Hole transfer energetics in structurally distorted DNA: The nucleosome core particle

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 11, 2007, Pages 2976-2985

  Voityuk, Alexander A ^a   Davis, William B ^b  

^a UNIVERSITY OF GIRONA   (Spain)

^b WASHINGTON STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; COMPUTER SIMULATION; ELECTRIC FIELDS; MOLECULAR STRUCTURE; POSITIVE IONS; PROTEINS;

EUKARYOTIC NUCLEUS; HOLE TRANSFER ENERGETICS; STRUCTURAL DISTORTIONS;

DNA;

EID: 34047232600     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp066470i     Document Type: Article

References (70)

1. Seidel, C. A. M.; Schulz, A.; Sauer, M. H. M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5541.
2. Takada, T.; Kawai, K.; Tojo, S.; Majima, T. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 14052.
3. Giese, B. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 631.
4. Treadway, C. R.; Hill, M. G.; Barton, J. K. Chem. Phys. 2002, 281, 409.
5. Lewis, F. D.; Letsinger, R. L.; Wasielewski, M. R. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 159.
6. Hess, S.; Gotz, M.; Davis, W. B.; Michel-Beyerle, M. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10046.
7. Beljonne, D.; Pourtois, G.; Ratner, M. A.; Bredas, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14510.
8. Neeley, W. L.; Essigmann, J. M. Chem. Res. Toxicol. 2006, 19, 491.
9. Giese, B.; Spichty, M. ChemPhysChem 2000, 1, 195.
10. Nunez, M. E.; Hall, D. B.; Barton, J. K. Chem. Biol. 1999, 6, 85.
11. Henderson, P. T.; Jones, D.; Hampikian, G.; Kan, Y.; Schuster, G. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 8353.
12. Conwell, E. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 8795.
13. Schuster, G. B. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 253.
14. O'Neill, M. A.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11471.
15. Valis, L.; Wang, Q.; Raytchev, M.; Buchvarov, I.; Wagenknecht, H.-A.; Fiebig, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 10192.
16. Jortner, J.; Bixon, M.; Langenbacher, T.; Michel-Beyerle, M. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 12759.
17. Berlin, Y. A.; Kurnikov, I. V.; Beratan, D.; Ratner, M. A.; Burin, A. L. DNA electron transfer processes: Some theoretical notions. In Long-Range Charge Transfer in DNA II; Schuster, G. B., Ed.; Topics in Current Chemistry 237; Springer; Berlin, 2004; pp 1.
18. Bixon, M.; Jortner, J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12556.
19. Berlin, Y. A.; Burin, A. L.; Ratner, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 260.
20. Berlin, Y. A.; Burin, A. L.; Ratner, M. A. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 443.
21. Berlin, Y. A.; Burin, A. L.; Ratner, M. A. Chem. Phys. 2002, 275, 61.
22. Pullman, B.; Pullman, A. Rev. Mod. Phys. 1960, 32, 428.
23. Tong, G. S. M.; Kurnikov, I. V.; Beratan, D. N. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2381.
24. Senthilkumar, K.; Grozema, F. C.; Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Lewis, F. D.; Berlin, Y. A.; Ratner, M. A.; Siebbeles, L. D. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14894.
25. Voityuk, A.; Jortner, J.; Bixon, M.; Rösch, N. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5614.
26. Yoshioka, Y.; Kitagawa, Y.; Takano, Y.; Yamaguchi, K.; Nakamura, T.; Saito, I. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8712.
27. Voityuk, A.; Jortner, J.; Bixon, M.; Rösch, N. Chem. Phys. Lett. 2000, 324, 430.
28. Voityuk, A.; Siriwong, K.; Rösch, N. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 624.
29. Grozema, F. C.; Siebbeles, L. D. A.; Berlin, Y. A.; Ratner, M. A. ChemPhysChem 2002, 3, 536.
30. Barnett, R. N.; Cleveland, C. L.; Joy, A.; Landman, U.; Schuster, G. B. Science 2001, 294, 567.
31. Voityuk, A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 204904.
