Conformation of the backbone in unfolded proteins

Chemical Reviews

Volumn 106, Issue 5, 2006, Pages 1877-1897

  Shi, Zhengshuang ^a,b   Chen, Kang ^a   Liu, Zhigang ^a   Kallenbach, Neville R ^a  

^a NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; HYDRODYNAMICS; SPECTROSCOPIC ANALYSIS; STRUCTURE (COMPOSITION);

KRIMM'S GROUP; RADIUS OF GYRATION; UNFOLDED PROTEINS;

PROTEINS;

ALANINE; PROLINE; PROTEIN;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; KINETICS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; REVIEW; THERMODYNAMICS;

ALANINE; KINETICS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; PROLINE; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEINS; THERMODYNAMICS;

EID: 33646908786     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr040433a     Document Type: Review

References (195)

1. Tanford, C. Adv. Protein Chem. 1968, 23, 121.
2. Flory, P. J. Statistical Mechanics of Chain Molecules; Wiley: New York, 1969.
3. Han, W. G.; Jalkanen, K. J.; Elstner, M.; Suhai, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2587.
4. Poon, C. D.; Samulski, E. T.; Weise, C. F.; Weisshaar, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5642.
5. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316.
6. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727.
7. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Huang, Q.; Griebenow, K. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9628.
8. Shi, Z. S.; Olson, C. A.; Rose, G. D.; Baldwin, R. L.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 9190.
9. Rucker, A. L.; Creamer, T. P. Protein Sci. 2002, 11, 980.
10. Shi, Z.; Chen, K.; Liu, Z.; Ng, A.; Bracken, W. C.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17964.
11. Fitzkee, N. C.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12497.
12. Krimm, S.; Tiffany, M. L. Isr. J. Chem. 1974, 12, 189.
13. Lapidus, L. J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 7220.
14. Schuler, B.; Lipman, E. A.; Eaton, W. A. Nature 2002, 419, 743.
15. Drake, A. F.; Siligardi, G.; Gibbons, W. A. Biophys. Chem. 1988, 31, 143.
16. Dukor, R. K.; Keiderling, T. A. Biopolymers 1991, 31, 1747.
17. Woody, R. W. Adv. Biophys. Chem. 1992, 2, 37.
18. Wilson, G.; Hecht, L.; Barron, L. D. Biochemistry 1996, 35, 12518.
19. Dill, K. A. Protein Sci. 1999, 8, 1166.
20. Baldwin, R. L.; Zimm, B. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 12391.
21. Baldwin, R. L. Adv. Protein Chem. 2002, 62, 361.
22. Rose, G. D. Adv. Protein Chem. 2002, 62, xv.
23. Shi, Z.; Woody, R. W.; Kallenbach, N. R. Adv. Protein Chem. 2002, 62, 163.
24. Ronish, E. W.; Krimm, S. Biopolymers 1972, 11, 1919.
25. Ronish, E. W.; Krimm, S. Biopolymers 1974, 13, 1635.
26. Krimm, S.; Mark, J. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1968, 60, 1122.
27. Kohn, J. E.; Millett, I. S.; Jacob, J.; Zagrovic, B.; Dillon, T. M.; Cingel, N.; Dothager, R. S.; Seifert, S.; Thiyagarajan, P.; Sosnick, T. R.; Hasan, M. Z.; Pande, V. S.; Ruczinski, I.; Doniach, S.; Plaxco, K. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12491.
28. Godbole, S.; Bowler, B. E. J. Mol. Biol. 1997, 268, 816.
29. Godbole, S.; Hammack, B.; Bowler, B. E. J. Mol. Biol. 2000, 296, 217.
30. Hammack, B. N.; Smith, C. R.; Bowler, B. E. J. Mol. Biol. 2001, 311, 1091.
31. Smith, C. R.; Wandschneider, E.; Bowler, B. E. Biochemistry 2003, 42, 2174.
32. Park, S. H.; Shalongo, W.; Stellwagen, E. Protein Sci. 1997, 6, 1694.
33. Sreerama, N.; Woody, R. W. Biochemistry 1994, 33, 10022.
34. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys.: Condens. Matter 2002, 14, R1035.
