Approaches to discover non-ATP site kinase inhibitors

MedChemComm

Volumn 4, Issue 1, 2013, Pages 41-51

  Gavrin, Lori Krim ^a   Saiah, Eddine ^a  

^a PFIZER INC   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

2 (2 CHLORO 4 IODOANILINO) N CYCLOPROPYLMETHOXY 3,4 DIFLUOROBENZAMIDE; ADENOSINE TRIPHOSPHATE; ANTHRA[1,9 CD]PYRAZOL 6(2H) ONE; BI 78D3; GNF 1; GNF 2; IMATINIB; MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE 1 INHIBITOR; NERATINIB; PD 318088; PHOSPHOTRANSFERASE INHIBITOR; PROTEIN KINASE B INHIBITOR; STRESS ACTIVATED PROTEIN KINASE 1 INHIBITOR; TOFACITNIB; TYPE 1 KINASE INHIBITOR; TYPE 2 KINASE INHIBITOR; TYPE 3 KINASE INHIBITOR; TYPE 4 KINASE INHIBITOR; TYPE 5 KINASE INHIBITOR; UNCLASSIFIED DRUG;

BINDING SITE; BIOINFORMATICS; CELL LEVEL; DRUG CLASSIFICATION; DRUG INDUSTRY; DRUG SCREENING; DRUG SELECTIVITY; ENZYME ACTIVE SITE; ENZYME STRUCTURE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN FAMILY; REVIEW; SEQUENCE HOMOLOGY;

EID: 84871730931     PISSN: 20402503     EISSN: 20402511     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2md20180a     Document Type: Review

References (75)

