Extended string binding mode of the phosphorylated transactivation domain of tumor suppressor p53

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 40, 2014, Pages 14143-14152

  Okuda, Masahiko ^a   Nishimura, Yoshifumi ^a  

^a YOKOHAMA CITY UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; TUMORS;

BINDING ACTIVITIES; BOUND STRUCTURE; FOLDING MECHANISM; PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAINS; RECOGNITION MECHANISM; TARGET PROTEINS; TRANSACTIVATION DOMAIN; TUMOR SUPPRESSORS;

PHOSPHORYLATION;

PLECKSTRIN; PROTEIN P53; TRANSACTIVATION DOMAIN 1; TRANSACTIVATION DOMAIN 2; UNCLASSIFIED DRUG; P62 PROTEIN, HUMAN; PROTEIN BINDING; RNA BINDING PROTEIN;

ALPHA HELIX; ARTICLE; BINDING AFFINITY; HUMAN; PH; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN PHOSPHORYLATION; TRANSACTIVATION; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GENETICS; METABOLISM; MUTATION; PHOSPHORYLATION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE;

HUMANS; MODELS, MOLECULAR; MUTATION; PHOSPHORYLATION; PROTEIN BINDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; RNA-BINDING PROTEINS; TUMOR SUPPRESSOR PROTEIN P53;

EID: 84907938025     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja506351f     Document Type: Article

References (65)

