Understanding of the bridging sheet formation of HIV-1 glycoprotein gp120

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 43, 2009, Pages 14536-14543

  Da, Lin Tai ^a   Quan, Jun Min ^a   Wu, Yun Dong ^a,b  

^a PEKING UNIVERSITY   (China)

^b HONG KONG UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Hong Kong)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGY; EXCITONS; MOLECULAR DYNAMICS;

CONFORMATIONAL CHANGE; DYNAMIC PROCESS; EXPERIMENTAL OBSERVATION; HYDROPHOBIC CORE; INTERMEDIATE STATE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; REFOLDING; SHEET FORMATION; SIMULATION RESULT;

CRYSTAL STRUCTURE;

EID: 70350391835     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9081239     Document Type: Article

References (75)

1. Klatzmann, D.; Champagne, E.; Chamaret, S.; Gruest, J.; Guetard, D.; Hercend, T.; Gluckman, J.-C.; Montagnier, L. Nature 1984, 312, 767-768.
2. Dalgleish, A. G.; Beverley, P. C. L.; Clapham, P. R.; Crawford, D. H.; Greaves, M. F.; Weiss, R. A. Nature 1984, 312, 763-767.
3. Choe, H.; Farzan, M.; Sun, Y.; Sullivan, N.; Rollins, B.; Ponath, P. D.; Wu, L.; Mackay, C. R.; LaRosa, G.; Newman, W.; Gerard, N.; Gerard, C.; Sodroski, J. Cell 1996, 85, 1135-1148.
4. Deng, H.; Liu, R.; Ellmeier, W.; Choe, S.; Unutmaz, D.; Burkhart, M.; Di Marzio, P.; Marmon, S.; Sutton, R. E.; Hill, C. M.; Davis, C. B.; Peiper, S. C.; Schall, T. J.; Littman, D. R.; Landau, N. R. Nature 1996, 381, 661-666.
5. Doranz, B. J.; Rucker, J.; Yi, Y.; Smyth, R. J.; Samson, M.; Peiper, S. C.; Parmentier, M.; Collman, R. G.; Doms, R. W. Cell 1996, 85, 1149-1158.
6. Feng, Y.; Broder, C. C.; Kennedy, P. E.; Berger, E. A. Science 1996, 272, 872-877.
7. Wu, L.; Gerard, N. P.; Wyatt, R.; Choe, H.; Parolin, C.; Ruffing, N.; Borsetti, A.; Cardoso, A. A.; Desjardin, E.; Newman, W.; Gerard, C.; Sodroski, J. Nature 1996, 384, 179-183.
8. Trkola, A.; Dragic, T.; Arthos, J.; Binley, J. M.; Olson, W. C.; Allaway, G. P.; Cheng-Mayer, C.; Robinson, J.; Maddon, P. J.; Moore, J. P. Nature 1996, 384, 184-187.
9. Forsell, M. N. E.; Dey, B.; Mörner, A.; Svehla, K.; O'dell, S.; Högerkorp, C. M.; Voss, G.; Thorstensson, R.; Shaw, G. M.; Mascola, J. R.; Hedestam, G. B. K.; Wyatt, R. T. PLoS Pathogens 2008, 4, 1-12.
10. Sattentau, Q. J.; Moore, J. P. J. Exp. Med. 1991, 174, 407-415.
11. Chan, D. C.; Fass, D.; Berger, J. M.; Kim, P. S. Cell 1997, 89, 263-273.
12. Tan, K.; Liu, J.; Wang, J.; Shen, S.; Lu, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 12303-12308.
13. Weissenhorn, W.; Dessen, A.; Harrison, S. C.; Skehel, J. J.; Wiley, D. C. Nature 1997, 387, 426-430.
14. Furuta, R. A.; Wild, C. T.; Weng, Y.; Weiss, C. D. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 276-279.
15. Zhu, P.; Liu, J.; Bess, J., Jr.; Chertova, E.; Lifson, J. D.; Grise, H.; Ofek, G. A.; Taylor, K. A.; Roux, K. H. Nature 2006, 441, 847-852.
16. Liu, J.; Bartesaghi, A.; Borgnia, M. J.; Sapiro, G.; Subramaniam, S. Nature 2008, 455, 109-113.
17. Hussey, R. E.; Richardson, N. E.; Kowalski, M.; Brown, N. R.; Chang, H.-C.; Siliciano, R. F.; Dorfman, T.; Walker, B.; Sodroski, J.; Reinherz, E. L. Nature 1988, 331, 78-81.
18. Capon, D. J.; Ward, R. H. R. Annu. Rev. Immunol. 1991, 9, 649-678.
19. Moore, J. P.; Burkly, L. C.; Connor, R. I.; Cao, Y.; Tizard, R.; Ho, D. D.; Fisher, R. A. AIDS Res. Hum. Retroviruses 1993, 9, 529-539.
