Transferable specific scaling factors for interpretation of infrared spectra of biomolecules from density functional theory

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 112, Issue 46, 2008, Pages 11656-11660

  Bouteiller, Yves ^a   Gillet, Jean Christophe ^a   Grégoire, Gilles ^a   Schermann, Jean Pierre ^a  

^a UNIVERSITÉ PARIS 13   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; HYDROGEN; INTELLIGENT CONTROL; MOLECULAR BIOLOGY; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; SPECTRUM ANALYSIS; SUGAR (SUCROSE); SUGARS;

BASIS SETS; GROUP FREQUENCIES; INFRARED SPECTRUMS; LOCAL SCALING; MOLECULAR SYSTEMS; NEURO-TRANSMITTERS; NEUTRAL MOLECULES; NUCLEOBASES; PHASE CONDITIONS; PREDICTION ERRORS; SCALING FACTORS; STRUCTURAL INFORMATIONS; TRAINING SETS; VIBRATIONAL MODES;

INFRARED SPECTROSCOPY;

AGENTS INTERACTING WITH TRANSMITTER, HORMONE OR DRUG RECEPTORS; CARBOHYDRATE; PEPTIDE; PURINE DERIVATIVE; PYRIMIDINE DERIVATIVE;

ARTICLE; CHEMISTRY; COMPUTER PROGRAM; GAS; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; QUANTUM THEORY; REPRODUCIBILITY; VIBRATION;

CARBOHYDRATES; GASES; NEUROTRANSMITTER AGENTS; PEPTIDES; PURINES; PYRIMIDINES; QUANTUM THEORY; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SOFTWARE; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; VIBRATION;

EID: 57149125449     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp805854q     Document Type: Article

References (83)