1. G. Manning D. Whyte R. Martinez T. Hunterand S. Sudarsanam Science 2002 298 1912 1934
2. P. Cohen Nat. Rev. Drug Discovery 2002 1 309 315
3. Y. Liu N. S. Gray Nat. Chem. Biol. 2006 2 358 364
4. T. Schindler W. Bornmann P. Pellicen W. T. Miller B. Clarkson J. Kuriyan Science 2000 289 1938 1942
5. C. Pargellis L. Tong L. Churchill P. F. Cirillo T. Gilmore A. G.Graham P. M. Grob E. R. Hickey N. Moss S. Pav J. Regan Nat. Struct. Biol. 2002 9 268 272
6. M. I. Davis J. P. Hunt S. Herrgard P. Ciceri L. M. Wodicka G. Pallares M. Hocker D. K. Treiber P. P. Zarrinkar Nat. Biotechnol. 2011 29 1046 1051
7. J. F. Ohren H. Chen A. Pavlovsky C. Whitehead E. Zhang P. Kuffa C. Yan P. McConnell C. Spessard C. Banotai W. T. Mueller A. Delaney C. Omer J. Sebolt-Leopold D. T. Dudley I. K. Leung C. Flamme J. Warmus M. Kaufman S. Barrett H. Tecle C. A. Hasemann Nat. Struct. Mol. Biol. 2004 11 1192 1197
8. J. Simard S. Klüter C. Grütter M. Getlik M. Rabiller H. B. Rode D. Rauh Nat. Chem. Biol. 2009 5 394 396
9. K. J. Cox C. D. Shomin I. Ghosh Future Med. Chem. 2011 3 29 43
10. S. C. Meyer C. D. Shomin T. Gaj I. Ghosh J. Am. Chem. Soc. 2007 129 13812 13813
11. A. J. Poot J. van Ameijde M. Slijper A. van den Berg R. Hilhorst R. Ruijtenbeek D. T. Rijkers R. M. Liskamp ChemBioChem 2009 10 2042 2051
12. K. Parang J. H. Till A. J. Ablooglu R. A. Kohanski S. R. Hubbard P. A. Cole Nat. Struct. Biol. 2001 1 37 41
13. M. S. Cohen C. Zhang K. M. Shokat J. Taunton Science 2005 308 1318 1321
14. E. L. Kwak R. Sordella D. W. Bell N. Godin-Heymann R. A. Okimoto B. W. Brannigan P. L. Harris D. R. Driscoll P. Fidias T. J. Lynch S. K. Rabindran J. P. McGinnis A. Wissner S. V. Sharma K. J. Isselbacher J. Settleman D. A. Haber Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 7665 7670
15. S. K. Rabindran C. M. Discafani E. C. Rosfjord M. Baxter M. Brawner-Floyd J. Golas W. A. Hallett B. D. Johnson R. Nilakantan E. Overbeek M. F. Reich R. Shen X. Shi H.-R. Tsou Y.-F. Wang A. Wissner Cancer Res. 2004 64 3958 3965
16. R. I. Mourey B. L. Burnette S. J. Brustkern J. S. Daniels J. L. Hirsch W. F. Hood M. J. Meyers S. J. Mnich B. S. Pierce M. J. Saabye J. F. Schindler S. A. South E. G. Webb J. Zhang D. R. Anderson J. Pharmacol. Exp. Ther. 2010 333 797 807
17. J. J. Adrián Q. Ding T. Sim A. Velentza C. Sloan Y. Liu G. Zhang W. Hur S. Ding P. Manley J. Mestan D. Fabbro N. S. Gray Nat. Chem. Biol. 2006 2 95 102
18. J. Zhang F. J. Adrian W. Jahnke S. W. Cowan-Jacob A. G. Li R. E. Iacob T. Sim J. Powers C. Dierks F. Sun G.-R. Guo Q. Ding B. Okram Y. Choi A. Wojciechowski X. Deng G. Liu G. Fendrich A. Strauss N. Vajpai S. Grzesiek T. Tuntland Y. Liu B. Bursulaya M. Azam P. W. Manley J. R. Engen G. Q. Daley M. Warmuth N. S. Gray Nature 2010 463 501 507
19. A. C. Dar K. M. Shokat Annu. Rev. Biochem. 2011 80 769 795
20. T. Anastassiadis S. W. Deacon K. Devarajan H. Ma J. R. Peterson Nat. Biotechnol. 2011 29 1039 1045
21. J. R. Simard C. Grutter V. Pawar B. Aust A. Wolf M. Rabiller S. Wulfert A. Robubi S. Kluter C. Ottmann D. Rauh J. Am. Chem. Soc. 2009 131 18478 18488
22. P. Bonnet D. Mucs R. A. Bryce Med. Chem. Commun. 2012 3 434 440
23. A. Card C. Caldwell H. Min B. Lokchander X. Hualin S. Sciabola A. V. Kamath S. L. Clugston W. R. Tschantz W. Leyu D. J. Moshinsky J. Biomol. Screening 2009 14 31 42
