Properties of 13C-substituted arginine in stable isotope labeling by amino acids in cell culture (SILAC)

Journal of Proteome Research

Volumn 2, Issue 2, 2003, Pages 173-181

  Ong, Shao En ^a   Kratchmarova, Irina ^a   Mann, Matthias ^a  

^a UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

Author keywords

Cell culture; LC MS MS; Peptide sequencing; Protein identification; Quantitative proteomics; SILAC

Indexed keywords

ARGININE; CARBON 13; STABLE ISOTOPE; AMINO ACID; CARBON; PROTEIN;

ACCURACY; AMINO ACID ANALYSIS; AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL CELL; ARTICLE; CELL STRAIN 3T3; CONTROLLED STUDY; ISOTOPE LABELING; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MOUSE; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DETERMINATION; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ASSAY; ANIMAL; CHEMISTRY; CULTURE TECHNIQUE; METHODOLOGY; PROTEIN SYNTHESIS; SEQUENCE ANALYSIS;

ANIMALIA;

AMINO ACIDS; ANIMALS; ARGININE; CARBON ISOTOPES; CELL CULTURE TECHNIQUES; ISOTOPE LABELING; MASS SPECTROMETRY; MICE; NIH 3T3 CELLS; PROTEIN BIOSYNTHESIS; PROTEINS; PROTEOMICS; SEQUENCE ANALYSIS, PROTEIN;

EID: 0012351964     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0255708     Document Type: Article

References (26)

1. Pandey, A.; Mann, M. Nature 2000, 405, 837-846.
2. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S. L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, I.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E.; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sorensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature 2002, 415, 180-183.
3. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M. ; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141-147.
4. Neubauer, G.; Gottschalk, A.; Fabrizio, P.; Séraphin, B.; Lührmann, R.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 1997, 94, 385-390.
5. Neubauer, G.; King, A.; Rappsilber, J.; Calvio, C.; Watson, M.; Ajuh, P. ; Sleeman, L.; Lamond, A. I.; Mann, M. Nat. Genet. 1998, 20, 46-50.
6. Husi, H.; Ward, M. A.; Choudhary, J. S.; Blackstock, W. P.; Grant, S. G. Nat. Neurosci. 2000, 3, 661-669.
7. Andersen, J. S.; Lyon, C. E.; Fox, A. H.; Leung, A. K.; Lam, Y. W.; Steen, H.; Mann, M.; Lamond, A. I. Curr. Biol. 2002, 12, 1-11.
8. Lahm, H. W.; Langen, H. Electrophoresis 2000, 21, 2105-2114.
9. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 1999, 96, 6591-6596.
10. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
11. Rabilloud, T. Proteomics 2002, 2, 3-10.
12. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386.
13. Chen, X.; Smith, L. M.; Bradbury, E. M. Anal. Chem. 2000, 72, 1134-1143.
14. Pratt, J. M.; Robertson, D. H. L.; Gaskell, S. J.; Riba-Garcia, I.; Hubbard, S. J.; K., S.; Oliver, S. G.; Butler, P.; Hayes, A.; Petty, J.; Beynon, R. J. Proteomics 2002, 2, 157-163.
15. Zhu, H.; Hunter, T. C.; Pan, S.; Yau, P. M.; Bradbury, E. M.; Chen, X. Anal. Chem. 2002, 74, 1687-1694.
16. Jiang, H.; English, A. M. J. Proteome Res. 2002, 1, 345-350.
17. Regnier, F. E.; Riggs, L.; Zhang, R.; Xiong, L.; Liu, P.; Chakraborty, A.; Seeley, E.; Sioma, C.; Thompson, R. A. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 133-145.
18. Shevchenko, A.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 850-858.
19. Ishihama, Y.; Rappsilber, J.; Andersen, J. S.; Mann, M. J. Chromatogr. A 2002, in press.
20. Scott, L.; Lamb, J.; Smith, S.; Wheatley, D. N. Br. J. Cancer 2000, 83, 800-810.
21. Wheatley, D. N.; Scott, L.; Lamb, J.; Smith, S. Cell. Physiol. Biochem. 2000, 10, 37-55.
22. Zhang, R.; Regnier, F. E. J. Proteome Res. 2002, 1, 139-147.
23. Shevchenko, A.; Chernushevich, I.; Standing, K. G.; Thompson, B.; Wilm, M.; Mann, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 1015-1024.
24. Schnolzer, M.; Jedrzejewski, P.; Lehmann, W. D. Electrophoresis 1996, 17, 945-953.
25. Uttenweiler-Joseph, S.; Neubauer, G.; Christoforidis, S.; Zerial, M.; Wilm, M. Proteomics 2001, 1, 668-682.
26. O'Quinn, P. R.; Knabe, D. A.; Wu, G. J. Anim. Sci. 2002, 80, 467-474.