Determination of conformational preferences of dipeptides using vibrational spectroscopy

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 9, 2008, Pages 2712-2718

  Grdadolnik, Jože ^a   Grdadolnik, Simona Golič ^a   Avbelj, Franc ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF CHEMISTRY   (Slovenia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; INFRARED SPECTROSCOPY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; RAMAN SCATTERING; RAMAN SPECTROSCOPY; VIBRATIONAL SPECTROSCOPY;

ELECTROSTATIC SCREENING MODEL; PROTEIN STRUCTURE; VIBRATIONAL PARAMETERS;

PEPTIDES;

EID: 41549100710     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp7096313     Document Type: Article

References (87)

1. Avbelj, F.; Golič Grdadolnik, S.; Grdadolnik, J.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 1272.
2. Bundi, A.; Wuthrich, K. Biopolymers 1979, 18, 285.
3. Merutka, G.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. J. Biomol. NMR 1995, 5, 14.
4. Plaxco, K. W.; Morton, C. J.; Grimshaw, S. B.; Jones, J. A.; Campbell, M. P. I. D.; Dobson, C. M. J. Biomol. NMR 1997, 10, 221.
5. Schwarzinger, S.; Kroon, G. J. A.; Foss, T. R.; Wright, P. E.; Dyson, H. J. J. Biomol. NMR 2000, 18, 43.
6. Eker, F.; Griebenov, K.; Cao, X.; Nafie, L. A.; Schweitzer-Stenner, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 10054.
7. Penkett, C. J.; Redfield, C.; Dodd, I.; Hubbard, J.; McBay, D. L.; Mossakowska, D. E.; Smith, R. A. G.; Dobson, C. M.; Smith, L. J. J. Mol. Biol. 1997, 274, 152.
8. Peti, W.; Henning, M.; Smith, L. J.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12017.
9. Avbelj, F.; Golič Grdadolnik, S. Protein Sci. 2007, 16, 273.
10. Serrano, L. J. Mol. Biol. 1995, 254, 322.
11. Smith, L. J.; Bolin, B. A.; Schwalbe, H.; MacArthur, M. W.; Thornton, J. M.; Dobson, C. M. J. Mol. Biol. 1996, 255, 494.
12. Bandekar, J. Biochim. Biophys. Acta 1992, 1120, 123.
13. Gnanakaran, S.; Hochstrasser, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12886.
14. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
15. Wang, J.; Hochstrasser, R. H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3798.
16. Watson, T. W.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7858.
17. Fu, N. F.; DeOliviera, D. B.; Trumble, W. R.; Sarkar, H. K.; Singh, B. R. Appl. Spectrosc. 1994, 48, 143231441.
18. Lord, A. C. Appl. Spectrosc. 1977, 37, 187.
19. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3391.
20. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Huang, Q.; Griebenow, K.; Mroz, P. A.; Kozlowski, P. M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4294.
21. Watson, T. M.; Hirst, J. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 998.
22. Burgess, A. W.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1973, 12, 2177.
23. Maxfield, F. R.; Leach, S. J.; Stimson, E. R.; Powers, S. P.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1979, 18, 2507.
24. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10923.
25. Deng, Z.; Polavarapu, P. L.; Ford, S. J.; Hecht, L.; Barron, L. D.; Ewing, C. S.; Jalkanen, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2025.
26. Takekiyo, T.; Imai, T.; Kato, M.; Taniguchi, Y. Biopolymers 2004, 73, 283.
27. Eker, F.; Griebenov, K.; Schweizer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8178.
28. Eker, F.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L. A.; Schweitzer-Stenner, R. Biochemistry 2004, 43, 613.
29. Eker, F.; Cao, X.; Nafie, L.; Huang, Q.; Schweizer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 358.
30. Eker, F.; Cao, X.; Nafie, L.; Schweitzer-Stenner. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14330.
31. Schweitzer-Stenner, R. Biophys. J. 2002, 83, 523.
32. Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16965.
33. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Perez, A.; Griebenov, K.; Cao, X.; Nafie, L. A. Biopolymers 2003, 71, 558.
34. Hagarman, A.; Measey, T.; Doddasomayajula, R. S.; Dragomir, I.; Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 6979.
35. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316.
36. Avignon, M.; Garrigou-Lagrange, C.; Bothorel, P. Biopolymers 1973, 12, 1651.
37. Takekiyo, T.; Imai, T.; Kato, M.; Taniguchi, Y. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764, 355.
38. Han, W.-G.; Jalkanen, K. J.; Elstner, M.; Suhai, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2587.
39. Poon, C.-D.; Samulski, E. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5642.