24. J. Oishi X. Han J. H. Kang Y. Asami T. Mori T. Niidome Y. Katayama Anal. Biochem. 2008 373 161 163
25. E. V. Bobkova M. J. Weber Z. Xu Y.-L. Zhang J. Jung P. Blume-Jensen A. Northrup P. Kunapuli J. N. Andersen I. Kariv J. Biol. Chem. 2010 285 18838 18846
26. J. A. Hardy J. A. Wells Curr. Opin. Struct. Biol. 2004 14 1 10
27. S. F. Barnett D. Defeo-Jones S. Fu P. J. Hancock K. M. Haskell R. E. Jones J. A. Kahana A. M. Kral K. Leander L. L. Lee J. Malinowski E. M. McAvoy D. D. Nahas R. G. Robinson H. E. Huber Biochem. J. 2005 385 399 408
28. J. R. Burke M. A. Pattoli K. R. Gregor P. J. Brassil J. F. MacMaster K. W. McIntyre X. Yang V. S. Iotzova W. Clarke J. Strand Y. Qiu F. C. Zusi J. Biol. Chem. 2003 278 1450 1456
29. W. Davidson L. Frego G. W. Peet R. R. Kroe M. E. Labadia S. M. Lukas R. J. Snow S. Jakes C. A. Grygon C. Pargellis B. G. Werneburg Biochemistry 2004 43 11658 11671
30. M. A. Bogoyevitch D. P. Fairlie Drug Discovery Today 2007 12 622 633
31. T. Neumann H. D. Junker K. Schmidt R. Sekul Curr. Top. Med. Chem. 2007 7 1630 1642
32. I. Navratilova G. Macdonald C. Robinson S. Hughes J. Mathias C. Phillips A. Cook J. Biomol. Screening 2012 17 183 193
33. K. M. Comess C. Sun C. Abad-Zapatero E. R. Goedken R. J. Gum D. W. Borhani M. Argiriadi D. R. Groebe Y. Jia J. E. Clampit D. L. Haasch H. T. Smith S. Wang D. Song M. L. Coen T. E. Cloutier H. Tang X. Cheng C. Quinn B. Liu Z. Xin G. Liu E. H. Fry V. Stoll T. I. Ng D. Banach D. Marcotte D. J. Burns D. J. Calderwood P. J. Hajduk ACS Chem. Biol. 2011 6 234 244
34. K. M. Comess J. D. Trumbull C. Park Z. Chen R. A. Judge M. J. Voorbach M. Coen L. Gao H. Tang P. Kovar X. Cheng M. E. Schurdak H. Zhang T. Sowin D. J. Burns J. Biomol. Screening 2011 11 755 764
35. M. A. Ashwell J.-M. Lapierre C. Brassard K. Bresciano C. Bull S. Cornell-Kennon S. Eathiraj D. S. France T. Hall J. Hill E. Kelleher S. Khanapurkar D. Kizer S. Koerner J. Link Y. Liu S. Makhija M. Moussa N. Namdev K. Nguyen R. Nicewonger R. Palma J. Szwaya M. Tandon U. Uppalapati D. Vensel L. P. Volak E. Volckova N. Westlund H. Wu R.-Y. Yang J. Med. Chem. 2012 55 5291 5310
36. J. Kean R. M. Cleverley L. O'Ryan R. C. Ford S. M. Prince J. P. Derrick J. Biomol. Screening 2008 25 653 661
37. A. Q. Hassan S. V. Sharma M. Warmuth Cell Cycle 2010 9 3710 3714
38. C. S. Lebakken L. J. Reichling J. E. Ellefson S. M. Riddle J. Biomol. Screening 2012 17 813 821
39. C. S. Lebakken S. M. Riddle U. Singh W. J. Frazee H. C. Eliason Y. Gao L. J. Reichling B. D. Marks K. W. Vogel J. Biomol. Screening 2009 14 924 935
40. http://www.invitrogen.com/site/us/en/home/Products-and-Services/ Applications/Drug-Discovery/Target-and-Lead-Identification-and-Validation/ KinaseBiology/Kinase-Activity-Assays/lanthascreentm-eu-kinase-binding-assay.html
41. M. Pellecchia D. S. Sem K. Wuthrich Nat. Rev. Drug Discovery 2002 1 211 219
42. W. Jahnke A. Florsheimer M. J. J. Blommers G. Paris J. Heim C. M. Nalin L. B. Perez Curr. Top. Med. Chem. 2003 3 69 80
43. B. J. Sockman C. Dalvit Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2002 41 187 231
44. S. B. Shuker P. J. Hajduk R. P. Meadows S. W. Fesik Science 1996 274 1531 1534
45. A. Kline G. Bravi J. Wikel The NMR Newsletter 1997 472 13
46. M. F. Rega B. Wu J. Wei Z. Zhang J. F. Cellitti M. Pellecchia J. Med. Chem. 2011 54 6000 6013
