Predicting protein-protein interaction specificity through the integration of three-dimensional structural information and the evolutionary record of protein domains

Molecular BioSystems

Volumn 6, Issue 4, 2010, Pages 741-749

  Panjkovich, Alejandro ^a   Aloy, Patrick ^a,b  

^a INSTITUTE FOR RESEARCH IN BIOMEDICINE   (Spain)

^b INSTITUCIÓ CATALANA DE RECERCA I ESTUDIS AVANÇATS ICREA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; GENETICS; MOLECULAR EVOLUTION; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DATABASE; PROTEIN DOMAIN; STATISTICS; SYSTEMS BIOLOGY;

CONSERVED SEQUENCE; DATABASES, PROTEIN; EVOLUTION, MOLECULAR; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN INTERACTION DOMAINS AND MOTIFS; PROTEIN INTERACTION MAPPING; SYSTEMS BIOLOGY;

EID: 77949676235     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b918395g     Document Type: Article

References (41)

1. C. V. Robinson A. Sali W. Baumeister Nature 2007 450 973 982
2. J. F. Rual K. Venkatesan T. Hao T. Hirozane-Kishikawa A. Dricot N. Li G. F. Berriz F. D. Gibbons M. Dreze N. Ayivi-Guedehoussou N. Klitgord C. Simon M. Boxem S. Milstein J. Rosenberg D. S. Goldberg L. V. Zhang S. L. Wong G. Franklin S. Li J. S. Albala J. Lim C. Fraughton E. Llamosas S. Cevik C. Bex P. Lamesch R. S. Sikorski J. Vandenhaute H. Y. Zoghbi A. Smolyar S. Bosak R. Sequerra L. Doucette-Stamm M. E. Cusick D. E. Hill F. P. Roth M. Vidal Nature 2005 437 1173 1178
3. U. Stelzl U. Worm M. Lalowski C. Haenig F. H. Brembeck H. Goehler M. Stroedicke M. Zenkner A. Schoenherr S. Koeppen J. Timm S. Mintzlaff C. Abraham N. Bock S. Kietzmann A. Goedde E. Toksoz A. Droege S. Krobitsch B. Korn W. Birchmeier H. Lehrach E. E. Wanker Cell 2005 122 957 968
4. A. C. Gavin P. Aloy P. Grandi R. Krause M. Boesche M. Marzioch C. Rau L. J. Jensen S. Bastuck B. Dumpelfeld A. Edelmann M. A. Heurtier V. Hoffman C. Hoefert K. Klein M. Hudak A. M. Michon M. Schelder M. Schirle M. Remor T. Rudi S. Hooper A. Bauer T. Bouwmeester G. Casari G. Drewes G. Neubauer J. M. Rick B. Kuster P. Bork R. B. Russell G. Superti-Furga Nature 2006 440 631 636
5. N. J. Krogan G. Cagney H. Yu G. Zhong X. Guo A. Ignatchenko J. Li S. Pu N. Datta A. P. Tikuisis T. Punna J. M. Peregrin-Alvarez M. Shales X. Zhang M. Davey M. D. Robinson A. Paccanaro J. E. Bray A. Sheung B. Beattie D. P. Richards V. Canadien A. Lalev F. Mena P. Wong A. Starostine M. M. Canete J. Vlasblom S. Wu C. Orsi S. R. Collins S. Chandran R. Haw J. J. Rilstone K. Gandi N. J. Thompson G. Musso P. St Onge S. Ghanny M. H. Lam G. Butland A. M. Altaf-Ul S. Kanaya A. Shilatifard E. O'Shea J. S. Weissman C. J. Ingles T. R. Hughes J. Parkinson M. Gerstein S. J. Wodak A. Emili J. F. Greenblatt Nature 2006 440 637 643
6. B. A. Shoemaker A. R. Panchenko PLoS Comput. Biol. 2007 3 e42
7. E. Sprinzak H. Margalit J. Mol. Biol. 2001 311 681 692
8. A. Valencia F. Pazos Curr. Opin. Struct. Biol. 2002 12 368 373