1. Robertson, E. G.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1.
2. Unterberg, C.; Gerlach, A.; Schrader, T.; Gerhards, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 8296.
3. Clarkson, J. R.; Dian, B. C.; Moriggi, L.; DeFusco, A.; McCarthy, V.; Jordan, K. D.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2005, 122, 214311.
4. Choi, M. Y.; Miller, R. E. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3565.
5. Chin, W.; Compagnon, I.; Dognon, J. P.; Canuel, C.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; von Helden, G.; Meijer, G.; Mons, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1388.
6. Abo-Riziq, A.; Bushnell, J. E.; Crews, B.; Callahan, M.; Grace, L.; de Vries, M. S. Chem. Phys. Lett. 2006, 431, 227.
7. Kamariotis, A.; Boyarkin, O. V.; Mercier, S. R.; Beck, R. D.; Bush, M. F.; Williams, E. R.; Rizzo, T. R. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 905.
8. Hunig, I.; Kleinermanns, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2650.
9. Carcabal, P.; Jockusch, R. A.; Hunig, I.; Snoek, L. C.; Kroemer, R. T.; Davis, B. G.; Gamblin, D. P.; Compagnon, I.; Oomens, J.; Simons, J. P. J. Am Chem. Soc. 2005, 127, 11414.
10. Ebata, T.; Hashimoto, T.; Ito, T.; Inokuchi, Y.; Altunsu, F.; Brutschy, B.; Tarakeshwar, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 4783.
11. LeGreve, T. A.; Baquero, E. E.; Zwier, T. S. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4028.
12. de Vries, M. S.; Hobza, P. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 585.
13. Derbel, N.; Hernandez, B.; Pfluger, F.; Liquier, J.; Geinguenaud, F.; Jaidane, N.; Ben Lakhdar, Z.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1470.
14. Guzman, M. R.; Liquier, J.; Brahmachari, S. K.; Taillandier, E. Spectrochim Acta, Part A 2006, 64, 495.
15. Vistoli, G.; Pedretti, A.; Villa, L.; Testa, B. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7472.
16. Marino, T.; Toscano, M.; Russo, N.; Grand, A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 24666.
17. Choi, J. H.; Lee, H.; Lee, K. K.; Hahn, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 045102.
18. Wang, J.; Paszti, Z.; Clarke, M. L.; Chen, X. Y.; Chen, Z. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 6088.
19. Torii, H.; Tatsumi, T.; Kanazawa, T.; Tasumi, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 309.
20. Stepanian, S. G.; Reva, I. D.; Radchenko, E. D.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10664.
21. Ramaekers, R.; Pajak, J.; Rospenk, M.; Maes, G. Spectrochim. Acta, Part A 2005, 61, 1347.
22. Morzyk-Ociepa, B.; Nowak, M. J.; Michalska, D Spectrochim. Acta, Part A 2004, 60, 2113.
23. Palafox, M. A.; Rastogi, V. K.; Tanwar, R. P.; Mittal, L. Spectrochim. Acta, Part A 2003, 59, 2473.
24. Palafox, M. A.; Tardajos, G.; Guerrero-Martinez, A.; Rastogi, V. K.; Mishra, D.; Ojha, S. P.; Kiefer, W. Chem. Phys. 2007, 340, 17.
25. Shelkovsky, V. S.; Stepanian, S. G.; Galetich, I. K.; Kosevich, M. V.; Adamowicz, L. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 421.
26. Akalin, E.; Akyuz, S. J. Mol. Struct. 2007, 834, 492.
27. Koleva, B. B.; Kolev, T. M.; Spiteller, M. Spectrochim. Acta, Part A 2007, 68, 1187.
28. Clarkson, J. R.; Dian, B. C.; Moriggi, L.; DeFusco, A.; McCarthy, V.; Jordan, K. D.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2005, 122, 214311.
29. Dian, B. C.; Florio, G. M.; Clarkson, J. R.; Longarte, A.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9033.
30. Lindinger, A.; Toennies, J. P.; Vilesov, A. F. J. Chem. Phys. 1999, 110, 1429.
31. Choi, M. S.; Miller, R. E. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7230.
32. Fricke, H.; Funk, A.; Schrader, T.; Gerhards, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 4692.
33. Linder, R.; Nispel, M.; Haber, T.; Kleinermanns, K. Chem. Phys. Lett. 2005, 409, 260.
34. Vaden, T. D.; de Boer, T.; MacLeod, N. A.; Marzluff, E. M.; Simons, J. P.; Snoek, L. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 2549.
35. Gregoire, G.; Gaigeot, M. P.; Marinica, D. C.; Lemaire, J.; Schermann, J. P.; Desfrançois, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3082.
36. Schermann, J. P. Spectroscopy and Modelling of Biomolecular Building Blocks; Elsevier: Amsterdam, 2007.
37. Seurre, N.; Barbu-Debus, K. L.; Lahmani, F.; Zehnacker, A.; Borho, N.; Suhm, M. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1007.
38. Kabelac, M.; Plutzer, C.; Kleinermanns, K.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2781.