1. Ko, L. J.; Prives, C. Genes Dev. 1996, 10, 1054-1072
2. Levine, A. J. Cell 1997, 88, 323-331
3. Vogelstein, B.; Lane, D.; Levine, A. J. Nature 2000, 408, 307-310
4. Vousden, K. H.; Lane, D. P. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2007, 8, 275-283
5. Lee, H.; Mok, K. H.; Muhandiram, R.; Park, K. H.; Suk, J. E.; Kim, D. H.; Chang, J.; Sung, Y. C.; Choi, K. Y.; Han, K. H. J. Biol. Chem. 2000, 275, 29426-29432
6. Kussie, P. H.; Gorina, S.; Marechal, V.; Elenbaas, B.; Moreau, J.; Levine, A. J.; Pavletich, N. P. Science 1996, 274, 948-953
7. Popowicz, G. M.; Czarna, A.; Holak, T. A. Cell Cycle 2008, 7, 2441-2443
8. Feng, H.; Jenkins, L. M.; Durell, S. R.; Hayashi, R.; Mazur, S. J.; Cherry, S.; Tropea, J. E.; Miller, M.; Wlodawer, A.; Appella, E.; Bai, Y. Structure 2009, 17, 202-210
9. Lee, C. W.; Martinez-Yamout, M. A.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Biochemistry 2010, 49, 9964-9971
10. Bochkareva, E.; Kaustov, L.; Ayed, A.; Yi, G. S.; Lu, Y.; Pineda-Lucena, A.; Liao, J. C.; Okorokov, A. L.; Milner, J.; Arrowsmith, C. H.; Bochkarev, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 15412-15417
11. Di Lello, P.; Jenkins, L. M.; Jones, T. N.; Nguyen, B. D.; Hara, T.; Yamaguchi, H.; Dikeakos, J. D.; Appella, E.; Legault, P.; Omichinski, J. G. Mol. Cell 2006, 22, 731-740
12. Rowell, J. P.; Simpson, K. L.; Stott, K.; Watson, M.; Thomas, J. O. Structure 2012, 20, 2014-2024
13. Rajagopalan, S.; Andreeva, A.; Teufel, D. P.; Freund, S. M.; Fersht, A. R. J. Biol. Chem. 2009, 284, 21728-21737
14. Ha, J. H.; Shin, J. S.; Yoon, M. K.; Lee, M. S.; He, F.; Bae, K. H.; Yoon, H. S.; Lee, C. K.; Park, S. G.; Muto, Y.; Chi, S. W. J. Biol. Chem. 2013, 288, 7387-7398
15. Vassilev, L. T.; Vu, B. T.; Graves, B.; Carvajal, D.; Podlaski, F.; Filipovic, Z.; Kong, N.; Kammlott, U.; Lukacs, C.; Klein, C.; Fotouhi, N.; Liu, E. A. Science 2004, 303, 844-848
16. Ding, K.; Lu, Y.; Nikolovska-Coleska, Z.; Qiu, S.; Ding, Y.; Gao, W.; Stuckey, J.; Krajewski, K.; Roller, P. P.; Tomita, Y.; Parrish, D. A.; Deschamps, J. R.; Wang, S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 10130-10131
17. Grasberger, B. L.; Lu, T.; Schubert, C.; Parks, D. J.; Carver, T. E.; Koblish, H. K.; Cummings, M. D.; LaFrance, L. V.; Milkiewicz, K. L.; Calvo, R. R.; Maguire, D.; Lattanze, J.; Franks, C. F.; Zhao, S.; Ramachandren, K.; Bylebyl, G. R.; Zhang, M.; Manthey, C. L.; Petrella, E. C.; Pantoliano, M. W.; Deckman, I. C.; Spurlino, J. C.; Maroney, A. C.; Tomczuk, B. E.; Molloy, C. J.; Bone, R. F. J. Med. Chem. 2005, 48, 909-912
18. Reed, D.; Shen, Y.; Shelat, A. A.; Arnold, L. A.; Ferreira, A. M.; Zhu, F.; Mills, N.; Smithson, D. C.; Regni, C. A.; Bashford, D.; Cicero, S. A.; Schulman, B. A.; Jochemsen, A. G.; Guy, R. K.; Dyer, M. A. J. Biol. Chem. 2010, 285, 10786-10796
19. Bernal, F.; Tyler, A. F.; Korsmeyer, S. J.; Walensky, L. D.; Verdine, G. L. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 2456-2457
20. Xiao, H.; Pearson, A.; Coulombe, B.; Truant, R.; Zhang, S.; Regier, J. L.; Triezenberg, S. J.; Reinberg, D.; Flores, O.; Ingles, C. J. Mol. Cell. Biol. 1994, 14, 7013-7024
21. Di Lello, P.; Miller Jenkins, L. M.; Mas, C.; Langlois, C.; Malitskaya, E.; Fradet-Turcotte, A.; Archambault, J.; Legault, P.; Omichinski, J. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 106-111
22. Okuda, M.; Tanaka, A.; Satoh, M.; Mizuta, S.; Takazawa, M.; Ohkuma, Y.; Nishimura, Y. EMBO J. 2008, 27, 1161-1171
23. Pearson, A.; Greenblatt, J. Oncogene 1997, 15, 2643-2658
24. Chen, D.; Riedl, T.; Washbrook, E.; Pace, P. E.; Coombes, R. C.; Egly, J. M.; Ali, S. Mol. Cell 2000, 6, 127-137
25. Mas, C.; Lussier-Price, M.; Soni, S.; Morse, T.; Arseneault, G.; Di Lello, P.; Lafrance-Vanasse, J.; Bieker, J. J.; Omichinski, J. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 10484-10489
26. Tong, X.; Drapkin, R.; Reinberg, D.; Kieff, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 3259-3263
27. Yokoi, M.; Masutani, C.; Maekawa, T.; Sugasawa, K.; Ohkuma, Y.; Hanaoka, F. J. Biol. Chem. 2000, 275, 9870-9875
28. Iyer, N.; Reagan, M. S.; Wu, K. J.; Canagarajah, B.; Friedberg, E. C. Biochemistry 1996, 35, 2157-2167