32. Liu, C.-S.; Hernandez, R.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2877.
33. Tavernier, H. L.; Payer, M. D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11541.
34. Siriwong, K.; Voityuk, A. A.; Newton, M. D.; Rösch, N. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2595.
35. LeBard, D. N.; Lilichenko, M.; Matyushov, D. V.; Berlin, Y. A.; Ratner, M. A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 14509.
36. Troisi, A.; Orlandi, G. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2093.
37. Voityuk, A. A.; Siriwong, K.; Rösch, N. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 5421.
38. Saito, I.; Nakamura, T.; Nakatani, K.; Yoshioka, Y.; Yamaguchi, K.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12686.
39. Senthilkumar, K.; Grozema, F. C.; Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Siebbeles, L. D. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13658.
40. van Holde, K. E. Chromatin; Springer-Verlag: New York, 1989.
41. Davey, C. A.; Sargent, D. F.; Luger, K.; Maeder, A. W.; Richmond, T. J. J. Mol. Biol. 2002, 319, 1097.
42. Bjorklund, C. C.; Davis, W. B. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 1836.
43. Nakatani, K.; Dohno, C.; Ogawa, A.; Saito, I. Chem. Biol. 2002, 9, 361.
44. Voityuk, A. A.; Zerner, M. C.; Rösch, N. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 4553.
45. Nunez, M. E.; Noyes, K. T.; Barton, J. K. Chem. Biol. 2002, 9, 403.
46. Rajski, S. R.; Barton, J. K. Biochemistry 2001, 40, 5556.
47. Rajski, S. R.; Kumar, S.; Roberts, R. J.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5615.
48. Boon, E. M.; Pope, M. A.; Williams, S. D.; David, S. S.; Barton, J. K. Biochemistry 2002, 41, 8464.
49. Cramer, T.; Krapf, S.; Koslowski, T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 3160.
50. Lewis, F. D.; Liu, J. Q.; Zuo, X. B.; Hayes, R. T.; Wasielewski, M. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4850.
51. Lu, X. J.; Olson, W., K. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5109.
52. Dickerson, R. E. EMBO J. 1989, 8, 1.
53. Clowney, L.; Jain, S. C.; Srinivasan, A. R.; Westbrook, J.; Olson, W. K.; Berman, H. W. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 509.
54. Ausio, J.; Dong, F.; van Holde, K. E. J. Mol. Biol. 1989, 206, 451.
55. Hayes, J. J.; Clark, D. J.; Wolffe, A. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 6829.
56. Polach, K. J.; Lowary, P. T.; Widom, J. J. Mol. Biol. 2000, 298, 211.
57. Bohm, L.; Briand, G.; Sautiere, P.; Crane-Robinson, C. Eur. J. Biochem. 1981, 119, 67.
58. Bohm, L.; Briand, G.; Sautiere, P.; Crane-Robinson, C. Eur. J. Biochem. 1982, 123, 299.
59. Bohm, L.; Crane-Robinson, C.; Sautiere, P. Eur. J. Biochem. 1980, 106.
60. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
61. Yang, L.; Weerasinghe, S.; Smith, P. E.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1995, 69, 1519.
62. Bloomfield, V. A.; Crothers, D. M.; Tinoco, L, Jr. Nucleic Acids: Structures, Properties, and Functions; University Science Books: Sausalito, CA, 2000.
63. Dickerson, R. E. Methods Enzymol. 1992, 211, 67.
64. Caruso, T.; Carotenuto, M.; Vasca, E.; Peluso, A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15040.
65. Prat, F.; Houk, K. N.; Foote, C. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 845.
66. Kurnikov, I. V.; Tong, G. S. M.; Madrid, M.; Beratan, D. N. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7.
67. Voityuk, A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 10793.
68. Antosiewicz, J.; Briggs, J. M.; Elcock, A. H.; Gilson, M. K.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1633.
69. Biancafort, L.; Voityuk, A. A. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 6426.
70. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.