Assessment of the MP2 method, along with several basis sets, for the computation of interaction energies of biologically relevant hydrogen bonded and dispersion bound complexes

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 111, Issue 33, 2007, Pages 8257-8263

  Riley, Kevin E ^a   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; COMPLEXATION; DISPERSIONS; DNA; HYDROGEN BONDS; LIGANDS; PROTEINS; RNA;

DISPERSION BOUND COMPLEXES; INTERACTION ENERGIES; NONCOVALENT INTERACTIONS;

BIOLOGICAL SYSTEMS;

DNA; PROTEIN; RNA;

ARTICLE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND;

DNA; HYDROGEN BONDING; PROTEINS; RNA;

EID: 34548585570     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp073358r     Document Type: Article

References (44)

1. Johnson, E. R.; Dilabio, G. A. Chem. Phys. Lett. 2006, 419, 333.
2. Riley, K. E.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 407.
3. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1009.
4. Johnson, E. R.; Wolkow, R. A.; DiLabio, G. A. Chem. Phys. Lett. 2004, 394, 334.
5. Vondrasek, J.; Bendova, L.; Klusak, V.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2615.
6. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 415.
7. Riley, K. E.; Merz, K. M., Jr. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 15650.
8. Guo, H. B.; Beahm, R. F.; Guo, H. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 18065.
9. Vanommeslaeghe, K.; Mignon, P.; Loverix, S.; Tourwe, D.; Geerlings, P. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1444.
10. Daabkowska, I.; Jurecka, P.; Hobza, P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 204322.
11. Fukuzawa, K.; Mochizuki, Y.; Tanaka, S.; Kitaura, K.; Nakano, T. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 16102.
12. Dobes, P.; Otyepka, M.; Strnad, M.; Hobza, P. Chem.-a Eur. J. 2006, 12, 4297.
13. Riley, K. E.; Cui, G.; Merz, K. M., Jr. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5700.
14. Aylward, N.; Bofinger, N. J. Theor. Biol. 2007, 244, 258.
15. Hunter, K. C.; Milien, A. L.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1858.
16. Rutledge, L. R.; Campbell-Verduyn, L. S.; Hunter, K. C.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 19652.
17. Fukuzawa, K.; Komeiji, Y.; Mochizuki, Y.; Kato, A.; Nakano, T.; Tanaka, S. J Comput. Chem. 2006, 27, 948.
18. Spiwok, V.; Lipovova, P.; Skalova, T.; Buchtelova, E.; Hasek, J.; Kralova, B. Carbohydr. Res. 2004, 339, 2275.
19. Jurecka, P.; Sponer, J.; Cerny, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985.
20. Grimme, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9095.
21. Werner, H. J.; Manby, F. R.; Knowles, P. J. J. Chem. Phys. 2003, 118, 8149.
22. Jung, Y. S.; Lochan, R. C.; Dutoi, A. D.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9793.
23. Hill, J. G.; Platts, J. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 80.
24. Weigend, F.; Haser, M. Theor. Chem. Ace. 1997, 97, 331.
25. Weigend, F.; Haser, M.; Patzelt, H.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 143.
26. Jurecka, P.; Nachtigall, P.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 4578.
27. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 289.
28. Zhao, Y.; Schultz, N. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 364.
29. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Theo. Chem. Acc., in press.
30. Antony, J.; Grimme, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 5287.
31. Becke, A. D.; Johnson, E. R. J. Chem. Phys. 2005, 123, 154101.
32. Becke, A. D.; Johnson, E. R. J. Chem. Phys. 2006, 124, 014104.
33. Cerny, J.; Jurecka, P.; Hobza, P.; Valdes, H. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 1146.
34. Gonzalez, C.; Allison, T. C.; Lim, E. C. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10583.
35. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1463.
36. Johnson, E. R.; Becke, A. D. J. Chem. Phys. 2005, 123, 024101.
37. Johnson, E. R.; Becke, A. D. J. Chem. Phys. 2006, 124, 174104.
38. Jurecka, P.; Cerny, J.; Hobza, P.; Salahub, D. R. J. Comput. Chem. 2007, 28, 555.
39. Williams, R. W.; Malhotra, D. Chem. Phys. 2006, 327, 54.
40. Johnson, E. R.; Becke, A. D. Chem. Phys. Lett. 2006, 432, 600.
41. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19.
42. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Chesseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Forseman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; AlLoham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian Inc.: Wallingford, CT, 2003.
43. Ahlrichs, R.; Bar, M.; Haser, M.; Horn, H.; Kolmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
44. Dabkowska, I.; Jurecka, P.; Hobza, P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 204322.