The Core Diseasome

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 10, 2012, Pages 2614-2625

  Janjić, Vuk ^a   Pržulj, Nataša ^a  

^a IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

ALGORITHM; ALZHEIMER DISEASE; ARTICLE; BACTERIAL INFECTION; BIOLOGICAL MODEL; CLUSTER ANALYSIS; GENE REGULATORY NETWORK; GENETICS; HUMAN; HUMAN GENOME; METABOLISM; METHODOLOGY; MUTAGENESIS; NEOPLASM; PROTEIN ANALYSIS; RHEUMATOID ARTHRITIS; STATISTICS; SYSTEMS BIOLOGY; VIRUS INFECTION;

ALGORITHMS; ALZHEIMER DISEASE; ARTHRITIS, RHEUMATOID; BACTERIAL INFECTIONS; CLUSTER ANALYSIS; GENE REGULATORY NETWORKS; GENOME, HUMAN; HUMANS; MODELS, GENETIC; MUTAGENESIS; NEOPLASMS; PROTEIN INTERACTION MAPPING; PROTEINS; SYSTEMS BIOLOGY; VIRUS DISEASES;

EID: 84865733409     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25230a     Document Type: Article

References (76)

1. N. Pržulj BioEssays 2011 33 115 123
2. T. Ideker R. Sharan Genome Res. 2008 18 644 652
3. R. Sharan I. Ulitsky T. Ideker Mol. Syst. Biol. 2007 3 88
4. B. Schwikowski S. Fields Nat. Biotechnol. 2000 18 1257 1261
5. T. Milenković N. Pržulj Cancer Inf. 2008 4 257 273
6. P. Radivojac K. Peng W. T. Clark B. J. Peters A. Mohan S. M. Boyle M. S. D. Mooney Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 72 1030 1037
7. K. Goh M. E. Cusick D. Valle B. Childs M. Vidal A.-L. Barabási Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 8685 8690
8. M. A. Yidirim K.-I. Goh M. E. Cusick A.-L. Barabási M. Vidal Nat. Biotechnol. 2007 25 1119 1126
9. T. Milenković V. MemiŠević A. Ganesan N. Pržulj J. R. Soc., Interface 2010 44 353 350
10. O. Vanunu O. Magger E. Ruppin T. Shlomi R. Sharan PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000641
11. T. Ito K. Tashiro S. Muta R. Ozawa T. Chiba M. Nishizawa K. Yamamoto S. Kuhara Y. Sakaki Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 1143 1147
12. P. Uetz L. Giot G. Cagney T. A. Mansfield R. S. Judson J. R. Knight E. Lockshon V. Narayan M. Srinivasan P. Pochart A. Qureshi-Emili Y. Li B. Godwin D. Conover T. Kalbfleish G. Vijayadamodar M. Yang M. Johnston S. Fields J. M. Rothberg Nature 2000 403 623 627
13. L. Giot J. Bader C. Brouwer A. Chaudhuri B. Kuang Y. Li Y. Hao C. Ooi B. Godwin E. Vitols G. Vijayadamodar P. Pochart H. Machineni M. Welsh Y. Kong B. Zerhusen R. Malcolm Z. Varrone A. Collis M. Minto S. Burgess L. McDaniel E. Stimpson F. Spriggs J. Williams K. Neurath N. Ioime M. Agee E. Voss K. Furtak R. Renzulli N. Aanensen S. Carrolla E. Bickelhaupt Y. Lazovatsky A. DaSilva J. Zhong C. Stanyon R. J. Finley K. White M. Braverman T. Jarvie S. Gold M. Leach J. Knight R. Shimkets M. McKenna J. Chant J. Rothberg Science 2003 302 1727 1736
14. S. Li C. Armstrong N. Bertin H. Ge S. Milstein M. Boxem P.-O. Vidalain J.-D. Han A. Chesneau T. Hao N. Goldberg D. S. Li M. Martinez J.-F. Rual P. Lamesch L. Xu M. Tewari S. Wong L. Zhang G. Berriz L. Jacotot P. Vaglio J. Reboul T. Hirozane-Kishikawa Q. Li H. Gabel A. Elewa B. Baumgartner D. Rose H. Yu S. Bosak R. Sequerra A. Fraser S. Mango W. Saxton S. Strome S. van den Heuvel F. Piano J. Vandenhaute C. Sardet M. Gerstein L. Doucette-Stamm K. Gunsalus J. Harper M. Cusick F. Roth D. Hill M. Vidal Science 2004 303 540 543
