IRMPD spectroscopy of a protonated, phosphorylated dipeptide

ChemPhysChem

Volumn 9, Issue 17, 2008, Pages 2564-2573

  Correia, Catarina F ^a   Clavaguera, Carine ^a   Erlekam, Undine ^b   Scuderi, Debora ^b   Ohanessian, Gilles ^a  

^a CNRS   (France)

^b UNIVERSITÉ PARIS SUD   (France)

Author keywords

Ab initio calculations; Density functional calculations; IR spectroscopy; Mass spectrometry; Peptides

Indexed keywords

CALCULATIONS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ELECTRONS; FREE ELECTRON LASERS; HYDROGEN BONDS; INFRARED SPECTROSCOPY; MASS SPECTROMETRY; NUMERICAL METHODS; PEPTIDES; PHOSPHORYLATION; PHOTONS; PROTONATION; QUANTUM CHEMISTRY;

AB INITIO CALCULATIONS; COMPUTATIONAL LEVEL; FOURIER TRANSFORM ION CYCLOTRON RESONANCE MASS SPECTROMETERS; IONIC HYDROGEN BOND; LOW ENERGY STRUCTURES; LOWEST ENERGY STRUCTURE; QUANTUM CHEMICAL CALCULATIONS; STRETCHING FREQUENCY;

SPECTROMETERS;

EID: 57349177557     PISSN: 14394235     EISSN: 14397641     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cphc.200800469     Document Type: Article

References (62)