47. M. Pellechia I. Bertini D. Cowburn C. Dalvit E. Giralt W. Jahnke T. L. James S. W. Homans H. Kessler C. Luchinat B. Meyer H. Oschkinat J. Peng H. Schwalbe G. Siegal Nat. Rev. Drug Discovery 2008 7 738 745
48. L. N. Johnson Q. Rev. Biophys. 2009 42 1 40
49. M. J. Schnieders T. S. Kaoud C. Yan K. N. Dalby P. Ren Curr. Pharm. Des. 2012 18 1173 1185
50. C. N. Hancock A. Macias E. K. Lee S. Y. Yu A. D. MacKerell, Jr P. Shapiro J. Med. Chem. 2005 48 4586 4595
51. M. R. Lee C. Dominguez Curr. Med. Chem. 2005 12 2979 2994
52. J. J. Perry R. M. Harris D. Moiani A. J. Olson J. A. Tainer J. Mol. Biol. 2009 391 1 11
53. R. Harris A. J. Olson D. S. Goodsell Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 70 1506 1517
54. B. J. Grant S. Lukman H. J. Hocker J. Sayyah J. H. Brown J. A. McCammon A. A. Gorfe PLoS One 2011 6 e25711
55. E. Laine C. Goncalves J. C. Karst A. Lesnard S. Rault W.-J. Tang T. E. Malliavin D. Ladant A. Blondel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 11277 11282
56. L. Chang Y. Miyata P. M. Ung E. B. Bertelsen T. J. McQuade H. A. Carlson E. R. P. Zuiderweg J. E. Gestwicki Chem. Biol. 2011 18 210 221
57. www.deshawresearch.com/index.html
58. Y. Shan E. T. Kim M. P. Eastwood R. O. Dror M. A. Seeliger D. E. Shaw J. Am. Chem. Soc. 2011 133 9181 9183
59. M. Getlik C. Gruter J. R. Simard S. Kluter M. Rabiller H. B. Rode A. Robubi D. J. Rauh J. Med. Chem. 2009 52 3915 3926
60. W. Jahnke L. B. Perez G. Paris A. Strauss G. Fendrich C. M. Nalin J. Am. Chem. Soc. 2000 122 7394 7395
61. M. L. Deschamps E. S. Pilka J. R. Potts I. D. Campbell J. Biomol. NMR 2005 31 155 160
62. P. A. Kosen Methods Enzymol. 1989 177 86 121
63. P. J. Hajduk E. T. Olejniczak S. W. Fesik J. Am. Chem. Soc. 1997 119 12257 12261
64. J. L. Stebbins S. K. De P. Pavlickova V. Chen T. Machleidt L.-H. Chen C. Kuntzen S. Kitada M. Karin M. Pellecchia J. Med. Chem. 2011 54 6206 6214
65. W. Jahnke M. J. J. Blommers C. Fernandez C. Zwingelstein R. Amstutz ChemBioChem 2005 6 1607 1610
66. M. A. McCoy M. M. Senior D. F. Wyss J. Am. Chem. Soc. 2005 127 7978 7979
67. J. Vazquez S. K. De L.-H. Chen M. Riel-Mehan A. Emdadi J. Cellitti J. L. Stebbins M. F. Rega M. Pellecchia J. Med. Chem. 2008 51 3460 3465
68. R. K. Barr T. S. Kendrick M. A. Bogoyevitch J. Biol. Chem. 2002 277 10987 10997
69. B. L. Bennett D. T. Sasaki B. W. Murray E. C. O'Leary S. T. Sakata W. Xu J. C. Leisten A. Motiwala B. S. Pierce Y. Satoh S. S. Bhagwat A. M. Manning D. W. Anderson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 13681 13686
70. Y. S. Heo S.-K. Kim C. I. Seo Y. K. Kim B.-J. Sung H. S. Lee J. I. Lee S.-Y. Park J. H. Kim K. Y. Hwang Y.-L. Hyun Y. H. Jeon S. Ros J. M. Cho T. G. Lee C.-H. Yang EMBO J. 2004 23 2185 2195
71. J. L. Stebbins S. K. De T. Machleidt B. Becattini J. Vazquez C. Kuntzen L.-H. Chen J. F. Cellitti M. Riel-Mehan A. Emdadi G. Solinas M. Karin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 16809 16813
72. F. J. Moy A. Lee L. K. Gavrin Z. B. Xu A. Sievers E. Kieras W. Stochaj L. Mosyak J. McKew D. H. H. Tsao J. Med. Chem. 2010 53 1238 1249
73. T. H. Marsilje K. L. Milkiewicz D. G. Hangauer Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000 10 477 481
74. K. L. Milkiewicz T. H. Marsilje R. P. Woodworth, Jr N. Bifulco, Jr M. J. Hangauer D. G. Hangauer Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000 10 483 486
75. I. Akritopoulou-Zanze P. J. Hajduk Drug Discovery Today 2009 14 291 297