.; Zhou, Q. Cell Host Microbe 2011, 10, 426-435
60. Hermann, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 1891-1905