Evaluation of MP2, DFT, and DFT-D methods for the prediction of infrared spectra of peptides

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 113, Issue 22, 2009, Pages 6301-6307

  Bouteiller, Yves ^a   Poully, Jean Christophe ^a   Desfrancois, Charles ^a   Gregoire, Gilles ^a  

^a UNIVERSITÉ PARIS 13   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BASIS SETS; COMPUTATIONAL COSTS; DFT LEVELS; DISPERSION CORRECTION; GASPHASE; GENERALIZED GRADIENT APPROXIMATIONS; IDENTITY APPROXIMATION; INFRARED SPECTRUM; IR SPECTRUM; LOCAL SCALING; MOLECULAR SYSTEMS; MOLLER PLESSET THEORY; ORDER OF MAGNITUDE; PREDICTION ACCURACY; PREDICTION ERRORS; SECOND ORDERS; TRAINING SETS;

AMINES; AMINO ACIDS; COST REDUCTION; INFRARED SPECTROSCOPY; PEPTIDES; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; SET THEORY; SPECTRUM ANALYSIS;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY;

PEPTIDE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GAS; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; QUANTUM THEORY; ULTRAVIOLET SPECTROPHOTOMETRY; VIBRATION;

AMINO ACID SEQUENCE; GASES; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; QUANTUM THEORY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; SPECTROPHOTOMETRY, ULTRAVIOLET; VIBRATION;

EID: 66249091978     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp901570r     Document Type: Article

References (80)

