Understanding the molecular basis of MK2-p38α signaling complex assembly: Insights into protein-protein interaction by molecular dynamics and free energy studies

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 8, 2012, Pages 2106-2118

  Yang, Ying ^a   Liu, Huanxiang ^b   Yao, Xiaojun ^a,b  

^a LANZHOU UNIVERSITY   (China)

^b LANZHOU UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MAP KINASE ACTIVATED KINASE 2; MAP-KINASE-ACTIVATED KINASE 2; MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE P38; PROTEIN SERINE THREONINE KINASE; SIGNAL PEPTIDE;

ARTICLE; BIOLOGY; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN BINDING; SIGNAL TRANSDUCTION; THERMODYNAMICS;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; INTRACELLULAR SIGNALING PEPTIDES AND PROTEINS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; P38 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASES; PROTEIN BINDING; PROTEIN-SERINE-THREONINE KINASES; SIGNAL TRANSDUCTION; THERMODYNAMICS;

EID: 84863700202     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25042j     Document Type: Article

References (67)

1. K. Ono J. Han Cell. Signalling 2000 12 1 14
2. A. Cuenda S. Rousseau Biochim. Biophys. Acta 2007 1773 1358 1375
3. S. Kumar J. Boehm J. C. Lee Nat. Rev. Drug Discovery 2003 2 717 726
4. J. Schindler J. Monahan W. Smith J. Dent. Res. 2007 86 800 811
5. A. Kotlyarov Y. Yannoni S. Fritz K. Laaß J. B. Telliez D. Pitman L. L. Lin M. Gaestel Mol. Cell. Biol. 2002 22 4827 4835
6. A. Kotlyarov A. Neininger C. Schubert R. Eckert C. Birchmeier H. D. Volk M. Gaestel Nat. Cell Biol. 1999 1 94 97
7. C. Johansen A. T. Funding K. Otkjaer K. Kragballe U. B. Jensen M. Madsen L. Binderup T. Skak-Nielsen M. S. Fjording L. Iversen J. Immunol. 2006 176 1431 1438
8. S. Duraisamy M. Bajpai U. Bughani S. G. Dastidar A. Ray P. Chopra Expert Opin. Ther. Targets 2008 12 921 936
9. D. A. Gorog R. I. Jabr M. Tanno N. Sarafraz J. E. Clark S. G. Fisher X. B. Cao M. Bellahcene K. Dighe A. M. N. Kabir R. A. Quinlan K. Kato M. Gaestel M. S. Marber R. J. Heads Cell Stress Chaperones 2009 14 477 489
10. T. Sudo K. Kawai H. Matsuzaki H. Osada Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005 337 415 421
11. S. M. Lukas R. R. Kroe J. Wildeson G. W. Peet L. Frego W. Davidson R. H. Ingraham C. A. Pargellis M. E. Labadia B. G. Werneburg Biochemistry 2004 43 9950 9960
12. E. t. Haar P. Prabakhar X. Liu C. Lepre J. Biol. Chem. 2007 282 9733 9739
13. A. White C. A. Pargellis J. M. Studts B. G. Werneburg B. T. Farmer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 6353 6358
14. R. Ben-Levy S. Hooper R. Wilson H. F. Paterson C. J. Marshall Curr. Biol. 1998 8 1049 1057
15. K. Engel A. Kotlyarov M. Gaestel EMBO J. 1998 17 3363 3371
16. T. Tanoue M. Adachi T. Moriguchi E. Nishida Nat. Cell Biol. 2000 2 110 116
17. T. Tanoue R. Maeda M. Adachi E. Nishida EMBO J. 2001 20 466 479
18. J. A. Smith C. E. Poteet-Smith D. A. Lannigan T. A. Freed A. J. Zoltoski T. W. Sturgill J. Biol. Chem. 2000 275 31588 31593
19. S. Khan F. Ahmad N. Ahmad D. Flynn R. Kumar J. Biomol. Struct. Dyn. 2011 28 929 938
20. S. Jones J. M. Thornton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 13
21. W. E. Stites Chem. Rev. 1997 97 1233 1250
22. N. Brooijmans K. A. Sharp I. D. Kuntz Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2002 48 645 653
23. D. Dell'Orco Mol. BioSyst. 2009 5 323 334
24. A. L. Jochim P. S. Arora Mol. BioSyst. 2009 5 924 926
25. A. Panjkovich P. Aloy Mol. BioSyst. 2010 6 741 749
26. M. N. Wass A. David M. J. E. Sternberg Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 382 390
27. A. Lauria M. Tutone M. Ippolito L. Pantano A. Almerico Curr. Med. Chem. 2010 17 3142 3154
28. H. Kamisetty A. Ramanathan C. Bailey-Kellogg C. J. Langmead Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2011 79 444 462
