Proton-coupled hole hopping in nucleosomal and free DNA initiated by site-specific hole injection

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 20, 2012, Pages 7400-7410

  Liu, Yang ^b   Liu, Zhi ^a   Geacintov, Nicholas E ^a   Shafirovich, Vladimir ^a  

^a NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

^b Chinese Academy of Sciences   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

2 AMINOPURINE; DNA; GUANINE; HISTONE; HYDROXYL RADICAL; PROTON; RECOMBINANT PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DNA DAMAGE; MOLECULAR GENETICS; NUCLEOSOME; NUCLEOTIDE SEQUENCE; OXIDATION REDUCTION REACTION; PROTEIN MULTIMERIZATION; PROTEIN REFOLDING;

2-AMINOPURINE; BASE SEQUENCE; DNA; DNA DAMAGE; GUANINE; HISTONES; HYDROXYL RADICAL; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NUCLEOSOMES; OXIDATION-REDUCTION; PROTEIN MULTIMERIZATION; PROTEIN REFOLDING; PROTONS; RECOMBINANT PROTEINS;

EID: 84860439076     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp40759k     Document Type: Article

References (69)

1. L. M. Coussens Z. Werb Nature 2002 420 860 867
2. P. C. Dedon S. R. Tannenbaum Arch. Biochem. Biophys. 2004 423 12 22
3. S. Steenken S. V. Jovanovic J. Am. Chem. Soc. 1997 119 617 618
4. J. Cadet T. Douki J. L. Ravanat Nat. Chem. Biol. 2006 2 348 349
5. I. Saito M. Takayama H. Sugiyama K. Nakatani A. Tsuchida M. Yamamoto J. Am. Chem. Soc. 1995 117 6406 6407
6. D. B. Hall R. E. Holmlin J. K. Barton Nature 1996 382 731 735
7. D. Ly Y. Kan B. Armitage G. B. Schuster J. Am. Chem. Soc. 1996 118 8747 8748
8. B. Giese J. Amaudrut A.-K. Kohler M. Spormann S. Wessely Nature 2001 412 318 320
9. I. Saito T. Nakamura K. Nakatani Y. Yoshioka K. Yamaguchi H. Sugiyama J. Am. Chem. Soc. 1998 120 12686 12687
10. I. V. Kurnikov G. S. M. Tong M. Madrid D. N. Beratan J. Phys. Chem. B 2002 106 7 10
11. S. Yokojima N. Yoshiki W. Yanoi A. Okada J. Phys. Chem. B 2009 113 16384 16392
12. M. E. Nunez D. B. Hall J. K. Barton Chem. Biol. 1999 6 85 97
13. G. B. Schuster Acc. Chem. Res. 2000 33 253 260
14. B. Giese Acc. Chem. Res. 2000 33 631 636
15. Y. Yoshioka H. Kawai T. Sato K. Yamaguchi I. Saito J. Am. Chem. Soc. 2003 125 1968 1974
16. K. Senthilkumar F. C. Grozema C. F. Guerra F. M. Bickelhaupt L. D. A. Siebbeles J. Am. Chem. Soc. 2003 125 13658 13659
17. K. Senthilkumar F. C. Grozema C. F. Guerra F. M. Bickelhaupt F. D. Lewis Y. A. Berlin M. A. Ratner L. D. A. Siebbeles J. Am. Chem. Soc. 2005 127 14894 14903
18. K. Luger A. W. Mader R. K. Richmond D. F. Sargent T. J. Richmond Nature 1997 389 251 260
19. C. A. Davey D. F. Sargent K. Luger A. W. Maeder T. J. Richmond J. Mol. Biol. 2002 319 1097 1113
20. J. J. Hayes T. D. Tullius A. P. Wolffe Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990 87 7405 7409
21. P. T. Lowary J. Widom J. Mol. Biol. 1998 276 19 42
22. V. Shafirovich A. Dourandin W. Huang N. P. Luneva N. E. Geacintov J. Phys. Chem. B 1999 103 10924 10933
23. R. Misiaszek C. Crean A. Joffe N. E. Geacintov V. Shafirovich J. Biol. Chem. 2004 279 32106 32115
24. C. J. Burrows J. G. Muller Chem. Rev. 1998 98 1109 1151
25. K. Luger T. J. Rechsteiner T. J. Richmond Methods Enzymol. 1999 304 3 19
26. P. N. Dyer R. S. Edayathumangalam C. L. White Y. Bao S. Chakravarthy U. M. Muthurajan K. Luger Methods Enzymol. 2004 375 23 44
27. R. J. Simpson Cold Spring Harbor Protoc. 2006 10.1101/pdb.prot4313
28. S. S. Jain T. D. Tullius Nat. Protoc. 2008 3 1092 1100
