A genomics-led approach to deciphering the mechanism of thiotetronate antibiotic biosynthesis

Chemical Science

Volumn 7, Issue 1, 2016, Pages 376-385

  Tao, W ^a   Yurkovich, M E ^b   Wen, S ^a   Lebe, K E ^b   Samborskyy, M ^b   Liu, Y ^a,a   Yang, A ^a   Ju, Y ^a   Deng, Z ^a   Tosin, M ^c   Sun, Y ^a   Leadlay, P F ^b  

^a WUHAN UNIVERSITY   (China)

^b UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^c UNIVERSITY OF WARWICK   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; ANTIBIOTICS; BACTERIA; BIOCHEMISTRY; BIOSYNTHESIS; CHEMICAL REACTIONS; ENCODING (SYMBOLS); ENZYMES; FATTY ACIDS; GENE ENCODING; KETONES; SULFUR;

ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS; CYTOCHROME P450 ENZYMES; HETEROLOGOUS PRODUCTION; MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS; NONRIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASES; STREPTOMYCES AVERMITILIS; STREPTOMYCES OLIVACEUS; WHOLE GENOME SEQUENCES;

GENES;

EID: 84951025893     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5sc03059e     Document Type: Article

References (64)

1. H. B. Bode F. Müller Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2005 44 6828
2. M. Nett H. Ikeda B. S. Moore Nat. Prod. Rep. 2009 26 1362
3. K. Blin M. H. Medema D. Kazempour M. A. Fischbach R. Breitling E. Takano T. Weber Nucleic Acids Res. 2013 41 W204
4. G. L. Challis Microbiology 2008 154 1555
5. M. C. Wu B. Law B. Wilkinson J. Micklefield Curr. Opin. Biotechnol. 2012 23 931
6. H. Oishi T. Noto H. Sasaki K. Suzuki T. Hayashi H. Okazaki K. Ando J. Antibiot. 1982 35 391
7. T. Noto S. Miyakawa H. Oishi H. Endo H. Okazaki J. Antibiot. 1982 35 401
8. M. S. Chambers E. J. Thomas J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1997 417
9. S. Jackowski C. M. Murphy J. E. J. Cronan C. O. Rock J. Biol. Chem. 1989 264 7624
10. A. C. Price K. Choi R. J. Heath Z. L. Li S. W. White C. O. Rock J. Biol. Chem. 2001 276 6551
11. S. Kodali A. Galgoci K. Young R. Painter L. L. Silver K. B. Herath S. B. Singh D. Cully J. F. Barrett D. Schmatz J. Wang J. Biol. Chem. 2005 280 1669
12. C. A. Machutta G. R. Bommineni S. R. Luckner K. Kapilashrami B. Ruzsicska C. Simmerling C. Kisker P. J. Tonge J. Biol. Chem. 2010 285 6161
13. S. Miyakawa K. Suzuki T. Noto Y. Harada H. Okazaki J. Antibiot. 1982 35 411
14. M. L. Schaeffer G. Agnihotri C. Volker H. Kallender P. J. Brennan J. T. Lonsdale J. Biol. Chem. 2001 276 47029
15. A. Bhatt L. Kremer A. Z. Dai J. C. Sacchettini W. R. Jacobs J. Bacteriol. 2005 187 7596
16. S. Sridharan L. Wang A. K. Brown L. G. Dover L. Kremer G. S. Besra J. C. Sacchettini J. Mol. Biol. 2007 290 859
17. J. Schiebel K. Kapilashrami A. Fekete G. R. Bommineni C. M. Schaefer M. J. Mueller P. J. Tonge C. Kisker J. Biol. Chem. 2013 288 34190
18. R. F. Waller P. J. Keeling R. G. K. Donald B. Striepen E. Handman N. Lang-Unnasch A. F. Cowman G. S. Besra D. S. Roos G. I. McFadden Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 12352
19. S. M. Jones J. E. Urch R. Brun J. L. Harwood C. Berry I. H. Gilbert Bioorg. Med. Chem. 2004 12 683
20. J. M. McFadden S. M. Medghalchi J. N. Thupari M. L. Pinn A. Vadlamudi K. I. Miller F. P. Kuhajda C. A. Townsend J. Med. Chem. 2005 48 946
21. M. S. Brown K. Akopiants D. M. Resceck H. A. I. McArthur E. McCormick K. A. Reynolds J. Am. Chem. Soc. 2003 125 10166
22. S. Omura I. Yuzuru A. Nakagawa R. Iwata Y. Takahashi H. Shimizu H. Tanaka J. Antibiot. 1983 36 109
23. T. Sato K. Suzuki S. Kadota K. Abe S. Takamura M. Iwanami J. Antibiot. 1989 42 890
24. C. Rapp G. Jung C. Isselhorst-Scharr H. Zähner Liebigs Ann. Chem. 1988 1988 1043
25. L. A. Dolak T. M. Castle S. E. Truesdell O. K. Sebek J. Antibiot. 1986 39 26
26. Strain was kindly provided by Dr Hai Deng of University of Aberdeen, UK
27. K. Young H. Jayasuriya J. G. Ondeyka K. Herath C. Zhang S. Kodali A. Galgoci R. Painter V. Brown-Driver R. Yamamoto L. L. Silver Y. Zheng J. I. Ventura J. Sigmund S. Ha A. Basilio F. Vicente J. R. Tormo F. Pelaez P. Youngman D. Cully J. F. Barrett D. Schmatz S. B. Singh J. Wang Antimicrob. Agents Chemother. 2006 50 519