15. A. C. Gavin P. Aloy P. Grandi R. Krause M. Boesche M. Marzioch C. Rau L. J. Jensen S. Bastuck B. Dumpelfeld A. Edelmann M. A. Heurtier V. Hoffman C. Hoefert K. Klein M. Hudak A. M. Michon M. Schelder M. Schirle M. Remor T. Rudi S. Hooper A. Bauer T. Bouwmeester G. Casari G. Drewes G. Neubauer J. M. Rick B. Kuster P. Bork R. B. Russell G. Superti-Furga Nature 2006 440 631 636
16. N. e. a. Krogan Nature 2006 440 637 643
17. A. H. Y. Tong G. Lesage G. D. Bader H. Ding H. Xu X. Xin J. Young G. F. Berriz R. L. Brost M. Chang Y. Chen X. Cheng G. Chua H. Friesen D. S. Goldberg J. Haynes C. Humphries G. He S. Hussein L. Ke N. Krogan Z. Li J. N. Levinson H. Lu P. Menard C. Munyana A. B. Parsons O. Ryan R. Tonikian T. Roberts A.-M. Sdicu J. Shapiro B. Sheikh B. Suter S. L. Wong L. V. Zhang H. Zhu C. G. Burd S. Munro C. Sander J. Rine J. Greenblatt M. Peter A. Bretscher G. Bell F. P. Roth G. W. Brown B. Andrews H. Bussey C. Boone Science 2004 303 808 813
18. U. Stelzl U. Worm M. Lalowski C. Haenig F. Brembeck H. Goehler M. Stroedicke M. Zenkner A. Schoenherr S. Koeppen J. Timm S. Mintzlaff C. Abraham N. Bock S. Kietzmann A. Goedde E. Toksoz A. Droege S. Krobitsch B. Korn W. Birchmeier H. Lehrach E. Wanker Cell 2005 122 957 968
19. J. Rual K. Venkatesan T. Hao T. Hirozane-Kishikawa A. Dricot N. Li G. F. Berriz F. D. Gibbons M. Dreze N. Ayivi-Guedehoussou N. Klitgord C. Simon M. Boxem S. Milstein J. Rosenberg D. S. Goldberg L. V. Zhang S. L. Wong G. Franklin S. Li J. S. Albala J. Lim C. Fraughton E. Llamosas S. Cevik C. Bex P. Lamesch R. S. Sikorski J. Vandenhaute H. Y. Zoghbi A. Smolyar S. Bosak R. Sequerra L. Doucette-Stamm M. E. Cusick D. E. Hill F. P. Roth M. Vidal Nature 2005 437 1173 1178
20. J.-D. Rain L. Selig H. De Reuse V. Battaglia C. Reverdy S. Simon G. Lenzen F. Petel J. Wojcik V. Schachter Y. Chemama A. Labigne P. Legrain Nature 2001 409 211 215
21. J. R. Parrish J. Yu G. Liu J. A. Hines J. E. Chan B. A. Mangiola H. Zhang S. Pacifico F. Fotouhi V. J. DiRita T. Ideker P. Andrews R. L. Finley Jr GenomeBiology 2007 8 R130
22. D. J. LaCount M. Vignali R. Chettier A. Phansalkar R. Bell J. R. Hesselberth L. W. Schoenfeld I. Ota S. Sahasrabudhe C. Kurschner S. Fields R. E. Hughes Nature 2005 438 103 107
23. P. Uetz Y.-A. Dong C. Zeretzke C. Atzler A. Baiker B. Berger S. Rajagopala M. Roupelieva D. Rose E. Fossum J. Haas Science 2006 311 239 242
24. A. von Brunn1 C. Teepe J. C. Simpson R. Pepperkok C. C. Friedel R. Zimmer R. Roberts R. Baric J. Haas PLoS One 2007 2 e459
25. A. Chatr-aryamontri A. Ceol D. Peluso A. Nardozza S. Panni F. Sacco M. Tinti A. Smolyar L. Castagnoli M. Vidal M. Cusick G. Cesareni Nucleic Acids Res. 2009 37 D669 D673
26. N. e. a. Simonis Nat. Methods 2009 6 47 54
