Length dependent helix-coil transition kinetics of nine alanine-based peptides

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 39, 2004, Pages 15301-15310

  Wang, Ting ^a   Zhu, Yongjin ^a   Getahun, Zelleka ^a   Du, Deguo ^a   Huang, Cheng Yen ^a   DeGrado, William F ^a   Gai, Feng ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ELECTROSTATIC INTERACTIONS; HELIX COIL TRANSITIONS; PEPTIDE LENGTH; PEPTIDES;

AMINO ACIDS; CONFORMATIONS; FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY; RAMAN SCATTERING; REACTION KINETICS; VISCOSITY;

PROTEINS;

EID: 6344230036     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp037272j     Document Type: Article

References (63)

1. Kennedy, R. J.; Tsang, K.-T.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 934.
2. Miller, J. S.; Kennedy, R. J.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 945.
3. Engel, D. E.; DeGrado, W. F. J. Mol. Biol. 2004, 337, 1195.
4. Williams, S.; Causgrove, T. P.; Gilmanshin, R.; Fang, K. S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 1996, 35, 691.
5. Thompson, P. A.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Biochemistry 1997, 36, 9200.
6. Thompson, P. A.; Munoz, V.; Jas, O. S,; Henry, E. R.; Eaton, W. A,; Hofrichter, J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 378.
7. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8074
8. Huang, C.-Y.; Klemke, J. W.; Getahun, Z.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9235.
9. Huang, C.-Y.; Getahun, Z.; Wang, T.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12111.
10. Huang, C.-Y.; Getahun, Z.; Zhu, Y.; Klemke, J. W.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2788.
11. Huang, C.-Y.; He, S.; DeGrado, W. F.; McCafferty, D. G.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12674.
12. Clarke, D. T.; Doig, A. J.; Stapley, B. J.; Jones, G. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 7232.
13. Daggett, V.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1992, 225, 1121.
14. Armen, R.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Protein Sci. 2003, 12, 1145.
15. Brooks, C. L., III. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2546.
16. Jun, B.; Weaver, D. L. J. Chem. Phys. 2000, 112, 4394.
17. Hummer, G.; Garcia, A. E.; Grade, S. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 2637.
18. Buchete, N.-V.; Straub, J. E. J. Phys. Chem. B 2001, 705, 6684.
19. Margulis, C. J.; Stern, H. A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 10748.
20. Levy, Y.; Jortner, J.; Becker, O. M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 10533.
21. Zana, R. Biopolymers 1975, 14, 2425.
22. Go, N. J. Phys. Soc. Jpn. 1967, 22, 416.
23. Hummer, G.; Garcia, A. E.; Grade, S. Proteins Struct. Funct. Genet. 2001, 42, 77.
24. Chen, E.; Kumita, J. R.; Woolley, G. A.; Kliger, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 12443.
25. Ferguson, N.; Fersht, A. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 75.
26. Baldwin, R. L.; Rose, G. D. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 77.
27. Karplus, M.; Weaver, D. L. Protein Sci. 1994, 3, 650.
28. Schwartz, G. J. Mol Biol. 1965, 11, 64.
29. McQuarrie, D. A.; McTague, J. P.; Reiss, H. Biopolymers 1965, 3, 657.
30. Poland, D.; Soheraga, H. A. J. Chem. Phys. 1996, 45, 2071.
31. Klimov, D. K.; Betancourt, M. R.; Thirumalai, D. Folding Des. 1998, 3, 481.
32. Presta, L. G.; Rose, G. D. Science 1988, 240, 1632.
33. Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Science 1988, 240, 1648.
34. Regan, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 10907.
35. Aurora, R.; Creamer, T. P.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. J. Biol. Chem. 1997, 272, 1413.
36. Aurora, R.; Rose, G. D. Protein Sci. 1998, 7, 21.
37. Dasgupta, S.; Bell, J. A. Int. J. Pept. Prot. Res. 1993, 41, 499.
38. Scholtz, J. M.; Baldwin, R. L. Peptides: Synthesis, Structures, and Applications. Academic Press: New York, 1995.
39. Zimm, B. H.; Bragg, J. K. J. Chem. Phys. 1959, 31, 526.
40. Lifson, S.; Roig, A. J. Chem. Phys. 1961, 34, 1963.
41. Schneider, J. P.; DeGrado, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 2764.
42. Marqusee, S.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 8898.
43. Takano, M.; Nagayama, K.; Suyama, A. J. Biol. Phys. 2002, 28, 155.
44. Takano, M.; Nakamura, H. K.; Nagayama, K.; Suyama, A. J. Chem. Phys. 2003, 118, 10312.
45. Wang, T.; Du, D.; Gai, F. Chem. Phys. Lett. 2003, 370, 842.
46. Hiltpold, A.; Ferrara, P.; Gsponer, J.; Caflisch, A. J. Phys. Chem, B 2000, 104, 10080.
47. Levy, Y.; Jortner, J.; Becker, O. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2188.
48. Jas, G. S.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 261.
49. Chen, Y. H.; Yang, J. T.; Chau, K. H. Biochemistry 1974, 31, 3350.
50. Gans, P. J.; Lyu, P. C.; Manning, M. C.; Woody, R. W.; Kallenbach, N. R. Biopolymers 1991, 31, 1605.
51. Luo, P.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1997, 36, 8413.
52. Doig, A. J.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1995, 4, 1325.
53. Doig, A. J. Biophys. Chem. 2002, 101-102, 281.
54. Young, W. S.; Brooks, C. L., III. J. Mol. Biol. 1996, 259, 560.
55. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 7104.
56. Kobko, N.; Paraskevas, L.; del Rio, E.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4348.
57. Wu, Y.-D.; Zhao, Y.-L. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5313.
58. Zwanzig, R.; Szabo, A.; Bagchi, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 99, 20.
59. Hao, M.-H.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 1997, 707, 8089.
60. Lopez, M. M.; Chin, D.-H.; Baldwin, R. L.; Makhatadze, G. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1298.
61. Ohkubo, Y. Z.; Brooks, C. L., III. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13916.
62. Pappu, R. V.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 97, 12565.
63. Gruebele, M. Protein folding: the free energy surface. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 161.