Quantum mechanical calculations of tryptophan and comparison with conformations in native proteins

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 51, 2006, Pages 13933-13938

  Yurtsever, Ersin ^a   Yuret, Deniz ^a   Erman, Burak ^a  

^a KOÇ UNIVERSITY   (Turkey)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; PROTEINS; QUANTUM THEORY;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; QUANTUM MECHANICAL CALCULATIONS; TORSIONAL ANGLES; TRYPTOPHAN;

AMINO ACIDS;

EID: 84962433804     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp062921n     Document Type: Article

References (24)

1. Daizadeh, I.; Medvedev, E. S.; Stuchebrukhov, A. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. Biophys. 1997, 94, 3703.
2. Dian, B. C.; Longarte, A.; Mercier, S.; Evans, D. E.; Wales, D. J.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10688.
3. Huang, Z.; Lin, Z. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2656.
4. Compagnon, I.; Hagemeister, F. C.; Antoine, R.; Rayane, D.; Broyer, M.; Dugourd, P.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8440.
5. Bombasaro, J. A.; Rodrigues, A. M.; Enriz, R. D. THEOCHEM 2005, 724, 173.
6. Jha, A. K.; Colubri, A.; Freed, K. F.; Sosnick, T. Proc. Natl Acad. Sci. U.SA. 2005, 102, 13099.
7. Jha, A. K.; Colubri, A.; Zaman, M. H.; Koide, S.; Sosnick, T. R.; Freed, K. F. Biochemistry 2005, 44, 9691.
8. Zaman, M. H.; Shen, M. Y.; Berry, R. S.; Freed, K. F.; Sosnick, T. R. J. Mol. Biol. 2003, 331, 693.
9. O'Connell, T. M.; Wang, L.; Tropsha, A.; Hermans, J. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1999, 36, 407.
10. Avbelj, F.; Grdadolnik, S. G.; Grdadolnik, J.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 1272-1277.
11. Hu, H.; Elstner, M.; Hermans, J. Proteins: Struct. Funct. Genet. 2003, 50, 451.
12. Mu, Y.; Kosov, D.; Stock. G. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5064.
13. Avbelj, F.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 10967.
14. Fitzkee, N. C.; Rose, G. D. J. Mol. Biol. 2005, 353, 873.
15. Aurora, R.; Rose, G. D. Protein Sci. 1998, 7, 21.
16. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N., G. A.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.;Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian03, version B.05; Gaussian Inc.: Pittsburgh PA, 2003.
17. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1996, 104, 1040.
18. Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2002, 117, 43.
19. Mennuci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 106, 5151.
20. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys 1981, 55, 117.
21. Hobohm, U.; Scharf, M.; Schneider, R.; Sander, C. Protein Sci. 1992, 1, 409.
22. Hobohm, U.; Sander, C. Protein Sci. 1994, 3, 522.
23. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235.
24. Karplus, P. A. Protein Sci. 1996, 1406.