39. Compagnon, I.; Oomens, J.; Meijer, G.; von Helden, G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3592.
40. Oomens, J.; Sartakov, B. G.; Meijer, G.; von Helden, G. Int. J. Mass Spectrom. 2006, 254, 1.
41. Polfer, N. C.; Paizs, B.; Snoek, L. C.; Compagnon, I.; Suhai, S.; Meijer, G.; von Helden, G.; Oomens, J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8571.
42. Seydou, M.; Gregoire, G.; Liquier, J.; Lemaire, J.; Lecomte, F.; Schermann, J. P.; Desfrancois, C. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 4187.
43. Oomens, J.; Polfer, N.; Moore, D. T.; van der Meer, L.; Marshall, A. G.; Eyler, J. R.; Meijer, G.; von Helden, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 1345.
44. Meier, R. J. Vibrat. Spectr. 2007, 43, 26.
45. Gerber, R. B.; Brauer, B.; Gregurick, S. K.; Chaban, G. M. Physchemcomm 2002, 5, 142.
46. Adesokan, A. A.; Fredj, E.; Brown, E. C.; Gerber, R. B. Mol. Phys. 2005, 103, 1505.
47. Sturdy, Y. K.; Skylaris, C. K.; Clary, D. C. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3485.
48. Barone, V.; Festa, G.; Grandi, A.; Rega, N.; Sanna, N. Chem. Phys. Lett. 2004, 388, 279.
49. Chin, W.; Mons, M.; Dognon, J. P.; Mirasol, R.; Chass, G.; Dimicoli, I.; Piuzzi, F.; Butz, P.; Tardivel, B.; Compagnon, I.; von Helden, G.; Meijer, G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5281.
50. Çarçabal, P.; Patsias, T.; Hünig, I.; Liu, B.; Kaposta, C.; Snoek, L. C.; Gamblin, D. P.; Davis, B. G.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 129.
51. Krishnakumar, V.; Ramasamy, R. Spectrochim. Acta, Part A 2007, 69, 8.
52. Bludsky, O.; Chocholousova, J.; Vacek, J.; Huisken, F.; Hobza, P. J. Chem. Phys. 2000, 113, 4629.
53. Kang, Y. K. J. Mol. Struct. Theochem 2001, 546, 183.
54. Casaes, R. N.; Paul, J. B.; McLaughlin, R. P.; Saykally, R. J.; van Mourik, T. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10989.
55. Kowal, A. T. J. Chem. Phys. 2006, 124, 014304.
56. Contreras-Torres, F. F.; Basiuk, V. A. Spectrochim. Acta, Part A 2005, 61, 2560.
57. Carteret, C.; Labrosse, A.; Assfeld, X. Spectrochim. Acta, Part A 2007, 67, 1421.
58. Brauer, B.; Chaban, G. M.; Gerber, R. B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2543.
59. Gregurick, S. K.; Chaban, G. M.; Gerber, R. B. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 8696.
60. Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3798.
61. Benoit, D. M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 562.
62. Irikura, K. K.; Johnson, R. D.; Kacker, R. N. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 8430.
63. Hase, Y. Spectrochim. Acta A 1995, 51, 2561.
64. Maes, G.; Smets, J.; Adamowicz, L. J. Mol. Struct. 1997, 410, 315.
65. Palafox, M. A.; Iza, N.; Gil, M. J. Mol. Struct. Theochem 2002, 585, 69.
66. Borowski, P.; Fernandez-Gomez, M.; Fernandez-Liencres, M. P. Chem. Phys. Lett. 2007, 446, 191.
67. Frisch, M.; Trucks, J., G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian, Rev. B03; Pittsburg, PA, 2003.
68. Haranczyk, M.; Gutowski, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 6585.
69. Mons, M.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 10921.
70. Evans, D. A.; Wales, D. J.; Dian, B. C.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 148.
71. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1996, 104, 1040.
72. Gornicka, E.; Rode, J. E.; Raczynska, E. D.; Dasiewicz, B.; Dobrowolski, J. C. Vibrat. Spectrosc. 2004, 36, 105.
73. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
74. Abo-Riziq, A.; Crews, B. O.; Callahan, M. P.; Grace, L.; de Vries, M. S. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 5166.
75. Schaefer, H. F.; Horn, H.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2571.
76. Schaefer, H. F.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829.
77. Stepanian, S. G.; Reva, I. D.; Radchenko, E. D.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10664.
78. (a) McKellar, A. R. W.; Verloet, M.; Burkholder, J. B.; Howard, C. J. J. Mol. Spectrosc. 1990, 142, 319.
79. (b) Krishnan, G. M.; Kühn, O. Chem. Phys. Lett. 2007, 435, 132.
80. Stearns, J. A.; Boyarkin, O. V.; Rizzo, T. R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13820.
81. Abo-Riziq, A.; Crews, B.; Callahan, M. P.; Grace, L.; de Vries, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 118, 5290.
82. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1320.
83. Jockusch, R. A.; Talbot, F. O.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 1502.