29. S. Anand D. Mohanty Mol. BioSyst. 2012 8 1157 1171
30. W. Plazinski A. Knys-Dzieciuch Mol. BioSyst. 2012 8 543 547
31. M. Michael Gromiha K. Yokota K. Fukui Mol. BioSyst. 2009 5 1779 1786
32. H. Gohlke C. Kiel D. A. Case J. Mol. Biol. 2003 330 891 913
33. H. Gohlke D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 238 250
34. C. Yan T. Kaoud S. Lee K. N. Dalby P. Ren J. Phys. Chem. B 2011 115 1491 1502
35. A. Mackerell Y. Wang Y. Li Z. Ma W. Yang C. Ai PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000866
36. X. Wang X. Xu Z. Ma Y. Huo Z. Xiao Y. Li Y. Wang RNA 2011 17 1511 1528
37. X. Wang X. Xu S. Zhu Z. Xiao Z. Ma Y. Li Y. Wang Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2011 80 382 397
38. D. M. F. v. Aalten J. B. C. Findlay A. Amadei H. J. C. Berendsen Protein Eng. 1995 8 1129 1135
39. A. Ivetac J. A. McCammon J. Mol. Biol. 2009 388 644 658
40. A. Amadei A. B. Linssen H. J. Berendsen Proteins: Struct., Funct., Genet. 1993 17 412 425
41. S. Hayward H. J. Berendsen Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998 30 144 154
42. L. T. Chong Y. Duan L. Wang I. Massova P. A. Kollman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 14330 14335
43. P. A. Kollman I. Massova C. Reyes B. Kuhn S. Huo L. Chong M. Lee T. Lee Y. Duan W. Wang O. Donini P. Cieplak J. Srinivasan D. A. Case T. E. Cheatham Acc. Chem. Res. 2000 33 889 897
44. Prime, version 2.0, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2008
45. D. A. Case T. E. Cheatham, 3rd T. Darden H. Gohlke R. Luo K. M. Merz, Jr. A. Onufriev C. Simmerling B. Wang R. J. Woods J. Comput. Chem. 2005 26 1668 1688
46. Y. Duan C. Wu S. Chowdhury M. C. Lee G. Xiong W. Zhang R. Yang P. Cieplak R. Luo T. Lee J. Comput. Chem. 2003 24 1999 2012
47. W. Jorgensen J. Chandrasekhar J. Madura R. Impey M. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
48. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden J. Chem. Phys. 1995 103 8577 9593
49. J. Ryckaert G. Ciccotti H. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
50. K. A. Sharp B. Honig Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1990 19 301 332
51. F. Fogolari A. Brigo H. Molinari J. Mol. Recognit. 2002 15 377 392
52. M. E. Davis J. A. McCammon Chem. Rev. 1990 90 509 521
53. V. Tsui D. A. Case Biopolymers 2000 56 275 291
54. M. C. Lee Y. Duan Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 55 620 634
55. A. Onufriev D. Bashford D. A. Case Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 55 383 394
56. A. Onufriev D. Bashford A. David J. Phys. Chem. B 2000 104 3712 3720
57. D. Sitkoff K. A. Sharp B. Honig J. Phys. Chem. 1994 98 1978 1988
58. Q. Cui T. Sulea J. D. Schrag C. Munger M. N. Hung M. Cygler E. O. Purisima J. Mol. Biol. 2008 379 787 802
59. D. A. Pearlman D. A. Case J. W. Caldwell W. S. Ross T. E. Cheatham S. DeBolt D. Ferguson G. Seibel P. Kollman Comput. Phys. Commun. 1995 91 1 41
60. M. Feig J. Karanicolas C. L. Brooks III J. Mol. Graphics Modell. 2004 22 377 395
61. K. W. Underwood K. D. Parris E. Federico L. Mosyak R. M. Czerwinski T. Shane M. Taylor K. Svenson Y. Liu C. L. Hsiao Structure (London) 2003 11 627 636
62. S. B. Patel P. M. Cameron B. Frantz-Wattley E. O'Neill J. W. Becker G. Scapin Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2004 1696 67 73
63. R. A. Laskowski M. B. Swindells J. Chem. Inf. Model. 2011 51 2778 2786
64. I. Stoica S. K. Sadiq P. V. Coveney J. Am. Chem. Soc. 2008 130 2639 2648
65. W. Meng L. L. Swenson M. J. Fitzgibbon K. Hayakawa E. ter Haar A. E. Behrens J. R. Fulghum J. A. Lippke J. Biol. Chem. 2002 277 37401 37405
66. T. Tanoue E. Nishida Pharmacol. Ther. 2002 93 193 202
67. C. Zheng Z. Lin Z. J. Zhao Y. Yang H. Niu X. Shen J. Biol. Chem. 2006 281 37215 37226