28. K. Rutherford J. Parkhill J. Crook T. Horsnell P. Rice M. A. Rajandream B. Barrell Bioinformatics 2000 16 944
29. E. M. Seco D. Miranzo C. Nieto F. Malpartida Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010 85 1797
30. S. F. Altschul W. Gish W. Miller E. W. Myers D. J. Lipman J. Mol. Biol. 1990 215 403
31. C. Bisang P. F. Long J. Cortés J. Westcott J. Crosby A. L. Mattaru R. J. Cox T. J. Simpson J. Staunton P. F. Leadlay Nature 1999 401 502
32. S. J. Kakavas L. Katz D. Stassi J. Bacteriol. 1997 179 7515
33. F. Del Vecchio H. Petkovic S. G. Kendrew L. Low B. Wilkinson R. Lill J. Cortés B. A. M. Rudd J. Staunton P. F. Leadlay J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2003 30 489
34. H. Petković A. Sandmann I. R. Challis H. Hecht B. Silakowski L. Low N. Beeston E. KuŠčer J. Garcia-Bernardo P. F. Leadlay S. G. Kendrew B. Wilkinson R. Müller Org. Biomol. Chem. 2008 6 500
35. W. L. Kelly N. J. Hillson C. T. Walsh Biochemistry 2005 44 13385
36. C. G. Marshall N. J. Hillson C. T. Walsh Biochemistry 2002 41 244
37. M. Röttig M. H. Medema K. Blin T. Weber C. Rausch O. Kohlbacher Nucleic Acids Res. 2011 39 W362
38. M. N. Wilson B. S. Moore Nat. Prod. Rep. 2012 29 72
39. M. L. Heathcote J. Staunton P. F. Leadlay Chem. Biol. 2001 8 207
40. J. Tsay W. Oh T. J. Larson S. Jackowski C. O. Rock J. Biol. Chem. 1992 267 6807
41. C. Olano I. García A. González M. Rodriguez D. Rozas J. Rubio M. Sánchez-Hidalgo A. F. Braña C. Méndez J. A. Salas Chem. Biol. 2014 11 87
42. R. M. Peterson T. Huang J. D. Rudolf M. J. Smanski B. Shen Chem. Biol. 2014 21 389
43. J. B. Parsons J. Yao M. W. Frank C. O. Rock Antimicrob. Agents Chemother. 2015 59 849
44. X. Liu P. D. Fortin C. T. Walsh Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 13321
45. V. Barbe M. Bouzon S. Mangenot B. Badet J. Poulain B. Segurens D. Vallenet P. Marlière J. Weissenbachet J. Bacteriol. 2011 193 5055
46. C. J. Wilkinson Z. A. Hughes-Thomas C. J. Martin I. Böhm T. Mironenko M. Deacon M. Wheatcroft G. Wirtz J. Staunton P. F. Leadlay J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2002 4 417
47. D. Kessler FEMS Microbiol. Rev. 2006 30 825
48. E. G. Mueller Nat. Chem. Biol. 2006 2 185
49. R. Hidese H. Mihara N. Esaki Appl. Microbiol. Biotechnol. 2011 91 47
50. N. Shigi Y. Sakaguchi S. Asai T. Suzuki K. Watanabe EMBO J. 2008 27 3267
51. E. Sasaki X. Zhang H. G. Sun M. J. Lu T. Liu A. Ou J. Li Y. Chen S. E. Ealick H. Liu Nature 2014 510 427
52. Y. Liu, W. Tao, S. Wen, Z. Li, A. Yang, Z. Deng and Y. Sun, manuscript in preparation
53. C. M. Kleiner L. Horst C. Würtele R. Wendea P. R. Schreiner Org. Biomol. Chem. 2009 7 1397
54. M. L. Heathcote J. Staunton P. F. Leadlay Chem. Biol. 2001 8 207
55. D. Schwarzer H. D. Mootz U. Linne M. A. Marahiel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 14083
56. H. Nakamura J. X. Wang E. P. Balskus Chem. Sci. 2015 6 3816
57. S. X. Huang B. S. Yun M. Ma H. S. Basu D. R. Church G. Ingenhorst Y. Huang D. Yang J. R. Lohman G. L. Tang J. Ju T. Liu G. Wilding B. Shen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 27
58. M. Ma J. R. Lohman T. Liu B. Shen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 10359
59. M. Jinek K. Chylinski I. Fonfara M. Hauer J. A. Doudna E. Charpentier Science 2012 337 816
60. T. Karvelis G. Gasiunas V. Siksnys Biochem. Soc. Trans. 2013 41 1401
61. J. A. Doudna E. Charpentier Science 2014 364 1077
62. M. H. Medema K. Blin P. Cimermancic V. D. Jager P. Zakrzewski M. A. Fischbach T. Weber E. Takano R. Breitling Nucleic Acids Res. 2011 39 339
63. F. Sievers A. Wilm D. Dineen T. J. Gibson K. Karplus W. Li R. Lopez H. McWillian M. Remmert J. Soding J. D. Thompson D. G. Higgins Mol. Syst. Biol. 2011 7 539
64. O. Bachmann J. Ravel Methods Enzymol. 2009 458 181