27. A. C. Gavin M. Bosche R. Krause P. Grandi M. Marzioch A. Bauer J. Schultz J. M. Rick A. M. Michon C. M. Cruciat M. Remor C. Hofert M. Schelder M. Brajenovic H. Ruffner A. Merino K. Klein M. Hudak D. Dickson T. Rudi V. Gnau A. Bauch S. Bastuck B. Huhse C. Leutwein M. A. Heurtier R. R. Copley A. Edelmann E. Querfurth V. Rybin G. Drewes M. Raida T. Bouwmeester P. Bork B. Seraphin B. Kuster G. Neubauer G. Superti-Furga Nature 2002 415 141 147
28. Y. Ho A. Gruhler A. Heilbut G. D. Bader L. Moore S. L. Adams A. Millar P. Taylor K. Bennett K. Boutilier L. Yang C. Wolting I. Donaldson S. Schandorff J. Shewnarane M. Vo J. Taggart M. Goudreault B. Muskat C. Alfarano D. Dewar Z. Lin K. Michalickova A. R. Willems H. Sassi P. A. Nielsen K. J. Rasmussen J. R. Andersen L. E. Johansen L. H. Hansen H. Jespersen A. Podtelejnikov E. Nielsen J. Crawford V. Poulsen B. D. Sorensen J. Matthiesen R. C. Hendrickson F. Gleeson T. Pawson M. F. Moran D. Durocher M. Mann C. W. Hogue D. Figeys M. Tyers Nature 2002 415 180 183
29. J. M. Cherry C. Adler C. Ball S. A. Chervitz S. S. Dwight E. T. Hester Y. Jia G. Juvik T. Roe M. Schroeder S. Weng D. Botstein Nucleic Acids Res. 1998 26 73 79
30. L. Salwinski C. S. Miller A. J. Smith F. K. Pettit J. U. Bowie D. Eisenberg Nucleic Acids Res. 2004 32 D449 D451
31. S. Peri J. D. Navarro T. Z. Kristiansen R. Amanchy V. Surendranath B. Muthusamy T. K. Gandhi K. N. Chandrika N. Deshpande S. Suresh B. P. Rashmi K. Shanker N. Padma V. N iranjan H. C. Harsha N. Talreja B. M. Vrushabendra M. A. Ramya A. J. Yatish M. Joy H. N. S hivashankar M. P. Kavitha M. Menezes D. R. Choudhury N. Ghosh R. Saravana S. Chandran S. Mohan C. K. Jonnalagadda C. K. Prasad C. Kumar-Sinha K. S. Deshpande A. Pandey Nucleic Acids Res. 2004 32 D497 D501
32. B. J. Breitkreutz C. Stark T. Reguly L. Boucher A. Breitkreutz M. Livstone R. Oughtred D. H. Lackner J. Bahler V. Wood K. Dolinski M. Tyers Nucleic Acids Res. 2008 36 D637 D640
33. P. Jonsson P. Bates Bioinformatics 2006 22 2291 2297
34. R. Aragues C. Sander B. Oliva BMC Bioinformatics 2008 9 172
35. J. Xu Y. Li Bioinformatics 2006 22 2800 2805
36. H. Jeong S. P. Mason A.-L. Barabási Z. N. Oltvai Nature 2001 411 41 42
37. T. K. B. Gandhi J. Zhong S. Mathivanan L. Karthick K. N. Chandrika S. S. Mohan S. Sharma S. Pinkert S. Nagaraju B. Periaswamy G. Mishra K. Nandakumar B. Shen N. Deshpande R. Nayak M. Sarker J. D. Boeke G. Parmigiani J. Schultz J. S. Bader A. Pandey Nat. Genet. 2006 38 285 293
38. H. e. a. Yu Science 2008 322 104 110
39. O. Ratmann C. Wiuf J. Pinney HFSP J. 2009 3 290 306
40. T. Reguly A. Breitkreutz L. Boucher B. J. Breitkreutz G. C. Hon C. L. Myers A. Parsons H. Friesen R. Oughtred A. Tong C. Stark Y. Ho D. Botstein B. Andrews C. Boone O. G Troyanskya T. Ideker K. Dolinski N. N Batada M. Tyers J. Biol. 2006 5 11
41. E. A. Adie R. R. Adams K. L. Evans D. J. Porteous B. S. Pickard BMC Bioinformatics 2005 6 55
42. N. López-Bigas C. A. Ouzounis Nucleic Acids Res. 2004 32 3108 3114
43. N. Pržulj D. G. Corneil I. Jurisica Bioinformatics 2004 20 3508 3515
44. N. Pržulj Bioinformatics 2007 23 e177 e183
45. R. Milo S. S. Shen-Orr S. Itzkovitz N. Kashtan D. Chklovskii U. Alon Science 2002 298 824 827
46. C. Guerrero T. Milenković N. Pržulj J. J. Jones P. Kaiser L. Huang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 13333 13338