20. Jacobson, J. M.; Lowy, I.; Fletcher, C. V.; O'Neill, T. J.; Tran, D. N.; Ketas, T. J.; Trkola, A.; Klotman, M. E.; Maddon, P. J.; Olson, W. C.; Israel, R. J. J. Infect. Dis. 2000, 182, 326-329.
21. Burton, D. R.; et al. Science 1994, 266, 1024-1027 (complete reference given in the Supporting Information).
22. Lin, P. F.; et al. Proc. Natl. Acad Sci. U. S. A. 2003, 100 11013-11018 (complete reference given in the Supporting Information).
23. Knight, D.; Weiss, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 10581-10582.
24. Lasky, L. A.; Nakamura, G.; Smith, D. H.; Fennie, C.; Shimasaki, C.; Patzer, E.; Berman, P.; Gregory, T.; Capon, D. J. Cell 1987, 50, 975-985.
25. Cordonnier, A.; Montagnier, L.; Emerman, M. Nature 1989, 340, 571-574.
26. Moebius, U.; Clayton, L. K.; Abraham, S.; Harrison, S. C.; Reinherz, E. L. J. Exp. Med. 1992, 176, 507-517.
27. Pollard, S. R.; Meier, W.; Chow, P.; Rosa, J. J.; Wiley, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991, 88, 11320-11324.
28. Rits-Volloch, S.; Frey, G.; Harrison, S. C.; Chen, B. EMBO J. 2006, 25, 5026-5036.
29. Kwong, P. D.; Wyatt, R.; Robinson, J.; Sweet, R. W.; Sodroski, J.; Hendrickson, W. A. Nature 1998, 393, 648-659.
30. Wyatt, R.; Kwong, P. D.; Desjardins E.; Sweet, R. W.; Robinson, J.; Hendrickson, W. A.; Sodroski, J. G. Nature 1998, 393, 705-711.
31. Kwong, P. D.; Wyatt, R.; Majeed, S.; Robinson, J.; Sweet, R. W.; Sodroski, J.; Hendrickson, W. A. Structure Fold. Des. 2000, 8, 1329-1339.
32. Huang, C. C.; Venturi, M.; Majeed, S.; Moore, M. J.; Phogat, S.; Zhang, M.-Y.; Dimitrov, D. S.; Hendrickson, W. A.; Robinson, J.; Sodroski, J.; Wyatt, R.; Choe, H.; Farzan, M.; Kwong, P. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 2706-2711.
33. Huang, C. C.; Stricher, F.; Martin, L.; Decker, J. M.; Majeed, S.; Barthe, P.; Hendrickson, W. A.; Robinson, J.; Roumestand, C.; Sodroski, J.; Wyatt, R.; Shaw, G. M.; Vita, C.; Kwong, P. D. Structure 2005, 13, 755-768.
34. Chen, B.; Vogan, E. M.; Gong, H.; Skehel, J. J.; Wiley, D. C.; Harrison, S. C. Nature 2005, 433, 834-841.
35. Huang, C. C.; Tang, M.; Zhang, M. Y.; Majeed, S.; Montabana, E.; Stanfield, R. L.; Dimitrov, D. S.; Korber, B.; Sodroski, J.; Wilson, I. A.; Wyatt, R.; Kwong, P. D. Science 2005, 310, 1025-1028.
36. Huang, C.-C.; Lam, S. N.; Acharya, P.; Tang, M.; Xiang, S.-H.; Hussan, S. S.; Stanfield, R. L.; Robinson, J.; Sodroski, J.; Wilson, I. A.; Wyatt, R.; Bewley, C. A.; Kwong, P. D. Science 2007, 317, 1930-1934.
37. Moore, J. P.; McKeating, J. A.; Weiss, R. A.; Sattentau, Q. J. Science 1990, 250, 1139-1142.
38. Myszka, D. G.; Sweet, R. W.; Hensley, P.; Brigham-Burke, M.; Kwong, P. D.; Hendrickson, W. A.; Wyatt, R.; Sodroski, J.; Doyle, M. L. Proc. Natl. Acad Sci. U. S. A. 2000, 97, 9026-9031.
39. Xiang, S. H.; Kwong, P. D.; Gupta, R.; Rizzuto, C. D.; Casper, D. J.; Wyatt, R.; Wang, L. P.; Hendrickson, W. A.; Doyle, M. L.; Sodroski, J. J. Virol. 2002, 76, 9888-9899.
40. Kwong, P. D.; et al. Nature 2002, 420, 678-682 (complete reference given in the Supporting Information).
41. Kwong, P. D. Nature. 2005, 433, 815-816.
42. Dey, B.; Pancera, M.; Svehla, K.; Shu, Y.; Xiang, S. H.; Vainshtein, J.; Li, Y.; Sodroski, J.; Kwong, P. D.; Mascola, J. R.; Wyatt, R. J. Virol. 2007, 81, 5579-5593.
43. Dey, B.; Svehla, K.; Xu, L.; Wycuff, D.; Zhou, T. Q.; Voss, G.; Phogat, A.; Chakrabarti, B. K.; Li, Y. X.; Shaw, G.; Kwong, P. D.; Nabel, G. J.; Mascola, J. R.; Wyatt, R. T. PLoS Pathogens 2009, 5, 1-15.