9. P. Aloy H. Ceulemans A. Stark R. B. Russell J. Mol. Biol. 2003 332 989 998
10. P. Aloy R. B. Russell Nat. Biotechnol. 2004 22 1317 1321
11. N. Rekha S. M. Machado C. Narayanan A. Krupa N. Srinivasan Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005 58 339 353
12. P. Aloy R. B. Russell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 5896 5901
13. O. Lichtarge H. R. Bourne F. E. Cohen J. Mol. Biol. 1996 257 342 358
14. P. Aloy E. Querol F. X. Aviles M. J. Sternberg J. Mol. Biol. 2001 311 395 408
15. R. Landgraf I. Xenarios D. Eisenberg J. Mol. Biol. 2001 307 1487 1502
16. S. Engelen L. A. Trojan S. Sacquin-Mora R. Lavery A. Carbone PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000267
17. P. Aloy R. B. Russell Bioinformatics 2003 19 161 162
18. L. Lu H. Lu J. Skolnick Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002 49 350 364
19. J. Espadaler O. Romero-Isart R. M. Jackson B. Oliva Bioinformatics 2005 21 3360 3368
20. C. Kiel M. Foglierini N. Kuemmerer P. Beltrao L. Serrano J. Mol. Biol. 2007 370 1020 1032
21. H. Dortay N. Mehnert L. Burkle T. Schmulling A. Heyl FEBS J. 2006 273 4631 4644
22. G. Kolesov L. A. Mirny Methods Mol. Biol. 2009 541 421 448
23. D. Reichmann O. Rahat M. Cohen H. Neuvirth G. Schreiber Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 67 76
24. L. Li E. I. Shakhnovich L. A. Mirny Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 4463 4468
25. D. M. Ornitz J. Xu J. S. Colvin D. G. McEwen C. A. MacArthur F. Coulier G. Gao M. Goldfarb J. Biol. Chem. 1996 271 15292 15297
26. N. Takahashi H. Kuroda T. Kuromori T. Hirayama M. Seki K. Shinozaki H. Shimada M. Matsui Plant Cell Physiol. 2004 45 83 91
27. R. D. Finn J. Mistry B. Schuster-Bockler S. Griffiths-Jones V. Hollich T. Lassmann S. Moxon M. Marshall A. Khanna R. Durbin S. R. Eddy E. L. Sonnhammer A. Bateman Nucleic Acids Res. 2006 34 D247 251
28. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235 242
29. S. F. Altschul T. L. Madden A. A. Schaffer J. Zhang Z. Zhang W. Miller D. J. Lipman Nucleic Acids Res. 1997 25 3389 3402
30. S. R. Eddy Bioinformatics 1998 14 755 763
31. J. Pei N. V. Grishin Bioinformatics 2001 17 700 712
32. D. M. van Aalten C. C. DiRusso J. Knudsen R. K. Wierenga EMBO J. 2000 19 5167 5177
33. M. A. Rodionov T. L. Blundell Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998 33 358 366
34. A. A. Bogan K. S. Thorn J. Mol. Biol. 1998 280 1 9
35. X. L. Ang J. Wade Harper Oncogene 2005 24 2860 2870
36. A. Stein R. B. Russell P. Aloy Nucleic Acids Res. 2005 33 D413 417
37. A. Stein A. Panjkovich P. Aloy Nucleic Acids Res. 2009 37 D300 304
38. D. R. Caffrey S. Somaroo J. D. Hughes J. Mintseris E. S. Huang Protein Sci. 2004 13 190 202
39. I. Halperin H. Wolfson R. Nussinov Structure 2004 12 1027 1038
40. M. Guharoy P. Chakrabarti Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 15447 15452
41. I. Res O. Lichtarge Phys. Biol. 2005 2 S36 43