1. de Vries, M. S.; Hobza, P. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 585.
2. Dian, B. C.; Longarte, A.; Mercier, S.; Evans, D. A.; Wales, D. J.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10688.
3. Chin, W.; Mons, M.; Dognon, J. P.; Mirasol, R.; Chass, G.; Dimicoli, I.; Piuzzi, F.; Butz, P.; Tardivel, B.; Compagnon, I.; von Helden, G.; Meijer, G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5281.
4. Inokuchi, Y.; Kobayashi, Y.; Ito, T.; Ebata, T. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 3209.
5. Stearns, J. A.; Mercier, S.; Seaiby, C.; Guidi, M.; Boyarkin, O. V.; Rizzo, T. R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11814.
6. Hunig, I.; Kleinermanns, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2650.
7. Abo-Riziq, A. G.; Crews, B.; Bushnell, J. E.; Callahan, M. P.; De Vries, M. S. Mol. Phys. 2005, 103, 1491.
8. Reha, D.; Valdes, H.; Vondrasek, J.; Hobza, P.; Abu-Riziq, A.; Crews, B.; de Vries, M. S. Chemistry-a European Journal 2005, 11, 6803.
9. Haber, T.; Seefeld, K.; Engler, G.; Grimme, S.; Kleinermanns, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2844.
10. Unterberg, C.; Gerlach, A.; Schrader, T.; Gerhards, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 8296.
11. Gerhards, M.; Unterberg, C.; Gerlach, A.; Jansen, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2682.
12. Fricke, H.; Funk, A.; Schrader, T.; Gerhards, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 4692.
13. Chin, W.; Dognon, J. P.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Dimicoli, I.; Mons, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 707.
14. Chin, W.; Mons, M.; Dognon, J. P.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Dimicoli, I. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2700.
15. Chin, W.; Piuzzi, F.; Dognon, J. P.; Dimicoli, I.; Mons, M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 084301.
16. Brenner, V.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Tardivel, B.; Mons, M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 7347.
17. Stearns, J. A.; Boyarkin, O. V.; Rizzo, T. R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13820.
18. Gerhards, M.; Unterberg, C.; Gerlach, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 5563.
19. Fricke, H.; Gerlach, A.; Gerhards, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1660.
20. Bakker, J. M.; Plutzer, C.; Hunig, I.; Haber, T.; Compagnon, I.; von Helden, G.; Meijer, G.; Kleinermanns, K. ChemPhysChem 2005, 6, 120.
21. Chin, W.; Dognon, J. P.; Canuel, C.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Mons, M.; Compagnon, I.; von Helden, G.; Meijer, G. J. Chem. Phys. 2005, 122, 054317.
22. Gregoire, G.; Gaigeot, M. P.; Marinica, D. C.; Lemaire, J.; Schermann, J. P.; Desfrancois, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3082.
23. Vaden, T. D.; Gowers, S. A. N.; de Boer, T.; Steill, J. D.; Oomens, J.; Snoek, L. C. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14640.
24. Carcabal, P.; Kroemer, R. T.; Snoek, L. C.; Simons, J. P.; Bakker, J. M.; Compagnon, I.; Meijer, G.; von Helden, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 4546.
25. Fricke, H.; Gerlach, A.; Unterberg, C.; Rzepecki, P.; Schrader, T.; Gerhards, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 4636.
26. Mercier, S. R.; Boyarkin, O. V.; Kamariotis, A.; Guglielmi, M.; Tavernelli, I.; Cascella, M.; Rothlisberger, U.; Rizzo, T. R. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16938.
27. Abo-Riziq, A.; Bushnell, J. E.; Crews, B.; Callahan, M.; Grace, L.; De Vries, M. S. Chem. Phys. Lett. 2006, 431, 227.
28. Abo-Riziq, A.; Crews, B. O.; Callahan, M. P.; Grace, L.; de Vries, M. S. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 5166.
29. Chin, W.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Mons, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1033.
30. Brause, R.; Fricke, H.; Gerhards, M.; Weinkauf, R.; Kleinermanns, K. Chem. Phys. 2006, 327, 43.
31. Carcabal, P.; Jockusch, R. A.; Hunig, I.; Snoek, L. C.; Kroemer, R. T.; Davis, B. G.; Gamblin, D. P.; Compagnon, I.; Oomens, J.; Simons, J. P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11414.
32. Carney, J. R.; Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9943.
33. Snoek, L. C.; Kroemer, R. T.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 2130.
34. Cerny, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 5291.
35. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1009.
36. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 157.
37. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1463.
38. Jurecka, P.; Cerny, J.; Hobza, P.; Salahub, D. R. J. Comput. Chem. 2007, 28, 555.
39. Schwabe, T.; Grimme, S. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 569.
40. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1787.
41. Cerny, J.; Jurecka, P.; Hobza, P.; Valdes, H. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 1146.
42. Morgado, C.; Vincent, M. A.; Hillier, I. H.; Shan, X. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 448.
43. Jurecka, P.; Nachtigall, P.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 4578.
44. Frontera, A.; Quinonero, D.; Garau, C.; Costa, A.; Ballester, P.; Deya, P. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 9307.
45. Riley, K. E.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 8257.
46. Trygubenko, S. A.; Bogdan, T. V.; Rueda, M.; Orozco, M.; Luque, F. J.; Sponer, J.; Slavicek, P.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4,4192.
47. Hanus, M.; Ryjacek, F.; Kabelac, M.; Kubar, T.; Bogdan, T. V.; Trygubenko, S. A.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7678.
48. Jurecka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15608.
49. Hanus, M.; Kabelac, M.; Rejnek, J.; Ryjacek, F.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 2087.
50. Valdes, H.; Klusak, V.; Pitonak, M.; Exner, O.; Stary, I.; Hobza, P.; Rulisek, L. J. Comput. Chem. 2008, 29, 861.
51. Valdes, H.; Pluhackova, K.; Pitonak, M.; Rezac, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2747.
52. Crews, B.; Abo-Riziq, A.; Grace, L.; Callahan, M.; Kabelac, M.; Hobza, P.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3015.
53. Callahan, M. P.; Crews, B.; Abo-Riziq, A.; Grace, L.; de Vries, M. S.; Gengeliczki, Z.; Holmes, T. M.; Hill, G. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 4587.
54. Abo-Riziq, A.; Crews, B. O.; Compagnon, I.; Oomens, J.; Meijer, G.; Von Helden, G.; Kabelac, M.; Hobza, P.; de Vries, M. S. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 7529.
55. Neugebauer, J.; Hess, B. A. J. Chem. Phys. 2003, 118, 7215.
56. Carbonniere, P.; Barone, V. Chem. Phys. Lett. 2004, 399, 226.
57. Barone, V.; Festa, G.; Grandi, A.; Rega, N.; Sanna, N. Chem. Phys. Lett. 2004, 388, 279.
58. Brauer, B.; Chaban, G. M.; Gerber, R. B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2543.
59. Wang, J. P.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3798.
60. Barone, V. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4146.
61. Bouteiller, Y.; Gillet, J. C.; Gregoire, G.; Schermann, J. P. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 11656.
62. Ahlrichs, R.; Bar, M.; Haser, M.; Horn, H.; Kolmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
63. Weigend, F.; Haser, M. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 331.
64. Schafer, A.; Horn, H.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2571.
65. Schafer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829.
66. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007.
67. Weigend, F.; Haser, M.; Patzelt, H.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 143.
68. Weigend, F.; Kohn, A.; Hattig, C. J. Chem. Phys. 2002, 116, 3175.
69. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev.B1988, 37, 785.
70. Becke, A. D. Phys. Rev.A1988, 38, 3098.
71. Weigend, F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1057.
72. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
73. Ahlrichs, R.; Furche, F.; Grimme, S. Chem. Phys. Lett. 2000, 325, 317.
74. Handy, N. C.; Murray, C. W.; Amos, R. D. J. Phys. Chem. 1993, 97, 4392.
75. Eichkorn, K.; Weigend, F.; Treutler, O.; Ahlrichs, R. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 119.
76. Hattig, C.; Hellweg, A.; Kohn, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1159.
77. Kolar, M.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5851.
78. Busker, M.; Svartsov, Y. N.; Haber, T.; Kleinermanns, K. Chem. Phys. Lett. 2009, 467, 255.
79. Correia, C. F.; Clavaguera, C.; Erlekam, U.; Scuderi, D.; Ohanessian, G. ChemPhysChem 2008, 9, 2564.
80. Chin, W.; Piuzzi, F.; Dognon, J. P.; Dimicoli, L.; Tardivel, B.; Mons, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11900.