29. Y. Margolin V. Shafirovich N. E. Geacintov M. S. DeMott P. C. Dedon J. Biol. Chem. 2008 283 35569 35578
30. C.-S. Liu R. Hernandez G. B. Schuster J. Am. Chem. Soc. 2004 126 2877 2884
31. W. K. Pogozelski T. D. Tullius Chem. Rev. 1998 98 1089 1107
32. Y. A. Lee B. H. Yun S. K. Kim Y. Margolin P. C. Dedon N. E. Geacintov V. Shafirovich Chem.-Eur. J. 2007 13 4571 4581
33. Y. A. Lee A. Durandin P. C. Dedon N. E. Geacintov V. Shafirovich J. Phys. Chem. B 2008 112 1834 1844
34. Y. A. Lee Z. Liu P. C. Dedon N. E. Geacintov V. Shafirovich ChemBioChem 2011 12 1731 1739
35. V. Shafirovich N. E. Geacintov Top. Curr. Chem. 2004 237 129 157
36. V. Shafirovich and N. E. Geacintov, in Charge Transfer in DNA, ed., H.-A. Wagenknecht, Wiley-VCH, Weinheim, 2005, pp. 175-196
37. V. Shafirovich A. Dourandin W. Huang N. P. Luneva N. E. Geacintov Phys. Chem. Chem. Phys. 2000 2 4399 4408
38. K. Ito S. Inoue K. Yamamoto S. Kawanishi J. Biol. Chem. 1993 268 13221 13227
39. A. Spassky D. Angelov Biochemistry 1997 36 6571 6576
40. Y. Yoshioka Y. Kitagawa Y. Takano K. Yamaguchi T. Nakamura I. Saito J. Am. Chem. Soc. 1999 121 8712 8719
41. P. M. Cullis M. E. Malone L. A. Merson-Davies J. Am. Chem. Soc. 1996 118 2775 2781
42. D. Gasparutto J.-L. Ravanat O. Gerot J. Cadet J. Am. Chem. Soc. 1998 120 10283 10286
43. V. Duarte D. Gasparutto M. Jaquinod J. Cadet Nucleic Acids Res. 2000 28 1555 1563
44. J. Cadet T. Douki J. L. Ravanat Free Radical Biol. Med. 2010 49 9 21
45. P. Pacher J. S. Beckman L. Liaudet Physiol. Rev. 2007 87 315 424
46. A. P. Breen J. A. Murphy Free Radical Biol. Med. 1995 18 1033 1077
47. T. D. Tullius B. A. Dombroski Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1986 83 5469 5473
48. K. Luger Curr. Opin. Genet. Dev. 2003 13 127 135
49. K. Luger Chromosome Res. 2006 14 5 16
50. D. R. Chafin J. J. Hayes Methods Mol. Biol. 2009 543 121 138
51. R. E. Huie C. L. Clifton P. Neta Radiat. Phys. Chem. 1991 38 477 481
52. M. E. Nunez K. T. Noyes J. K. Barton Chem. Biol. 2002 9 403 415
53. C. C. Bjorklund W. B. Davis Nucleic Acids Res. 2006 34 1836 1846
54. C. C. Bjorklund W. B. Davis Biochemistry 2007 46 10745 10755
55. A. A. Voityuk W. B. Davis J. Phys. Chem. B 2007 111 2976 1985
56. M. S. Ong T. J. Richmond C. A. Davey J. Mol. Biol. 2007 368 1067 1074
57. V. Shafirovich A. Dourandin N. P. Luneva N. E. Geacintov J. Phys. Chem. B 2000 104 137 139
58. V. Shafirovich A. Dourandin N. P. Luneva N. E. Geacintov J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 2000 271 275
59. K. Kobayashi S. Tagawa J. Am. Chem. Soc. 2003 125 10213 10218
60. K. Kobayashi R. Yamagami S. Tagawa J. Phys. Chem. B 2008 112 10752 10757
61. J. Cadet T. Douki J. L. Ravanat Acc. Chem. Res. 2008 41 1075 1083
62. V. Shafirovich and N. E. Geacintov, in Radical and radical ion reactivity in nucleic acid chemistry, ed., M. Greenberg, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, New Jersey, 2009, pp. 325-355
63. H. Kasai Z. Yamaizumi M. Berger J. Cadet J. Am. Chem. Soc. 1992 114 9692 9694
64. B. Giese M. Spichty ChemPhysChem 2000 1 195 198
65. T. Douki J. Cadet Int. J. Radiat. Biol. 1999 75 571 581
66. T. Hofer C. Badouard E. Bajak J. L. Ravanat A. Mattsson I. A. Cotgreave Biol. Chem. 2005 386 333 337
67. P. Wardman L. P. Candeias Radiat. Res. 1996 145 145
68. A. Joffe S. Mock B. H. Yun A. Kolbanovskiy N. E. Geacintov V. Shafirovich Chem. Res. Toxicol. 2003 16 966 973
69. T. J. Richmond C. A. Davey Nature 2003 423 145 150