40. Weise, C. F.; Weisshaar, J. C. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 3265.
41. Nielsen, E. B.; Schellman, J. A. Biopolymers 1971, 10, 1559.
42. Bagchi, S.; Kim, S. Y.; Charnley, A. K.; Smith, A. B., III; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3010.
43. Noda, I. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8116.
44. Noda, I.; Dowrey, A. E.; Marcott, C.; Story, G. M.; Ozaky, Y. Appl. Spectrosc. 2000, 54, 236.
45. Bertie, J. E.; Lan, Z. J. Chem. Phys. 1996, 105, 8502.
46. Bertie, J. E.; Eysel, H. H. Appl. Spectrosc. 1985, 39, 392.
47. Bertie, J. E.; Ahmed, M. K.; Baluja, S. J. Phys. Chem. 1989, 93, 6660.
48. Bertie, J. E.; Ahmed, M. K.; Eysel, H. H. J. Phys. Chem. 1989, 93, 2210.
49. Ozaki, Y. 2-D correlation spectroscopy in vibrational spectroscopy. In Handbook of Vibrational Spectroscopy; Chalmers, J. M., Griffits, P. R., Eds.; John Wiley and Sons: New York, 2002; Vol. 3, p 2135.
50. Noda, I. General theory of two-dimensional (2-D) analysis. In Handbook of Vibrational Spectroscopy; Chalmers, J. M., Griffits, P. R., Eds.; John Wiley and Sons: New York, 2002; Vol. 3, p 2123.
51. Avbelj, F.; Kocjan, D.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17394.
52. Barth, A. Prog. Biophys. Mol. Biol. 2000, 74, 141.
53. Myshakina, N. S.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4271.
54. Madison, V.; Kopple, K. D. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 4855.
55. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Huang, Q.; Griebenow, K. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9628.
56. Shi, Z.; Olson, C. A.; Rose, G. D.; Baldwin, R. L.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. U.S.A. 2002, 99, 9190.
57. Woutersen, S.; Pfister, R.; Hamm, P.; Mu, Y.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6833.
58. Ding, L.; Santini, P. A.; Shi, Z.; Kallenbach, N. R. J Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8092.
59. Mehta, M. A.; Fry, E. A.; Eddy, M. T.; Dedeo, M. T.; Anagnost, A. E.; Long, J. R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 2777.
60. Liu, Z.; Chen, K.; Ng, A.; Shi, Z.; Woody, R. W.; Kallenbach, N. R. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15141.
61. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2768.
62. Chen, K.; Liu, Z.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15352.
63. Graf, J.; Nguen, P. H.; Stock, G.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1179.
64. Frank, M. K.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Protein Sci. 1995, 4, 2605.
65. Arcus, V. L.; Vuilleumier, S.; Freund, S. M. V.; Bycroft, M.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1995, 254, 305.
66. Schwalbe, H.; Fiebig, K. M.; Buck, M.; Jones, J. A.; Grimshaw, S. B.; Spencer, A.; Glaser, S. J.; Smith, L. J.; Dobson, C. M. Biochemistry 1997, 36, 8977.
67. Meekhof, A. E.; Freund, S. M. V. J. Mol. Biol. 1999, 286, 579.
68. Bai, Y.; Chung, J.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Protein Sci. 2001, 10, 1056.
69. Yao, J.; Chung, J.; Eliezer, D.; Wright, P. E.; Dyson, H. J. Biochemistry 2001, 40, 3561.
70. Piela, L.; Nemethy, G. Sheraga, H. A. Biopolymers 1987, 26, 1273.
71. McGregor, M. J.; Islam, S. A.; Sternberg, M. J. E. J. Mol.Biol. 1987, 198, 295.
72. Creamer, T. P.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 5937.
73. Creamer, T. P.; Rose, G. D. Protein Sci. 1995, 4, 1305.
74. Srinivasan, R.; Rose, G. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 14258.
75. Blaber, M.; Zhang, X.; Matthews, B. W. Science (Washington, DC, U.S.) 1993, 260, 1637.
76. Blaber, M.; Zhang, X.; Lindstrom, J. D.; Pepiot, S. D.; Basse, W. A.; Mathews, B. W. J. Mol. Biol. 1994, 235, 600.
77. Yun, R. H.; Hermans, J. Protein Eng. 1991, 4, 761.
78. Hermans, J.; Anderson, A. G.; Yun, R. H. Biochemistry 1992, 31, 5646.
79. Street, A. G.; Mayo, S. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9074.
80. Avbelj, F. J. Mol. Biol. 2000, 300, 1335.
81. Avbelj, F.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1309.
82. Avbelj, F.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 10967.
83. Avbelj, F.; Fele, L. J. Mol. Biol. 1998, 279, 665.
84. Avbelj, F.; Luo, P.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10786.
85. Avbelj, F.; Moult, J. Biochemistry 1995, 34, 755.
86. Avbelj, F.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5742.
87. Pappu, R. V.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 12565.