The effects of α-helical structure and cyanylated cysteine on each other

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 14, 2010, Pages 4931-4936

  Edelstein, Lena ^a   Stetz, Matthew A ^a   McMahon, Heather A ^a   Londergan, Casey H ^a  

^a HAVERFORD COLLEGE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CHEMICAL MODIFICATION; CHROMOPHORES; ORGANIC ACIDS; PROBES; STRETCHING; SYNTHESIS (CHEMICAL);

CONFORMATIONAL STATE; CYSTEINE RESIDUES; HELICAL STRUCTURES; HELIX FORMATION; HELIX-COIL; IN-VITRO; MODEL SYSTEM; PROTEIN SEQUENCES; PROTEIN SYSTEM; SECONDARY STRUCTURES; SIDE CHAINS; SITE-SPECIFIC; STRETCHING VIBRATIONS; STRUCTURAL CHANGE; STRUCTURAL TRANSITIONS; STRUCTURE AND DYNAMICS;

PROTEINS;

EID: 77950688557     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp101447r     Document Type: Article

References (64)

1. Decatur, S. M.; Antonic, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11914 - 11915
2. Silva, R.; Kubelka, J.; Bour, P.; Decatur, S. M.; Keiderling, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8318 - 8323
3. Huang, R.; Kubelka, J.; Barber-Armstrong, W.; Silva, R. A. G. D.; Decatur, S. M.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2346 - 2354
4. Setnicka, V.; Huang, R.; Thomas, C. L.; Etienne, M. A.; Kubelka, J.; Hammer, R. P.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4992 - 4993
5. Brewer, S. H.; Song, B. B.; Raleigh, D. P.; Dyer, R. B. Biochemistry 2007, 46, 3279 - 3285
6. Chin, J. K.; Jimenez, R.; Romesberg, F. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2426 - 2427
7. Cremeens, M. E.; Fujisaki, H.; Zhang, Y.; Zimmermann, J.; Sagle, L. B.; Matsuda, S.; Dawson, P. E.; Straub, J. E.; Romesberg, F. E. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6028 - 6029
8. Sagle, L. B.; Zimmermann, J.; Dawson, P. E.; Romesberg, F. E. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3384 - 3385
9. Thielges, M. C.; Case, D. A.; Romesberg, F. E. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6597 - 6603
10. Lindquist, B. A.; Furse, K. E.; Corcelli, S. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 8119 - 8132
11. Getahun, Z.; Huang, C. Y.; Wang, T.; De Leon, B.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 405 - 411
12. Tucker, M. J.; Getahun, Z.; Nanda, V.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5078 - 5079
13. Waegele, M. M.; Tucker, M. J.; Gai, F. Chem. Phys. Lett. 2009, 478, 249 - 253
14. Fafarman, A. T.; Webb, L. J.; Chuang, J. I.; Boxer, S. G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13356 - 13357
15. Fang, C.; Bauman, J. D.; Das, K.; Remorino, A.; Arnold, E.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 1472 - 1477
16. Webb, L. J.; Boxer, S. G. Biochemistry 2008, 47, 1588 - 1598
17. Schultz, K. C.; Supekova, L.; Ryu, Y. H.; Xie, J. M.; Perera, R.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13984 - 13985
18. Taskent-Sezgin, H.; Chung, J.; Patsalo, V.; Miyake-Stoner, S. J.; Miller, A. M.; Brewer, S. H.; Mehl, R. A.; Green, D. F.; Raleigh, D. P.; Carrico, I. Biochemistry 2009, 48, 9040 - 9046
19. Tucker, M. J.; Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 2009, 470, 80 - 84
20. Degani, Y.; Degani, C. Biochemistry 1979, 18, 5917 - 5923
21. Degani, Y.; Neumann, H.; Patchornik, A. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 6969 - 6971
22. Degani, Y.; Patchornik, A. Biochemistry 1974, 13, 1 - 11
23. Doherty, G. M.; Motherway, R.; Mayhew, S. G.; Malthouse, J. P. Biochemistry 1992, 31, 7922 - 7930
24. Maienschein-Cline, M. G.; Londergan, C. H. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 10020 - 10025
25. Choi, J. H.; Oh, K. I.; Lee, H.; Lee, C.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2008, 128, 134506
26. Radivojac, P.; Iakoucheva, L. M.; Oldfield, C. J.; Obradovic, Z.; Uversky, V. N.; Dunker, A. K. Biophys. J. 2007, 92, 1439 - 1456
