Nitrile and thiocyanate IR probes: Molecular dynamics simulation studies

Journal of Chemical Physics

Volumn 128, Issue 15, 2008, Pages

  Oh, Kwang Im ^a   Choi, Jun Ho ^a   Lee, Joo Hyun ^a   Han, Jae Beom ^a   Lee, Hochan ^a   Cho, Minhaeng ^a,b  

^a Korea University   (South Korea)

^b Korea Basic Science Institute (KBSI)   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; ELECTROSTATICS; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MECHANICS; QUANTUM THEORY; SOLVENTS;

AB INITIO CALCULATIONS; ELECTROSTATIC POTENTIAL; LINESHAPE CHANGE; THIOCYANATE;

AMINO ACIDS;

EID: 84962374848     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.2904558     Document Type: Article

References (73)

1. Z. Getahun, C.-Y. Huang, T. Wang, B. De Leon, W. F. DeGrado, and F. Gai, J. Am. Chem. Soc. 125, 405 (2003).
2. I. T. Suydam and S. G. Boxer, Biochemistry 42, 12050 (2003).
3. I. T. Suydam, C. D. Snow, V. S. Pande, and S. G. Boxer, Science 313, 200 (2006).
4. A. T. Fafarman, L. J. Webb, J. I. Chuang, and S. G. Boxer, J. Am. Chem. Soc. 128, 13356 (2006).
5. L. N. Silverman, M. E. Pitzer, P. O. Ankomah, S. G. Boxer, and E. E. Fenlon, J. Phys. Chem. B 111, 11611 (2007).
6. P. A. Sigala, A. T. Fafarman, P. E. Bogard, S. G. Boxer, and D. Herschlag, J. Am. Chem. Soc. 129, 12104 (2007).
7. S. S. Andrews and S. G. Boxer, J. Phys. Chem. A 104, 11853 (2000).
8. A. Chattopadhyay and S. G. Boxer, J. Am. Chem. Soc. 117, 1449 (1995).
9. S. S. Andrews and S. G. Boxer, J. Phys. Chem. A 106, 469 (2002).
10. J. R. Reimers and L. E. Hall, J. Am. Chem. Soc. 121, 3730 (1999).
11. C.-Y. Huang, T. Wang, and F. Gai, Chem. Phys. Lett. 371, 731 (2003).
12. M. J. Tucker, Z. Getahun, V. Nanda, W. F. DeGrado, and F. Gai, J. Am. Chem. Soc. 126, 5078 (2004).
13. K. C. Schultz, L. Supekova, Y. Ryu, J. Xie, R. Perera, and P. G. Schultz, J. Am. Chem. Soc. 128, 13984 (2006).
14. S. Yoshikawa, D. H. O'Keeffe, and W. S. Caughey, J. Biol. Chem. 260, 3518 (1985).
15. J. R. Reimers, J. Zeng, and N. S. Hush, J. Phys. Chem. 100, 1498 (1996).
16. E. L. Pace and L. J. Noe, J. Chem. Phys. 49, 5317 (1968).
17. W. R. Fawcett, G. Liu, and T. E. Kessler, J. Phys. Chem. 97, 9293 (1993).
18. R. A. Nyquist, Appl. Spectrosc. 44, 1405 (1990).
19. G. Eaton, A. S. Pena-Nunez, and M. C. R. Symons, J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1 84, 2181 (1988).
20. D. Jamroz, J. Stangret, and J. Lindgren, J. Am. Chem. Soc. 115, 6165 (1993).
21. G. M. Chaban, J. Phys. Chem. A 108, 4551 (2004).
22. J. E. Bertie and Z. Lan, J. Phys. Chem. B 101, 4111 (1997).
23. E. S. Kryachko and M. T. Nguyen, J. Phys. Chem. A 106, 4267 (2002).
24. S. D. Dalosto, J. M. Vanderkooi, and K. A. Sharp, J. Phys. Chem. B 108, 6450 (2004).
25. S. H. Brewer and S. Franzen, J. Chem. Phys. 119, 851 (2003).
26. H. Kovacs and A. Laaksonen, J. Am. Chem. Soc. 113, 5596 (1991).
27. T. Takamuku, M. Tabata, A. Yamaguchi, J. Nishimoto, M. Kumamoto, H. Wakita, and T. Yamaguchi, J. Phys. Chem. B 102, 8880 (1998).
28. D. Ben-Amotz, M.-R. Lee, S. Y. Cho, and D. J. List, J. Chem. Phys. 96, 8781 (1992).
29. S. Mukherjee, P. Chowdhury, W. F. DeGrado, and F. Gai, Langmuir 23, 11174 (2007).
30. A. T. Krummel and M. T. Zanni, J. Phys. Chem. B 112, 1336 (2008).
31. C. Fang, J. D. Bauman, K. Das, A. Remorino, E. Arnold, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, 1472 (2008).
32. Y. S. Kim and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102, 11185 (2005).
33. M. G. Maienschein-Cline and C. H. Londergan, J. Phys. Chem. A 111, 10020 (2007).
34. J.-H. Choi, K.-I. Oh, H. Lee, C. Lee, and M. Cho, J. Chem. Phys. 128, 134506 (2008).