35. Keiderling, T. A.; Silva, R.; Yoder, G.; Dukor, R. K. Bioorg. Med. Chem. 1999, 7, 133.
36. Barron, L. D.; Hecht, L.; Blanch, E. W.; Bell, A. F. Prog. Biophys. Mol. Biol. 2000, 73, 1.
37. Barron, L. D.; Blanch, E. W.; Hecht, L. Adv. Protein Chem. 2002, 62, 51.
38. Gibrat, J. F.; Robson, B.; Garnier, J. Biochemistry 1991, 30, 1578.
39. Morris, A. L.; Mac Arthur, M. W.; Hutchinson, E. G.; Thornton, J. M. Proteins 1992, 12, 345.
40. Kang, H. S.; Kurochkina, N. A.; Lee, B. J. Mol. Biol. 1993, 229, 448.
41. Munoz, V.; Serrano, L. Proteins 1994, 20, 301.
42. Swindells, M. B.; MacArthur, M. W.; Thornton, J. M. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 596.
43. Smith, L. J.; Bolin, K. A.; Schwalbe, H.; MacArthur, M. W.; Thornton, J. M.; Dobson, C. M. J. Mol. Biol. 1996, 255, 494.
44. Serrano, L. J. Mol. Biol. 1995, 254, 322.
45. O'Connell, T. M.; Wang, L.; Tropsha, A.; Hermans, J. Proteins 1999, 36, 407.
46. Hovmoller, S.; Zhou, T.; Ohlson, T. Acta Crystallogr., D: Biol. Crystallogr. 2002, 58, 768.
47. Ferreon, J. C.; Hilser, V. J. Protein Sci. 2003, 12, 447.
48. Hamburger, J. B.; Ferreon, J. C.; Whitten, S. T.; Hilser, V. J. Biochemistry 2004, 43, 9790.
49. Syme, C. D.; Blanch, E. W.; Holt, C.; Jakes, R.; Goedert, M.; Hecht, L.; Barron, L. D. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 148.
50. Blanch, E. W.; Kasarda, D. D.; Hecht, L.; Nielsen, K.; Barron, L. D. Biochemistry 2003, 42, 5665.
51. Parrot, I.; Huang, P. C.; Khosla, C. J. Biol. Chem. 2002, 277, 45572.
52. Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8178.
53. Kelly, M. A.; Chellgren, B. W.; Rucker, A. L.; Troutman, J. M.; Fried, M. G.; Miller, A. F.; Creamer, T. P. Biochemistry 2001, 40, 14376.
54. Rucker, A. L.; Pager, C. T.; Campbell, M. N.; Qualls, J. E.; Creamer, T. P. Proteins 2003, 53, 68.
55. Pappu, R. V.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 12565.
56. Pappu, R. V.; Rose, G. D. Protein Sci. 2002, 11, 2437.
57. Drozdov, A. N.; Grossfield, A.; Pappu, R. V. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2574.
58. Pophristic, V.; Goodman, L. Nature 2001, 411, 565.
59. Weinhold, F. Nature 2001, 411, 539.
60. Holmgren, S. K.; Taylor, K. M.; Bretscher, L. E.; Raines, R. T. Nature 1998, 392, 666.
61. Hinderaker, M. P.; Raines, R. T. Protein Sci. 2003, 12, 1188.
62. DeRider, M. L.; Wilkens, S. J.; Waddell, M. J.; Bretscher, L. E.; Weinhold, F.; Raines, R. T.; Markley, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2497.
63. Ding, L.; Chen, K.; Santini, P. A.; Shi, Z.; Kallenbach, N. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8092.
64. Eker, F.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L. A.; Schweitzer-Stenner, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 10054.
65. Fitzkee, N. C.; Rose, G. D. Protein Sci. 2004, 13, 633.
66. Garcia, A. E. Polymer 2004, 45, 669.
67. Hu, H.; Elstner, M.; Hermans, J. Proteins 2003, 50, 451.
68. Kentsis, A.; Mezei, M.; Gindin, T.; Osman, R. Proteins 2004, 55, 493.
69. Zaman, M. H.; Shen, M. Y.; Berry, R. S.; Freed, K. F.; Sosnick, T. R. J. Mol. Biol. 2003, 331, 693.
70. Asher, S. A.; Mikhonin, A. V.; Bykov, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8433.
71. McColl, I. H.; Blanch, E. W.; Hecht, L.; Kallenbach, N. R.; Barron, L. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5076.
72. Woutersen, S.; Pfister, R.; Hamm, P.; Mu, Y. G.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6833.
73. Eker, F.; Cao, X.; Nafie, L.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14330.
74. Eker, F.; Cao, X. L.; Nafie, L.; Huang, Q.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 358.
75. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2768.
76. Chen, K.; Liu, Z.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15352.
77. Zimm, B. H.; Bragg, J. K. J. Chem. Phys. 1959, 31, 526.
78. Lifson, S. J. Chem. Phys. 1961, 34, 1963.
79. Asher, S. A., Griffiths, P. R., Eds. Handbook of Vibrational Spectroscopy; Wiley: New York, 2002.
80. Weise, C. F.; Weisshaar, J. C. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 3265.
81. Pizzanelli, S.; Monti, S.; Forte, C. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 21102.
82. Mohana-Borges, R.; Goto, N. K.; Kroon, G. J.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. J. Mol. Biol. 2004, 340, 1131.
83. Chellgren, B. W.; Creamer, T. P. Biochemistry 2004, 43, 5864.
84. Vila, J. A.; Baldoni, H. A.; Ripoll, D. R.; Ghosh, A.; Scheraga, H. A. Biophys. J. 2004, 86, 731.
85. Mu, Y. G.; Stock, G. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 5294.
86. Mu, Y. G.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5064.
87. Mezei, M.; Fleming, P. J.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. Proteins 2004, 55, 502.
88. Eker, F.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L. A.; Schweitzer-Stenner, R. Biochemistry 2004, 43, 613.
89. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Perez, A.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L. A. Biopolymers 2003, 71, 558.
90. Sreerama, N.; Woody, R. W. Protein Sci. 2003, 12, 384.
91. Makowska, J.; Rodziewicz-Motowidlo, S.; Baginska, K.; Vila, J. A.; Liwo, A.; Chmurzynski, L.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 1744.
92. Tiffany, M. L.; Krimm, S. Biopolymers 1973, 12, 575.
93. Schellman, J. A.; Schellman, C. The Proteins, 2nd ed.; Academic: New York, 1964.
94. Kim, Y. S.; Wang, J. P.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7511.
95. Shi, Z.; Chen, K.; Liu, Z.; Sosnick, T. R.; Kallenbach, N. R. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 63, 312.
96. Cao, W.; Bracken, C.; Kallenbach, N. R.; Lu, M. Protein Sci. 2004, 13, 177.
97. Liu, Z.; Chen, K.; Ng, A.; Shi, Z.; Woody, R. W.; Kallenbach, N. R. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15141.
98. Whittington, S. J.; Chellgren, B. W.; Hermann, V. M.; Creamer, T. P. Biochemistry 2005, 44, 6269.
99. Martino, M,; Bavoso, A.; Guantieri, V.; Coviello, A.; Tamburro, A. M. J. Mol. Struct. 2000, 519, 173.
100. Bochicchio, B.; Tamburro, A. M. Chirality 2002, 14, 782.
101. Tamburro, A. M.; Bochicchio, B.; Pepe, A. Biochemistry 2003, 42, 13347.
102. Bochicchio, B.; Ait-Ali, A.; Tamburro, A. M.; Alix, A. J. Biopolymers 2004, 73, 484.
103. Bochicchio, B.; Floquet, N.; Pepe, A.; Alix, A. J. P.; Tamburro, A. M. Chem. - Eur. J. 2004, 10, 3166.
104. Ma., K.; Kan, L.; Wang, K. Biochemistry 2001, 40, 3427.
105. Ma, K.; Wang, K. Biochem. J. 2003, 374, 687.
106. Jha, A.; Colubri, A.; Zaman, M. H.; Koide, S.; Sosnick, T. R.; Freed, K. F. Biochemistry 2005, 44, 9691.
107. Avbelj, F.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 10967.
108. Creamer, T. P.; Campbell, M. N. Adv. Protein Chem. 2002, 62, 263.
109. Chou, P. Y.; Fasman, G. D. Annu. Rev. Biochem. 1978, 47, 251.
110. Smith, L. J.; Fiebig, K. M.; Schwalbe, H.; Dobson, C. M. Fold. Des. 1996, 1, R95.
111. Baldwin, R. L. Biophys. Chem. 2002, 101-102, 203.
112. Bolin, K. A.; Pitkeathly, M.; Miranker, A.; Smith, L. J.; Dobson, C. M. J. Mol. Biol. 1996, 261, 443.
113. Adzhubei, A. A.; Sternberg, M. J. J. Mol. Biol. 1993, 229, 472.
114. Adzhubei, A. A.; Sternberg, M. J. Protein Sci. 1994, 3, 2395.
115. Stapley, B. J.; Creamer, T. P. Protein Sci. 1999, 8, 587.
116. Voet, D.; Voet, J. G. Biochemistry, 3rd ed.; Wiley: New York, 2004.