1. a) N. Blom, A. Kreegipun, S. Brunak, Nucleic Acids Res. 1998, 26, 382-386;
2. b) A. Kreegipun, N. Blom, S. Brunak, Nucleic Acids Res. 1999, 27, 237-239;
3. c) F. Diella, S. Cameron, C. Gemünd, R. Linding, A. Via, B. Kuster, T. Sicheritz-Pontén, N. Blom, T. J. Gibson, BMC Bioinformatics 2004, 5, 79-83.
4. a) Protein Phosphorylation (Eds.: B. M. Sefton, T. Hunter), Academic Press, San Diego, 1998;
5. b) P. Cohen, Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 596-601.
6. a) M. J. Chalmers, W. Koch, M. R. Emmett, A. G. Marshall, H. Mischak, J. Chromatogr. B 2004, 803, 111-120;
7. b) C. Stingl, C. Ihling, G. Ammerer, A. Sinz, K. Mechtler, Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764, 1842-1852;
8. c) C. M. Spickett, A. R. Pitt, N. Morrice, W. Kolch, Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764, 1823-1841.
9. a) M. J. Huddleston, R. S. Annan, M. F. Bean, S. A. Carr, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 710-717;
10. b) S. A. Carr, M. J. Huddleston, R. S. Annan, Anal. Biochem. 1996, 239, 180-192.
11. a) J. W. Flora, D. C. Muddiman, Anal. Chem. 2001, 73, 3305-3311;
12. b) J. W. Flora, D. C. Muddiman J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6546-6547;
13. c) J. W. Flora, D. C. Muddiman J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 121-127.
14. a) M. C. Crowe, J. S. Brodbelt, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1581-1592;
15. b) M. C. Crowe, J. S. Brodbelt, Anal. Chem. 2005, 77, 5726-5734.
16. A. Stensballe, O. Jensen, J. V. Olsen, K. F. Haselmann, R. A. Zubarev, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1793-1800.
17. a) M. J. Chalmers, K. Håkansson, R. Johnson, R. Smith, J. Shen, M. R. Emmett, A. G. Marshall, Proteomics 2004, 4, 970-981;
18. b) T. Kocher, M. M. Savitski, M. L. Nielsen, R. A. Zubarev, J. Proteome Res. 2006, 5, 659-668.
19. a) E. M. Woo, D. Fenyo, B. H. Kwok, H. Funabiki, B. T. Chait, Anal. Chem. 2008, 80, 2419-2425;
20. b) D. Pflieger, M. A. Jünger, M. Müller, O. Rinner, H. Lee, P. M. Gehrig, M. Gstaiger, R. Aebersold, Mol. Cell Proteomics 2008, 7, 326-346;
21. c) G. R. Blacken, M. H. Gelb, F. Turecek, Anal. Chem. 2006, 78, 6065-6073.
22. a) J. Oomens, A. J. A. Van Roij, G. Meijer, G. Von Helden, Astrophys. J. 2000, 542, 404-410;
23. b) J. Oomens, B. G. Sartakov, G. Meijer, G. Von Helden, Int. J. Mass Spectrom. 2006, 254, 1-19.
24. a) J. Lemaire, P. Boissel, M. Heninger, G. Mauclaire, G. Bellec, H. Metsdagh, A. Simon, S. Le Caer, J. M. Ortega, F. Glotin, P. Maitre, Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 273002;
25. b) P. Maitre, S. Le Caer, A. Simon, W. D. Jones, J. Lemaire, H. Metsdagh, M. Heninger, G. Mauclaire, P. Boissel, R. Prazeres, F. Glotin, J. M. Ortega, Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. Sect. A 2003, 507, 541-546.
26. a) B. Lucas, G. Gregoire, J. Lemaire, P. Maitre, J. M. Ortega, A. Rupenyan, B. Reimann, J. P. Schermann, C. Desfrançois, Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2659-2663;
27. b) B. Lucas, G. Gregoire, J. Lemaire, P. Maitre, J. P. Schermann, C. Desfrançois, Int. J. Mass Spectrom. 2005, 243, 105-113;
28. c) D. C. Marinica, G. Gregoire, C. Desfrancois, J. P. Schermann, D. Borgis, M. P. Gaigeot, J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8802-8810;
29. d) G. Gregoire, M. P. Gaigeot, D. C. Marinica, J. Lemaire, J. P. Schermann, C. Desfrancois, Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3082-3097;
30. e) R. Wu, T. B. MacMahon J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11 312-11 313;
31. f) T. D. Vaden, T. S. J. A. de Boer, N. A. MacLeod, E. M. Marzluff, J. P. Simons, L. C. Snoek, Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 2549-2555;
32. g) J. A. Stearns, M. Guidi, O. V. Boyarkin, T. R. Rizzo J. Chem. Phys. 2007, 127, 154322;
33. h) N. C. Polfer, J. Oomens, S. Suhai, B. Paisz, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5887-5897;
34. i) N. C. Polfer, B. C. Boher, M. D. Plasencia, B. Paizs, D. E. Clemmer, J. Phys. Chem. A 2008, 112, 1286-1293;
35. j) T. D. Vaden, T. S. J. A. de Boer, J. P. Simons, L. C. Snoek, Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 1443-1447.
36. a) N. C. Polfer, B. Paizs, I. Snoek, I. Compagnon, S. Suhai, G. von Helden, G. Meijer, J. Oomens, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8571-8579;
37. b) O. P. Balaj, C. Kapota, J. Lemaire, G. Ohanessian Int. J. Mass Spectrom. 2008, 269, 196-209;
38. c) N. C. Polfer, J. Oomens, R. C. Dunbar, ChemPhysChem 2008, 9, 579-589.
39. J. Oomens, N. C. Polfer, D. T. Moore, L. van der Meer, A. G. Marshall, J. R. Eyler, G. Meijer, G. von Helden Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 1345-1348.
40. C. F. Correia, O. P. Balaj, D. Scuderi, P. Maitre, G. Ohanessian, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3359-3370.
41. J. M. Bakker, T. Besson, J. Lemaire, D. Scuderi, P. Maitre, J. Phys. Chem. A, 2007, 111, 13415-13424.
42. G. Chang, W. C. Guida, W. C. Still, J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 4379-4386.
43. HyperChem. 7.51, 2002 HyperCube, Inc., 1115 NW 4th St., Gainesville, FL 32608.
44. Gaussian 03;M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery, R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, A. G. Baboul, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, C. Gonzalez, M. Head-Gordon, E. S. Replogle, J. A. Pople, Revision B.05, Gaussian, Inc., Pittsburgh, 2003.
45. a) J. Cerny, P. Jurecka, P. Hobza, H. Valdes, J. Phys. Chem. A 2007, 111, 1146-1154;
46. b) H. Valdes, K. Pluhackova, M. Pitonak, J. Rezac, P. Hobza, Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2747-2757;
47. c) J. Kaminsky, F. Jensen, J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1774-1788.
48. R. Ahlrichs, M. Bär, M. Häser, H. Horn and C. Kölmel, Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165; for current version, see http://www.turbomole.com
49. O. Christiansen, H. Koch, P. Jørgensen, Chem. Phys. Lett. 1995, 243, 409.
50. C. Hättig, A. Hellweg, A. Köhn, Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1159.
51. S. Grimme, J. Comput. Chem. 2004, 25,1463.
52. S. Grimme, J. Comput. Chem. 2006, 27, 1787.
53. A. P. Scott, L. Radom J. Phys. Chem. 1996, 100, 16502-16 513.
54. M. D. Halls, H. B. Schlegel, J. Chem. Phys. 1998, 109, 10 587-10 593.
55. M. W. Wong, Chem. Phys. Lett. 1996, 256, 391-399.
56. K. K. Irikura, R. D. Johnson, R. N. Kacker J. Phys. Chem. A 2005, 109, 8430-8437.
57. a) S. Katsyuba, E. Vandyukova Chem. Phys. Lett. 2003, 377, 658-662;
58. b) J. O. Jensen, A. Banerjee, D. Zeroka, C. N. Merrow, S. J. Gilliam, S. J. Kirkby Spectrochim. Acta Part A 2004, 60, 1947-1955.
59. a) H. Steen, B. Kuster, M. Fernandez, A. Pandey, M. Mann, Anal. Chem. 2001, 7, 1440-1448;
60. b) H. Steen, M. Fernandez, S. Ghaffari, A. Pandey, M. Mann, Mol. Cell. Proteomics 2003, 3, 138-145.
61. M. Salek, A. Alonso, R. Pipkorn, W. D. Lehmann, Anal. Chem. 2003, 11, 2724-2729.
62. V. H. Wysocki, G. Tsaprailis, L. L. Smith, L. A. Breci, J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1399-1406, and references therein.