35. P. Bour and T. A. Keiderling, J. Chem. Phys. 119, 11253 (2003).
36. J. R. Schmidt, S. A. Corcelli, and J. L. Skinner, J. Chem. Phys. 121, 8887 (2004).
37. T. Hayashi and S. Mukamel, J. Chem. Phys. 125, 194510 (2006).
38. T. C. Jansen and J. Knoester, J. Chem. Phys. 124, 044502 (2006).
39. S. Ham and M. Cho, J. Chem. Phys. 118, 6915 (2003).
40. S. Ham, J.-H. Kim, H. Lee, and M. Cho, J. Chem. Phys. 118, 3491 (2003).
41. K. Kwac and M. Cho, J. Chem. Phys. 119, 2247 (2003).
42. J.-H. Choi, S. Hahn, and M. Cho, Biopolymers 83, 519 (2006).
43. J.-H. Choi, S. Hahn, and M. Cho, Int. J. Quantum Chem. 104, 616 (2005).
44. J.-H. Choi, H. Lee, K.-K. Lee, S. Hahn, and M. Cho, J. Chem. Phys. 126, 045102 (2007).
45. S. Hahn, S. Ham, and M. Cho, J. Phys. Chem. B 109, 11789 (2005).
46. S. Ham, S. Hahn, C. Lee, T. K. Kim, K. Kwak, and M. Cho, J. Phys. Chem. B 108, 9333 (2004).
47. P. Bour, J. Chem. Phys. 121, 7545 (2004).
48. T. Hayashi, W. Zhuang, and S. Mukamel, J. Phys. Chem. A 109, 9747 (2005).
49. T. L. Jansen, A. G. Dijkstra, T. M. Watson, J. D. Hirst, and J. Knoester, J. Chem. Phys. 125, 044312 (2006).
50. M. F. DeCamp, L. DeFlores, J. M. McCracken, A. Tokmakoff, K. Kwac, and M. Cho, J. Phys. Chem. B 109, 11016 (2005).
51. K. Kwac and M. Cho, J. Chem. Phys. 119, 2256 (2003).
52. K. Kwac and M. Cho, J. Raman Spectrosc. 36, 326 (2005).
53. K. Kwac, H. Lee, and M. Cho, J. Chem. Phys. 120, 1477 (2004).
54. S. Yang and M. Cho, J. Chem. Phys. 123, 134503 (2005).
55. D. A. Case, T. E. Cheatham III, T. Darden, H. Gohlke, R. Luo, K. M. Merz, Jr., A. Onufriev, C. Simmerling, B. Wang, and R. J. Woods, J. Comput. Chem. 26, 1668 (2005).
56. M. J. S. Dewar, E. G. Zoebisch, E. F. Healy, and J. J. P. Stewart, J. Am. Chem. Soc. 107, 3902 (1985).
57. M. Elstner, D. Porezag, G. Jungnickel, J. Elsner, M. Haugk, T. Frauenheim, S. Suhai, and G. Seifert, Phys. Rev. B 58, 7260 (1998).
58. G. D. Pipes, A. A. Kosky, Y. Zhang, M. J. Treuheit, and G. R. Kleemann, Pharm. Res. 22, 1059 (2005).
59. J. Tomasi and M. Persico, Chem. Rev. 94, 2027 (1994).
60. J. Tomasi, B. Mennucci, and R. Cammi, Chem. Rev. 105, 2999 (2005).
61. S. Mierts, E. Scrocco, and J. Tomasi, Chem. Phys. 55, 117 (1981).
62. S. Mierts and J. Tomasi, Chem. Phys. 65, 239 (1982).
63. A. P. Scott and L. Radom, J. Phys. Chem. 100, 16502 (1996).
64. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, Jr., B. Wang, D. A. Pearlman, M. Crowley, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, C. Schafmeister, J. W. Caldwell, W. S. Ross, and P. A. Kollman, AMBER 8, University of California, San Francisco, 2004.
65. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, Jr., D. A. Pearlman, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, K. F. Wong, F. Paesani, X. Wu, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, D. H. Mathews, C. Schafmeister, W. S. Ross, and P. A. Kollman, AMBER 9, University of California, San Francisco, 2006.
66. X. Grabuleda, C. Jaime, and P. A. Kollman, J. Comput. Chem. 21, 901 (2000).
67. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, GAUSSIAN 07, Inc., Wallingford, CT, 2004.
68. T. Darden, D. York, and L. Pedersen, J. Chem. Phys. 98, 10089 (1993).
69. M. Maroncelli and G. R. Fleming, J. Chem. Phys. 86, 6221 (1987).
70. S. Mukamel, Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy (Oxford University Press, Oxford, 1995).
71. D. A. McQuarrie, Statistical Mechanics (Harper & Row, New York, 1976).
72. X. Qu, E. Lee, G.-S. Yu, T. B. Freedman, and L. A. Nafie, Appl. Spectrosc. 50, 649 (1996).
73. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc. 117, 5179 (1995).