117. Butterfoss, G. L.; Hermans, J. Protein Sci. 2003, 12, 2719.
118. Shortle, D. Protein Sci. 2003, 12, 1298.
119. Shortle, D. Protein Sci. 2002, 11, 18.
120. Shi, Z. S.; Olson, C. A.; Kallenbach, N. R.; Sosnick, T. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 13994.
121. Shi, Z. S.; Krantz, B. A.; Kallenbach, N.; Sosnick, T. R. Biochemistry 2002, 41, 2120.
122. Whittington, S. J.; Creamer, T. P. Biochemistry 2003, 42, 14690.
123. Lyu, P. C.; Gans, P. J.; Kallenbach, N. R. J. Mol. Biol. 1992, 223, 343.
124. Smith, J. S.; Scholtz, J. M. Biochemistry 1998, 37, 33.
125. Olson, C. A.; Spek, E. J.; Shi, Z.; Vologodskii, A.; Kallenbach, N. R. Proteins 2001, 44, 123.
126. Anderson, D. E.; Becktel, W. J.; Dahlquist, F. W. Biochemistry 1990, 29, 2403.
127. Spek, E. J.; Bui, A. H.; Lu, M.; Kallenbach, N. R. Protein Sci. 1998, 7, 2431.
128. Fitzkee, N. C.; Rose, G. D. J. Mol. Biol. 2005, 353, 873.
129. Bai, Y.; Milne, J. S.; Mayne, L.; Englander, S. W. Proteins 1993, 17, 75.
130. Avbelj, F.; Grdadolnik, S. G.; Grdadolnik, J.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 1272.
131. Petty, S. A.; Volk, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 1022.
132. Jiji, R. D.; Balakrishnan, G.; Hu, Y.; Spiro, T. G. Biochemistry 2006, 45, 34.
133. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2388.
134. Plavec, J.; Thibaudeau, C.; Chattopadhyaya, J. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6558.
135. Kramer, R. Z.; Vitagliano, L.; Bella, J.; Berisio, R.; Mazzarella, L.; Brodsky, B.; Zagari, A.; Berman, H. M. J. Mol. Biol. 1998, 280, 623.
136. Holmgren, S. K.; Bretscher, L. E.; Taylor, K. M.; Raines, R. T. Chem. Biol. 1999, 6, 63.
137. Eberhardt, E. S.; Panasik, N.; Raines, R. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12261.
138. Vitagliano, L.; Berisio, R.; Mazzarella, L.; Zagari, A. Biopolymers 2001, 58, 459.
139. Torchia, D. A. Macromolecules 1971, 4, 440.
140. Torchia, D. A. Macromolecules 1971, 5, 566.
141. Bretscher, L. E.; Jenkins, C. L.; Taylor, K. M.; DeRider, M. L.; Raines, R. T. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 777.
142. Jenkins, C. L.; Raines, R. T. Nat. Prod. Rep. 2002, 19, 49.
143. Horng, J. C.; Raines, R. T. Protein Sci. 2006, 15, 74.
144. Levinthal, C. J. Chim. Phys. Phys.-Chim. Biol. 1968, 65, 44.
145. Hoshino, M.; Hagihara, Y.; Hamada, D.; Kataoka, M.; Goto, Y. FEBS Lett. 1997, 416, 72.
146. Kamatari, Y. O.; Konno, T.; Kataoka, M.; Akasaka, K. J. Mol. Biol. 1996, 259, 512.
147. Nelson, J. W.; Kallenbach, N. R. Proteins 1986, 1, 211.
148. Jacob, J.; Krantz, B.; Dothager, R. S.; Thiyagarajan, P.; Sosnick, T. R. J. Mol. Biol. 2004, 338, 369.
149. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
150. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
151. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
152. Schuler, L. D.; Daura, X.; Van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1205.
153. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; TiradoRives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
154. Anderson, A. G.; Hermans, J. Proteins 1988, 3, 262.
155. Tobias, D. J.; Brooks, C. L. J. Phys. Chem. 1992, 96, 3864.
156. Apostolakis, J.; Ferrara, P.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2099.
157. Smith, P. E. J. Chem. Phys. 1999, 111, 5568.
158. Gnanakaran, S.; Garcia, A. E. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12555.
159. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G. M.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J. M.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
160. MacKerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., 3rd. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 698.
161. Lovell, S. C.; Davis, I. W.; Arendall, W. B., 3rd; de Bakker, P. I.; Word, J. M.; Prisant, M. G.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Proteins 2003, 50, 437.
162. Ohkubo, Y. Z.; Brooks, C. L., 3rd. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13916.
163. Ramakrishnan, V.; Ranbhor, R.; Durani, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16332.
164. Blanch, E. W.; Morozova-Roche, L. A.; Cochran, D. A.; Doig, A. J.; Hecht, L.; Barron, L. D. J. Mol. Biol. 2000, 301, 553.
165. Juszczak, L. J. J. Biol. Chem. 2004, 279, 7395.
166. Maiti, N. C.; APetri, M. M.; Zagorski, M. G.; Carey, P. R.; Anderson, V. E. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2399.
167. Uversky, V. N.; Gillespie, J. R.; Fink, A. L. Proteins 2000, 41, 415.
168. Uversky, V. N. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 2.
169. Uversky, V. N.; Fink, A. L. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1698, 131.
170. Dunker, A. K.; Lawson, J. D.; Brown, C. J.; Williams, R. M.; Romero, P.; Oh, J. S.; Oldfield, C. J.; Campen, A. M.; Ratliff, C. R.; Hipps, K. W.; Ausio, J.; Nissen, M. S.; Reeves, R.; Kang, C. H.; Kissinger, C. R.; Bailey, R. W.; Griswold, M. D.; Chin, M.; Garner, E. C.; Obradovic, Z. J. Mol. Graphics Modell. 2001, 19, 26.
171. Iakoucheva, L. M.; Brown, C. J.; Lawson, J. D.; Obradovic, Z.; Dunker, A. K. J. Mol. Biol. 2002, 323, 573.
172. Tompa, P. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 527.
173. Wright, P. E.; Dyson, H. J. J. Mol. Biol. 1999, 293, 321.
174. Gill, A. C.; Ritchie, M. A.; Hunt, L. G.; Steane, S. E.; Davies, K. G.; Bocking, S. P.; Rhie, A. G.; Bennett, A. D.; Hope, J. EMBO J. 2000, 19, 5324.
175. Jarvet, J.; Damberg, P.; Danielsson, J.; Johansson, I.; Eriksson, L. E.; Graslund, A. FEBS Lett. 2003, 555, 371.
176. Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. Biochemistry 2004, 43, 6893.
177. Antonyraj, K. J.; Karunakaran, T.; Raj, P. A. Arch. Biochem. Biophys. 1998, 356, 197.
178. Armen, R. S.; DeMarco, M. L.; Alonso, D. O.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 11622.
179. Woody, R. W. Biophys. J. 2004, 86, 617A.
180. Woody, R. W. Monatsh. Chem. 2005, 136, 347.
181. McPhie, P. Anal. Biochem. 2001, 293, 109.
182. Baker, B. R.; Garrell, R. L. Faraday Discuss. 2004, 126, 209.
183. Venkatachalam, C. M. Biopolymers 1968, 6, 1425.
184. Shortle, D.; Ackerman, M. S. Science 2001, 293, 487.
185. Schwalbe, H.; Fiebig, K. M.; Buck, M.; Jones, J. A.; Grimshaw, S. B.; Spencer, A.; Glaser, S. J.; Smith, L. J.; Dobson, C. M. Biochemistry 1997, 36, 8977.
186. Klein-Seetharaman, J.; Oikawa, M.; Grimshaw, S. B.; Wirmer, J.; Duchardt, E.; Ueda, T.; Imoto, T.; Smith, L. J.; Dobson, C. M.; Schwalbe, H. Science 2002, 295, 1719.
187. Alexandrescu, A. T.; Abeygunawardana, C.; Shortle, D. Biochemistry 1994, 33, 1063.
188. Wang, Y.; Shortle, D. Biochemistry 1995, 34, 15895.
189. Gillespie, J. R.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1997, 268, 158.
190. Gillespie, J. R.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1997, 268, 170.
191. Zhang, O.; Kay, L. E.; Shortle, D.; Forman-Kay, J. D. J. Mol. Biol. 1997, 272, 9.
192. Ackerman, M. S.; Shortle, D. Biochemistry 2002, 41, 13791.
193. Ackerman, M. S.; Shortle, D. Biochemistry 2002, 41, 3089.
194. Zagrovic, B.; Sorin, E. J.; Millett, I. S.; van Gunsteren, W. F.; Doniach, S.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 11698.
195. Veis, A.; Nawrot, C. F. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 3910.