47. H. Ho T. Milenković V. MemiŠević J. Aruri N. Pržulj A. Ganesan BMC Syst. Biol. 2010 4 84
48. O. Kuchaiev T. Milenkovic V. Memisevic W. Hayes N. Pržulj J. R. Soc. Interface 2010 7 1341 1354
49. T. Milenkovic W. Leong Ng W. Hayes N. Pržulj Cancer Inf. 2010 9 121 137
50. O. Kuchaiev N. Przulj Bioinformatics 2011 27 1390 1396
51. V. Memisevic N. Pržulj Integr. Biol. 2012 10
52. S. Wuchty E. Almaas Proteomics 2005 5 444 449
53. S. Wachi K. Yoneda R. Wu Bioinformatics 2005 21 4205 4208
54. P. Du G. Feng J. Flatow J. Song M. Holko W. A. Kibbe S. M. Lin Bioinformatics 2009 25 i63 i68
55. M. Kitsak L. K. Gallos S. Havlin F. Liljeros L. Muchnik H. E. Stanley H. A. Makse Nat. Phys. 2010 6 888 893
56. M. E. J. Newman SIAM Rev. 2003 45 58
57. S. A. Cook Proceedings of the third annual ACM symposium on Theory of computing STOC 71 1971 22 151 158
58. B. P. Kelley Y. Bingbing F. Lewitter R. Sharan B. R. Stockwell T. Ideker Nucleic Acids Res. 2004 32 W83 W88
59. J. Berg M. Lassig Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 14689 14694
60. R. Sharan S. Suthram R. M. Kelley T. Kuhn S. McCuine P. Uetz T. Sittler R. M. Karp T. Ideker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 1974 1979
61. Z. Liang M. Xu M. Teng L. Niu BMC Bioinformatics 2006 7 457
62. M. Koyuturk Y. Kim U. Topkara S. Subramaniam W. Szpankowski A. Grama J. Comput. Biol. 2006 13 182 199
63. J. Flannick A. Novak S. Balaji H. Harley S. Batzglou Genome Res. 2006 16 1169 1181
64. R. Singh, J. Xu and B. Berger, RECOMB, Springer, 2007, pp. 16-31
65. J. Flannick, A. F. Novak, C. B. Do, B. S. Srinivasan and S. Batzoglou, RECOMB, 2008, pp. 214-231
66. S. B. Seidman Soc. Networks 1983 5 269 287
67. V. Batagelj M. Zaversnik Symposium A Quarterly Journal In Modern Foreign Literatures 2003 cs.DS/0310 1 10
68. J. Leskovec K. J. Lang A. Dasgupta M. W. Mahoney Internet Mathematics 2008 6 66
69. S. Carmi S. Havlin S. Kirkpatrick Y. Shavitt E. Shir Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 11150 11154
70. D. Miorandi F. D. Pellegrini Modeling and Optimization in Mobile Ad Hoc and Wireless Networks WiOpt 2010 Proceedings of the 8th International Symposium on 2010 488 496
71. A. Ashworth C. J. Lord J. S. Reis-Filho Cell 2011 145 30 38
72. X. Ji J. Tang R. Halberg D. Busam S. Ferriera M. M. O. Pea C. Venkataramu T. J. Yeatman S. Zhao BMC Cancer 2010 10 426
73. A. Youn R. Simon Bioinformatics 2011 27 175 181
74. U. D. Akavia O. Litvin J. Kim F. Sanchez-Garcia D. Kotliar H. C. Causton P. Pochanard E. Mozes L. A. Garraway D. Péer Cell 2010 143 1005 1017
75. E. W. Sayers T. Barrett D. A. Benson S. H. Bryant K. Canese V. Chetvernin D. M. Church M. DiCuccio R. Edgar S. Federhen M. Feolo L. Y. Geer W. Helmberg Y. Kapustin D. Landsman D. J. Lipman T. L. Madden D. R. Maglott V. Miller I. Mizrachi J. Ostell K. D. Pruitt G. D. Schuler E. Sequeira S. T. Sherry M. Shumway K. Sirotkin A. Souvorov G. Starchenko T. A. Tatusova L. Wagner E. Yaschenko J. Ye Nucleic Acids Res. 2009 37 D5 D15
76. T. U. Consortium Nucleic Acids Res. 2012 40 D71 D75