29. Morin, G.; Fradet-Turcotte, A.; Di Lello, P.; Bergeron-Labrecque, F.; Omichinski, J. G.; Archambault, J. J. Virol. 2011, 85, 5287-5300
30. Langlois, C.; Mas, C.; Di Lello, P.; Jenkins, L. M.; Legault, P.; Omichinski, J. G. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 10596-10604
31. Lafrance-Vanasse, J.; Arseneault, G.; Cappadocia, L.; Chen, H. T.; Legault, P.; Omichinski, J. G. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 5739-5750
32. Lafrance-Vanasse, J.; Arseneault, G.; Cappadocia, L.; Legault, P.; Omichinski, J. G. Nucleic Acids Res. 2013, 41, 2736-2745
33. Chabot, P. R.; Raiola, L.; Lussier-Price, M.; Morse, T.; Arseneault, G.; Archambault, J.; Omichinski, J. G. PLoS Pathog. 2014, 10 e1004042
34. Di Lello, P.; Nguyen, B. D.; Jones, T. N.; Potempa, K.; Kobor, M. S.; Legault, P.; Omichinski, J. G. Biochemistry 2005, 44, 7678-7686
35. Bode, A. M.; Dong, Z. Nat. Rev. Cancer 2004, 4, 793-805
36. Kruse, J. P.; Gu, W. Cell 2009, 137, 609-622
37. Jenkins, L. M.; Durell, S. R.; Mazur, S. J.; Appella, E. Carcinogenesis 2012, 33, 1441-1449
38. Sakaguchi, K.; Saito, S.; Higashimoto, Y.; Roy, S.; Anderson, C. W.; Appella, E. J. Biol. Chem. 2000, 275, 9278-9283
39. Teufel, D. P.; Bycroft, M.; Fersht, A. R. Oncogene 2009, 28, 2112-2118
40. Polley, S.; Guha, S.; Roy, N. S.; Kar, S.; Sakaguchi, K.; Chuman, Y.; Swaminathan, V.; Kundu, T.; Roy, S. J. Mol. Biol. 2008, 376, 8-12
41. Ferreon, J. C.; Lee, C. W.; Arai, M.; Martinez-Yamout, M. A.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 6591-6596
42. Lee, C. W.; Ferreon, J. C.; Ferreon, A. C.; Arai, M.; Wright, P. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 19290-19295
43. Higashimoto, Y.; Saito, S.; Tong, X. H.; Hong, A.; Sakaguchi, K.; Appella, E.; Anderson, C. W. J. Biol. Chem. 2000, 275, 23199-23203
44. Saito, S.; Yamaguchi, H.; Higashimoto, Y.; Chao, C.; Xu, Y.; Fornace, A. J., Jr.; Appella, E.; Anderson, C. W. J. Biol. Chem. 2003, 278, 37536-37544
45. Bulavin, D. V.; Saito, S.; Hollander, M. C.; Sakaguchi, K.; Anderson, C. W.; Appella, E.; Fornace, A. J., Jr. EMBO J. 1999, 18, 6845-6854
46. Oda, K.; Arakawa, H.; Tanaka, T.; Matsuda, K.; Tanikawa, C.; Mori, T.; Nishimori, H.; Tamai, K.; Tokino, T.; Nakamura, Y.; Taya, Y. Cell 2000, 102, 849-862
47. Li, H. H.; Li, A. G.; Sheppard, H. M.; Liu, X. Mol. Cell 2004, 13, 867-878
48. Cai, X.; Liu, X. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 16958-16963
49. Cavanagh, J.; Fairbroher, W. J.; Palmer, A. G., III; Skelton, N. J. Protein NMR spectroscopy; Academic Press: San Diego, CA, 1996.
50. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293
51. Johnson, B. A.; Blevins, R. A. J. Biomol. NMR 1994, 4, 603-614
52. Cornilescu, G.; Delaglio, F.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1999, 13, 289-302
53. Brünger, A. T. X-PLOR Version 3.1: A system for X-ray crystallography and NMR; Yale University Press: New Haven, CT, 1993.
54. Schwieters, C. D.; Kuszewski, J. J.; Tjandra, N.; Clore, G. M. J. Magn. Reson. 2003, 160, 65-73
55. Linge, J. P.; Williams, M. A.; Spronk, C. A.; Bonvin, A. M.; Nilges, M. Proteins 2003, 50, 496-506
56. Laskowski, R. A.; Rullmann, J. A. C.; MacArthur, M. W.; Kaptein, R.; Thornton, J. M. J. Biomol. NMR 1996, 8, 477-486
57. Koradi, R.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 51-55
58. Gervais, V.; Lamour, V.; Jawhari, A.; Frindel, F.; Wasielewski, E.; Dubaele, S.; Egly, J. M.; Thierry, J. C.; Kieffer, B.; Poterszman, A. Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 616-622
59. Wright, P. E.; Dyson, H. J. J. Mol. Biol. 1999, 293, 321-331
60. Smeenk, L.; van Heeringen, S. J.; Koeppel, M.; Gilbert, B.; Janssen-Megens, E.; Stunnenberg, H. G.; Lohrum, M. PLoS One 2011, 6 e17574
61. Wu, Y.; Lin, J. C.; Piluso, L. G.; Dhahbi, J. M.; Bobadilla, S.; Spindler, S. R.; Liu, X. Mol. Cell 2014, 53, 63-74
62. MacPherson, D.; Kim, J.; Kim, T.; Rhee, B. K.; Van Oostrom, C. T.; DiTullio, R. A.; Venere, M.; Halazonetis, T. D.; Bronson, R.; De Vries, A.; Fleming, M.; Jacks, T. EMBO J. 2004, 23, 3689-3699
63. Sluss, H. K.; Armata, H.; Gallant, J.; Jones, S. N. Mol. Cell. Biol. 2004, 24, 976-984
64. Chao, C.; Herr, D.; Chun, J.; Xu, Y. EMBO J. 2006, 25, 2615-2622
65. Espinosa, J. M. Oncogene 2008, 27, 4013-4023