27. Dunker, A. K.; Obradovic, Z. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 805 - 806
28. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 54 - 60
29. Fuxreiter, M.; Simon, I.; Friedrich, P.; Tompa, P. J. Mol. Biol. 2004, 338, 1015 - 1026
30. Uversky, V. N.; Oldfield, C. J.; Dunker, A. K. J. Mol. Recog. 2005, 18, 343 - 384
31. Morin, B.; Bourhis, J. M.; Belle, V.; Woudstra, M.; Carriere, F.; Guigliarelli, B.; Fournel, A.; Longhi, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 20596 - 20608
32. Columbus, L.; Hubbell, W. L. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 288 - 295
33. Belle, V.; Rouger, S.; Costanzo, S.; Liquière, E.; Strancar, J.; Guigliarelli, B.; Fournel, A.; Longhi, S. Proteins: Struct. Funct. Bioinf. 2008, 73, 973 - 988
34. Langen, R.; Oh, K. J.; Cascio, D.; Hubbell, W. L. Biochemistry 2000, 39, 8396 - 8405
35. Marqusee, S.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286 - 5290
36. Chakrabartty, A; Kortemme, T.; Baldwin, R. Protein Sci. 1994, 3, 843 - 852
37. Fersht, A. Structure and Mechanism in Protein Science; W. H. Freeman: New York, NY, 1999.
38. Myers, J. K.; Pace, C. N.; Scholtz, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 2833 - 2837
39. Myers, J. K.; Pace, C. N.; Scholtz, J. M. Biochemistry 1997, 36, 10923 - 10929
40. Chakrabartty, A.; Doig, A. J.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 11332 - 11336
41. Doig, A. J.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1995, 4, 1325 - 1336
42. Wang, T.; Zhu, Y. J.; Getahun, Z.; Du, D. G.; Huang, C. Y.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15301 - 15310
43. Lifson, S.; Roig, A. J. Chem. Phys. 1961, 34, 365 - 368
44. Zimm, B. H.; Bragg, J. K. J. Chem. Phys. 1959, 31, 526 - 535
45. Barber-Armstrong, W.; Donaldson, T.; Wijesooriya, H.; Silva, R.; Decatur, S. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2339 - 2345
46. Silva, R.; Nguyen, J. Y.; Decatur, S. M. Biochemistry 2002, 41, 15296 - 15303
47. Ramajo, A. P.; Petty, S. A.; Starzyk, A.; Decatur, S. M.; Volk, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13784 - 13785
48. Degani, Y.; Patchornik, A.; Maclaren, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1966, 88, 3460 - 3461
49. Woody, R. W. Monatsh. Chem. 2005, 136, 347 - 366
50. Sudha, T. S.; Vijayakumar, E. K. S.; Balaram, P. Int. J. Pept. Protein Res. 1983, 22, 464 - 468
51. Cha, J. N.; Cheong, B. S.; Cho, H. G. J. Mol. Struct. 2001, 570, 97 - 107
52. Huang, C. Y.; Wang, T.; Gai, F. Chem. Phys. Lett. 2003, 371, 731 - 738
53. Eker, F.; Griebenow, K.; Cao, X. L.; Nafie, L. A.; Schweitzer-Stenner, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 10054 - 10059
54. Grdadolnik, J.; Grdadolnik, S. G.; Avbelj, F. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 2712 - 2718
55. Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9697 - 9701
56. Shi, Z. S.; Chen, K.; Liu, Z. G.; Kallenbach, N. R. Chem. Rev. 2006, 106, 1877 - 1897
57. Lockhart, D. J.; Kim, P. S. Science 1992, 257, 947 - 951
58. Sengupta, D.; Behera, R. N.; Smith, J. C.; Ullmann, G. M. Structure 2005, 13, 849 - 855
59. Oh, K. I.; Choi, J. H.; Lee, J. H.; Han, J. B.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2008, 128, 154504
60. Kubo, R. Adv. Chem. Phys. 1969, 15, 101 - 127
61. Skinner, J. L. Mol. Phys. 2008, 106, 2245 - 2253
62. Skinner, J. L.; Auer, B. M.; Lin, Y. S. Adv. Chem. Phys. 2009, 142, 59 - 103
63. Qiu, W. H.; Kao, Y. T.; Zhang, L. Y.; Yang, Y.; Wang, L. J.; Stites, W. E.; Zhong, D. P.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 13979 - 13984
64. Ebbinghaus, S.; Kim, S. J.; Heyden, M.; Yu, X.; Heugen, U.; Gruebele, M.; Leitner, D. M.; Havenith, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 20749 - 20752