44. Mörner, A.; Douagi, I.; Forsell, M. N. E.; Sundling, C.; Dosenovic, P.; O'Dell, S.; Dey, B.; Kwong, P. D.; Voss, G.; Thorstensson, R.; Mascola, J. R.; Wyatt, R. T.; Hedestam, G. B. K. J. Virol. 2009, 83, 540-551.
45. Hsu, S. T.; Bonvin, A. M. Proteins 2004, 55, 582-593.
46. Pan, Y.; Ma, B.; Keskin, O.; Nussinov, R. J. Biol. Chem. 2004, 279, 30523-30530.
47. Hsu, S. T.; Peter, C.; van Gunsteren, W. F.; Bonvin, A. M. Biophys. J. 2005, 88, 15-24.
48. Pan, Y.; Ma, B.; Nussinov, R. J. Mol. Biol. 2005, 350, 514-527.
49. Liu, S. Q.; Liu, C. Q.; Fu, Y. X. J. Mol. Graph. Model. 2007, 26, 306-318.
50. Chen, B.; Vogan, E. M.; Gong, H.; Skehel, J. J.; Wiley, D. C.; Harrison, S. C. Structure 2005, 13, 197-211.
51. Schwede, T.; Kopp, J.; Guex, N.; Peitsch, M. C. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3381-3385.
52. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317.
53. Price, M. L. P.; Ostrovsky, D.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1340-1352.
54. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
55. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8592.
56. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
57. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. L. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472.
58. Garcia, A. E.; Herman, J. G. Protein Sci. 1996, 5, 62-71.
59. Hayward, S.; Kitao, A.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1997, 27, 425-437.
60. Kitao, A.; Hayward, S.; Go, N. Proteins 1998, 33, 425-437.
61. Schlitter, J. Chem. Phys. Lett. 1993, 215, 617-621.
62. Yuan, W.; Bazick, J.; Sodroski, J. J. Virol. 2006, 80, 6725-6737.
63. Zhou, T.; et al. Nature 2007, 445, 732-737 (complete reference given in the Supporting Information).
64. Jardetzky, T. Nature 2002, 420, 623-624.
65. Madani, N.; Perdigoto, A. L.; Srinivasan, K.; Cox, J. M.; Chruma, J. J.; Lalonde, J.; Head, M.; Smith, A. B.; Sodroski, J. J. Virol. 2004, 78, 3742-3752.
66. Wang, T.; et al. J. Med. Chem. 2003, 46, 4236-4239 (complete reference given in the Supporting Information).
67. Wang, H. G.; Williams, R. E.; Lin, P. F. Curr. Pharm. Des. 2004, 10, 1785-1793.
68. Ho, H. T.; et al. J. Virol. 2006, 80, 4017-4025 (complete reference given in the Supporting Information).
69. Schön, A.; Madani, N.; Klein, J. C.; Hubicki, A.; Ng, D.; Yang, X.; Smith, A. B., III.; Sodroski, J.; Freire, E. Biochemistry 2006, 45, 10973-10980.
70. Madani, N.; Schon, A.; Princiotto, A. M.; LaLonde, J. M.; Courter, J. R.; Soeta, T.; Ng, D.; Wang, L. P.; Brower, E. T.; Xiang, S. H.; Kwon, Y. D.; Huang, C. C.; Wyatt, R.; Kwong, P. D.; Freire, E.; Smith, A. B., III.; Sodroski, J. Structure 2008, 16, 1689-1701.
71. Devico, A.; Silver, A.; Thronon, A. M.; Sarngadharan, M. G.; Pal, R. Virology 1996, 218, 258-263.
72. Fouts, T.; Godfrey, K.; Bobb, K.; Montefiori, D.; Hanson, C. V.; Kalyanaraman, V. S.; Devico, A.; Pal, R. Proc. Natl. Acad, Sci. U. S. A. 2002, 99, 11842-11847.
73. Devico, A.; Fouts, T.; Lewis, G. K.; Gallo, R. C.; Godfrey, K.; Charurat, M.; Harris, I.; Galmin, L.; Pal, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 17477-17482.
74. Schäfer, H.; Daura, X.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. Proteins 2001, 43, 45-56.
75. Missimer, J. H.; Steinmtz, M. O.; Baron, R.; Winkler, F. K.; Krammerer, R. A.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. Protein Sci. 2007, 16, 1349-1359.